<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX323053.6	92153	ATAGAGGATTTCTGCAATGCGACACAACTTAATATGAATTTTATAGACCA	92104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138402	ATAGAGGATTTCTGCAATGCGACACAACTTAATATGAATTTTATAGACCA	138451

C  BX323053.6	92103	AAACAGACCTTTTTTGGCTTTACTAACAGTAAATTCCATGCTACGCTCCA	92054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138452	AAACAGACCTTTTTTGGCTTTACTAACAGTAAATTCCATGCTACGCTCCA	138501

C  BX323053.6	92053	AGTTGTTACTGTTTTTTTTCTTCCCCAAAAGTCCAGAGACATGCTCTTTC	92004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138502	AGTTGTTACTGTTTTTTTTCTTCCCCAAAAGTCCAGAGACATGCTCTTTC	138551

C  BX323053.6	92003	CTTTTAATAACAAGCAACTTTACATAACATCATGCCGACATGTTTAGTTT	91954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138552	CTTTTAATAACAAGCAACTTTACATAACATCATGCCGACATGTTTAGTTT	138601

C  BX323053.6	91953	AGCCAGAAGCCAAAGCAATAATCTCCACTCCCTCTTGTACATCCATTCAC	91904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138602	AGCCAGAAGCCAAAGCAATAATCTCCACTCCCTCTTGTACATCCATTCAC	138651

C  BX323053.6	91903	CCTGTTATGCTCTACAAGATCAGTGATATTCATACTGCAGCTAAACGACC	91854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138652	CCTGTTATGCTCTACAAGATCAGTGATATTCATACTGCAGCTAAACGACC	138701

C  BX323053.6	91853	ATTTAGTTCATTGATGCAATAACCAAATGCTTATTTTATTTGCTGTCAAA	91804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138702	ATTTAGTTCATTGATGCAATAACCAAATGCTTATTTTATTTGCTGTCAAA	138751

C  BX323053.6	91803	ATTAACACGTAAATGTGATAAATGATACATTTAAATGGTAACCGTTTTTC	91754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138752	ATTAACACGTAAATGTGATAAATGATACATTTAAATGGTAACCGTTTTTC	138801

C  BX323053.6	91753	AATATGACCTGTTAACTCTTTTGTTTATTCTAAAAAAGACAAAATATTGA	91704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138802	AATATGACCTGTTAACTCTTTTGTTTATTCTAAAAAAGACAAAATATTGA	138851

C  BX323053.6	91703	AAGCCAGTGCAAAGGCATTCATGTAAATGCAGTCAGTTGTGTCTTTAGTG	91654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138852	AAGCCAGTGCAAAGGCATTCATGTAAATGCAGTCAGTTGTGTCTTTAGTG	138901

C  BX323053.6	91653	AAAGTAAACAGAAGGGGAAATCTTATGTGTATCGGTATACTGGATCTGTG	91604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138902	AAAGTAAACAGAAGGGGAAATCTTATGTGTATCGGTATACTGGATCTGTG	138951

C  BX323053.6	91603	CACCAAGTGTTGCATTTACAGCAGTCTAATACATTTGCTAATATCTGTGT	91554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	138952	CACCAAGTGTTGCATTTACAGCAGTCTAATACATTTGCTAATATCTGTGT	139001

C  BX323053.6	91553	CATTAATAATAATCAACAAACAAACCACTCAAAGCTATTAAATTAAATTA	91504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139002	CATTAATAATAATCAACAAACAAACCACTCAAAGCTATTAAATTAAATTA	139051

C  BX323053.6	91503	TATAGTTATTGCTTGAGAGGCTGAAAGAAATTCAATTTCTATTCATATGT	91454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139052	TATAGTTATTGCTTGAGAGGCTGAAAGAAATTCAATTTCTATTCATATGT	139101

C  BX323053.6	91453	AACTACATGCATATACATGCATATAACTACATATAACTACCGGTCTTTAC	91404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139102	AACTACATGCATATACATGCATATAACTACATATAACTACCGGTCTTTAC	139151

