<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX666066.6	1	TCCCAAAGAGATTTTGCACAGCCATGAGAGCTGCATCACTTCAGACCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171327	TCCCAAAGAGATTTTGCACAGCCATGAGAGCTGCATCACTTCAGACCCAG	171376

BX666066.6	51	AGGAGCGGAGGGTCACCCTGGGCAATGACCGCCACTTCCACTGTGACTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171377	AGGAGCGGAGGGTCACCCTGGGCAATGACCGCCACTTCCACTGTGACTTT	171426

BX666066.6	101	GTGTTTGAGGACGGCTCTACCCAGGAGGAGGTGTACACTAACTGCGTTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171427	GTGTTTGAGGACGGCTCTACCCAGGAGGAGGTGTACACTAACTGCGTTCA	171476

BX666066.6	151	ACCACTTATCGAGGCCTTCTTTCATGGATTTAATGCTACCGTGTTTGCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171477	ACCACTTATCGAGGCCTTCTTTCATGGATTTAATGCTACCGTGTTTGCCT	171526

BX666066.6	201	ATGGGCAGACAGGCTCAGGCAAAACCTACACCATTGGGGAAGCCAGCATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171527	ATGGGCAGACAGGCTCAGGCAAAACCTACACCATTGGGGAAGCCAGCATT	171576

BX666066.6	251	TGTGAGTATTTTAAATAAATGTCAAATTACGTTTTGGGGGTGAACGTTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171577	TGTGAGTATTTTAAATAAATGTCAAATTACGTTTTGGGGGTGAACGTTAG	171626

BX666066.6	301	GGGTAATTTGCTAACATTGTTTAACATGAACTATATTCCTAAAAGTCCCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171627	GGGTAATTTGCTAACATTGTTTAACATGAACTATATTCCTAAAAGTCCCG	171676

BX666066.6	351	TAAAATTTAAATAATGTTTTTTAGATGTTAGTAAGAGTAATATAAAGCCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171677	TAAAATTTAAATAATGTTTTTTAGATGTTAGTAAGAGTAATATAAAGCCG	171726

BX666066.6	401	ACTTTCCACTGCACATGACAGACGACAAGTGACAGACTGGAAGTCATTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171727	ACTTTCCACTGCACATGACAGACGACAAGTGACAGACTGGAAGTCATTCA	171776

BX666066.6	451	TTTTCAGTGGAGAGTAGGGCTGTGCAATTAATTGCAAATCCCGTTTTGAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171777	TTTTCAGTGGAGAGTAGGGCTGTGCAATTAATTGCAAATCCCGTTTTGAT	171826

BX666066.6	501	TTCGATTTTGTCTTCTGATTATGAAAAACCATTTATCGAGATTAACGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171827	TTCGATTTTGTCTTCTGATTATGAAAAACCATTTATCGAGATTAACGATT	171876

BX666066.6	551	ATTCCATCATTCACCGCTCCCTTTCCAGTTTTCCACATTTGTTGCTCTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171877	ATTCCATCATTCACCGCTCCCTTTCCAGTTTTCCACATTTGTTGCTCTGC	171926

BX666066.6	601	AAGGCTCAGTTCCATGTCAAAATGACTAAAAACATGTAATGTGATATAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171927	AAGGCTCAGTTCCATGTCAAAATGACTAAAAACATGTAATGTGATATAAC	171976

BX666066.6	651	TTCTGCAGCACGGGATTCGCATCATTCATATTTTTAAAAGCCCAAAAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	171977	TTCTGCAGCACGGGATTCGCATCATTCATATTTTTAAAAGCCCAAAAGGA	172026

BX666066.6	701	CACATGCTCTGTCTGTGTCTGCACCACGTTCAGCCTCGGAGATGAGCAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172027	CACATGCTCTGTCTGTGTCTGCACCACGTTCAGCCTCGGAGATGAGCAGA	172076

BX666066.6	751	GCACACACATCTAACGCCATCTTAATGTGAGCGCTTCAAATACATGCACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172077	GCACACACATCTAACGCCATCTTAATGTGAGCGCTTCAAATACATGCACA	172126

BX666066.6	801	TTTGTGTCACAGTGCAGTGTTTAGTGATTATTCATATTAACCCTCGGTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172127	TTTGTGTCACAGTGCAGTGTTTAGTGATTATTCATATTAACCCTCGGTTG	172176

BX666066.6	851	TGTAATAAACAAACAAGTTGAAAATCAAAAGACATGTGAAAGAGAAACCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172177	TGTAATAAACAAACAAGTTGAAAATCAAAAGACATGTGAAAGAGAAACCA	172226

BX666066.6	901	TATCAGAGACACACCATTCTTAAAGTGACAGTATTGAGCTATAAAAATGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172227	TATCAGAGACACACCATTCTTAAAGTGACAGTATTGAGCTATAAAAATGG	172276

BX666066.6	951	GTTTCAAAATATTCAAACCTGCTTTTATTCTAGATGAAATAAAACAAATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172277	GTTTCAAAATATTCAAACCTGCTTTTATTCTAGATGAAATAAAACAAATA	172326

BX666066.6	1001	AGTCTTTCTCCAGAAAAAAAATATTATAAGAAATACTGTGAAAAAATCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172327	AGTCTTTCTCCAGAAAAAAAATATTATAAGAAATACTGTGAAAAAATCCT	172376

