<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX927080.12	2000	GAATTCACCCAGGAATTCAAGGCGGTGAAAGAGCAGTCGGATGCGATGGG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1	GAATTCACCCAGGAATTCAAGGCGGTGAAAGAGCAGTCGGATGCGATGGG	50

C  BX927080.12	1950	CAATGTCATCTATCGGCGTGGCCGTAAGCCCGCTCCGCCCGCCGAGCCAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	51	CAATGTCATCTATCGGCGTGGCCGTAAGCCCGCTCCGCCCGCCGAGCCAT	100

C  BX927080.12	1900	CCACCTCCGCTGTTCCTCGCCGAGGGCGCCCGCCAACGAGTGCTGCCCCG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	101	CCACCTCCGCTGTTCCTCGCCGAGGGCGCCCGCCAACGAGTGCTGCCCCG	150

C  BX927080.12	1850	CCCCCGCCTGCGCCTCCGGCCAAGCGGGCGCGGCGTTCACCTCGAAAGCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	151	CCCCCGCCTGCGCCTCCGGCCAAGCGGGCGCGGCGTTCACCTCGAAAGCA	200

C  BX927080.12	1800	GGCAGCCCCTCCTGCCCAGGGCGCCGTTAAGTCCGGTAAACGGACCGCGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	201	GGCAGCCCCTCCTGCCCAGGGCGCCGTTAAGTCCGGTAAACGGACCGCGA	250

C  BX927080.12	1750	AGCGTCCCTGAGACAGGCCATCCGGAGAAGAGGAAACTTGCTCTTTCCCC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	251	AGCGTCCCTGAGACAGGCCATCCGGAGAAGAGGAAACTTGCTCTTTCCCC	300

C  BX927080.12	1700	GCTGGAGGGCGGGGCCCCGATAACAACGGTACTTTTCAGTGCCACCAAAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	301	GCTGGAGGGCGGGGCCCCGATAACAACGGTACTTTTCAGTGCCACCAAAA	350

C  BX927080.12	1650	CATCAGTAAAAGAGCACTTTTTCCCTTCCCCGGATGTGACTGCACGAGTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	351	CATCAGTAAAAGAGCACTTTTTCCCTTCCCCGGATGTGACTGCACGAGTT	400

C  BX927080.12	1600	CTGCCAGTCCGGGACGCGCTGCCTTCCGGCTCGCAGACTCTACGTGCTTC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	401	CTGCCAGTCCGGGACGCGCTGCCTTCCGGCTCGCAGACTCTACGTGCTTC	450

C  BX927080.12	1550	GCCAGTGGCTCACGAGCGCTGGGGGGACGGTCTCCCTTCCCTCAGCCCTC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	451	GCCAGTGGCTCACGAGCGCTGGGGGGACGGTCTCCCTTCCCTCAGCCCTC	500

C  BX927080.12	1500	CAGCCCCCTCTCCGGAGTCAGGGTGTGGAGCCAGAGTGAATCGCTCTCCT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	501	CAGCCCCCTCTCCGGAGTCAGGGTGTGGAGCCAGAGTGAATCGCTCTCCT	550

C  BX927080.12	1450	CCAGCTCTTCCGTGGGACCCTCGTGCTTCCCGGATCAGCACACCCACTCC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	551	CCAGCTCTTCCGTGGGACCCTCGTGCTTCCCGGATCAGCACACCCACTCC	600

C  BX927080.12	1400	GCGCTGCCCCACCGCTGGTACGTCAGCGATTGTAGCGATGACTCCATTAG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	601	GCGCTGCCCCACCGCTGGTACGTCAGCGATTGTAGCGATGACTCCATTAG	650

C  BX927080.12	1350	CGAGGGCTCTGCCTGCCTGGTTAGCGCGGGCCAGCCCCTCGCGGTGGCTC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	651	CGAGGGCTCTGCCTGCCTGGTTAGCGCGGGCCAGCCCCTCGCGGTGGCTC	700

