<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL845514.4	1995	GAATTCAGAGCGCACATATTTCCCTCTTTCTTGTCATTTTGGGTTTGTGT	2044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1	GAATTCAGAGCGCACATATTTCCCTCTTTCTTGTCATTTTGGGTTTGTGT	50

AL845514.4	2045	GAAGTGAATCTTTTCAAAGTTTGCAAATAAAGAAAAAATATTATCCATGG	2094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	51	GAAGTGAATCTTTTCAAAGTTTGCAAATAAAGAAAAAATATTATCCATGG	100

AL845514.4	2095	CATCAAAACAGAATATTCCCAAATGTCCAGATAAATATTATTATTCTGCC	2144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	101	CATCAAAACAGAATATTCCCAAATGTCCAGATAAATATTATTATTCTGCC	150

AL845514.4	2145	TTTTGCTAGCTCATATAAGAAACTGATGATTTTCTGTTTACTGCATGCAA	2194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	151	TTTTGCTAGCTCATATAAGAAACTGATGATTTTCTGTTTACTGCATGCAA	200

AL845514.4	2195	AACCTATAATAGTGAGTAATTGGTAAAATACAGAATGTCTTCATTTTAAA	2244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	201	AACCTATAATAGTGAGTAATTGGTAAAATACAGAATGTCTTCATTTTAAA	250

AL845514.4	2245	CAAAGGTTGCAAGAATTGTCTTGTTGGTTGGCTTTAGAAAAATTACATAT	2294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	251	CAAAGGTTGCAAGAATTGTCTTGTTGGTTGGCTTTAGAAAAATTACATAT	300

AL845514.4	2295	ATGTTTAAGAGAAAACCTGAAAATAGTGTCAAAATATGCAATTCCTTTAT	2344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	301	ATGTTTAAGAGAAAACCTGAAAATAGTGTCAAAATATGCAATTCCTTTAT	350

AL845514.4	2345	AGGATTTCTAAAGGAAGCTGGTACAAATATTTTGTCTTTAAATTGTATGT	2394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	351	AGGATTTCTAAAGGAAGCTGGTACAAATATTTTGTCTTTAAATTGTATGT	400

AL845514.4	2395	GTCTCTACATGCATGCTTTTATTTATTTCTTTTCTTTAGTATTTTTTAAA	2444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	401	GTCTCTACATGCATGCTTTTATTTATTTCTTTTCTTTAGTATTTTTTAAA	450

AL845514.4	2445	AGTTCCCAAAATCAATAAAAACAGTGTTTACGCAAAAAACAAACTCCTCC	2494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	451	AGTTCCCAAAATCAATAAAAACAGTGTTTACGCAAAAAACAAACTCCTCC	500

AL845514.4	2495	CACAAAACTTTATTTTGTATTTGAAGCCTTTGCTAGGATGTCTGTGATTA	2544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	501	CACAAAACTTTATTTTGTATTTGAAGCCTTTGCTAGGATGTCTGTGATTA	550

AL845514.4	2545	TGAGTGTGAGATCCATCGTTTCACACTGACACTGATTTGCAAATGTTACA	2594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	551	TGAGTGTGAGATCCATCGTTTCACACTGACACTGATTTGCAAATGTTACA	600

AL845514.4	2595	GTTCAAACACACACTGAAGCTCCAAAGGGAAAAACCATGCATTAAGAGGC	2644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	601	GTTCAAACACACACTGAAGCTCCAAAGGGAAAAACCATGCATTAAGAGGC	650

AL845514.4	2645	TTGGGGGGTGAAAACATTTGCAATTGGCAGATTGGGGTCATGTTAATTTA	2694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	651	TTGGGGGGTGAAAACATTTGCAATTGGCAGATTGGGGTCATGTTAATTTA	700

AL845514.4	2695	TTTTGCTTTGTTTTCTTGGAAACATGTTCGTATCTTCTGTAGCTTCTGAA	2744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	701	TTTTGCTTTGTTTTCTTGGAAACATGTTCGTATCTTCTGTAGCTTCTGAA	750

AL845514.4	2745	AGGTAGTGCTAAATAATACTAATACGATTTTAAAAATGTACTCTTCTGCA	2794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	751	AGGTAGTGCTAAATAATACTAATACGATTTTAAAAATGTACTCTTCTGCA	800

AL845514.4	2795	TTCAATAAAAGCTTTCCCACCTCGGCTATCCTAATGTGAGGCAAGAATTT	2844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	801	TTCAATAAAAGCTTTCCCACCTCGGCTATCCTAATGTGAGGCAAGAATTT	850

AL845514.4	2845	TCAAAGTGTGCAATAATAAAAAAAAGAGGAAAAAAAACAAGCAACTGTGA	2894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	851	TCAAAGTGTGCAATAATAAAAAAAAGAGGAAAAAAAACAAGCAACTGTGA	900

AL845514.4	2895	ATTAGATGCATTTCCGTAATGTTGGTAGAGTGGCAGTCTGTAGGATTGGT	2944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	901	ATTAGATGCATTTCCGTAATGTTGGTAGAGTGGCAGTCTGTAGGATTGGT	950

AL845514.4	2945	AAGCTAGCAACCAACAGTAAACAAGCCAAGCATAATGGAGTCACGCGAGT	2994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	951	AAGCTAGCAACCAACAGTAAACAAGCCAAGCATAATGGAGTCACGCGAGT	1000

