<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935156.4	1	TGAGTGGTGGTCACCCAGAGCTCCTCCATTTCTCTGGACATTTCCCTGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179112	TGAGTGGTGGTCACCCAGAGCTCCTCCATTTCTCTGGACATTTCCCTGAA	179161

AL935156.4	51	GACATCAGACTAGGAATGACTAATCAATGTGATTTAATTTTGAAGTATAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179162	GACATCAGACTAGGAATGACTAATCAATGTGATTTAATTTTGAAGTATAT	179211

AL935156.4	101	TTAAGCTCTGTAATTCTATTCTTAGATCTCATATTTTTTTCTCATGTCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179212	TTAAGCTCTGTAATTCTATTCTTAGATCTCATATTTTTTTCTCATGTCAT	179261

AL935156.4	151	TCTTGTATTTTATTTCTTTTAGCTTTGGGATTTTATCTGTCTTTTGGATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179262	TCTTGTATTTTATTTCTTTTAGCTTTGGGATTTTATCTGTCTTTTGGATC	179311

AL935156.4	201	TTATACTTCAAGAAATGTTTCATCACTATTTTACTACATGGGGATTTACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179312	TTATACTTCAAGAAATGTTTCATCACTATTTTACTACATGGGGATTTACT	179361

AL935156.4	251	TAATCACAAATGTTTAAAGCCACTTTATTAAAGTGCCAGACCCATGAGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179362	TAATCACAAATGTTTAAAGCCACTTTATTAAAGTGCCAGACCCATGAGTT	179411

AL935156.4	301	GAGTAAATTCCTCTCCTCATGGGGTCCCAAGATAAAGCAGGAATCCTTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179412	GAGTAAATTCCTCTCCTCATGGGGTCCCAAGATAAAGCAGGAATCCTTGG	179461

AL935156.4	351	AATGTTAGAAAATGACATTCTTTACTTACCACAGGCCAGAAACCCTGTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179462	AATGTTAGAAAATGACATTCTTTACTTACCACAGGCCAGAAACCCTGTAT	179511

AL935156.4	401	AGGGACTGTGTAGGCAAGGTAGAAGGTCAGTTCCCCAAGGGGTTTTTATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179512	AGGGACTGTGTAGGCAAGGTAGAAGGTCAGTTCCCCAAGGGGTTTTTATT	179561

AL935156.4	451	GGCTCTATAAGTCAAGTTTCATTCCTTAAAGGAAAACACACCATTCCAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179562	GGCTCTATAAGTCAAGTTTCATTCCTTAAAGGAAAACACACCATTCCAGT	179611

AL935156.4	501	CAAAGCCTTGGTAAAATAACCAATTTCTCCAACTGTGTCCGGCTACAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179612	CAAAGCCTTGGTAAAATAACCAATTTCTCCAACTGTGTCCGGCTACAAAA	179661

AL935156.4	551	AAAAAAAAACAGATTCTTATTGCACTTATGCAAATAAATATATTGCCATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179662	AAAAAAAAACAGATTCTTATTGCACTTATGCAAATAAATATATTGCCATC	179711

AL935156.4	601	AGTTAAGAATACTCACAAATAGTCTCCAAATTCTGGAGAAATCAGGTAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179712	AGTTAAGAATACTCACAAATAGTCTCCAAATTCTGGAGAAATCAGGTAGA	179761

AL935156.4	651	GAGAAACAAATATGGTCCATTTTTTTTTTTCCACAGAAGTATACTTTACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179762	GAGAAACAAATATGGTCCATTTTTTTTTTTCCACAGAAGTATACTTTACT	179811

AL935156.4	701	CAATTGCTAAAGGCTGTAAATAGCTCAAAGTAAAAGTTTTCTTAACTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179812	CAATTGCTAAAGGCTGTAAATAGCTCAAAGTAAAAGTTTTCTTAACTCTG	179861

AL935156.4	751	GAAAACAAAACAAAGGGTTAGCAACGTTTTAAGCAAAGTCAAAAAGATTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179862	GAAAACAAAACAAAGGGTTAGCAACGTTTTAAGCAAAGTCAAAAAGATTA	179911

AL935156.4	801	GTTTATTCTTTTAGTTTAGTTTATGCAGTTAACTCCTGTTCTGTTTGATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179912	GTTTATTCTTTTAGTTTAGTTTATGCAGTTAACTCCTGTTCTGTTTGATA	179961

AL935156.4	851	TTCATGAACATTCCTGTTCTTCACGAGAGTTGCAAAAGTTGTTTCCTCTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	179962	TTCATGAACATTCCTGTTCTTCACGAGAGTTGCAAAAGTTGTTTCCTCTA	180011

AL935156.4	901	TTCTAATGTCACAATTTCCAAAGTTATCAGAAACCTGCATTTAAGAACAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180012	TTCTAATGTCACAATTTCCAAAGTTATCAGAAACCTGCATTTAAGAACAT	180061

AL935156.4	951	CCGTTAGAGTTGTATAGCTGACTATAAACCACCTTTTGAAGAGGATTAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180062	CCGTTAGAGTTGTATAGCTGACTATAAACCACCTTTTGAAGAGGATTAAA	180111

