<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX088601.12	1	ACTAACCTGATGGGACCAAGCCGACCGATTTTCACACCAATGATTTCTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	189875	ACTAACCTGATGGGACCAAGCCGACCGATTTTCACACCAATGATTTCTGG	189924

BX088601.12	51	CCCTTGTAAATGAGAACATGACTTCTATTTCTTGGCTGATGGAGAACTGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	189925	CCCTTGTAAATGAGAACATGACTTCTATTTCTTGGCTGATGGAGAACTGC	189974

BX088601.12	101	CATCGCTTTCCGAGCGAGAGGGAGGGAGGTTGAGGAGCTCGGCCATGCCG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	189975	CATCGCTTTCCGAGCGAGAGGGAGGGAGGTTGAGGAGCTCGGCCATGCCG	190024

BX088601.12	151	TGAGAGCCAGGGAGACACTAACCAAGAGATCAGACCATGGAGACACTCGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190025	TGAGAGCCAGGGAGACACTAACCAAGAGATCAGACCATGGAGACACTCGA	190074

BX088601.12	201	GGATTATCTACAGTATGCTGAAGAAATCCTGAAATCCCCCTCAATCCGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190075	GGATTATCTACAGTATGCTGAAGAAATCCTGAAATCCCCCTCAATCCGCT	190124

BX088601.12	251	TTTGAAACAGCGGAAGCCCAGAATCAAACCGAAACACGGGCGCTAACTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190125	TTTGAAACAGCGGAAGCCCAGAATCAAACCGAAACACGGGCGCTAACTAG	190174

BX088601.12	301	CTGCGCGGCGTGTGTGCGTAAAGGTTGCATTAGGAACGATAACGAGGTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190175	CTGCGCGGCGTGTGTGCGTAAAGGTTGCATTAGGAACGATAACGAGGTGT	190224

BX088601.12	351	TGTGTGAAAGTTTAGTCAGAGGTGTTAGCGCGAGGACATTAACAACCCGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190225	TGTGTGAAAGTTTAGTCAGAGGTGTTAGCGCGAGGACATTAACAACCCGT	190274

BX088601.12	401	AGAGAGAGAGATTCACACCAAAAATCAGTAGCGTTTGCTGTAATACTCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190275	AGAGAGAGAGATTCACACCAAAAATCAGTAGCGTTTGCTGTAATACTCCA	190324

BX088601.12	451	CAGAAGAACCACAAAAGAGTTGCTTTAGGTTGCAAAAGAGGTTTTATTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190325	CAGAAGAACCACAAAAGAGTTGCTTTAGGTTGCAAAAGAGGTTTTATTCA	190374

BX088601.12	501	AAAGTATCAGGGTGTAAGACTTTTATTAGGCATACAAATCTGAGAGAGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190375	AAAGTATCAGGGTGTAAGACTTTTATTAGGCATACAAATCTGAGAGAGCC	190424

BX088601.12	551	ACGTTGAAAGCGGCCACCGAAAGCAAGTATTCATACGAGAATTGATTGCG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190425	ACGTTGAAAGCGGCCACCGAAAGCAAGTATTCATACGAGAATTGATTGCG	190474

BX088601.12	601	TGAGACTCCAGTGAATTATCTTTTGTAGGCATTGAAGTGATGCGTACGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190475	TGAGACTCCAGTGAATTATCTTTTGTAGGCATTGAAGTGATGCGTACGCA	190524

BX088601.12	651	AGAAGCACTCTCAGTAATATATTTTATTAATGAAAAACATTTGCATCTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190525	AGAAGCACTCTCAGTAATATATTTTATTAATGAAAAACATTTGCATCTCA	190574

BX088601.12	701	TTTCACCAGATCATGGCTTATTAGCTGTATGGCTCTCCCCCGAATGAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190575	TTTCACCAGATCATGGCTTATTAGCTGTATGGCTCTCCCCCGAATGAAAA	190624

BX088601.12	751	TGCATATTCATTATTACCTCCTCATTAATATTGATAAAGGCACACAGTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190625	TGCATATTCATTATTACCTCCTCATTAATATTGATAAAGGCACACAGTAC	190674

BX088601.12	801	ATTTCACTTTCATGTTCAGCAATGATAGTAAGTGCACAATAGATGGAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190675	ATTTCACTTTCATGTTCAGCAATGATAGTAAGTGCACAATAGATGGAAAA	190724

BX088601.12	851	TGACTTGGATATGGCAATACACTTTGAATATTACATCTGCAATACACCGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190725	TGACTTGGATATGGCAATACACTTTGAATATTACATCTGCAATACACCGG	190774

BX088601.12	901	CAGAAATATATTTACATTACAGTATCTGTGTTGGGATTGGACACAGTGTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190775	CAGAAATATATTTACATTACAGTATCTGTGTTGGGATTGGACACAGTGTC	190824

BX088601.12	951	AGATATTGATTTGTATTCCCCCCCCCACCCCCCCCCCACCCCCCCCCTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190825	AGATATTGATTTGTATTCCCCCCCCCACCCCCCCCCCACCCCCCCCCTGC	190874

BX088601.12	1001	GCGCTGAATTTTATTAATGGCAAATCAATGGAAAGAGGTTACAGCATCGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190875	GCGCTGAATTTTATTAATGGCAAATCAATGGAAAGAGGTTACAGCATCGC	190924

BX088601.12	1051	ACACAGTACAACTCAATTTACAGAGCAAACACAATCCGGATCACATAGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190925	ACACAGTACAACTCAATTTACAGAGCAAACACAATCCGGATCACATAGCA	190974

