<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL929200.8	118683	GAATTCATTTTAAAAAATTAGTTTCCAAATGATTTGTGTGTCATCTTATT	118732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1	GAATTCATTTTAAAAAATTAGTTTCCAAATGATTTGTGTGTCATCTTATT	50

AL929200.8	118733	TTATAAGGAAGATATCTACATCCACTGAGCTCATTTTTTTAATAGCATTT	118782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	51	TTATAAGGAAGATATCTACATCCACTGAGCTCATTTTTTTAATAGCATTT	100

AL929200.8	118783	TAAGATTTTATCTGTCATCAAAATTGTTATCCCAAAATGGGCAGACATAT	118832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	101	TAAGATTTTATCTGTCATCAAAATTGTTATCCCAAAATGGGCAGACATAT	150

AL929200.8	118833	GTGGCTGGAAACATAGCTTGTGACCTATTAAAGATTATCAACTGTTTATT	118882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	151	GTGGCTGGAAACATAGCTTGTGACCTATTAAAGATTATCAACTGTTTATT	200

AL929200.8	118883	TAGTTACCTGAATTAATTACCTGAATTAACACCTGAATTTTGCCTTCCAA	118932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	201	TAGTTACCTGAATTAATTACCTGAATTAACACCTGAATTTTGCCTTCCAA	250

AL929200.8	118933	GCATCCAGCTCTACAGACACCTACTGAGGTTAAAGAGAGGGAGGGGCCTC	118982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	251	GCATCCAGCTCTACAGACACCTACTGAGGTTAAAGAGAGGGAGGGGCCTC	300

AL929200.8	118983	TTGAAATTGACTCCTCCCCTCCAGACAGCCCTGACTCCGCCTCCAGCATG	119032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	301	TTGAAATTGACTCCTCCCCTCCAGACAGCCCTGACTCCGCCTCCAGCATG	350

AL929200.8	119033	ACAAACAGCAAAGATACAGTTGCCATGGCAAAAGAGGCTATTGCCTTGAG	119082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	351	ACAAACAGCAAAGATACAGTTGCCATGGCAAAAGAGGCTATTGCCTTGAG	400

AL929200.8	119083	GAAAGCTAAGGTAAATTTGAATATGCCACAAGTTGGATTACAGTATTTTT	119132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	401	GAAAGCTAAGGTAAATTTGAATATGCCACAAGTTGGATTACAGTATTTTT	450

AL929200.8	119133	GGCATTGCAGCATTATCATGTTACTCGCTCTTGCAGGATGTTCCTCCACG	119182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	451	GGCATTGCAGCATTATCATGTTACTCGCTCTTGCAGGATGTTCCTCCACG	500

AL929200.8	119183	AACTGCTGCAAGTTCCACCCCTACACCAACCATAGTGCGTCCAGGCTCGC	119232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	501	AACTGCTGCAAGTTCCACCCCTACACCAACCATAGTGCGTCCAGGCTCGC	550

AL929200.8	119233	TCCCACTTCACCAGGGATTTGACTCCATGAACCCAACTCAGCCTTCTCCC	119282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	551	TCCCACTTCACCAGGGATTTGACTCCATGAACCCAACTCAGCCTTCTCCC	600

AL929200.8	119283	ACCTCTGTTATTACCAGAACCCCTCCATCAAACAGACTTAGGTACAAACA	119332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	601	ACCTCTGTTATTACCAGAACCCCTCCATCAAACAGACTTAGGTACAAACA	650

AL929200.8	119333	GAGGGAAATTCAAGTCATTGTTTGTATATGTGTATATGTAGGCAGTTTAG	119382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	651	GAGGGAAATTCAAGTCATTGTTTGTATATGTGTATATGTAGGCAGTTTAG	700

AL929200.8	119383	CTGTTGATCCAACCAAATATTCACTCCTCAGAGCTGAAACTTTTTTTAAT	119432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	701	CTGTTGATCCAACCAAATATTCACTCCTCAGAGCTGAAACTTTTTTTAAT	750

AL929200.8	119433	CGCATGAGTCATTTCAGTGATGTTCACACCTCTGCTTCCTCACCCTGTGT	119482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	751	CGCATGAGTCATTTCAGTGATGTTCACACCTCTGCTTCCTCACCCTGTGT	800

AL929200.8	119483	GTGTGAAAAAATGTCCTAAAATAGTATATTTATTGCTGTCTTTTCAGCTC	119532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	801	GTGTGAAAAAATGTCCTAAAATAGTATATTTATTGCTGTCTTTTCAGCTC	850

AL929200.8	119533	GCCGTCTGGTTCTTTTCCTATGCTGATGCAGCTTCCAAATGGTCAGACGG	119582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	851	GCCGTCTGGTTCTTTTCCTATGCTGATGCAGCTTCCAAATGGTCAGACGG	900

AL929200.8	119583	TTCCTCTGCTGCCCAGTCCGGGGCAGACGTCAGTCATATCGGTATGAAGA	119632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	901	TTCCTCTGCTGCCCAGTCCGGGGCAGACGTCAGTCATATCGGTATGAAGA	950

AL929200.8	119633	GCTCAAACACGTGTGCTGATTATTGGGTCATGATTAAAAATGACACTAAT	119682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	951	GCTCAAACACGTGTGCTGATTATTGGGTCATGATTAAAAATGACACTAAT	1000

AL929200.8	119683	AATTGTTAAAAGATCAACATAGCTTTATAAACACAAATGTAAATGTAGCC	119732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1001	AATTGTTAAAAGATCAACATAGCTTTATAAACACAAATGTAAATGTAGCC	1050

