<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT027575.9	2000	GAATTCTGCTGCCCACAATAAACCTTCCCTAATTCGTGGACTTTTGACAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1	GAATTCTGCTGCCCACAATAAACCTTCCCTAATTCGTGGACTTTTGACAT	50

C  CT027575.9	1950	CACTCCTTCCACATCTATACAATGAGACGCAGATCAGGAAAGACCTCGTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	51	CACTCCTTCCACATCTATACAATGAGACGCAGATCAGGAAAGACCTCGTT	100

C  CT027575.9	1900	CGAGAGGTACAATTTATGAATGTTAGGGTGGCATTTACACTGAAAACTTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	101	CGAGAGGTACAATTTATGAATGTTAGGGTGGCATTTACACTGAAAACTTT	150

C  CT027575.9	1850	TATGCAAACAAACTTTTACACACCATGGGTTTAGGGGCCTTAAAACACAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	151	TATGCAAACAAACTTTTACACACCATGGGTTTAGGGGCCTTAAAACACAA	200

C  CT027575.9	1800	AATTTTGAAAACACTTGTCTTTCTCAACTTTCAAAAAAAAAAGCTTTTGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	201	AATTTTGAAAACACTTGTCTTTCTCAACTTTCAAAAAAAAAAGCTTTTGT	250

C  CT027575.9	1750	AAATGTAATGCATTTGATATTACAAGTATGGTCTATGGATAGATACTTGG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	251	AAATGTAATGCATTTGATATTACAAGTATGGTCTATGGATAGATACTTGG	300

C  CT027575.9	1700	GAAGCAAAATAACAATGGTGGACCTTATGTCCATAGGCTTATAGTGTTTC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	301	GAAGCAAAATAACAATGGTGGACCTTATGTCCATAGGCTTATAGTGTTTC	350

C  CT027575.9	1650	TATACAAAGTGACATGCCCAACAGCATTTTTGTTGTTGTTGCCTTTGGTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	351	TATACAAAGTGACATGCCCAACAGCATTTTTGTTGTTGTTGCCTTTGGTG	400

C  CT027575.9	1600	TATACACTTGGAAACCACATTAACAGAGATAATTTTGTATATTTTTAGCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	401	TATACACTTGGAAACCACATTAACAGAGATAATTTTGTATATTTTTAGCA	450

C  CT027575.9	1550	CATACCCTCCAAAACATGAAGGGTGAAACAAAGGGTGTGTAAAAATCATT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	451	CATACCCTCCAAAACATGAAGGGTGAAACAAAGGGTGTGTAAAAATCATT	500

C  CT027575.9	1500	AATATCTAAACATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTGAAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	501	AATATCTAAACATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTGAAT	550

C  CT027575.9	1450	TATTAGACTGCTTGTTTATTTTTTCCCCATTTTCTGTTTAACGGAGGGAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	551	TATTAGACTGCTTGTTTATTTTTTCCCCATTTTCTGTTTAACGGAGGGAA	600

C  CT027575.9	1400	GATTTTTTCAACACATTTCTAATCATAATAGTTTTAATAACTTATCTCTA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	601	GATTTTTTCAACACATTTCTAATCATAATAGTTTTAATAACTTATCTCTA	650

C  CT027575.9	1350	ATAATGGATTTATTTTCTCTTTACCATGATGACAGTAAATAATATTTTAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	651	ATAATGGATTTATTTTCTCTTTACCATGATGACAGTAAATAATATTTTAC	700

C  CT027575.9	1300	TAGATATTTTATAGATACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	701	TAGATATTTTATAGATACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCT	750

C  CT027575.9	1250	TAACTAGGTTAATTAGGCTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATCAGGCAAGTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	751	TAACTAGGTTAATTAGGCTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATCAGGCAAGTT	800

C  CT027575.9	1200	ATTGTATATCAATGGTTTGTTCTATAGGTTATCAAGAAAAAATATAGCTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	801	ATTGTATATCAATGGTTTGTTCTATAGGTTATCAAGAAAAAATATAGCTT	850

C  CT027575.9	1150	AAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTGTTTAAAAAATTAATAAC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	851	AAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTGTTTAAAAAATTAATAAC	900

C  CT027575.9	1100	TGCTTTTATTCTAGCGGAAATAAAACAAATAAGACTTTATCCAGACGACA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	901	TGCTTTTATTCTAGCGGAAATAAAACAAATAAGACTTTATCCAGACGACA	950

C  CT027575.9	1050	AAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACACACT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	951	AAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACACACT	1000

C  CT027575.9	1000	ATTTGAAAAAAAATATTTAAAAAAAGAAGAAAAAATTAGAAGGGGGCTAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1001	ATTTGAAAAAAAATATTTAAAAAAAGAAGAAAAAATTAGAAGGGGGCTAA	1050

C  CT027575.9	950	TAATTCTGACTTCAACTGTATAATATATATATATATATATATATATATAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1051	TAATTCTGACTTCAACTGTATAATATATATATATATATATATATATATAT	1100

C  CT027575.9	900	ATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1101	ATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1150

C  CT027575.9	850	ATATATATATATATATTTGTGAAACTAACTAGAATGTTGTACATAAATCT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1151	ATATATATATATATATTTGTGAAACTAACTAGAATGTTGTACATAAATCT	1200

