<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR387988.4	2000	GAATTCTTGCAGATCTCTGTATTATTGATAGTCATTTTGCTCTGACATTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1	GAATTCTTGCAGATCTCTGTATTATTGATAGTCATTTTGCTCTGACATTT	50

C  CR387988.4	1950	TATACAAAGCTGAATCAGCAACAGTATGACTAAACACAACCAAAAAAGAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	51	TATACAAAGCTGAATCAGCAACAGTATGACTAAACACAACCAAAAAAGAA	100

C  CR387988.4	1900	AGCTAGAAAGATTATATTAGACACTTACGTGTATGGATCATTATGGTGAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	101	AGCTAGAAAGATTATATTAGACACTTACGTGTATGGATCATTATGGTGAG	150

C  CR387988.4	1850	GACTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTCAGCTAAAATAGATTTA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	151	GACTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTCAGCTAAAATAGATTTA	200

C  CR387988.4	1800	CAGTTTAATCGAGTAATGAATGATTCATAAATTGGAAAGCCCCCACAATC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	201	CAGTTTAATCGAGTAATGAATGATTCATAAATTGGAAAGCCCCCACAATC	250

C  CR387988.4	1750	ACAGCAGATTCAGAGAGACTCCAGGGGTGTCTCATGATCAGAATGAATTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	251	ACAGCAGATTCAGAGAGACTCCAGGGGTGTCTCATGATCAGAATGAATTT	300

C  CR387988.4	1700	ATAGACAATACAAAGTAAAGTGACGCATAGAAATCAGAAGTGAGGTACAG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	301	ATAGACAATACAAAGTAAAGTGACGCATAGAAATCAGAAGTGAGGTACAG	350

C  CR387988.4	1650	AAACAGCTGGATTGGTTATGGCTTGGCACTTGCCTTATTTGAACACTCAG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	351	AAACAGCTGGATTGGTTATGGCTTGGCACTTGCCTTATTTGAACACTCAG	400

C  CR387988.4	1600	CTGTATGCGACTAATTGAAGTATGGCTGCTGGAATTGGCCAAGACTCAGC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	401	CTGTATGCGACTAATTGAAGTATGGCTGCTGGAATTGGCCAAGACTCAGC	450

C  CR387988.4	1550	GATTGTTACAGGCGCATATTCCTAAGTTAGGTTTTAGTCTTGTGTACCTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	451	GATTGTTACAGGCGCATATTCCTAAGTTAGGTTTTAGTCTTGTGTACCTA	500

C  CR387988.4	1500	TTGAGTTAGGTTGCAGTTCATTCACAAGGACTGAAATATAGAAGTATGGC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	501	TTGAGTTAGGTTGCAGTTCATTCACAAGGACTGAAATATAGAAGTATGGC	550

C  CR387988.4	1450	GTTTTTCTCAGGCCATATTTAATTTGATTTAACAGGACTTTGGGTATGTC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	551	GTTTTTCTCAGGCCATATTTAATTTGATTTAACAGGACTTTGGGTATGTC	600

C  CR387988.4	1400	ATTGTATTTTACTAATATATTTTACAAACACCCCATGTTATCTTAATCTA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	601	ATTGTATTTTACTAATATATTTTACAAACACCCCATGTTATCTTAATCTA	650

C  CR387988.4	1350	TTTAAGTTCACACTTTTTAATCAAATTTTACTTTAAATGTATCTAACCTC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	651	TTTAAGTTCACACTTTTTAATCAAATTTTACTTTAAATGTATCTAACCTC	700

C  CR387988.4	1300	CTAAATTTCTGCCTTTGTGAACCAATAATACTTTTTCCAAATTCTTATTA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	701	CTAAATTTCTGCCTTTGTGAACCAATAATACTTTTTCCAAATTCTTATTA	750

C  CR387988.4	1250	TAGCATATATCAGACTATATAGCTATAGACACTTTGGCATCATTGTTTTC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	751	TAGCATATATCAGACTATATAGCTATAGACACTTTGGCATCATTGTTTTC	800

C  CR387988.4	1200	CCATACAAAACACAATACATTTAATGAATTAATGAATGATGCATCAGCAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	801	CCATACAAAACACAATACATTTAATGAATTAATGAATGATGCATCAGCAA	850

C  CR387988.4	1150	AGAAGGTTTTACTGAAAGTAAGAAAAATTATAAGCCAGTTTGGGTTTCCC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	851	AGAAGGTTTTACTGAAAGTAAGAAAAATTATAAGCCAGTTTGGGTTTCCC	900

C  CR387988.4	1100	AAGAATCAGACACCAAGATGGAATTACACGTATAAGAGAGTAACCAGAGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	901	AAGAATCAGACACCAAGATGGAATTACACGTATAAGAGAGTAACCAGAGA	950

C  CR387988.4	1050	AAACGCCTTTGAAGAATAAAGAGAAGATAGAGCAAGAGGCTGCAAGAGCC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	951	AAACGCCTTTGAAGAATAAAGAGAAGATAGAGCAAGAGGCTGCAAGAGCC	1000

C  CR387988.4	1000	TCCAGATCATGATGCAAGCCGGCACCTCAAAAGAAGAGAGAGCATGAAAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1001	TCCAGATCATGATGCAAGCCGGCACCTCAAAAGAAGAGAGAGCATGAAAG	1050