C  BX323053.6	91403	TGTCAAAAATGACCCCATATTTGTAAATTTAAGTGAAGTTAATCTATTTT	91354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139152	TGTCAAAAATGACCCCATATTTGTAAATTTAAGTGAAGTTAATCTATTTT	139201

C  BX323053.6	91353	AAGATAAATAGGACGCATCTTACAATAGTTAAATCTGTAGGGCATATTTT	91304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139202	AAGATAAATAGGACGCATCTTACAATAGTTAAATCTGTAGGGCATATTTT	139251

C  BX323053.6	91303	AGTTACAATTGTCATTCAAATTAACAGATATATCATTAGAAGTATAGGAT	91254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139252	AGTTACAATTGTCATTCAAATTAACAGATATATCATTAGAAGTATAGGAT	139301

C  BX323053.6	91253	GAGGTTGCTTCCTCTGTCTTACTCCTAGAGATGCTCAATAATGTTCATGT	91204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139302	GAGGTTGCTTCCTCTGTCTTACTCCTAGAGATGCTCAATAATGTTCATGT	139351

C  BX323053.6	91203	CTGGTGATTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACATTGACCTTCTTTGCTTTC	91154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139352	CTGGTGATTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACATTGACCTTCTTTGCTTTC	139401

C  BX323053.6	91153	TGTAACTTTGATGTGGAGGCTGAAGTATAAGAAGGAGCACTATGCTGCTT	91104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139402	TGTAACTTTGATGTGGAGGCTGAAGTATAAGAAGGAGCACTATGCTGCTT	139451

C  BX323053.6	91103	GAGAATTTGCCCTCTCCTGTGGTTTGTAATGTAATGGGCAGCACGAATGC	91054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139452	GAGAATTTGCCCTCTCCTGTGGTTTGTAATGTAATGGGCAGCACGAATGC	139501

C  BX323053.6	91053	CCTGATACCTCAAACTGTTGATGTTGCCATCCACTCCGCTCCCATACTCA	91004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139502	CCTGATACCTCAAACTGTTGATGTTGCCATCCACTCCGCTCCCATACTCA	139551

C  BX323053.6	91003	AAGTAACCCAAAACCATGATTTTTCATTTACCAAACTTGACTGATTTCAG	90954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139552	AAGTAACCCAAAACCATGATTTTTCATTTACCAAACTTGACTGATTTCAG	139601

C  BX323053.6	90953	TGAGAATCTCAGGTCCATGCAGGTTCCAATAGCTCTTCTTCAGTATTTGT	90904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139602	TGAGAATCTCAGGTCCATGCAGGTTCCAATAGCTCTTCTTCAGTATTTGT	139651

C  BX323053.6	90903	GATGACTGGGATGCAGTTCAACAGATGATTCAATGGAAAAATCTACCTTC	90854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139652	GATGACTGGGATGCAGTTCAACAGATGATTCAATGGAAAAATCTACCTTC	139701

C  BX323053.6	90853	TGCCACTCTTCCAAATGACCCTAATTAATTCAAGTTATTATTTGTTGCTT	90804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139702	TGCCACTCTTCCAAATGACCCTAATTAATTCAAGTTATTATTTGTTGCTT	139751

C  BX323053.6	90803	TTACAACTGGGATTTACGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATGTGGAAT	90754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139752	TTACAACTGGGATTTACGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATGTGGAAT	139801

C  BX323053.6	90753	TACAGTATATTGTTTTATTTTTCTTGTACAGTATGACCGCATAATTTGGA	90704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139802	TACAGTATATTGTTTTATTTTTCTTGTACAGTATGACCGCATAATTTGGA	139851

C  BX323053.6	90703	TGCTTTGGGGAAAGGAGGGGGTTTTGCAGATTAAAATGTAAATGTTAAAT	90654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139852	TGCTTTGGGGAAAGGAGGGGGTTTTGCAGATTAAAATGTAAATGTTAAAT	139901

