<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX323888.8	2000	GAATTCTCCCGGTCCTCCCAATTAGCCAATCCGGCCCTGCTCTAAATGTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1	GAATTCTCCCGGTCCTCCCAATTAGCCAATCCGGCCCTGCTCTAAATGTC	50

C  BX323888.8	1950	TTGTTTTACTAGTACAAGTGTGTATTTACATGTCTAAAACATAAAATAAG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	51	TTGTTTTACTAGTACAAGTGTGTATTTACATGTCTAAAACATAAAATAAG	100

C  BX323888.8	1900	CATTGGGTGGTTAAAAACAGCATAATTGTGATGATATGACACGTCTTTCT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	101	CATTGGGTGGTTAAAAACAGCATAATTGTGATGATATGACACGTCTTTCT	150

C  BX323888.8	1850	CTGCCTCAGTGCCTGCCGACATGCCAAAGCTCTGTTTGAATTTTTCACGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	151	CTGCCTCAGTGCCTGCCGACATGCCAAAGCTCTGTTTGAATTTTTCACGT	200

C  BX323888.8	1800	CATGCTTGTCGAGCTGGATAACAAGCAAACACCAGCACCAGGGACATTAC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	201	CATGCTTGTCGAGCTGGATAACAAGCAAACACCAGCACCAGGGACATTAC	250

C  BX323888.8	1750	GCTCCTCACTTCAAAACGGAACCAAAGTAGGATTCTGTAGCGGTTTACCT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	251	GCTCCTCACTTCAAAACGGAACCAAAGTAGGATTCTGTAGCGGTTTACCT	300

C  BX323888.8	1700	TGCGTTCGCTCCATTCCTCCTCATCAAAGACTCCCAACATGTTTGGATGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	301	TGCGTTCGCTCCATTCCTCCTCATCAAAGACTCCCAACATGTTTGGATGA	350

C  BX323888.8	1650	GTAGGGTCGCACAGATTTCTCTGCCTTCTCAGCTTTCCTCTTAGAGCTGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	351	GTAGGGTCGCACAGATTTCTCTGCCTTCTCAGCTTTCCTCTTAGAGCTGT	400

C  BX323888.8	1600	GATGCACTCCAGAATCTGACAGATTGATTAGCTGTGGGCTCTAGAACAGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	401	GATGCACTCCAGAATCTGACAGATTGATTAGCTGTGGGCTCTAGAACAGT	450

C  BX323888.8	1550	TAAATGTTGTCCTACAGTGTTCTGCCTGGATTTCATCAATAGTCTTGCAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	451	TAAATGTTGTCCTACAGTGTTCTGCCTGGATTTCATCAATAGTCTTGCAT	500

C  BX323888.8	1500	TTACTAACACAGACTATAGTTGAAGTGTTTGGAAGTAATTCACATTTTCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	501	TTACTAACACAGACTATAGTTGAAGTGTTTGGAAGTAATTCACATTTTCC	550

C  BX323888.8	1450	TCCTGTAAAAAAACATCATAAGAACAGTGTTTAGTGGCTCAATGTGTTAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	551	TCCTGTAAAAAAACATCATAAGAACAGTGTTTAGTGGCTCAATGTGTTAC	600

C  BX323888.8	1400	AGCAGCTGTTGAAATTGAATGAATGAAGGAAAATAGTTTGGGCAAATATT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	601	AGCAGCTGTTGAAATTGAATGAATGAAGGAAAATAGTTTGGGCAAATATT	650

C  BX323888.8	1350	CAATATTTATATAAAGAAGGTGACTGGAAGATCGGTGTACCTCGCTGAAG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	651	CAATATTTATATAAAGAAGGTGACTGGAAGATCGGTGTACCTCGCTGAAG	700

C  BX323888.8	1300	ACTGAAATAATCGTGATTTTATAGTTGTTGTCTGCTATCATTTGTTTATA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	701	ACTGAAATAATCGTGATTTTATAGTTGTTGTCTGCTATCATTTGTTTATA	750

C  BX323888.8	1250	TCACTTCTATAAAATGCTGTCTTTTCATATTTATTTCAGGCCTGATGGAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	751	TCACTTCTATAAAATGCTGTCTTTTCATATTTATTTCAGGCCTGATGGAG	800

C  BX323888.8	1200	GAGACACACCATGTTAAAATGAGAGCAAAAACAAAATCACTGAAGAGAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	801	GAGACACACCATGTTAAAATGAGAGCAAAAACAAAATCACTGAAGAGAAA	850

C  BX323888.8	1150	AAACAGAAAACGTGTCACCTGCACTCAGTGTGGGAAGAGTCTGGCAGACA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	851	AAACAGAAAACGTGTCACCTGCACTCAGTGTGGGAAGAGTCTGGCAGACA	900

C  BX323888.8	1100	AAGACAGTCTCAAGATCCACATGCGGATCCACACTGGAGAGAGACCATTC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	901	AAGACAGTCTCAAGATCCACATGCGGATCCACACTGGAGAGAGACCATTC	950

C  BX323888.8	1050	ACATGTTCTCAGTGTGGGATGAGTTTCAAAGACTCATCAGCCCTTAGAAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	951	ACATGTTCTCAGTGTGGGATGAGTTTCAAAGACTCATCAGCCCTTAGAAG	1000

C  BX323888.8	1000	ACACATGTTGATCCACACTGGAAAGAAAACACACACATGTGATCAGTGCG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1001	ACACATGTTGATCCACACTGGAAAGAAAACACACACATGTGATCAGTGCG	1050