C  BX927080.12	1300	ATACGCACAATCAGACTCGGTTACGCGATTCAGTTCGCGAAACAGCCCCC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	701	ATACGCACAATCAGACTCGGTTACGCGATTCAGTTCGCGAAACAGCCCCC	750

C  BX927080.12	1250	CAAGTTTACGGGCGTGTATTTCTCCAGGGTCAACCCCCTGTCCGCCCCTG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	751	CAAGTTTACGGGCGTGTATTTCTCCAGGGTCAACCCCCTGTCCGCCCCTG	800

C  BX927080.12	1200	TCTTGCGAGAGGAGATTGCTGCCCTCCTGGCGAAGGGTGCAATCGAGCCG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	801	TCTTGCGAGAGGAGATTGCTGCCCTCCTGGCGAAGGGTGCAATCGAGCCG	850

C  BX927080.12	1150	GTTCCTCCAGCCGAGATGGAGAGTGGGTTTTACAGCCCATACTTCATCGT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	851	GTTCCTCCAGCCGAGATGGAGAGTGGGTTTTACAGCCCATACTTCATCGT	900

C  BX927080.12	1100	ACCCAAAAAGAGCGGTGGGTCACGGCCAATCCTAGATCTGCGCGTTTTGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	901	ACCCAAAAAGAGCGGTGGGTCACGGCCAATCCTAGATCTGCGCGTTTTGA	950

C  BX927080.12	1050	ACCGCTGTCTGCACAGACTGCCGTTCAGAATGCTCACGCAGAGGCGCATT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	951	ACCGCTGTCTGCACAGACTGCCGTTCAGAATGCTCACGCAGAGGCGCATT	1000

C  BX927080.12	1000	CTCCAATGCGTTCGTCCTCGGGATTGGTTTGCAGCCATAGACCTGAAGGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1001	CTCCAATGCGTTCGTCCTCGGGATTGGTTTGCAGCCATAGACCTGAAGGA	1050

C  BX927080.12	950	CGCGTATTTCCATGTCTCCATTCTTCCACGCCACCGCCAATTTCTGCGGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1051	CGCGTATTTCCATGTCTCCATTCTTCCACGCCACCGCCAATTTCTGCGGT	1100

C  BX927080.12	900	TTGCGTTCGAGGGTCGAGCGTGGCAGTACAAGGTCCTCCCCTTCGGGCTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1101	TTGCGTTCGAGGGTCGAGCGTGGCAGTACAAGGTCCTCCCCTTCGGGCTC	1150

C  BX927080.12	850	TCTCTGTCTCCGCGGGTCTTCACCAAACTCGCGGAGGGTGCCCTAGCGCC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1151	TCTCTGTCTCCGCGGGTCTTCACCAAACTCGCGGAGGGTGCCCTAGCGCC	1200

C  BX927080.12	800	CCTTCGGCTCGCGGGCATTCGCATACTCAATTATCTCGACGACTGGCTGA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1201	CCTTCGGCTCGCGGGCATTCGCATACTCAATTATCTCGACGACTGGCTGA	1250

C  BX927080.12	750	TTTTAGCCCACTCGCGGGAGCAATTGATTATGCACAGGGACAAGGTGCTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1251	TTTTAGCCCACTCGCGGGAGCAATTGATTATGCACAGGGACAAGGTGCTT	1300

C  BX927080.12	700	CGGCATCTCCGCCTACTGGGGCTTCAGGTCAACCGAGAAAAGAGCAAACT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1301	CGGCATCTCCGCCTACTGGGGCTTCAGGTCAACCGAGAAAAGAGCAAACT	1350

C  BX927080.12	650	CGCCCCCGTGCAGAGGATTTCTTTTCTCGGGATGGAGCTGGACTCGATCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1351	CGCCCCCGTGCAGAGGATTTCTTTTCTCGGGATGGAGCTGGACTCGATCA	1400

C  BX927080.12	600	CCATGGTAGCGCACCTCTCCGAGGAACGCGCTCGCCTGCTCTCCTGGGGC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1401	CCATGGTAGCGCACCTCTCCGAGGAACGCGCTCGCCTGCTCTCCTGGGGC	1450