C  CT027575.9	800	ATGCATTTGAAATCATGTCTCAGGTTGAGATGGGTCCCTTCAAGCACACA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1201	ATGCATTTGAAATCATGTCTCAGGTTGAGATGGGTCCCTTCAAGCACACA	1250

C  CT027575.9	750	GTAGATGATGGGTTGGACGTCCGTAAAGCGGCGTTTGAATGCATGTACAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1251	GTAGATGATGGGTTGGACGTCCGTAAAGCGGCGTTTGAATGCATGTACAC	1300

C  CT027575.9	700	TCTGCTGGACAGCTGCCTGGACTGTTTGGACATCTTTGAATTTCTGAACC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1301	TCTGCTGGACAGCTGCCTGGACTGTTTGGACATCTTTGAATTTCTGAACC	1350

C  CT027575.9	650	ATGTTGAGGAAGGCCTGAAAGACCACTACGATATTAAAGTGTGTTTTCTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1351	ATGTTGAGGAAGGCCTGAAAGACCACTACGATATTAAAGTGTGTTTTCTT	1400

C  CT027575.9	600	TATGAAAGTGCTTTATGCTAACTTTGTCCAATACATTACAAAATAACTTA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1401	TATGAAAGTGCTTTATGCTAACTTTGTCCAATACATTACAAAATAACTTA	1450

C  CT027575.9	550	GAACTTGTTTTGTTTTAGATGCTGACCTTCATTATGCTCGCAAGACTTTC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1451	GAACTTGTTTTGTTTTAGATGCTGACCTTCATTATGCTCGCAAGACTTTC	1500

C  CT027575.9	500	GAAATTGTGTCCAACAGCTGTCGTACAAAGGCTGGAAAGATTAGTGGAGC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1501	GAAATTGTGTCCAACAGCTGTCGTACAAAGGCTGGAAAGATTAGTGGAGC	1550

C  CT027575.9	450	CACTAAAAGCTACTTGCACTACAAAGGTAAAACTTAAAGGGATTGCTTAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1551	CACTAAAAGCTACTTGCACTACAAAGGTAAAACTTAAAGGGATTGCTTAG	1600

C  CT027575.9	400	CCAAAAATGATAATTTAGTCATTATTTACTTACCCTTCACTTCTTTAAAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1601	CCAAAAATGATAATTTAGTCATTATTTACTTACCCTTCACTTCTTTAAAC	1650

C  CT027575.9	350	ATCGAGTTTCTTCAGCTGAACACGAAAGAATTTTTGAAAAATGCTAGTTG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1651	ATCGAGTTTCTTCAGCTGAACACGAAAGAATTTTTGAAAAATGCTAGTTG	1700

C  CT027575.9	300	CTAAAATTCTTTGACTTCCATAGTATTTTATTTTCCAATTATGGAAGTCC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1701	CTAAAATTCTTTGACTTCCATAGTATTTTATTTTCCAATTATGGAAGTCC	1750

C  CT027575.9	250	ATGTGTCCCAGCAACCTTCAAACTATATTTATTTTGTGTTCAGCAGAAGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1751	ATGTGTCCCAGCAACCTTCAAACTATATTTATTTTGTGTTCAGCAGAAGA	1800

C  CT027575.9	200	AAGAAACTTGGAAAGGTTTAAACTTTAAACCAACTAGGAGAACGAGGTCA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1801	AAGAAACTTGGAAAGGTTTAAACTTTAAACCAACTAGGAGAACGAGGTCA	1850

C  CT027575.9	150	TTTTCATTTTTGGCTTTTAACTTGAAAGCAGTTTTGTATCTTTAAAGATG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1851	TTTTCATTTTTGGCTTTTAACTTGAAAGCAGTTTTGTATCTTTAAAGATG	1900

C  CT027575.9	100	TAACATTGTCTTTTCTTAGTAAACAACAACCTACTTTTTGTAATACAAAG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1901	TAACATTGTCTTTTCTTAGTAAACAACAACCTACTTTTTGTAATACAAAG	1950

C  CT027575.9	50	GTAAAGGCCGGTTCAGTGAAGCAAGAATTTGAGAAGCAGGAAGAATTGAG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929509.15	1951	GTAAAGGCCGGTTCAGTGAAGCAAGAATTTGAGAAGCAGGAAGAATTGAG	2000

Overview

Query
CT027575.9 - 39041 bps
Hit
AL929509.15 - 139628 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001900200012000-1120001
285.71184397376913808715159061
387.991532833779738079-110257105391
488.1521635143364686123716240611
587.51412541676117014-123784240231
686.762545718351405126679272521
789.241783103777838087-126937272521
884.741844459321376143212436631
987.7611219543404534146588467751
1092.592072692001120279150296505651
1189.8623635743344690156697570511
1287.291663021671317014-156767570651
1381.141294949081401157074575611
1491.642032742001120284171609718831
1584.791202372451524751-175643758721
1685.381753813769438074180821811961
1785.5718639510591453-11056881060821
1889.111512444447469011079661082041
1991.451512141671416927-11079961082171
2086.61983484343469011097591101011
2197.091882065988619311257131259181
2297.071872057174737811257131259171
Short-link