C  BX323053.6	90653	TGTTGTATGTTAAATTTGTGTCCCTTTTTTCACAAGTTTAAGATGAGCTT	90604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139902	TGTTGTATGTTAAATTTGTGTCCCTTTTTTCACAAGTTTAAGATGAGCTT	139951

C  BX323053.6	90603	AGGAGTTTTAGAGTAATACATACTGCATAATGATTCAACTAAATCCATTA	90554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	139952	AGGAGTTTTAGAGTAATACATACTGCATAATGATTCAACTAAATCCATTA	140001

C  BX323053.6	90553	GATCTATGATTAAGTCCATAAAGTGTGAGTAAAGTAGCATTCTTGCTCAA	90504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140002	GATCTATGATTAAGTCCATAAAGTGTGAGTAAAGTAGCATTCTTGCTCAA	140051

C  BX323053.6	90503	TCTATGCAGTTTGGTGATGTTCCCGCAATGTATAATCTGTTTTTCATATT	90454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140052	TCTATGCAGTTTGGTGATGTTCCCGCAATGTATAATCTGTTTTTCATATT	140101

C  BX323053.6	90453	GAAACTGACACCAGCAAACATAATTACACACAGGCTTATTACTCGGTTCT	90404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140102	GAAACTGACACCAGCAAACATAATTACACACAGGCTTATTACTCGGTTCT	140151

C  BX323053.6	90403	CCAGAAGCTGAATGTGATAGCGTGTTAACTTTGAAAGAATAAGAAATGAA	90354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140152	CCAGAAGCTGAATGTGATAGCGTGTTAACTTTGAAAGAATAAGAAATGAA	140201

C  BX323053.6	90353	TCGCCGTTTAGTGCTGTCTGGAAAGTGCAGTATGTAATCTACGACTAGAC	90304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140202	TCGCCGTTTAGTGCTGTCTGGAAAGTGCAGTATGTAATCTACGACTAGAC	140251

C  BX323053.6	90303	ATTTGTGAAAAGAAATTATGATACAAACTGAAGTGCACAAAAAAAACCTC	90254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140252	ATTTGTGAAAAGAAATTATGATACAAACTGAAGTGCACAAAAAAAACCTC	140301

C  BX323053.6	90253	ACTCTTGCTCGCTGCTACAGCCTTGATCTCAGTTGCTACTGATTTGATAC	90204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140302	ACTCTTGCTCGCTGCTACAGCCTTGATCTCAGTTGCTACTGATTTGATAC	140351

C  BX323053.6	90203	TGAGCATCAGTTTCAATAGGAAACCTGACAAAGGCTTGCGGTGTGAATTC	90154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935160.11	140352	TGAGCATCAGTTTCAATAGGAAACCTGACAAAGGCTTGCGGTGTGAATTC	140401

Overview

Query
BX323053.6 - 92153 bps
Hit
AL935160.11 - 140401 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620009015492153-11384021404011
298.8846894419144279-1832484121
3100428644190442751832884131
492.8644984417844275146549466461
592.31441044416044263-146549466521
698.6139725644556516-146554466251
791.6763842476324846151582516651
885.23761801495315132-154304544791
910044904418644275-160017601061
1010043894417744265160018601061
1189.291151962592226117-164396645911
1288.75881496652966677164475646251
1390.691412067962979834-191741919441
1495.2445845645156534-195237953201
1596.6363894929249380-195400954881
1691.47741288320883335-195404955321
1781.63591946859068783195408956031
18953999441764427411004471005461
1994.44511084416844275-11004631005701
2098.653974564505652311004801005531
2198.994999441764427411007391008371
2297.2551074416844274-11007561008621
2394.514191441774426711025561026461
2494.5141914417644266-11025561026461
2582.77134328259222624911093841097081
2679.915822938194047-11119521121851
2798.9446944418244275-11177021177951
2898.924693441774426911177031177951
Short-link