<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL954371.6	124954	GTTGTGAAAGCATTTCCCAAATACCAAAGCAATGAGAATCTCTCTCTTTC	124905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157008	GTTGTGAAAGCATTTCCCAAATACCAAAGCAATGAGAATCTCTCTCTTTC	157057

C  AL954371.6	124904	TCTCTCTTTCCTCAGGATGTTATCAGAGTCCAGCCCTGCTCTGGAAACTC	124855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157058	TCTCTCTTTCCTCAGGATGTTATCAGAGTCCAGCCCTGCTCTGGAAACTC	157107

C  AL954371.6	124854	ATCTTATCTGAGGACTTTCACCTCCACCGGTGCTTCAGCTCGTACAGCTT	124805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157108	ATCTTATCTGAGGACTTTCACCTCCACCGGTGCTTCAGCTCGTACAGCTT	157157

C  AL954371.6	124804	CACCGCACCACATTCCTTCATCCACTTTCAGTCCTTTTACCGTCAGCTCA	124755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157158	CACCGCACCACATTCCTTCATCCACTTTCAGTCCTTTTACCGTCAGCTCA	157207

C  AL954371.6	124754	ATGAAGCAATTATTGCATGCCACAGTATCTATTAAAGAACGATGTGACCT	124705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157208	ATGAAGCAATTATTGCATGCCACAGTATCTATTAAAGAACGATGTGACCT	157257

C  AL954371.6	124704	TCAGTATGAATCAGATGTTTAATATGACAAATAGAAATGGCAGGACTTGA	124655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157258	TCAGTATGAATCAGATGTTTAATATGACAAATAGAAATGGCAGGACTTGA	157307

C  AL954371.6	124654	CGCAGATTTATAAAATGATGCCAGGAATTTCAGCAATGAGAGAGAGAGAG	124605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157308	CGCAGATTTATAAAATGATGCCAGGAATTTCAGCAATGAGAGAGAGAGAG	157357

C  AL954371.6	124604	AGCACATAATGTCCTGTGCTGTGGAGAAATGCATTTTAGTTGCCATCTGA	124555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157358	AGCACATAATGTCCTGTGCTGTGGAGAAATGCATTTTAGTTGCCATCTGA	157407

C  AL954371.6	124554	CAGCAAAATGATTGGCCAGATTAACAACATTGTAACATACAGTATACTTG	124505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157408	CAGCAAAATGATTGGCCAGATTAACAACATTGTAACATACAGTATACTTG	157457

C  AL954371.6	124504	ATACACAAATACACAAAATTGAAATTAAATTAATAAAATAAAAGAAGTAG	124455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157458	ATACACAAATACACAAAATTGAAATTAAATTAATAAAATAAAAGAAGTAG	157507

C  AL954371.6	124454	TAGTTATCACCATATTTCACCAGGTTAATTTACAAACATTAGTAACTGTA	124405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157508	TAGTTATCACCATATTTCACCAGGTTAATTTACAAACATTAGTAACTGTA	157557

C  AL954371.6	124404	AACATTTTGGCAAACTTGTTACAAGTTTTATTTTAAATGTGTATTTAAAT	124355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157558	AACATTTTGGCAAACTTGTTACAAGTTTTATTTTAAATGTGTATTTAAAT	157607

C  AL954371.6	124354	TAGGGATGGGCAAGATCAGCGTATTGTTGTCACATAAATGCATTGATTAA	124305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157608	TAGGGATGGGCAAGATCAGCGTATTGTTGTCACATAAATGCATTGATTAA	157657

C  AL954371.6	124304	TTATCGCTCACTGGCTCTGAATACACAGACATCACACAAACACATACAAA	124255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157658	TTATCGCTCACTGGCTCTGAATACACAGACATCACACAAACACATACAAA	157707

C  AL954371.6	124254	CAGTGGGTCACATGAGGGTTAGGATGTTAAACAGTACTGGCTTGGGTTGG	124205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157708	CAGTGGGTCACATGAGGGTTAGGATGTTAAACAGTACTGGCTTGGGTTGG	157757