C  CR387988.4	950	ATAATTGGAAAGGAGGAGCCTCAGAGAAGAGTGCAGATCTGAGAAATTGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1051	ATAATTGGAAAGGAGGAGCCTCAGAGAAGAGTGCAGATCTGAGAAATTGT	1100

C  CR387988.4	900	CAGCCACACTGAAAGAGCACCAAAGTGAACTTTGACCTTTAGATGAGTCC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1101	CAGCCACACTGAAAGAGCACCAAAGTGAACTTTGACCTTTAGATGAGTCC	1150

C  CR387988.4	850	ATGTGGGACAAGAATGAAAAGCCCTATAATATCTTCCTTGCTCAGCATTG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1151	ATGTGGGACAAGAATGAAAAGCCCTATAATATCTTCCTTGCTCAGCATTG	1200

C  CR387988.4	800	GCAGGGAGCAACCTAAGGAGAGCATGGCACCTGCATGTAAGCCAAAAATA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1201	GCAGGGAGCAACCTAAGGAGAGCATGGCACCTGCATGTAAGCCAAAAATA	1250

C  CR387988.4	750	AAATTCAATGTCCGTTAACCAACTAAATGGGCCCTTTATCTTGGCCAAGG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1251	AAATTCAATGTCCGTTAACCAACTAAATGGGCCCTTTATCTTGGCCAAGG	1300

C  CR387988.4	700	GCATTTTAAACTAAACCTGAAACAGTAATGGAGGCCATGACGGAAATGGG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1301	GCATTTTAAACTAAACCTGAAACAGTAATGGAGGCCATGACGGAAATGGG	1350

C  CR387988.4	650	TAGTTGAACATGCCTCGTTATTTACTTTCATCCTTTCGGAATTCATGCAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1351	TAGTTGAACATGCCTCGTTATTTACTTTCATCCTTTCGGAATTCATGCAT	1400

C  CR387988.4	600	AGCTGAACAGTGTTAACATTAAAGTAGAGACTTAAGAATGACAAAACAGA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1401	AGCTGAACAGTGTTAACATTAAAGTAGAGACTTAAGAATGACAAAACAGA	1450

C  CR387988.4	550	CTCTTCGTAGCAATAAGATATCAACATGACAGATAGCAGGCCTTGAAAGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1451	CTCTTCGTAGCAATAAGATATCAACATGACAGATAGCAGGCCTTGAAAGA	1500

C  CR387988.4	500	AATCAAAGTATTTCACCACAAAAATACATTTCTTTGACATATTTTGAAAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1501	AATCAAAGTATTTCACCACAAAAATACATTTCTTTGACATATTTTGAAAT	1550

C  CR387988.4	450	GGCCCTACAAGGCTGTTTCTGTGGGGAAAATCTCCATTTTGTAGAGAATC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1551	GGCCCTACAAGGCTGTTTCTGTGGGGAAAATCTCCATTTTGTAGAGAATC	1600

C  CR387988.4	400	CCCTTCTCTTTCCAAGTCTTTTTCCTGATTTTTCCTGATTCCAAGTCCTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1601	CCCTTCTCTTTCCAAGTCTTTTTCCTGATTTTTCCTGATTCCAAGTCCTT	1650

C  CR387988.4	350	TTTCCTTTTTATGTCTGATAAAAATCATTTACAATCTATTCTCAGTGAAG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1651	TTTCCTTTTTATGTCTGATAAAAATCATTTACAATCTATTCTCAGTGAAG	1700

C  CR387988.4	300	CCTGCTACCTGCAAGCTTCATCTGCATAAGAACCTTGGTCTCTAAAACAC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1701	CCTGCTACCTGCAAGCTTCATCTGCATAAGAACCTTGGTCTCTAAAACAC	1750

C  CR387988.4	250	CTTATCTTAACCCATACACTCCTGTCTATTGATTCCGGTCTTTAGATAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1751	CTTATCTTAACCCATACACTCCTGTCTATTGATTCCGGTCTTTAGATAAA	1800

C  CR387988.4	200	TTATTTTAGCCAGTTGTCAAATGCCAGTCAGAAAATCTTCGAATTCACCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1801	TTATTTTAGCCAGTTGTCAAATGCCAGTCAGAAAATCTTCGAATTCACCT	1850

C  CR387988.4	150	TTAACCTGGAAGCCTTCACCCACCCCACCCCCACCTGCTTTGAGTTGTCT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1851	TTAACCTGGAAGCCTTCACCCACCCCACCCCCACCTGCTTTGAGTTGTCT	1900

C  CR387988.4	100	CACCTTTCCCAATTTTACCAATGTGTATCTTAGGTGTACTTATTGATGTC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1901	CACCTTTCCCAATTTTACCAATGTGTATCTTAGGTGTACTTATTGATGTC	1950

C  CR387988.4	50	TTATGTCTCCCTCACATGTATAAATCCAAGCTGTAGCCCAACAACCTTGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL929000.6	1951	TTATGTCTCCCTCACATGTATAAATCCAAGCTGTAGCCCAACAACCTTGG	2000

Overview

Query
CR387988.4 - 30540 bps
Hit
AL929000.6 - 64208 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link