<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL929075.5	1	GAATTCACAGACGGTGTCGCCGAACATGGCTTGGGATATGGGGAAGTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120152	GAATTCACAGACGGTGTCGCCGAACATGGCTTGGGATATGGGGAAGTCAA	120201

AL929075.5	51	GAAAGCGGACTTTGTCGACTTCGCGCATATCAGCCAGGGGTGGAGGCTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120202	GAAAGCGGACTTTGTCGACTTCGCGCATATCAGCCAGGGGTGGAGGCTAA	120251

AL929075.5	101	CCGCGTGGAGCTTGCAAAGGCTAGCCGCGATCTTTACTGCGCAACAGTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120252	CCGCGTGGAGCTTGCAAAGGCTAGCCGCGATCTTTACTGCGCAACAGTCA	120301

AL929075.5	151	TGGCATCGCAATGACCACATGAACTGCCCGCAAGCAGTGCATTAATATGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120302	TGGCATCGCAATGACCACATGAACTGCCCGCAAGCAGTGCATTAATATGC	120351

AL929075.5	201	TGGACCCCCCCAGGCATGCAACGCAGTGCCCGTGCCCATCATCCGAGGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120352	TGGACCCCCCCAGGCATGCAACGCAGTGCCCGTGCCCATCATCCGAGGAC	120401

AL929075.5	251	AGGAAACCACCGCATCCAGAAACGCACAGTCGGAGCGCCGTCCTGAAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120402	AGGAAACCACCGCATCCAGAAACGCACAGTCGGAGCGCCGTCCTGAAAAA	120451

AL929075.5	301	ACTGTGACTGTGTTGCTCTTTCTGTGAAGTTTGCAACTTTATACGCACCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120452	ACTGTGACTGTGTTGCTCTTTCTGTGAAGTTTGCAACTTTATACGCACCG	120501

AL929075.5	351	CTCTGGAGGACCGGACTCAAAGAACGCCAGGCAAGGGAGAAACCCAGCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120502	CTCTGGAGGACCGGACTCAAAGAACGCCAGGCAAGGGAGAAACCCAGCTC	120551

AL929075.5	401	GACCGTCTGCCGCTGCGTGTACACACTCTGGACCGGGAGAATGCTCTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120552	GACCGTCTGCCGCTGCGTGTACACACTCTGGACCGGGAGAATGCTCTTGT	120601

AL929075.5	451	TCGCTCAGAATCGCTGGTCACAGCAGGAGGAACCCTCATCGACTCGATCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120602	TCGCTCAGAATCGCTGGTCACAGCAGGAGGAACCCTCATCGACTCGATCA	120651

AL929075.5	501	GAAAGTCTCTGAAGCGAAAAGGATGGCGTTTGCTCGCTCCAGGTGTGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120652	GAAAGTCTCTGAAGCGAAAAGGATGGCGTTTGCTCGCTCCAGGTGTGATT	120701

AL929075.5	551	ATATGCTGGGATAATTGGCAATGAAGCACACCTGTGCCAGCTTACGCTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120702	ATATGCTGGGATAATTGGCAATGAAGCACACCTGTGCCAGCTTACGCTGC	120751

AL929075.5	601	CAATTCATTGCATTCATTGGCCCGTTCAATACTCTTTCAGACAATAAGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120752	CAATTCATTGCATTCATTGGCCCGTTCAATACTCTTTCAGACAATAAGGC	120801

AL929075.5	651	TTCTGAACCGAATCTTCCCATTTTATCCACTTAATAGCACTGTAGTTCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120802	TTCTGAACCGAATCTTCCCATTTTATCCACTTAATAGCACTGTAGTTCCC	120851

AL929075.5	701	CAACCGAAGGGGAACTGCTTTTTCATTGAAAATTTTGGTACCGCCAGCCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120852	CAACCGAAGGGGAACTGCTTTTTCATTGAAAATTTTGGTACCGCCAGCCC	120901

AL929075.5	751	AGAGTCGAGCACTGCCAAGAACTCCTGAGTAAAGTCCCCAACACTGTCGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120902	AGAGTCGAGCACTGCCAAGAACTCCTGAGTAAAGTCCCCAACACTGTCGT	120951

AL929075.5	801	CGAAAGGGCCAGCCTGCAATATAGGTGTGTTGAGAAAGCGAGCTTTGTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	120952	CGAAAGGGCCAGCCTGCAATATAGGTGTGTTGAGAAAGCGAGCTTTGTAA	121001

AL929075.5	851	GTATCCCTCATATCTGCCAGGTTAAGCCAGAGGTGGCCATCGTCTTCCCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121002	GTATCCCTCATATCTGCCAGGTTAAGCCAGAGGTGGCCATCGTCTTCCCC	121051

AL929075.5	901	AGGGCACAGGTGGCGAATTTGGTGGTCATGAGAGCATAATCGATCGCCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121052	AGGGCACAGGTGGCGAATTTGGTGGTCATGAGAGCATAATCGATCGCCAT	121101

AL929075.5	951	GCAGAGCTCGTGCATTAAGCCCGGGAAAGACCCACGCGTCTCAGCCAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121102	GCAGAGCTCGTGCATTAAGCCCGGGAAAGACCCACGCGTCTCAGCCAACT	121151

AL929075.5	1001	TCTCTGCTTGGTAGCGTTGATAGGTGGTCATAGCATGCAGAGTGAAAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121152	TCTCTGCTTGGTAGCGTTGATAGGTGGTCATAGCATGCAGAGTGAAAGCA	121201

AL929075.5	1051	GCCTGGTCCGCAGCAGTGTAGGCTCTACTCGTGAGACATGCTGCATGCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121202	GCCTGGTCCGCAGCAGTGTAGGCTCTACTCGTGAGACATGCTGCATGCTT	121251

