<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR352251.11	1	TATGTGTATATGTGTATATCTCTGGCTTTGGATGGCCACAGTCTTCCACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160122	TATGTGTATATGTGTATATCTCTGGCTTTGGATGGCCACAGTCTTCCACT	160171

CR352251.11	51	GTACCTTGGTCCCGCATTCATTTCAAAGGAGCGCTACCCTGTACCAAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160172	GTACCTTGGTCCCGCATTCATTTCAAAGGAGCGCTACCCTGTACCAAGAT	160221

CR352251.11	101	GGCGGCGCTATTGTCGCATTCCGTCCAATAGACAACAATAGGCCAGGCGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160222	GGCGGCGCTATTGTCGCATTCCGTCCAATAGACAACAATAGGCCAGGCGA	160271

CR352251.11	151	CATCTAATGTATATATCTATGGACACTGACGACTGAATATGATATGAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160272	CATCTAATGTATATATCTATGGACACTGACGACTGAATATGATATGAAAA	160321

CR352251.11	201	ATAATTTTTTTATGTACAACTTTTCAAACAATGTAACAAATTGCTTTTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160322	ATAATTTTTTTATGTACAACTTTTCAAACAATGTAACAAATTGCTTTTCA	160371

CR352251.11	251	GTGGCAGAACAACAACAAAAACAATATGGGATCCAAATCCAATATCTCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160372	GTGGCAGAACAACAACAAAAACAATATGGGATCCAAATCCAATATCTCAA	160421

CR352251.11	301	ATACCCATTGAGTTGGTCATGTTTCCAAGTCACTTTGTCATGTGGTACTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160422	ATACCCATTGAGTTGGTCATGTTTCCAAGTCACTTTGTCATGTGGTACTC	160471

CR352251.11	351	CAAGAAACTTTTTTTGTGTGTGTGTCATCTGGTGAGCAAGTGGGGAAACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160472	CAAGAAACTTTTTTTGTGTGTGTGTCATCTGGTGAGCAAGTGGGGAAACT	160521

CR352251.11	401	GTTCGTTGCAAATGGACAACCAAGTCCTGCAGTGGTACTTCTGAGTAAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160522	GTTCGTTGCAAATGGACAACCAAGTCCTGCAGTGGTACTTCTGAGTAAAA	160571

CR352251.11	451	AAACTCATAAAATATGCATCTAGAGTAATAAGGTAGTTAAATTTAACTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160572	AAACTCATAAAATATGCATCTAGAGTAATAAGGTAGTTAAATTTAACTGT	160621

CR352251.11	501	TGCAAATCTGCAACGCCTGCCTTGAAAGGGTTAAAACATTGTGTAATAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160622	TGCAAATCTGCAACGCCTGCCTTGAAAGGGTTAAAACATTGTGTAATAAG	160671

CR352251.11	551	TAACATGCAAGTACATGTCTGCATATTTTCCTAACTCTAACCTAAAAGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160672	TAACATGCAAGTACATGTCTGCATATTTTCCTAACTCTAACCTAAAAGTC	160721

CR352251.11	601	CACTCTTTCTCCAAGCAGAGTTCGCTGGCATGCTGAAAAGTCACAGAGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160722	CACTCTTTCTCCAAGCAGAGTTCGCTGGCATGCTGAAAAGTCACAGAGGA	160771

CR352251.11	651	ATGTCTGAAATCTGAAAAACAAACTTTGATAACACACCTACTCAAGCCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160772	ATGTCTGAAATCTGAAAAACAAACTTTGATAACACACCTACTCAAGCCTA	160821

CR352251.11	701	ATATAGTGTATATAAGCCGATCACACTGACTCACGCAGGTCTGTGCACAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160822	ATATAGTGTATATAAGCCGATCACACTGACTCACGCAGGTCTGTGCACAG	160871

CR352251.11	751	CTGAAGGTGGGTTGGGTTATTGAACATGAGAGCCAGTAGGAAGTGTTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160872	CTGAAGGTGGGTTGGGTTATTGAACATGAGAGCCAGTAGGAAGTGTTGTT	160921

CR352251.11	801	TTCTCTGAGCTCTGGTTAATGTGCAAACTGTCTGGGAGGGGAAGCTCTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160922	TTCTCTGAGCTCTGGTTAATGTGCAAACTGTCTGGGAGGGGAAGCTCTGT	160971

CR352251.11	851	TTGCAAATGAGCTCTCTGAAGTTTCATCCTGTTCTTTTGTACTTGTGTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	160972	TTGCAAATGAGCTCTCTGAAGTTTCATCCTGTTCTTTTGTACTTGTGTTG	161021

CR352251.11	901	TAGCTCACGGGACCGAGACGCTTCCTCTAGAAAACATACCTTTTAAGCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161022	TAGCTCACGGGACCGAGACGCTTCCTCTAGAAAACATACCTTTTAAGCAA	161071

CR352251.11	951	TGGTTGCAATCTTAGCCTGAACTTTCTTAAACTACCAGAAGTGGGACATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161072	TGGTTGCAATCTTAGCCTGAACTTTCTTAAACTACCAGAAGTGGGACATT	161121

CR352251.11	1001	TGAGTTTTTACAAAAGCACCAGTATGGTAAGTAGAAAGCCTCAGCGGTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161122	TGAGTTTTTACAAAAGCACCAGTATGGTAAGTAGAAAGCCTCAGCGGTTT	161171

