<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL929590.15	1	TACAGATTTTATTTTAAAAATTAAATAAATGATGCTAGCCAAACATTGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	174739	TACAGATTTTATTTTAAAAATTAAATAAATGATGCTAGCCAAACATTGCC	174788

AL929590.15	51	CAAGATATTTTTTTCTATCTAGTTTAAACAATCTTTTCACAAATAAATAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	174789	CAAGATATTTTTTTCTATCTAGTTTAAACAATCTTTTCACAAATAAATAC	174838

AL929590.15	101	AGTAATTATACATTTGTCAATGAAATAAATAGTCTCTTAGGACCAAATGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	174839	AGTAATTATACATTTGTCAATGAAATAAATAGTCTCTTAGGACCAAATGC	174888

AL929590.15	151	TGAACTGTACACCTGTCACACTCTTGACACTTTAAATTAATTTGGTTAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	174889	TGAACTGTACACCTGTCACACTCTTGACACTTTAAATTAATTTGGTTAAG	174938

AL929590.15	201	AGTTTATAAGAAAATTTTTACACTGAATTTTTATATTAAATAGAGCATGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	174939	AGTTTATAAGAAAATTTTTACACTGAATTTTTATATTAAATAGAGCATGA	174988

AL929590.15	251	ACTCATAAATTGTTATTCCACTTTTAATGTGTGATAAGAACTTTTAAAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	174989	ACTCATAAATTGTTATTCCACTTTTAATGTGTGATAAGAACTTTTAAAGT	175038

AL929590.15	301	TTTCTTTTTTTTTTTTTAAATGTGTGTGGTGATGGAAATGGCAGTGGTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175039	TTTCTTTTTTTTTTTTTAAATGTGTGTGGTGATGGAAATGGCAGTGGTGG	175088

AL929590.15	351	AAATCACATTTCAACAGTTTATTGTGAAAAAAATGAAAATTAGCTTTCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175089	AAATCACATTTCAACAGTTTATTGTGAAAAAAATGAAAATTAGCTTTCAT	175138

AL929590.15	401	CTATAGAAAACACTCTTATTTACCTTAATTTTGTTTGGTTTTTAAAAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175139	CTATAGAAAACACTCTTATTTACCTTAATTTTGTTTGGTTTTTAAAAACA	175188

AL929590.15	451	TCTTTGCAAGTACAACATGTTTGGAAATGACGTAGAATAAATGTATTTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175189	TCTTTGCAAGTACAACATGTTTGGAAATGACGTAGAATAAATGTATTTCC	175238

AL929590.15	501	TTATCAAGCAATATTTACCTCGATTTTTCTTCAAGTGTTGTTAAAAATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175239	TTATCAAGCAATATTTACCTCGATTTTTCTTCAAGTGTTGTTAAAAATAA	175288

AL929590.15	551	TTTCCTCTATCTTAACCATGTTCTCAGATGGCACAATTTGTTTTCATAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175289	TTTCCTCTATCTTAACCATGTTCTCAGATGGCACAATTTGTTTTCATAGA	175338

AL929590.15	601	AACCACCTAAATAATCTTTCACACAAACTTTTTAAAATGACATTACAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175339	AACCACCTAAATAATCTTTCACACAAACTTTTTAAAATGACATTACAGTG	175388

AL929590.15	651	TTGTGGTGGAAATGACACTGATACTGTGCCACAGCTATATCTTGCATAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175389	TTGTGGTGGAAATGACACTGATACTGTGCCACAGCTATATCTTGCATAAA	175438

AL929590.15	701	TATAATATTGATAATAGTCTCACTTGATAATAGTCTCACATTAATAACTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175439	TATAATATTGATAATAGTCTCACTTGATAATAGTCTCACATTAATAACTA	175488

AL929590.15	751	TAAAATATTTAAATTATTTTACAGTGCTTAATTAAGATACATTAATAGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175489	TAAAATATTTAAATTATTTTACAGTGCTTAATTAAGATACATTAATAGCT	175538

AL929590.15	801	ACCAGATAAATAATATTTTAAAATGCTATTTTCATTGTTAAAGTTTAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175539	ACCAGATAAATAATATTTTAAAATGCTATTTTCATTGTTAAAGTTTAAAA	175588

AL929590.15	851	TTCTGGGAAGTGAAAACAGTGATTTTGACACCTAAAAGGAGGTTGAATAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175589	TTCTGGGAAGTGAAAACAGTGATTTTGACACCTAAAAGGAGGTTGAATAA	175638

AL929590.15	901	TATGAAAAAATATATATAATAGGTATAATTTTTTTAAGTAGGTTTTATTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175639	TATGAAAAAATATATATAATAGGTATAATTTTTTTAAGTAGGTTTTATTG	175688

AL929590.15	951	TTAGTTTGACAATGAAAGGGAAATTTGAACAAAATTATGTATATTTTGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175689	TTAGTTTGACAATGAAAGGGAAATTTGAACAAAATTATGTATATTTTGGA	175738

AL929590.15	1001	TATATGATCAAAGAAAATAGAAGTGCCCGTAGTTAAATTATATATATATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175739	TATATGATCAAAGAAAATAGAAGTGCCCGTAGTTAAATTATATATATATA	175788

AL929590.15	1051	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175789	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	175838

AL929590.15	1101	TATATATATATATATATATTAATGTGCCCTCAATGCCCCTGTGATGCAGC	1150
			|||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175839	TATATATATATATATAT--TAATGTGCCCTCAATGCCCCTGTGATGCAGC	175886