AL845514.4	2995	AATATTCAAACCCACCTTCATGTCTAAAACCACCATAAACAAACATAAAA	3044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1001	AATATTCAAACCCACCTTCATGTCTAAAACCACCATAAACAAACATAAAA	1050

AL845514.4	3045	TATTTTTACTCAAAATTTGGAATTTCCCTCACTAGTTTCTGGTACAATAT	3094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1051	TATTTTTACTCAAAATTTGGAATTTCCCTCACTAGTTTCTGGTACAATAT	1100

AL845514.4	3095	TTTAAAATGCGCATTAAAACAAGCAGATGGAAAAACAGCTCATGGAACTC	3144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1101	TTTAAAATGCGCATTAAAACAAGCAGATGGAAAAACAGCTCATGGAACTC	1150

AL845514.4	3145	TCGCCTTAAGCTGTATATATGTACAGTTGAAGGCAAAACTATTCACCCCC	3194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1151	TCGCCTTAAGCTGTATATATGTACAGTTGAAGGCAAAACTATTCACCCCC	1200

AL845514.4	3195	TATGAATTAATTATTTTTCAAATATTTCCAAAGTGATGTGTAATAAAGCA	3244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1201	TATGAATTAATTATTTTTCAAATATTTCCAAAGTGATGTGTAATAAAGCA	1250

AL845514.4	3245	AAATAATTTATTCTGGTATTTTCTAAAATTTGTTTTCTTCTGGACAAAGT	3294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1251	AAATAATTTATTCTGGTATTTTCTAAAATTTGTTTTCTTCTGGACAAAGT	1300

AL845514.4	3295	CTTTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTACAGTTTTTAGATTGAAAAATAGTG	3344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1301	CTTTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTACAGTTTTTAGATTGAAAAATAGTG	1350

AL845514.4	3345	AGGTCAATATTATTACCCCCTCTTAAAAAATTGTGTTTTCTATTGGCTAC	3394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1351	AGGTCAATATTATTACCCCCTCTTAAAAAATTGTGTTTTCTATTGGCTAC	1400

AL845514.4	3395	AGAACAAACCACTGCTTTACAATGATTTCCTAATTACCCTAGTTAACCTA	3444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1401	AGAACAAACCACTGCTTTACAATGATTTCCTAATTACCCTAGTTAACCTA	1450

AL845514.4	3445	GTTAAGCCTTTAAATTGCACCTAATGCTGAAAACTCGTATCATACAAAAT	3494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1451	GTTAAGCCTTTAAATTGCACCTAATGCTGAAAACTCGTATCATACAAAAT	1500

AL845514.4	3495	AACAAAACCTTTTATTTACTGTCATCAAGGCAACGACAACAGAAATCAGC	3544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1501	AACAAAACCTTTTATTTACTGTCATCAAGGCAACGACAACAGAAATCAGC	1550

AL845514.4	3545	CATTACAAATGAGTGATTAAACTATTATGTTGAAAAACTCTTCTCCGATA	3594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1551	CATTACAAATGAGTGATTAAACTATTATGTTGAAAAACTCTTCTCCGATA	1600

AL845514.4	3595	AACAACCCTGGGCAATATTTCAAAAAGTATTACAATTTCACAGGAAGGCT	3644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1601	AACAACCCTGGGCAATATTTCAAAAAGTATTACAATTTCACAGGAAGGCT	1650

AL845514.4	3645	AATAACTTTGACTTGATTTAATTGTGACAGTGATTTGGGAGAGGCAGGTA	3694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1651	AATAACTTTGACTTGATTTAATTGTGACAGTGATTTGGGAGAGGCAGGTA	1700

AL845514.4	3695	TACCACAGCACATTATCCTGTGTAATTTGTAAGTCTTTGTAATGTACAGA	3744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1701	TACCACAGCACATTATCCTGTGTAATTTGTAAGTCTTTGTAATGTACAGA	1750

AL845514.4	3745	ATGATGGTAGTGTTTCTACAGGATGCCTGCTGGCTCTTGAACTTTACAAA	3794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1751	ATGATGGTAGTGTTTCTACAGGATGCCTGCTGGCTCTTGAACTTTACAAA	1800

AL845514.4	3795	CATTCCTCGGCTCACCTTCACATGGTTTCCGCTGTTGCGCTGGCTTTCAG	3844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1801	CATTCCTCGGCTCACCTTCACATGGTTTCCGCTGTTGCGCTGGCTTTCAG	1850

AL845514.4	3845	ACGGCACTTCTGAAGCATTAACACTCTTTACAAGAACAGTTCCCGCTCTC	3894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1851	ACGGCACTTCTGAAGCATTAACACTCTTTACAAGAACAGTTCCCGCTCTC	1900

AL845514.4	3895	TCGCCTGCTGTTCTGGAGGAAAAAAAACACAACACAGAGACACAAAATCA	3944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1901	TCGCCTGCTGTTCTGGAGGAAAAAAAACACAACACAGAGACACAAAATCA	1950

AL845514.4	3945	CAAACCTTCACACTGATCCAGGTGTTCCCCTGACAGCGGGGAAATCTGCT	3994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928834.15	1951	CAAACCTTCACACTGATCCAGGTGTTCCCCTGACAGCGGGGAAATCTGCT	2000

Overview

Query
AL845514.4 - 3994 bps
Hit
AL928834.15 - 189764 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019242000199539941120001
279.295119843240192793929901
384.3142102119220193197932981
480.635719142232193240934301
597.833246119164193517935621
Short-link