<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL929038.13	211981	CTTTTGACATTTGATAGAGTGTTTGGACCCAGAAACTGACGCATGACATC	212030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1	CTTTTGACATTTGATAGAGTGTTTGGACCCAGAAACTGACGCATGACATC	50

AL929038.13	212031	GAGAGTCAATGAGAATGGCAGACATCAATGTCATTGCAGGTCCTCAGGAA	212080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	51	GAGAGTCAATGAGAATGGCAGACATCAATGTCATTGCAGGTCCTCAGGAA	100

AL929038.13	212081	AAAATAAGTCATTTACAGTAGAAGGCTCAGAAATGTGGCCAACCACTGTC	212130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	101	AAAATAAGTCATTTACAGTAGAAGGCTCAGAAATGTGGCCAACCACTGTC	150

AL929038.13	212131	TCAGTCTAGCATCCAGAGCCAAGCACTACAGAGCTATTAGCCATTCAAAG	212180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	151	TCAGTCTAGCATCCAGAGCCAAGCACTACAGAGCTATTAGCCATTCAAAG	200

AL929038.13	212181	ACAAGCACAGACCAACTAATATGAGACTAAAGCCCAAGACTAAACTAGTT	212230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	201	ACAAGCACAGACCAACTAATATGAGACTAAAGCCCAAGACTAAACTAGTT	250

AL929038.13	212231	TCCCTTGAGGAGGTCAGGTAAATTGGTGTTTCACAGACATACTTTGTGAT	212280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	251	TCCCTTGAGGAGGTCAGGTAAATTGGTGTTTCACAGACATACTTTGTGAT	300

AL929038.13	212281	TTTAATCCTGTCTCAATCGAAAGCAGTCTGGGGTTCTTTCTTACACTACC	212330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	301	TTTAATCCTGTCTCAATCGAAAGCAGTCTGGGGTTCTTTCTTACACTACC	350

AL929038.13	212331	TCTGTAAAATTGACAAAACAAATTGATGTTTTTTGGCTAACTCGAGAGTC	212380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	351	TCTGTAAAATTGACAAAACAAATTGATGTTTTTTGGCTAACTCGAGAGTC	400

AL929038.13	212381	CTCTGAGAAATCTAATCCTTTCCAGATAGGAATGTCTGTGATTATGGGAC	212430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	401	CTCTGAGAAATCTAATCCTTTCCAGATAGGAATGTCTGTGATTATGGGAC	450

AL929038.13	212431	TTTTTTTTCATAATGCTTCTCCTCTTGTTTTTTTGACCTGCCTTGATCGC	212480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	451	TTTTTTTTCATAATGCTTCTCCTCTTGTTTTTTTGACCTGCCTTGATCGC	500

AL929038.13	212481	TGTAACTAAAGTTAAATTTATTTCTGTGTTGCCCGGCACTACTTGATTAT	212530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	501	TGTAACTAAAGTTAAATTTATTTCTGTGTTGCCCGGCACTACTTGATTAT	550

AL929038.13	212531	GGATTTAGACTTTTATGCCAAATTTCTAGCTAGAACAGCAGCTGGTGGTT	212580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	551	GGATTTAGACTTTTATGCCAAATTTCTAGCTAGAACAGCAGCTGGTGGTT	600

AL929038.13	212581	CAAGAACTGCTGGCTGAAAACAGAATTAAATCAATAAAGGGAGTCCTGCT	212630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	601	CAAGAACTGCTGGCTGAAAACAGAATTAAATCAATAAAGGGAGTCCTGCT	650

AL929038.13	212631	TAGAACTGTAGTACTGCATTTGTAAGGTATGATCATCACTGTTATGCCTA	212680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	651	TAGAACTGTAGTACTGCATTTGTAAGGTATGATCATCACTGTTATGCCTA	700

AL929038.13	212681	ACACACAATGGACCTGAAAGGTTTGAAGTTACTATTTATTTAATTCTTTT	212730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	701	ACACACAATGGACCTGAAAGGTTTGAAGTTACTATTTATTTAATTCTTTT	750

AL929038.13	212731	ACAAGGGTTTTAAGACAGCCATTCAGAAATCACACACTCTCATCTTTCAA	212780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	751	ACAAGGGTTTTAAGACAGCCATTCAGAAATCACACACTCTCATCTTTCAA	800

AL929038.13	212781	GTAATTACAGAGTTTCCAATCCAGTCCGGGCCAGTATATTAAATCAAAGA	212830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	801	GTAATTACAGAGTTTCCAATCCAGTCCGGGCCAGTATATTAAATCAAAGA	850

AL929038.13	212831	CGTCCTCTTGTTAATAATTTAAGTCAATTGTCATTCTGGAAACTAATCTT	212880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	851	CGTCCTCTTGTTAATAATTTAAGTCAATTGTCATTCTGGAAACTAATCTT	900

AL929038.13	212881	GTCCATTTAGTGCTTAATATGACAGCCGAGGTTACAAGCATCTCCCTAAA	212930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	901	GTCCATTTAGTGCTTAATATGACAGCCGAGGTTACAAGCATCTCCCTAAA	950

AL929038.13	212931	TTAGCATTAAAAGAATAGTTTATCCACAATGAAAATGTAGTCATCATTTA	212980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	951	TTAGCATTAAAAGAATAGTTTATCCACAATGAAAATGTAGTCATCATTTA	1000

AL929038.13	212981	ATCACCCTAATGTAGTTCCAGAACAATTTATCTTTCTTTTTGCCTAGAAC	213030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1001	ATCACCCTAATGTAGTTCCAGAACAATTTATCTTTCTTTTTGCCTAGAAC	1050

