<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935042.6	1	GGCCAACATGAAGAAACCCTGTCTCTACTGAAAATACAAAAGTAGCCAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61180	GGCCAACATGAAGAAACCCTGTCTCTACTGAAAATACAAAAGTAGCCAGG	61229

AL935042.6	51	TGTGGTGGCACATGCTTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61230	TGTGGTGGCACATGCTTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGA	61279

AL935042.6	101	GAATCACTTGAACCCGGGAGACAGAGGTTGCGGTGAGCAGAGATCGCACC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61280	GAATCACTTGAACCCGGGAGACAGAGGTTGCGGTGAGCAGAGATCGCACC	61329

AL935042.6	151	ATTGTACCTAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCTTTCTCAAAAAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61330	ATTGTACCTAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCTTTCTCAAAAAAAAAA	61379

AL935042.6	201	AAAAAGGCGACAATGCTAAATGCTGGCAAGGAAGAAGAGATACTGGATCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61380	AAAAAGGCGACAATGCTAAATGCTGGCAAGGAAGAAGAGATACTGGATCT	61429

AL935042.6	251	CTCATAATTTCTGATGGGAATATAAAATGGTACAGCCACTCTGGAAGATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61430	CTCATAATTTCTGATGGGAATATAAAATGGTACAGCCACTCTGGAAGATG	61479

AL935042.6	301	ATTTGGCAGTTTCTTAAAAACAAAACAAAACCAACAACAACAACAAAAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61480	ATTTGGCAGTTTCTTAAAAACAAAACAAAACCAACAACAACAACAAAAAT	61529

AL935042.6	351	CCAACAACTAAGCATACTACTACCATCCTGCCCAGCAACTGTACTCCTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61530	CCAACAACTAAGCATACTACTACCATCCTGCCCAGCAACTGTACTCCTGG	61579

AL935042.6	401	GTATTTAGCCCCAAGAAATGAAAACTTGCATACACAAATACACAAGCACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61580	GTATTTAGCCCCAAGAAATGAAAACTTGCATACACAAATACACAAGCACA	61629

AL935042.6	451	GACAATGCCTTCACACAAAACCTTGTATGCAAATGTTTGTCTAACTGCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61630	GACAATGCCTTCACACAAAACCTTGTATGCAAATGTTTGTCTAACTGCCT	61679

AL935042.6	501	ACTCATTGTAGCCAAAGATAACCCAGATATCCTTTAACAGGTAAATGGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61680	ACTCATTGTAGCCAAAGATAACCCAGATATCCTTTAACAGGTAAATGGTT	61729

AL935042.6	551	AAACCAACTATTGTACACTTATACCATGAAATAATACTCAGCAATAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61730	AAACCAACTATTGTACACTTATACCATGAAATAATACTCAGCAATAAAAA	61779

AL935042.6	601	AGAATGACTGATACACACAACAACCTGGATGAATCTCCAGAGAGTTATAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61780	AGAATGACTGATACACACAACAACCTGGATGAATCTCCAGAGAGTTATAC	61829

AL935042.6	651	TGAGTGAAAAATGCCAGTCCCAAAAGGTTACATACTGCAGTGAGCTGTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61830	TGAGTGAAAAATGCCAGTCCCAAAAGGTTACATACTGCAGTGAGCTGTGA	61879

AL935042.6	701	TCACGTCACTTCACTCCAGCCTGAGCAACAGAGCAAGACCCCATCTCTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61880	TCACGTCACTTCACTCCAGCCTGAGCAACAGAGCAAGACCCCATCTCTAA	61929

AL935042.6	751	AAATAGATAAAGAAACAAAAAAGATGGATTACAGAGTAAATGTGAAGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61930	AAATAGATAAAGAAACAAAAAAGATGGATTACAGAGTAAATGTGAAGTGT	61979

AL935042.6	801	AAAACTATTAAAATTTTAGAAAAATAGGAGAAAATCTTTGAGATGTAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	61980	AAAACTATTAAAATTTTAGAAAAATAGGAGAAAATCTTTGAGATGTAGGG	62029

AL935042.6	851	CCAGGCAAAGAATTCGTAGGCTTGACATCAAAAGCATAATCCAGGCTGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62030	CCAGGCAAAGAATTCGTAGGCTTGACATCAAAAGCATAATCCAGGCTGGG	62079

AL935042.6	901	CGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62080	CGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGC	62129

AL935042.6	951	AGATCATTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCTGGCCAACATGGTGAAACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62130	AGATCATTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCTGGCCAACATGGTGAAACC	62179

AL935042.6	1001	CGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTAAGCAAGACGGCACATGCTTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62180	CGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTAAGCAAGACGGCACATGCTTG	62229