AL929590.15	1151	AGAGGGAGCACTTGTGTCAAAATAGAAAAGCTCTGCTATCACAACACTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175887	AGAGGGAGCACTTGTGTCAAAATAGAAAAGCTCTGCTATCACAACACTCC	175936

AL929590.15	1201	CTGTAATTTTGTGCAGTATACAGTGACTTGAATACAGACTCAACTCCACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175937	CTGTAATTTTGTGCAGTATACAGTGACTTGAATACAGACTCAACTCCACA	175986

AL929590.15	1251	GATGAATAGGGAGAGATAACTCTAGGTGCATGTTTGAGGAGTGCGTCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175987	GATGAATAGGGAGAGATAACTCTAGGTGCATGTTTGAGGAGTGCGTCAGC	176036

AL929590.15	1301	AGATCAGCAAACGTTCAGTTAAAACCTCATTTGGCATGTAACTGGGGGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176037	AGATCAGCAAACGTTCAGTTAAAACCTCATTTGGCATGTAACTGGGGGCT	176086

AL929590.15	1351	TGTTATCACATAGGTTGTCAAAAAAAACTTTTTTGTAAAATTTTTTTGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176087	TGTTATCACATAGGTTGTCAAAAAAAACTTTTTTGTAAAATTTTTTTGTG	176136

AL929590.15	1401	AATAATTTAAAATGATACATTTAGGCCAGCGATGCTCAAATATAGGGCCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176137	AATAATTTAAAATGATACATTTAGGCCAGCGATGCTCAAATATAGGGCCC	176186

AL929590.15	1451	GAGGGCCAAAGTTTATGGTTAACCTATGGTGAGCTTTGATGTTTAGTGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176187	GAGGGCCAAAGTTTATGGTTAACCTATGGTGAGCTTTGATGTTTAGTGTA	176236

AL929590.15	1501	TTCAGCATTGAACTTCACTGTGTAATAAATGTGATTGTTTATTTTTTTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176237	TTCAGCATTGAACTTCACTGTGTAATAAATGTGATTGTTTATTTTTTTAT	176286

AL929590.15	1551	TGCGTTGAGTTATAATTTTAAGAAAGTTATACTGCATTATATGGTTTAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176287	TGCGTTGAGTTATAATTTTAAGAAAGTTATACTGCATTATATGGTTTAAA	176336

AL929590.15	1601	GTAATGTTTATATTTATTTTGATTATTAAATAGATTAGGAAATATAGCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176337	GTAATGTTTATATTTATTTTGATTATTAAATAGATTAGGAAATATAGCAA	176386

AL929590.15	1651	CTTTATTGTAATAAAGTTTGGTATATTTACCTTCGGCCCACAGCTCTCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176387	CTTTATTGTAATAAAGTTTGGTATATTTACCTTCGGCCCACAGCTCTCAA	176436

AL929590.15	1701	TGGTATGTTTTTTAGCACTTCATACGAAAAATATGGGCACCCCTGATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176437	TGGTATGTTTTTTAGCACTTCATACGAAAAATATGGGCACCCCTGATTTA	176486

AL929590.15	1751	GGCTATATTTTCAATTTATAATCCATATATTATAGGCCTAGTCTACACAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176487	GGCTATATTTTCAATTTATAATCCATATATTATAGGCCTAGTCTACACAG	176536

AL929590.15	1801	AAGAACAGGTTGCGTCCCATGTAATTAATTGGGACTCTATAAGGAAGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176537	AAGAACAGGTTGCGTCCCATGTAATTAATTGGGACTCTATAAGGAAGTGG	176586

AL929590.15	1851	TGCAGCTTTTATTATGCTAAATGTAGTGTTTGAAAGATTTGTCGGTTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176587	TGCAGCTTTTATTATGCTAAATGTAGTGTTTGAAAGATTTGTCGGTTGTT	176636

AL929590.15	1901	CCTAAAGCACACGGAACTTTGCTCCATAAGAATTGCATCAGAGGTTGAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176637	CCTAAAGCACACGGAACTTTGCTCCATAAGAATTGCATCAGAGGTTGAAG	176686

AL929590.15	1951	AGAGCAACGCAAATAAAGCATGTCATCCGGACACGAGAAGTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	176687	AGAGCAACGCAAATAAAGCATGTCATCCGGACACGAGAAGTGAAGAATTC	176736

Compact alignment

skip 1100 bps 100% identity alignment

AL929590.15	1101	TATATATATATATATATATTAATGTGCCCTCAATGCCCCTGTGATGCAGC	1150
			|||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
AL929337.9	175839	TATATATATATATATAT--TAATGTGCCCTCAATGCCCCTGTGATGCAGC	175886

skip 850 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL929590.15 - 163866 bps
Hit
AL929337.9 - 176736 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9185620001200011747391767361
281.52120299126744127042-111446117481
386.67105184126116126299114454146331
483.0397217126826127042-123561237781
593.49119169138086138254-192830929981
681.06862843031630599199405996891
788.541562495476255010-11049301051821
886.89209367360803644611049301053031
984.631813641037110734-11049331053031
1089.47188294888118910411049331052171
1186.861943501379914148-11049391053031
1294.92258314122860123173-11049841052981
1387.95138239131473131711-11050551053031
1487.35141238959749621111187481189841
1590.0890131888168894611191011192311
1689.64120214138111138324-11241731243941
1789.23129223138085138307-11285341287561
1887.7399163433124347411317451319071
1990.8212219713808513828111378211380161
20881071754337743551-11409681411421
2186.09130229547625499011726391728681
Short-link