C  BX323888.8	950	GAAAATCATTTAGGTTGTCTTCAGGCCTGAATGATCACCTTAGAGTTCAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1051	GAAAATCATTTAGGTTGTCTTCAGGCCTGAATGATCACCTTAGAGTTCAT	1100

C  BX323888.8	900	GCAACTGAGAAGCCTTATTCATGCACTGTGTGTGGAAAGAGTTTTGCACA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1101	GCAACTGAGAAGCCTTATTCATGCACTGTGTGTGGAAAGAGTTTTGCACA	1150

C  BX323888.8	850	TCAAGTAAATTTAAGAAGACATCAGAAGATCCACAACAGTGTGAGAGAGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1151	TCAAGTAAATTTAAGAAGACATCAGAAGATCCACAACAGTGTGAGAGAGT	1200

C  BX323888.8	800	ATGTGTGCTCTGAGTGTGAGAAGACCTTTGTTACAGCTGCAAACTTACAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1201	ATGTGTGCTCTGAGTGTGAGAAGACCTTTGTTACAGCTGCAAACTTACAA	1250

C  BX323888.8	750	CAACACCAGATGATTCACAGTGGAGAAAAACGATACAAGTGTTCACACTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1251	CAACACCAGATGATTCACAGTGGAGAAAAACGATACAAGTGTTCACACTG	1300

C  BX323888.8	700	CGACAAGAGATTCAGTTGGTTAGGATGCCAGAAAACACATGAGAGGACTC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1301	CGACAAGAGATTCAGTTGGTTAGGATGCCAGAAAACACATGAGAGGACTC	1350

C  BX323888.8	650	ACACCGGAGAGAAACCATACAAGTGTTCACACTGCGACAAAAGATTCGGT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1351	ACACCGGAGAGAAACCATACAAGTGTTCACACTGCGACAAAAGATTCGGT	1400

C  BX323888.8	600	CGGTTATCAAATATGAAAATACATGAGAGGATTCACACTGGAGAGAAACC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1401	CGGTTATCAAATATGAAAATACATGAGAGGATTCACACTGGAGAGAAACC	1450

C  BX323888.8	550	TTATCCGTGTTCACACTGCGACAAAAGATTCAGTCAGTTAAGAAACCTGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1451	TTATCCGTGTTCACACTGCGACAAAAGATTCAGTCAGTTAAGAAACCTGA	1500

C  BX323888.8	500	TAACACATGAGAGGATTCACACTGGAGAAAAACCTTATCCGTTTTCACAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1501	TAACACATGAGAGGATTCACACTGGAGAAAAACCTTATCCGTTTTCACAC	1550

C  BX323888.8	450	TGCGACAAGAGATTCAGTCAGTTAGTAAGCCAGAAATCACATGAGAGGAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1551	TGCGACAAGAGATTCAGTCAGTTAGTAAGCCAGAAATCACATGAGAGGAC	1600

C  BX323888.8	400	TCACACTGGAGAGAAACCTTATCCGTGTTCACACTGCGACAAGAGATTCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1601	TCACACTGGAGAGAAACCTTATCCGTGTTCACACTGCGACAAGAGATTCA	1650

C  BX323888.8	350	GTAAGTTAAGAAGCCTGAAAACACATGAGAGGATTCACACTGAAGAGAGA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1651	GTAAGTTAAGAAGCCTGAAAACACATGAGAGGATTCACACTGAAGAGAGA	1700

C  BX323888.8	300	CCGTACAGCTGTTCACACTGCGACAAGAAATTCAGTAAGTTAAGAAGCCT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1701	CCGTACAGCTGTTCACACTGCGACAAGAAATTCAGTAAGTTAAGAAGCCT	1750

C  BX323888.8	250	GAAAACACATGAGAGGACTCACACTGGACAGAAACAAGTGAGATTCAGTC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1751	GAAAACACATGAGAGGACTCACACTGGACAGAAACAAGTGAGATTCAGTC	1800

C  BX323888.8	200	AGTCAGAAACATTGAAAAACACACAAGAGTGTCACATCTGAGAGTAACCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1801	AGTCAGAAACATTGAAAAACACACAAGAGTGTCACATCTGAGAGTAACCT	1850

C  BX323888.8	150	TAACATACAGATATGCAAACTTGCAGTATTGATGGGTTGTTCTGAAACAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1851	TAACATACAGATATGCAAACTTGCAGTATTGATGGGTTGTTCTGAAACAA	1900

C  BX323888.8	100	ATCTTTAATGTGACTCCGAATAACGAGTCCTTTCAGATTGATTCTTTCAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1901	ATCTTTAATGTGACTCCGAATAACGAGTCCTTTCAGATTGATTCTTTCAT	1950

C  BX323888.8	50	TGCTGTATGTGCAGATAGGGGAAATAATTATTTTATATTCTATCAGGTTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935284.13	1951	TGCTGTATGTGCAGATAGGGGAAATAATTATTTTATATTCTATCAGGTTT	2000

Overview

Query
BX323888.8 - 178607 bps
Hit
AL935284.13 - 171556 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001969200012000-1120001
296.926106821339014071-116831
390.71027147813890414038114015211
488.2592814884341444901134518421
588.41117919446899370936134522841
690.019861460129203130662151219731
789.599621455109067110521151319731
888.4368211008284083939159717021
986.1363011229086291983165817821
1085.216141162154562155723172518871
1188.135789461243713382-174516961
1285.858010605899460053176818301
1390.3562199433012340051883498381
1495.039581153117855119007-114192153391
1590.466279913301534005133815348101
1692.356999943301234005179968809871
1796.7493010787827879355191947930171
1896.018139671564316609-191947929221
1984.347051592923889397911297621313061
2096.2757367214975115042211495751502441
Short-link