AL929075.5	1101	TGGACGGGAGTTTAGGTGGATCTCTCTAGCTGAAGGTCCCTTGCAGACAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121252	TGGACGGGAGTTTAGGTGGATCTCTCTAGCTGAAGGTCCCTTGCAGACAA	121301

AL929075.5	1151	AGATTGACTGCAAAAGCACGCTCCACCTGGGGAATTGCATCATACCCCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121302	AGATTGACTGCAAAAGCACGCTCCACCTGGGGAATTGCATCATACCCCCT	121351

AL929075.5	1201	AGCTGCTCCACTATCGAGGGTGGTGAGAGAGGGTGCGCACAAGGTCCAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121352	AGCTGCTCCACTATCGAGGGTGGTGAGAGAGGGTGCGCACAAGGTCCAGA	121401

AL929075.5	1251	GAGAAAAAGGTGCCCTCCATGCCTAAGTGAGCTCACTGTGTACCTCAGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121402	GAGAAAAAGGTGCCCTCCATGCCTAAGTGAGCTCACTGTGTACCTCAGGG	121451

AL929075.5	1301	AAGAAGAGGACGGGGGCTTGGAAGGCTTTGCCTTCTTGTTGGCCCCCACG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121452	AAGAAGAGGACGGGGGCTTGGAAGGCTTTGCCTTCTTGTTGGCCCCCACG	121501

AL929075.5	1351	TAACACCAATCTAAGTGGTCCGGCCGCAGAGCTGGGGGAAAAGCCATCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121502	TAACACCAATCTAAGTGGTCCGGCCGCAGAGCTGGGGGAAAAGCCATCTC	121551

AL929075.5	1401	TAGTCCTACATGCTAACATGCTAGCTAACATGTCCGATTCTAAATTCGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121552	TAGTCCTACATGCTAACATGCTAGCTAACATGTCCGATTCTAAATTCGGG	121601

AL929075.5	1451	GCCTCGCTAATAACCCTGGAGGGTGGCAACGGGTAGAGATCCCAATGCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121602	GCCTCGCTAATAACCCTGGAGGGTGGCAACGGGTAGAGATCCCAATGCAG	121651

AL929075.5	1501	AGATGGACATCTGGTCCCCGGTGTCATCTAATGAGATTGCAGCCTTACTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121652	AGATGGACATCTGGTCCCCGGTGTCATCTAATGAGATTGCAGCCTTACTG	121701

AL929075.5	1551	GAGGATGGACGGGCACCCTCACTCGAAGCTGGGACAGAGTACACTTATGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121702	GAGGATGGACGGGCACCCTCACTCGAAGCTGGGACAGAGTACACTTATGA	121751

AL929075.5	1601	GGAGTGAGAGGTCCCAGCGACTTGCGGGGAGCAAGAGGGGTAGCGCATCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121752	GGAGTGAGAGGTCCCAGCGACTTGCGGGGAGCAAGAGGGGTAGCGCATCC	121801

AL929075.5	1651	TAATACTACAGTATGCCACAACCTCAATGAGGGCAAGAACTGTCTGCGAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121802	TAATACTACAGTATGCCACAACCTCAATGAGGGCAAGAACTGTCTGCGAG	121851

AL929075.5	1701	CTATGCCTCAACATGCTGGACTCCCAGACATGTGATGCAATACTCGTGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121852	CTATGCCTCAACATGCTGGACTCCCAGACATGTGATGCAATACTCGTGCC	121901

AL929075.5	1751	TGTCATCCGGGGCTAGGATACCACCGCATCCAGAAACACACAGCCAAATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121902	TGTCATCCGGGGCTAGGATACCACCGCATCCAGAAACACACAGCCAAATC	121951

AL929075.5	1801	TTTTCCAGGACATCTGCTCTTTTAGAGAAAACTGCTCTTTTAAACACCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	121952	TTTTCCAGGACATCTGCTCTTTTAGAGAAAACTGCTCTTTTAAACACCAG	122001

AL929075.5	1851	TGAAATGCCCAGGGGATGGGAAAGGAGCCCAGTTCGATCGCCACTGTCGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	122002	TGAAATGCCCAGGGGATGGGAAAGGAGCCCAGTTCGATCGCCACTGTCGC	122051

AL929075.5	1901	GTCTTCGCCCGCACTGGTGAGGAAACTGGTTTCTTCAGGAAATCGGGATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	122052	GTCTTCGCCCGCACTGGTGAGGAAACTGGTTTCTTCAGGAAATCGGGATA	122101

AL929075.5	1951	CAGATAGAAGCTCTTCAGTCTCAGTGAGAGGAGTGAAGCAAAGAATCTGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935051.8	122102	CAGATAGAAGCTCTTCAGTCTCAGTGAGAGGAGTGAAGCAAAGAATCTGA	122151

Overview

Query
AL929075.5 - 195380 bps
Hit
AL935051.8 - 122151 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199520001200011201521221511
282.86982891122991125871526155461
383.59861985257452771-111839120331
484.7177162164379164540111839119951
585.09861836812668308111856120361
682.7862153180479180631118702188521
790.9160882982829915-122855229421
894.65773184004184076122869229421
991.434871110256110326-125494255631
1088.7852991349213590-128278283751
1189.3645942231122404-128282283751
1288.831101891330013488-128545287321
1394.031091345257552708143078432111
1492.49991322982329954143079432111
159481100194145194244-143081431801
1687.215187164446164532-143126432111
1788.895691110245110335157029571181
1889.8752794189941977-157181572591
1990.5679125180480180604-180139802651
2081.09116296525795287411019661022611
2180.0711532311025611057811019671022921
2283.8984177841838435911021131022921
Short-link