AL935042.6	1051	TAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGACTCATGAACATCACTCGAACCTTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62230	TAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGACTCATGAACATCACTCGAACCTTGG	62279

AL935042.6	1101	AGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62280	AGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGG	62329

AL935042.6	1151	TGACAGAGTGAGACTCTATCTCAAAAAAAATAAATAAATAAATAAAATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62330	TGACAGAGTGAGACTCTATCTCAAAAAAAATAAATAAATAAATAAAATAA	62379

AL935042.6	1201	ACTTTATTGAAAAGAAAAAAAAAGCACAATCCATTTGTATAACATTTTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62380	ACTTTATTGAAAAGAAAAAAAAAGCACAATCCATTTGTATAACATTTTGT	62429

AL935042.6	1251	ATTAAGAAGCTTGAAATGACAAAAGTACAGAAATAGAGAAAAAATTCATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62430	ATTAAGAAGCTTGAAATGACAAAAGTACAGAAATAGAGAAAAAATTCATA	62479

AL935042.6	1301	GTTGCCAGTGGTTAAGGAAGTGATGGGGGTGGGAAGGAGGTGAACCGACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62480	GTTGCCAGTGGTTAAGGAAGTGATGGGGGTGGGAAGGAGGTGAACCGACC	62529

AL935042.6	1351	ATAAAAGGGCAAGATAAGGGATACTTGGAGTGACAAAAATACTGTCTTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62530	ATAAAAGGGCAAGATAAGGGATACTTGGAGTGACAAAAATACTGTCTTGA	62579

AL935042.6	1401	CTGTAATATTGACATTGACACAAATGTCAATATCCTGATTGCAATACTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62580	CTGTAATATTGACATTGACACAAATGTCAATATCCTGATTGCAATACTGT	62629

AL935042.6	1451	ACTGAAGTGTTATAAGATGTTACCATCAGGGAAACTGGATTAAAGGGTAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62630	ACTGAAGTGTTATAAGATGTTACCATCAGGGAAACTGGATTAAAGGGTAA	62679

AL935042.6	1501	AAGGTTCTGTCTGTATTATTTCTTACAACTGCATGTCACTCTCTAATTAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62680	AAGGTTCTGTCTGTATTATTTCTTACAACTGCATGTCACTCTCTAATTAC	62729

AL935042.6	1551	CTCAAAATAAAAAGTTAAATTTAAAAAACATGTATGAGGATGTGCATAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62730	CTCAAAATAAAAAGTTAAATTTAAAAAACATGTATGAGGATGTGCATAGT	62779

AL935042.6	1601	TTTTCAAAATACATTTAAGAAGTTCATGAGTGGAAAGTTTGAGTGAATAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62780	TTTTCAAAATACATTTAAGAAGTTCATGAGTGGAAAGTTTGAGTGAATAA	62829

AL935042.6	1651	AAATTATATCTGGAATTCTGGTTTGCAAATTAGCCTGGGAAATGTAGCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62830	AAATTATATCTGGAATTCTGGTTTGCAAATTAGCCTGGGAAATGTAGCCT	62879

AL935042.6	1701	GACTCAGTGTGACTCAGTTCTATACCACTGTTCTCAGCTCTGCTGTTGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62880	GACTCAGTGTGACTCAGTTCTATACCACTGTTCTCAGCTCTGCTGTTGCT	62929

AL935042.6	1751	CACTGCTAACGTTGAAGCCAAATATCTCTTGAGTTGCAGGGCAACCAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62930	CACTGCTAACGTTGAAGCCAAATATCTCTTGAGTTGCAGGGCAACCAAGA	62979

AL935042.6	1801	TCCCATGATCCAATGTTGCTCTCACTCACCTTGGCCTTTGAGAGAGAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	62980	TCCCATGATCCAATGTTGCTCTCACTCACCTTGGCCTTTGAGAGAGAACA	63029

AL935042.6	1851	GGAAAGAAGATGGAGAAGAAGGATTTTCCCTTTGCCCCATTTTCCTCTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	63030	GGAAAGAAGATGGAGAAGAAGGATTTTCCCTTTGCCCCATTTTCCTCTTT	63079

AL935042.6	1901	TTGGGCTGAACTGTGTCCCCCTATAAGTTCATAATGTTGAATAAACCCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	63080	TTGGGCTGAACTGTGTCCCCCTATAAGTTCATAATGTTGAATAAACCCAG	63129

AL935042.6	1951	TACCTCAGAACGTGAATTTTTTTTGGAGTTAGAGTCTTTAAAAAGATAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL935043.4	63130	TACCTCAGAACGTGAATTTTTTTTGGAGTTAGAGTCTTTAAAAAGATAAT	63179

Overview

Query
AL935042.6 - 95788 bps
Hit
AL935043.4 - 63179 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link