BX088601.12	1101	AACACCAAAATATTGGATCTCAAAGTGTTTCTTTGAGCATTTTCAGTCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	190975	AACACCAAAATATTGGATCTCAAAGTGTTTCTTTGAGCATTTTCAGTCTT	191024

BX088601.12	1151	TGGATGAAAGAAAAATTAAATAAAACAATTGATTTCCTCCGCAAAATTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191025	TGGATGAAAGAAAAATTAAATAAAACAATTGATTTCCTCCGCAAAATTGT	191074

BX088601.12	1201	TAACATCATTAAATATGAGTGTGCACTTGGCTCCGAGTAGAACTAAGCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191075	TAACATCATTAAATATGAGTGTGCACTTGGCTCCGAGTAGAACTAAGCAC	191124

BX088601.12	1251	AGTTTAAGCGAATTATTTCCAAAGACTTAATCTATGCCTTTAAGCCCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191125	AGTTTAAGCGAATTATTTCCAAAGACTTAATCTATGCCTTTAAGCCCAGC	191174

BX088601.12	1301	TGCCATTTTTTCCTCCCCATTTCAAATTAAAACATATTGCATTGAAACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191175	TGCCATTTTTTCCTCCCCATTTCAAATTAAAACATATTGCATTGAAACAA	191224

BX088601.12	1351	ATCTAGTTAAAAGCGTATTACGATCACAAAAAAAATAAAGCCCTGGCTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191225	ATCTAGTTAAAAGCGTATTACGATCACAAAAAAAATAAAGCCCTGGCTAA	191274

BX088601.12	1401	ATCCGTTCCGTTTTCTGACAAACTTATTATTGTTGCCTCTCAATGCAGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191275	ATCCGTTCCGTTTTCTGACAAACTTATTATTGTTGCCTCTCAATGCAGAA	191324

BX088601.12	1451	GGATAGACCGAGAACAATTTGCACAGATTCAGCACTGTTGTCCTCGGCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191325	GGATAGACCGAGAACAATTTGCACAGATTCAGCACTGTTGTCCTCGGCAG	191374

BX088601.12	1501	CACGCCGTAGGAGTTTAGGCTTGCATGGCACCTGGATAAGGGGGCTTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191375	CACGCCGTAGGAGTTTAGGCTTGCATGGCACCTGGATAAGGGGGCTTTTT	191424

BX088601.12	1551	GTCATGCTTGTGTAAGAACGTGATACATAACTCTTTTATCGGCAGCGCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191425	GTCATGCTTGTGTAAGAACGTGATACATAACTCTTTTATCGGCAGCGCCT	191474

BX088601.12	1601	GCCTGCTAAGCTTATCCCGGCTTTAAGGCTGCTGCACAAGTTGTTCTAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191475	GCCTGCTAAGCTTATCCCGGCTTTAAGGCTGCTGCACAAGTTGTTCTAAT	191524

BX088601.12	1651	GAGGCTCCCCGGGCCGGAAGGATCCGTCGGACGAAGACGTGCCCAGCATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191525	GAGGCTCCCCGGGCCGGAAGGATCCGTCGGACGAAGACGTGCCCAGCATC	191574

BX088601.12	1701	CCAAATACACACACACACATGCGATCACATTCAGACAAGGGTAGGGGTCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191575	CCAAATACACACACACACATGCGATCACATTCAGACAAGGGTAGGGGTCC	191624

BX088601.12	1751	TGTCTTAACCCTGGCCTCCTACTTATACGTCACACTGAGTAGATGTGGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191625	TGTCTTAACCCTGGCCTCCTACTTATACGTCACACTGAGTAGATGTGGGC	191674

BX088601.12	1801	CGATGCTTCAGCTCTGCAATGGTATTCTCCTTTCCTTAATGGGGGGGCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191675	CGATGCTTCAGCTCTGCAATGGTATTCTCCTTTCCTTAATGGGGGGGCTG	191724

BX088601.12	1851	TATGTTATTTTGCTCGCTTTTTCTCTGTGTGCGTCTTACTCCTCTGAAGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191725	TATGTTATTTTGCTCGCTTTTTCTCTGTGTGCGTCTTACTCCTCTGAAGT	191774

BX088601.12	1901	GTCATTAACCTTGAGGCGCGATGCACAGTATGCATACCGAATTCATCCTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191775	GTCATTAACCTTGAGGCGCGATGCACAGTATGCATACCGAATTCATCCTT	191824

BX088601.12	1951	CCCTGAGACAGAGAGGCTCGTAAACCTGATTACGATAAACAAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929596.11	191825	CCCTGAGACAGAGAGGCTCGTAAACCTGATTACGATAAACAAACAAGCTT	191874

Overview

Query
BX088601.12 - 33467 bps
Hit
AL929596.11 - 191874 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198620001200011898751918741
289.612643851695817342-1482052041
384.0614736231833544-1778281511
41001061422813028271133756338971
581.4411737431773550144729450891
692.09851392813328271145147452851
789.36501412514325283-148953490931
889.21491392515025288148953490911
997.37571142512725240148980490931
1096.43881422813028271160813609521
1195.78871422813028271161028611691
121001061432813028272161249613911
1395.15841422813028271161410615531
141001071432812928271161587617291
1595.07791412813128271161786619271
1698.561001392813128269161976621141
1788.012884572148221938-11066511071091
1888.71161247216922193811252031254501
1986.16280503208972139911458671463791
2094.644756167041675911503651504201
2189.33891493177332511634481635971
Short-link