AL935156.4	1001	ACAAGACAATTGTCTGTGTATGACAAAACTCGTTACCACAGCCACTGGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180112	ACAAGACAATTGTCTGTGTATGACAAAACTCGTTACCACAGCCACTGGCA	180161

AL935156.4	1051	AAAACGTGATTGACAAAGAAATTTTGGTAATGTATAAAATAATTATTCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180162	AAAACGTGATTGACAAAGAAATTTTGGTAATGTATAAAATAATTATTCTT	180211

AL935156.4	1101	GTTCCACTTTATACAAATAATCAGGCCAAGTGCAATAAAGTAAATCAGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180212	GTTCCACTTTATACAAATAATCAGGCCAAGTGCAATAAAGTAAATCAGTC	180261

AL935156.4	1151	TTATCATAATTTGTCTTCAGTAAAAATGAGAAACTGAAGTGAGAAAAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180262	TTATCATAATTTGTCTTCAGTAAAAATGAGAAACTGAAGTGAGAAAAATT	180311

AL935156.4	1201	ATGTTTCAAGAAGTATGGTACACTTGTTATTAAATTCTAGTCTCATGAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180312	ATGTTTCAAGAAGTATGGTACACTTGTTATTAAATTCTAGTCTCATGAGT	180361

AL935156.4	1251	TGTTTTTAAGTTTGTTTCTACAATTTAGGCTAAACCTGCTTATTCCTGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180362	TGTTTTTAAGTTTGTTTCTACAATTTAGGCTAAACCTGCTTATTCCTGTG	180411

AL935156.4	1301	AACCAACCAGTGATCTTAGACTGTTACTCAGAAGATACAAGAGGTTTGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180412	AACCAACCAGTGATCTTAGACTGTTACTCAGAAGATACAAGAGGTTTGGG	180461

AL935156.4	1351	TAATGTAAAAATCTGGACCAATATTCTAATCATGGGCACATATTGGAATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180462	TAATGTAAAAATCTGGACCAATATTCTAATCATGGGCACATATTGGAATC	180511

AL935156.4	1401	ATCTGGCAACCCTGTATCAGCTTGGTTTTAACAGTTGCTCAGTTCATGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180512	ATCTGGCAACCCTGTATCAGCTTGGTTTTAACAGTTGCTCAGTTCATGGG	180561

AL935156.4	1451	AAGCCTTTAAATTTAGTTTACCTGGAATAATTTTACTTATTTTGCTTTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180562	AAGCCTTTAAATTTAGTTTACCTGGAATAATTTTACTTATTTTGCTTTGC	180611

AL935156.4	1501	TGCTGTGGAATACATTGCATTTGTACTCTTTGCATACGGATGCAGAATAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180612	TGCTGTGGAATACATTGCATTTGTACTCTTTGCATACGGATGCAGAATAT	180661

AL935156.4	1551	GCTTAGTGAATGTTTTCTTAAATGGAACACTTATCAATCTTTCAGATAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180662	GCTTAGTGAATGTTTTCTTAAATGGAACACTTATCAATCTTTCAGATAGC	180711

AL935156.4	1601	ACCTCTTGTTGAAACTCAGAGTTATGAATGGCTCTCATCATACCAATGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180712	ACCTCTTGTTGAAACTCAGAGTTATGAATGGCTCTCATCATACCAATGCT	180761

AL935156.4	1651	TTTTGACGAGCTCCTCTCTACCCCAAATACGAGAGACTCTAATTGTTAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180762	TTTTGACGAGCTCCTCTCTACCCCAAATACGAGAGACTCTAATTGTTAGG	180811

AL935156.4	1701	CAGGAATATCATTGCTCCTCTTAAGCCTGAAGAAGCTACAGAAGGAGATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180812	CAGGAATATCATTGCTCCTCTTAAGCCTGAAGAAGCTACAGAAGGAGATG	180861

AL935156.4	1751	GATCTTTGTCCCTCTCCAACCCTTAGGATTAAGGGTTCTCTTGTAAAGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180862	GATCTTTGTCCCTCTCCAACCCTTAGGATTAAGGGTTCTCTTGTAAAGGG	180911

AL935156.4	1801	GAGGGAGGAAATGTCAGAGGCATGTGAGCCAGAGCAGCTCCATCTTGAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180912	GAGGGAGGAAATGTCAGAGGCATGTGAGCCAGAGCAGCTCCATCTTGAAT	180961

AL935156.4	1851	AGCAGCTGGGTAAAATGAGGTTGAAACCTACTGGGCTGCATTCCCAGATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	180962	AGCAGCTGGGTAAAATGAGGTTGAAACCTACTGGGCTGCATTCCCAGATG	181011

AL935156.4	1901	GTTAAGGCATTCTAAGTCACAGGATGAGACAGAAAGTCAGTACAAGATAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	181012	GTTAAGGCATTCTAAGTCACAGGATGAGACAGAAAGTCAGTACAAGATAC	181061

AL935156.4	1951	AGGTCATAAAGACCTTGCTGATAAAACAGATTACTCTAAAGAAGATGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929561.5	181062	AGGTCATAAAGACCTTGCTGATAAAACAGATTACTCTAAAGAAGATGGCC	181111

Overview

Query
AL935156.4 - 95360 bps
Hit
AL929561.5 - 181111 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link