CR352251.11	1051	GCTAGTTAAATGTTTATTTAAATGATTATTTGCTCAAGGGCTTGTTCAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161172	GCTAGTTAAATGTTTATTTAAATGATTATTTGCTCAAGGGCTTGTTCAGC	161221

CR352251.11	1101	CTGTTGACAGGATGTTTGTGCTACCGATAGATAGCTAACACATATGAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161222	CTGTTGACAGGATGTTTGTGCTACCGATAGATAGCTAACACATATGAAAA	161271

CR352251.11	1151	CCCTGAAATTAAGCGTTTAAGTGTTTTATAGTGGTAAACTGAATATGATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161272	CCCTGAAATTAAGCGTTTAAGTGTTTTATAGTGGTAAACTGAATATGATG	161321

CR352251.11	1201	CCATTATCTGTTATGAGTGACTTCATTTAGATCTTTGGACTCAGCGGAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161322	CCATTATCTGTTATGAGTGACTTCATTTAGATCTTTGGACTCAGCGGAAT	161371

CR352251.11	1251	ATGACAGTCAGTCAGGAAGTTCATGATGACTAGTGGAGGAAATGAGGGCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161372	ATGACAGTCAGTCAGGAAGTTCATGATGACTAGTGGAGGAAATGAGGGCA	161421

CR352251.11	1301	GGATGATACAAAACTGTCAGTTAAGATACAATTAACATCTAACTCAATAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161422	GGATGATACAAAACTGTCAGTTAAGATACAATTAACATCTAACTCAATAT	161471

CR352251.11	1351	ATACTTTTAGAATATGATGCTGTCTATTAGTGCTGTATGATATTGGGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161472	ATACTTTTAGAATATGATGCTGTCTATTAGTGCTGTATGATATTGGGAAA	161521

CR352251.11	1401	ATCTGACCTTGCAATATTTTGTATTTCTGCTATATACAGTTAAAGTCAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161522	ATCTGACCTTGCAATATTTTGTATTTCTGCTATATACAGTTAAAGTCAGA	161571

CR352251.11	1451	ATTATTAGCCCCCCCTAATTATTAGACCGCTTGTTTATTTTTTTCCCCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161572	ATTATTAGCCCCCCCTAATTATTAGACCGCTTGTTTATTTTTTTCCCCAA	161621

CR352251.11	1501	TTTCTATTTAACTGGAAGAATATTTTTTTTCCAGTTAATTAAAATGGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161622	TTTCTATTTAACTGGAAGAATATTTTTTTTCCAGTTAATTAAAATGGTTT	161671

CR352251.11	1551	TAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGACATGATGACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161672	TAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGACATGATGACA	161721

CR352251.11	1601	GTAAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161722	GTAAATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAA	161771

CR352251.11	1651	AGTGACATTTAAAGGTTTAACTAGGTTAATTTGGTTAACTAGGCTTGTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161772	AGTGACATTTAAAGGTTTAACTAGGTTAATTTGGTTAACTAGGCTTGTTA	161821

CR352251.11	1701	GGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAGTAGATTGTTCTGTAGATTATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161822	GGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAGTAGATTGTTCTGTAGATTATC	161871

CR352251.11	1751	AAGAAGAAAAAAATTGCTTAAAGGGGCTAACAATTTTGTCCCTAAAATGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161872	AAGAAGAAAAAAATTGCTTAAAGGGGCTAACAATTTTGTCCCTAAAATGG	161921

CR352251.11	1801	CATTTAAAATATTAAAACCTGCTTTTATTCTAGCCGAAACAAAACAATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161922	CATTTAAAATATTAAAACCTGCTTTTATTCTAGCCGAAACAAAACAATAA	161971

CR352251.11	1851	GACTTTTTCTAGAAGAAAAAATATTATCAGACACACTGTGAAAATTTCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	161972	GACTTTTTCTAGAAGAAAAAATATTATCAGACACACTGTGAAAATTTCCT	162021

CR352251.11	1901	TGCTTTGTTAAACATCATAAGGAAAATATTTTAAAAAGAAGAAAAAAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	162022	TGCTTTGTTAAACATCATAAGGAAAATATTTTAAAAAGAAGAAAAAAATT	162071

CR352251.11	1951	CGAAGTGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATTGCGATGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935311.10	162072	CGAAGTGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATTGCGATGTGAATTC	162121

Overview

Query
CR352251.11 - 175847 bps
Hit
AL935311.10 - 162121 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193720001200011601221621211
292.23431580101067101646-1275733351
388.7301464133180133643-111539120071
487.3928456414311994115591161531
589.623275517883179381-115595161431
694.135616818273183411131918325981
794.21556676126475127150131923325961
894.6530937799925100301132786331591
994.537709435952160463143575445261
1088.212985001697017469143636441101
1187.483165835800458586-144961455191
1287.13439776143614144389154191549441
1386.32418775129362130136154192549441
1487.284307384709847835-11128851136231
1589.4728844213318013362111188381192741
1689.2730746113318313364311195481200131
1795.46590683126473127155-11317531324351
1895.265766748273683409-11317581324331
1994.62753359334293676-11386051389371
2089.92316461133183133643-11534561539211
2191.06485705578985860211594441601481
Short-link