<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004786.8	176233	GAATTCATTTACTCAATCGTTTTCTTTTCGACTTAGTCCCTTTTATTAAT	176282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1	GAATTCATTTACTCAATCGTTTTCTTTTCGACTTAGTCCCTTTTATTAAT	50

BX004786.8	176283	CAGGAGTCGTCACAGCGGAATGAACCCCCAACTCACCCAGCATATGTTTT	176332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	51	CAGGAGTCGTCACAGCGGAATGAACCCCCAACTCACCCAGCATATGTTTT	100

BX004786.8	176333	ACGCAGCGGATGCCATTACAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACACCCATA	176382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	101	ACGCAGCGGATGCCATTACAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACACCCATA	150

BX004786.8	176383	CACTTTACACTAAATATCCAGACAATTTAGCTCACCCAATTGACCAATTG	176432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	151	CACTTTACACTAAATATCCAGACAATTTAGCTCACCCAATTGACCAATTG	200

BX004786.8	176433	AGGCGCATGTCTTTGGACTTGTGGGAGCAACCAAAGGAAACCTACGTGAA	176482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	201	AGGCGCATGTCTTTGGACTTGTGGGAGCAACCAAAGGAAACCTACGTGAA	250

BX004786.8	176483	CACGGGGAGAACATGCAAACTCCACATAGAAATGCCAACTGACCCAGCCA	176532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	251	CACGGGGAGAACATGCAAACTCCACATAGAAATGCCAACTGACCCAGCCA	300

BX004786.8	176533	AAGCTTGAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGCAATTGTGCTATCCACTG	176582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	301	AAGCTTGAACCAGTGACCTTCTTGCTGTGAGGCAATTGTGCTATCCACTG	350

BX004786.8	176583	CGTCACCGTGATGCCCGCTGTAGTTGAATTGAATAAACTAAATTGGCCGT	176632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	351	CGTCACCGTGATGCCCGCTGTAGTTGAATTGAATAAACTAAATTGGCCGT	400

BX004786.8	176633	AGTGTATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCGGTATTTTATTG	176682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	401	AGTGTATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCGGTATTTTATTG	450

BX004786.8	176683	CAGCTGGAATGACATCCGCTGTTTATTTTATACTGGAATAGTTGGTAGTT	176732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	451	CAGCTGGAATGACATCCGCTGTTTATTTTATACTGGAATAGTTGGTAGTT	500

BX004786.8	176733	CATTCCGTTGTGGTGACCCCTGATGAATAATGGTACTAAGCCGAATGACA	176782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	501	CATTCCGTTGTGGTGACCCCTGATGAATAATGGTACTAAGCCGAATGACA	550

BX004786.8	176783	TTTTTATTTGTAATACATTTTTGAGCAGGGTCAAAAGATTAATTCATTCA	176832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	551	TTTTTATTTGTAATACATTTTTGAGCAGGGTCAAAAGATTAATTCATTCA	600

BX004786.8	176833	TATTAATTTAGATTTTGGAGATGTCTCTCTTCTTCTCACTGATGCAGCAT	176882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	601	TATTAATTTAGATTTTGGAGATGTCTCTCTTCTTCTCACTGATGCAGCAT	650

BX004786.8	176883	TTATTTGTAAAAAAAATATATATATAAAAAATAATTAATATTGTGAAAAA	176932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	651	TTATTTGTAAAAAAAATATATATATAAAAAATAATTAATATTGTGAAAAA	700

BX004786.8	176933	TTATTGAAATCAAATTACATTTTAAATGTTTGATTAATCAAGGAGATATT	176982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	701	TTATTGAAATCAAATTACATTTTAAATGTTTGATTAATCAAGGAGATATT	750

BX004786.8	176983	AAATTGACCAATAGCGACAGTAAAGACAGCTGTAATAAAACAAAAGATTT	177032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	751	AAATTGACCAATAGCGACAGTAAAGACAGCTGTAATAAAACAAAAGATTT	800

BX004786.8	177033	GATTTCAAATGAACTGTTATTTTGAACTTTCTGTTCATCAAGAATCCTGA	177082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	801	GATTTCAAATGAACTGTTATTTTGAACTTTCTGTTCATCAAGAATCCTGA	850

BX004786.8	177083	AAAATAAAAGGATTTTACACACAACAAACAGCAAAAAACAGCTAAAATGC	177132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	851	AAAATAAAAGGATTTTACACACAACAAACAGCAAAAAACAGCTAAAATGC	900

BX004786.8	177133	CAAAAATTCTGTATTGATTTACAGAAATACTTTCAAAAATCATTTTAAAT	177182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	901	CAAAAATTCTGTATTGATTTACAGAAATACTTTCAAAAATCATTTTAAAT	950

BX004786.8	177183	AATTAGGCTATAATTTCACAATATTACAGTTTTCAAATTATTTTTGATTG	177232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	951	AATTAGGCTATAATTTCACAATATTACAGTTTTCAAATTATTTTTGATTG	1000

BX004786.8	177233	AAACAAATGGAACCTTGGTGAACAGACAAAACATTTTCTGAACTTTAATC	177282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1001	AAACAAATGGAACCTTGGTGAACAGACAAAACATTTTCTGAACTTTAATC	1050

BX004786.8	177283	AGTAGGGAGAGTGGGGACGGTTTCAACATAGGGCAGTTGCAATAAGACTT	177332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1051	AGTAGGGAGAGTGGGGACGGTTTCAACATAGGGCAGTTGCAATAAGACTT	1100