C  AL954371.6	124204	GTGGCATCACTCTCTTTTGAATTCATTGCTCAATTTTCAGTCAATCTTTA	124155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157758	GTGGCATCACTCTCTTTTGAATTCATTGCTCAATTTTCAGTCAATCTTTA	157807

C  AL954371.6	124154	TGTTTATTTGTCTATTTAATCTTTATCTTTATTTGTCTTTATTTTAGATT	124105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157808	TGTTTATTTGTCTATTTAATCTTTATCTTTATTTGTCTTTATTTTAGATT	157857

C  AL954371.6	124104	TTTTTTGGCAATCAAGAGTACTTTAGTGACAAAACAAATACTAATAATAT	124055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157858	TTTTTTGGCAATCAAGAGTACTTTAGTGACAAAACAAATACTAATAATAT	157907

C  AL954371.6	124054	ATAAATAAGACACAAAACATTATGCAAAAACCAACACCTTTCCCACAAAA	124005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157908	ATAAATAAGACACAAAACATTATGCAAAAACCAACACCTTTCCCACAAAA	157957

C  AL954371.6	124004	TAAAACTATAAATAACACAAAAAGTAAATAAGTAAAACGCATATATAAAT	123955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	157958	TAAAACTATAAATAACACAAAAAGTAAATAAGTAAAACGCATATATAAAT	158007

C  AL954371.6	123954	GCAATTAATCGTGTTTGATCGCAGAAAAATCCTGCGATTAAAAATGTAAA	123905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158008	GCAATTAATCGTGTTTGATCGCAGAAAAATCCTGCGATTAAAAATGTAAA	158057

C  AL954371.6	123904	CACTGCCCATCAATAATTTAAATATGCAGTATGTAAGTTTGACACCTAGT	123855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158058	CACTGCCCATCAATAATTTAAATATGCAGTATGTAAGTTTGACACCTAGT	158107

C  AL954371.6	123854	GGTTGAACTAGGTATTGCACCCCTGGATCAAAACACACACAAGCTCAGGT	123805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158108	GGTTGAACTAGGTATTGCACCCCTGGATCAAAACACACACAAGCTCAGGT	158157

C  AL954371.6	123804	TGCCAGATTAATCAGCAGGTTACCAGATTAAAAATAAACAGCGTGCCAAA	123755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158158	TGCCAGATTAATCAGCAGGTTACCAGATTAAAAATAAACAGCGTGCCAAA	158207

C  AL954371.6	123754	CTATCAAGCCAAAAGGCTGATTGAAATAGTGTAAATAAAAGCGATTGCAC	123705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158208	CTATCAAGCCAAAAGGCTGATTGAAATAGTGTAAATAAAAGCGATTGCAC	158257

C  AL954371.6	123704	GCGATAAAAGGAATATTTTTCATGTTAAAAGGAGTTTTTGTCCTAACCTA	123655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158258	GCGATAAAAGGAATATTTTTCATGTTAAAAGGAGTTTTTGTCCTAACCTA	158307

C  AL954371.6	123654	CACCTGCAGTTTCTATTTTAGAAAAGGCTTCTATTTCCTGCAGCTGAACA	123605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158308	CACCTGCAGTTTCTATTTTAGAAAAGGCTTCTATTTCCTGCAGCTGAACA	158357

C  AL954371.6	123604	ACAGAAAACTGACAATGATCACCTCAGGTACACTTCATGTGCATTATTCA	123555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158358	ACAGAAAACTGACAATGATCACCTCAGGTACACTTCATGTGCATTATTCA	158407

C  AL954371.6	123554	ATGTTAAATGCTAATAATATGAGTTTGAATGCCATTTCACATGACATTTA	123505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158408	ATGTTAAATGCTAATAATATGAGTTTGAATGCCATTTCACATGACATTTA	158457