AL929200.8	119733	TATGTCTATGAAACCTATGATGAGTATGATCAAAGCAGACAATCTGACCT	119782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1051	TATGTCTATGAAACCTATGATGAGTATGATCAAAGCAGACAATCTGACCT	1100

AL929200.8	119783	GCATTTGACCCAGAGAGAGCTGTTGTTTAAACGTAAATAGATTTTTACAA	119832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1101	GCATTTGACCCAGAGAGAGCTGTTGTTTAAACGTAAATAGATTTTTACAA	1150

AL929200.8	119833	ATTGTGTGGTTTTATTGATATGCCAGTAGGTGGCAACAAGTTAATGCTGT	119882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1151	ATTGTGTGGTTTTATTGATATGCCAGTAGGTGGCAACAAGTTAATGCTGT	1200

AL929200.8	119883	CTAATTGTAATTGAAGTGCTGATTCATGAATTGTATAACATGCTTTAAAG	119932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1201	CTAATTGTAATTGAAGTGCTGATTCATGAATTGTATAACATGCTTTAAAG	1250

AL929200.8	119933	ATTGAGTCATTAGCTATCTTTCCATCCAATCATGCAAATTAAATTTATGT	119982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1251	ATTGAGTCATTAGCTATCTTTCCATCCAATCATGCAAATTAAATTTATGT	1300

AL929200.8	119983	GCAAAACTGGATTATCGGATAAAAGACACGCAAATAAAGCAGCGTTTCCA	120032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1301	GCAAAACTGGATTATCGGATAAAAGACACGCAAATAAAGCAGCGTTTCCA	1350

AL929200.8	120033	TCCAAAGAGTCAGAGAACAAAATCATCAATTCCTGATCAGCTGTCGCCAA	120082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1351	TCCAAAGAGTCAGAGAACAAAATCATCAATTCCTGATCAGCTGTCGCCAA	1400

AL929200.8	120083	ACATCCAAAATTAAAACAGAATTTTCTTCGGTTGAAGCTGCGTGAATATT	120132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1401	ACATCCAAAATTAAAACAGAATTTTCTTCGGTTGAAGCTGCGTGAATATT	1450

AL929200.8	120133	TTCTCTTTTAATAAATTAGTTGCATTTCAGATGACAATGCTGACATATAA	120182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1451	TTCTCTTTTAATAAATTAGTTGCATTTCAGATGACAATGCTGACATATAA	1500

AL929200.8	120183	TGATTGGGTGGTGTCGTTTGAAGGCATTAGATGTGGAGCACAGATGCTCT	120232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1501	TGATTGGGTGGTGTCGTTTGAAGGCATTAGATGTGGAGCACAGATGCTCT	1550

AL929200.8	120233	TGACCAGGGGTCTCAAACTCAAATTGGCGTGGGACCATGTCAGTGACTGA	120282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1551	TGACCAGGGGTCTCAAACTCAAATTGGCGTGGGACCATGTCAGTGACTGA	1600

AL929200.8	120283	GAATTCATAGGAGGGCAGTTTGAACATTCTTATTGGGAAAATCTATTAAT	120332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1601	GAATTCATAGGAGGGCAGTTTGAACATTCTTATTGGGAAAATCTATTAAT	1650

AL929200.8	120333	CGGACCATTTGAATCGCAAATTAGCAAAATTATATTTACACCACCAGCAT	120382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1651	CGGACCATTTGAATCGCAAATTAGCAAAATTATATTTACACCACCAGCAT	1700

AL929200.8	120383	AATGTGTAAGTAATGAAGAGGTGTTTGTACAACAAGATACAAGTAGTATA	120432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1701	AATGTGTAAGTAATGAAGAGGTGTTTGTACAACAAGATACAAGTAGTATA	1750

AL929200.8	120433	AAACTGATTATAAAAAATGACCCTTGAATATTTAAAATAATAGAGCTTTA	120482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1751	AAACTGATTATAAAAAATGACCCTTGAATATTTAAAATAATAGAGCTTTA	1800

AL929200.8	120483	GTAAAAAAGAGCACTTACGCACATGTATTTTTACGCTTAAATCAGCCCCA	120532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1801	GTAAAAAAGAGCACTTACGCACATGTATTTTTACGCTTAAATCAGCCCCA	1850

AL929200.8	120533	GAAATAATCTGCATGTGCATTACACTCGACCGCACGCTGAGAAAATCGAA	120582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1851	GAAATAATCTGCATGTGCATTACACTCGACCGCACGCTGAGAAAATCGAA	1900

AL929200.8	120583	AGTAACCCAAATATATAGTACAGTACCTTAAGTCAACAACAATATTAGTG	120632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1901	AGTAACCCAAATATATAGTACAGTACCTTAAGTCAACAACAATATTAGTG	1950

AL929200.8	120633	ATTCAAAAATATGTTTTGTTGGTCCGAATCTTGCTATATTTTTGACGTCA	120682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929458.7	1951	ATTCAAAAATATGTTTTGTTGGTCCGAATCTTGCTATATTTTTGACGTCA	2000

Overview

Query
AL929200.8 - 120682 bps
Hit
AL929458.7 - 137478 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195620001186831206821120001
284.579419142853430431544056271
310038793935939437-122548226261
487.561181927404674237125695258871
582.97431346243762570-129090292241
687.643045118119081700-130443309681
788.381602906216062449147802481021
890.2581011065810758172266723671
990.32405591113940114530174152747401
1084.17105216190405174751749711
1182.971303766209762472175695760701
1280.931343656844668810181386817521
1388.71492424282843069186131863781
1477.888332779405186135864641
1598.1547545126851321189100891531
1690438074857564193038931171
1788.7811121474857698193118933311
1887.726317174857655193500936701
1998.8244853936139445197565976491
2090.731212081015610363-11104421106461
2182.492916785542621911146471152971
Short-link