BX004786.8	177333	ATTCCTTTATTGAGGAATGAGAGTGATGATATTCTTTCCACAAATTCTCA	177382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1101	ATTCCTTTATTGAGGAATGAGAGTGATGATATTCTTTCCACAAATTCTCA	1150

BX004786.8	177383	GTTAGACCCATCTTCAATCTGAGAAATCAGCCATTTTTGACCGTTCCTTC	177432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1151	GTTAGACCCATCTTCAATCTGAGAAATCAGCCATTTTTGACCGTTCCTTC	1200

BX004786.8	177433	AATATAAAAACAATTTTAGGTAAAAAAAATAATAATAACTCTTTCAGAAG	177482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1201	AATATAAAAACAATTTTAGGTAAAAAAAATAATAATAACTCTTTCAGAAG	1250

BX004786.8	177483	TTTTTCTTGTTCAGAAAATCGAATTTGTTTTTTTGAAACATTATTCATTC	177532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1251	TTTTTCTTGTTCAGAAAATCGAATTTGTTTTTTTGAAACATTATTCATTC	1300

BX004786.8	177533	GTAAAGTTTAAATCCAACTGAGTATTGTAAAACTCAATAAGTTAAGGCAA	177582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1301	GTAAAGTTTAAATCCAACTGAGTATTGTAAAACTCAATAAGTTAAGGCAA	1350

BX004786.8	177583	CTCAAACTGTTCGAGGAAACTTTGCTACAAACCACTTGAGTTTAACTAAT	177632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1351	CTCAAACTGTTCGAGGAAACTTTGCTACAAACCACTTGAGTTTAACTAAT	1400

BX004786.8	177633	CTATACGAGTACTGTGAACTTACTCCATTTAAGTTGAAGTAATGAGGTAT	177682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1401	CTATACGAGTACTGTGAACTTACTCCATTTAAGTTGAAGTAATGAGGTAT	1450

BX004786.8	177683	TTAATTTAATCATTACCTTTAACTCTGAGTTCAAAACTCTTTTTAAATGA	177732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1451	TTAATTTAATCATTACCTTTAACTCTGAGTTCAAAACTCTTTTTAAATGA	1500

BX004786.8	177733	GTAGAATTAACTTTCAGTCAATTTTGAGTTAACTACACTCATTTCATTTG	177782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1501	GTAGAATTAACTTTCAGTCAATTTTGAGTTAACTACACTCATTTCATTTG	1550

BX004786.8	177783	ATAAAGTTGACTGTTGGGTTTTGCAGTGTAGGAATAGCCATCAAGCGTTA	177832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1551	ATAAAGTTGACTGTTGGGTTTTGCAGTGTAGGAATAGCCATCAAGCGTTA	1600

BX004786.8	177833	AGTTATTGTATCTCCAGCATAGACAGTTTAATAAGGGTTGACAGAGTTGG	177882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1601	AGTTATTGTATCTCCAGCATAGACAGTTTAATAAGGGTTGACAGAGTTGG	1650

BX004786.8	177883	AATGCTGTTGACATGCTGTTGCAACAGTCTCCAGTTACAAAACTCATTTT	177932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1651	AATGCTGTTGACATGCTGTTGCAACAGTCTCCAGTTACAAAACTCATTTT	1700

BX004786.8	177933	ATTGCTTGCCAAATTATCAATGTATTTTAATTTTATTCAATTTCAATGTA	177982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1701	ATTGCTTGCCAAATTATCAATGTATTTTAATTTTATTCAATTTCAATGTA	1750

BX004786.8	177983	ATTTAATTTTTAAATAATAAATTCTTTGAATAATTAATTCATTTCAAAGT	178032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1751	ATTTAATTTTTAAATAATAAATTCTTTGAATAATTAATTCATTTCAAAGT	1800

BX004786.8	178033	CCAAAGAAGTAGTTTAGTAAAGATTCAGTCTAGATTTTCAGTAAAAAAAT	178082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1801	CCAAAGAAGTAGTTTAGTAAAGATTCAGTCTAGATTTTCAGTAAAAAAAT	1850

BX004786.8	178083	ATTTTTGTTGTTAATTGGTTGTTCTTCTAATAGTCTGTATTTATATGGCC	178132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1851	ATTTTTGTTGTTAATTGGTTGTTCTTCTAATAGTCTGTATTTATATGGCC	1900

BX004786.8	178133	ATTTTAACACATTTAACAATTTACATTTAGTCTGTTTACAAGAAAAAATA	178182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1901	ATTTTAACACATTTAACAATTTACATTTAGTCTGTTTACAAGAAAAAATA	1950

BX004786.8	178183	CTAATAAAATCCAACTTGATGTTTTAGAATTAGCTTTTTATTATATTTTA	178232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929225.6	1951	CTAATAAAATCCAACTTGATGTTTTAGAATTAGCTTTTTATTATATTTTA	2000

Overview

Query
BX004786.8 - 178232 bps
Hit
AL929225.6 - 151067 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189920001762331782321120001
288.415326324722249841131415801
391.1188135156333156467-1144715811
495.748556352105772-125047256051
588.291853272921929545-146483468151
684.6717943317542186-146518469411
790.9115424619562201158536587771
888.591442301126711496195046952731
910011014814795414810111134551136021
1084.171243171782209811159941163151
1185.197253128865129117-11159941162481
1290.16115184292412942411161331163151
1386.7831754816007316062011272911278421
1477.591275129499795508-11273171278381
1595.19891046927269375-11277391278421
1683.75135370154263154632-11299181302801
1784.851754211780220011299881303831
1883.96102251128869129119-11299881302241
1993.79131179292322941011301041302801
2093.7987145147956148100-11480681482121
Short-link