C  BX927080.12	550	ATATGGCATCCGCAGCCGCCGTCACGCCGCTCGGGTTGCTCCATATGAGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1451	ATATGGCATCCGCAGCCGCCGTCACGCCGCTCGGGTTGCTCCATATGAGA	1500

C  BX927080.12	500	CCACTTCAGCACTGGCTTCACGATCGGGTCCCCAGACGCGCATGGCACGC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1501	CCACTTCAGCACTGGCTTCACGATCGGGTCCCCAGACGCGCATGGCACGC	1550

C  BX927080.12	450	GGGCACACACCGGGTCTCGGTTACTGCGCTGTGTCGCCGCGCCCTCAGCC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1551	GGGCACACACCGGGTCTCGGTTACTGCGCTGTGTCGCCGCGCCCTCAGCC	1600

C  BX927080.12	400	CTTGGAACGACCCCTCGTTCCTACAGGCCGGTGTGCCTCTAGGACAGGCG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1601	CTTGGAACGACCCCTCGTTCCTACAGGCCGGTGTGCCTCTAGGACAGGCG	1650

C  BX927080.12	350	TCCAGCCATGTTGTTGTTTCAACAGACGCTTCCAACACGGGTTGGGGGGC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1651	TCCAGCCATGTTGTTGTTTCAACAGACGCTTCCAACACGGGTTGGGGGGC	1700

C  BX927080.12	300	TGTGTGTCGCGGGCATGCGGCTGCGGGCCTCTGGAAGGGTGCCCAGCTGC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1701	TGTGTGTCGCGGGCATGCGGCTGCGGGCCTCTGGAAGGGTGCCCAGCTGC	1750

C  BX927080.12	250	ATTGGCATATCAATCGCCTAGAGCTGTTGGCAGTGTTCCTCGCTCTCCAC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1751	ATTGGCATATCAATCGCCTAGAGCTGTTGGCAGTGTTCCTCGCTCTCCAC	1800

C  BX927080.12	200	CGCTTTTTACCGGTGCTGGAGCGGCAACACGTGCTGGTCAGGACGGACAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1801	CGCTTTTTACCGGTGCTGGAGCGGCAACACGTGCTGGTCAGGACGGACAG	1850

C  BX927080.12	150	TATGGCGGCGGCGGCGTATATCAACCGCATGGGGGGTATGCGCTCTCGCC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1851	TATGGCGGCGGCGGCGTATATCAACCGCATGGGGGGTATGCGCTCTCGCC	1900

C  BX927080.12	100	GCATGTCTCAGCTCGCCCGCCGTCTGCTCCTCTGGAGTCACCCGCGGCTG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1901	GCATGTCTCAGCTCGCCCGCCGTCTGCTCCTCTGGAGTCACCCGCGGCTG	1950

C  BX927080.12	50	AAATCGCTGCGCGCCATTCACGTCCCAGGCACGCTCAATCGTGCAGCCGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929582.10	1951	AAATCGCTGCGCGCCATTCACGTCCCAGGCACGCTCAATCGTGCAGCCGA	2000

Overview

Query
BX927080.12 - 86670 bps
Hit
AL929582.10 - 175577 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001951200012000-1120001
297.47181199340736051427444711
389.1618628830733360-1452548101
485.8242980421322935-1481055991
593.58150187366038461746876541
684.812134442032620769-115042154821
782.081333201403814357147635479411
885.64991877363073816-153537537311
988.37791311403714167-154182543101
1092.11851144084240955154190543031
1185.321001927363073821-165118653011
1285.95941815721057390165247654311
1380.061042931403714329-193078933581
1488.2396167133111347711019221020911
1582.7181216195311974611169201171331
1681.271253221403714358-11345881349021
1776.375314338263413911345971349041
1887.14971707343073599-11347421349121
1989.3167296274812777611617841620821
2088.36157273274802775211658021660761
Short-link