C  AL954371.6	123504	TTGTCATACTACTGAAAGCAGCAGGCGATAGTCCTCCTCAGATTTTGAAA	123455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158458	TTGTCATACTACTGAAAGCAGCAGGCGATAGTCCTCCTCAGATTTTGAAA	158507

C  AL954371.6	123454	ATAAACCGTTTGAAATTGAAATTCCAAACTGTGCAAGTCAACACATATTA	123405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158508	ATAAACCGTTTGAAATTGAAATTCCAAACTGTGCAAGTCAACACATATTA	158557

C  AL954371.6	123404	GTGATTCAGCATCTACATTTAATGAAGTTTAAGAGGTTTATTATGTATTA	123355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158558	GTGATTCAGCATCTACATTTAATGAAGTTTAAGAGGTTTATTATGTATTA	158607

C  AL954371.6	123354	ATTTGATTGTAAATCTTACCATTTCGTTGGCAGCAAGTGCACTATTGTGT	123305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158608	ATTTGATTGTAAATCTTACCATTTCGTTGGCAGCAAGTGCACTATTGTGT	158657

C  AL954371.6	123304	GCGTCTGAATGGCTGTATTTATATTTTTATTGTGTTTCGTCAGGTGAAAA	123255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158658	GCGTCTGAATGGCTGTATTTATATTTTTATTGTGTTTCGTCAGGTGAAAA	158707

C  AL954371.6	123254	CAGCCAAACTGATTATCACTGCGTCTCTCATCATATAGTGTGTTGTTAGT	123205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158708	CAGCCAAACTGATTATCACTGCGTCTCTCATCATATAGTGTGTTGTTAGT	158757

C  AL954371.6	123204	ACACGGGGTGACAACGTAATCTGCTCACCTAGTGTTTTCGTTTGTAATAT	123155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158758	ACACGGGGTGACAACGTAATCTGCTCACCTAGTGTTTTCGTTTGTAATAT	158807

C  AL954371.6	123154	TTATATTATTTGCTAATTAATAACCCCCTCATGTGGAACTCTGAATCTGC	123105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158808	TTATATTATTTGCTAATTAATAACCCCCTCATGTGGAACTCTGAATCTGC	158857

C  AL954371.6	123104	ATCTCAATTTGGAGTCTGTTACTGTCCATTTGGAGGTCGCCTTTGGGTCA	123055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158858	ATCTCAATTTGGAGTCTGTTACTGTCCATTTGGAGGTCGCCTTTGGGTCA	158907

C  AL954371.6	123054	CGGACGCACACTTTGAGAGCTTTCATGGCAGCATGTATGAAAGATGCTGT	123005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158908	CGGACGCACACTTTGAGAGCTTTCATGGCAGCATGTATGAAAGATGCTGT	158957

C  AL954371.6	123004	TTTCCAAAGCAACCCAGTGTGCTGAAATATAATTGGCTAAAGTGGAATTC	122955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935180.9	158958	TTTCCAAAGCAACCCAGTGTGCTGAAATATAATTGGCTAAAGTGGAATTC	159007

Overview

Query
AL954371.6 - 124954 bps
Hit
AL935180.9 - 159007 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019362000122955124954-11570081590071
281.161143256755967883114967152951
382.841192786891369190-115054153211
486.522014019124991649116324167311
586.11781476851868664129123292661
6811294773200832484-138652391301
786.41542836890869190139133394041
885.911583036755967861-139187394771
980.281012836890869190-142386426641
1096.38891381162411761-144342444791
1188.54781921162611817-144546447371
1290.0874132107084107215-152790529201
1386.691352376890869144-154197544291
1483.771734283205732484-156681571051
1584.141593779125491630156737571081
1682.998919172947484163128633211
1788.161051736755967731170262704301
1889.65941456891069054-170439705831
1980.371033246755967882-194275946001
2090.411382189124991466-11026891029071
2189.44218322944889480911100931104141
2284.6510322310281510303711100981103381
2388.6185158912539141011235271236841
Short-link