BX666066.6	1051	CAGTTAAACGTCATTTGAGAAATATTTATATATAAAAAAATTCACAGAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172377	CAGTTAAACGTCATTTGAGAAATATTTATATATAAAAAAATTCACAGAAG	172426

BX666066.6	1101	GGCGAATAATTTTGACTTTAACTGATAATCGTTTTGAATAATTGTGATCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172427	GGCGAATAATTTTGACTTTAACTGATAATCGTTTTGAATAATTGTGATCA	172476

BX666066.6	1151	CAATTATGACCAAAATAATCGTTATTATGATTTTACCCATAATCGAGCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172477	CAATTATGACCAAAATAATCGTTATTATGATTTTACCCATAATCGAGCAG	172526

BX666066.6	1201	CCCTAGTTGAGAGTATCTGATTTGGGCTGCGGATCCGTTAAAACATTTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172527	CCCTAGTTGAGAGTATCTGATTTGGGCTGCGGATCCGTTAAAACATTTGA	172576

BX666066.6	1251	ACTTCTACGCCTAGCCTGTATTTGATCGGATGTGATGTATTCCAGTGTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172577	ACTTCTACGCCTAGCCTGTATTTGATCGGATGTGATGTATTCCAGTGTTG	172626

BX666066.6	1301	TCAAAGCAGCTCCATATGCACAAGATGACAATTGGTAGTATTTAATTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172627	TCAAAGCAGCTCCATATGCACAAGATGACAATTGGTAGTATTTAATTTTT	172676

BX666066.6	1351	TTTGTTACTTTTTGAATCAGAAAAAAGTCTATTTAAATATATATATATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172677	TTTGTTACTTTTTGAATCAGAAAAAAGTCTATTTAAATATATATATATAT	172726

BX666066.6	1401	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172727	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	172776

BX666066.6	1451	ATATATATATATATATATATATTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172777	ATATATATATATATATATATATTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATT	172826

BX666066.6	1501	GTCCACATTTCCTCCAAAATTTTTAGCAGTCTATGGATTTCTACAATTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172827	GTCCACATTTCCTCCAAAATTTTTAGCAGTCTATGGATTTCTACAATTCA	172876

BX666066.6	1551	TTTATTCAGCCATGGTGAATGCACAGAGAATAACGTCCCATTCACACGGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172877	TTTATTCAGCCATGGTGAATGCACAGAGAATAACGTCCCATTCACACGGA	172926

BX666066.6	1601	GCTTCAGCGTCAACGCTTGACAGAGGGCATGTCTGAAGTTAGGGCTGGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172927	GCTTCAGCGTCAACGCTTGACAGAGGGCATGTCTGAAGTTAGGGCTGGCA	172976

BX666066.6	1651	CGATCGTCATAGCAGTGTCAGCCAATGAAATTAGTCAGCAAAAGCGATCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	172977	CGATCGTCATAGCAGTGTCAGCCAATGAAATTAGTCAGCAAAAGCGATCT	173026

BX666066.6	1701	GATTGTCTGACTCTTTCGTCCACATTGCAGTTTGGCAATGCCTGACGTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	173027	GATTGTCTGACTCTTTCGTCCACATTGCAGTTTGGCAATGCCTGACGTCA	173076

BX666066.6	1751	CCAATTCAAAGTGAATGGGAAGCGTTGAAGCTGACGTGTGAATGGGGCGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	173077	CCAATTCAAAGTGAATGGGAAGCGTTGAAGCTGACGTGTGAATGGGGCGT	173126

BX666066.6	1801	AAAGGTTCTTACTTTTGCATTTGCTTTTGCTTTTTACACTCTTGTGCGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	173127	AAAGGTTCTTACTTTTGCATTTGCTTTTGCTTTTTACACTCTTGTGCGAC	173176

BX666066.6	1851	TGCCACAATGGGGCATTTACCAACAGTTGTGTCCGAATGTTGTGTGCAGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	173177	TGCCACAATGGGGCATTTACCAACAGTTGTGTCCGAATGTTGTGTGCAGT	173226

BX666066.6	1901	GGAAAGGCAGCTTAAGAGATATCTACAAGCTAGTGTGCTTCAAAATGGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	173227	GGAAAGGCAGCTTAAGAGATATCTACAAGCTAGTGTGCTTCAAAATGGTG	173276

BX666066.6	1951	ACAAAATTCGCGTTTAGAAGATATAAAACTGGTATAAACATGTAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929155.4	173277	ACAAAATTCGCGTTTAGAAGATATAAAACTGGTATAAACATGTAAAGCTT	173326

Overview

Query
BX666066.6 - 18360 bps
Hit
AL929155.4 - 173326 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194820001200011713271733261
285.7729854434974040-124562251021
388.89366377937855-127576276381
490.91365578017855-146304463581
5100377065566625147930479991
610050951764817742147930480241
795.6369113821472153919540091
895.4348713861472-153930540161
998.92429313801472156175562671
1098.89419013831472-156194562831
1196.43408513751459-168683687661
12100347013881457168683687521
1392.54526776067672178453785191
1496.4763851261212696179160792441
1590.27561131254412656-183503836151
1685.22401151257412688-183503836171
17100346965576625199073991411
18100521081764917756199073991801
1996.364755182771833111236651237191
201004054127001275311309501310031
2110057761254512620-11311581312331
2290.23721331254412676-11315531316851
2392.9361995350544811440181441161
2489.92571291254412672-11456191457471
2588.7340701666716736-11575901576601
2697.9243489129917611575961576431
2795.59336813751442-11612701613371
28100438813861473-11727121727991
Short-link