AL929038.13	213031	ACAAAAGGAGATGGATAAACTACCTAAAATGAGTAAAACCGGCAGATATT	213080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1051	ACAAAAGGAGATGGATAAACTACCTAAAATGAGTAAAACCGGCAGATATT	1100

AL929038.13	213081	GAAAAGACCTGTGCAGTAACACAAAAACAAAAGCAAACAGAAAGGGATAT	213130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1101	GAAAAGACCTGTGCAGTAACACAAAAACAAAAGCAAACAGAAAGGGATAT	1150

AL929038.13	213131	ACAATAATACTCAAAGATAAGAAGTTTTTTTATGTTAATTTAATATAATA	213180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1151	ACAATAATACTCAAAGATAAGAAGTTTTTTTATGTTAATTTAATATAATA	1200

AL929038.13	213181	TAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATA	213230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1201	TAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATA	1250

AL929038.13	213231	TAATATAATATAATATAATATAATATTGATTCATTTTCTTGTCAGCTTAG	213280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1251	TAATATAATATAATATAATATAATATTGATTCATTTTCTTGTCAGCTTAG	1300

AL929038.13	213281	TCCCTTTATTAATCCTTGGTCACCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATC	213330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1301	TCCCTTTATTAATCCTTGGTCACCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATC	1350

AL929038.13	213331	CAGCAAGTTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCATCCGCAACCCATCTCTGG	213380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1351	CAGCAAGTTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCATCCGCAACCCATCTCTGG	1400

AL929038.13	213381	GAAACATCCACACACACATTCACACACACACAATCATACACTACAGACAA	213430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1401	GAAACATCCACACACACATTCACACACACACAATCATACACTACAGACAA	1450

AL929038.13	213431	TTTAGCTTAACCAATTCACCTGTACAGGATGTCTTTGGACTGTGGGGGAA	213480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1451	TTTAGCTTAACCAATTCACCTGTACAGGATGTCTTTGGACTGTGGGGGAA	1500

AL929038.13	213481	ACCGAAGCACCCGGAGGAAACCAATGCGAACGCAGGGAGAACATGCAAAC	213530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1501	ACCGAAGCACCCGGAGGAAACCAATGCGAACGCAGGGAGAACATGCAAAC	1550

AL929038.13	213531	TCCACACAATAACGCCAACTGAGCCGAGGCTCGACCCAGCGACCTTCTTT	213580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1551	TCCACACAATAACGCCAACTGAGCCGAGGCTCGACCCAGCGACCTTCTTT	1600

AL929038.13	213581	CTGTGAGGCGACTGCGCCACTGCTTCGCCCATAATATAATATAATATAAT	213630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1601	CTGTGAGGCGACTGCGCCACTGCTTCGCCCATAATATAATATAATATAAT	1650

AL929038.13	213631	ATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAAA	213680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1651	ATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAAA	1700

AL929038.13	213681	ATTTTATCAATAATGTTGTGATCGCAAGTTTATATACTTTCAGTATTCTT	213730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1701	ATTTTATCAATAATGTTGTGATCGCAAGTTTATATACTTTCAGTATTCTT	1750

AL929038.13	213731	ACCGAACTACAACTCCCAGACCTCTTTGCACACATCAACGCCTGTCACAG	213780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1751	ACCGAACTACAACTCCCAGACCTCTTTGCACACATCAACGCCTGTCACAG	1800

AL929038.13	213781	CTGACAATAATCCGGACACTCACATAAACAAAGCTGAAACTCATGATTAC	213830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1801	CTGACAATAATCCGGACACTCACATAAACAAAGCTGAAACTCATGATTAC	1850

AL929038.13	213831	TACTGATTACATGGACTATATATACTACTTACTTTCATAGACACTTTGCT	213880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1851	TACTGATTACATGGACTATATATACTACTTACTTTCATAGACACTTTGCT	1900

AL929038.13	213881	GAGTCTTGTTTATCTGCTAACATCACAAAGTATTTTCCTTTAGCGGTGGG	213930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1901	GAGTCTTGTTTATCTGCTAACATCACAAAGTATTTTCCTTTAGCGGTGGG	1950

AL929038.13	213931	CAAAGCGAGTTTTCATGAAACACTAAAACAGTCAAAGTGTGTCGAAGCTT	213980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL929139.7	1951	CAAAGCGAGTTTTCATGAAACACTAAAACAGTCAAAGTGTGTCGAAGCTT	2000

Overview

Query
AL929038.13 - 213980 bps
Hit
AL929139.7 - 70307 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193720002119812139801120001
2902133151634031637171127515941
389.171983083087531182-1128115941
480.571053117163171941-1129616091
579.136422340323405451134315721
681.761695841686671692501774883611
788.72147264146915147178-1775480191
895.836296168591168686-1826983641
984.9487165101836102000112659128241
1081.98671707177271941-112664128351
1183.811884965967460169-113292137851
1294.29121175169189169363-113377135511
1390.63105193169196169388-113596137871
1492.62641226005060171-113664137851
1586.6757121121553121673-126912270311
1689.0959108169027169134-126920270291
1795.3363106168581168686-128694288001
1890.826796146380146475-133090331871
1984.3899206101820102025134853350571
2084.03117282168690168971-151925522121
2186.01116243146917147159151968522101
2288.8956108168745168852-154965550721
2374.195628064516730-166990672681
2493.026186102057102142167166672511
Short-link