<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL845303.11	52017	GAATTCTGCGCGCGCCAGATAAGAATTTGCAGATATTTTTTGCTATTTCT	52066
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1	GAATTCTGCGCGCGCCAGATAAGAATTTGCAGATATTTTTTGCTATTTCT	50

AL845303.11	52067	GAGCAGAATGATTTTGGGAGTATTATAACTAAAACCTTAATATATGAAAT	52116
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	51	GAGCAGAATGATTTTGGGAGTATTATAACTAAAACCTTAATATATGAAAT	100

AL845303.11	52117	AAAAAGTAATACCATATTAACTTGTATTTAATGTTTACAATGCAAATCCA	52166
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	101	AAAAAGTAATACCATATTAACTTGTATTTAATGTTTACAATGCAAATCCA	150

AL845303.11	52167	ATTAGATCCACTTGATTTAGTAAACAAAGCAAGTCTCCCATATAATATAA	52216
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	151	ATTAGATCCACTTGATTTAGTAAACAAAGCAAGTCTCCCATATAATATAA	200

AL845303.11	52217	CTACTAAAAGACAGAAAATGTTACTCTACAAACTGTATTGTACATAAATC	52266
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	201	CTACTAAAAGACAGAAAATGTTACTCTACAAACTGTATTGTACATAAATC	250

AL845303.11	52267	ATATAAATATGTTCATATTAGTTAATAATATTACTGAAAATAATTTGAAA	52316
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	251	ATATAAATATGTTCATATTAGTTAATAATATTACTGAAAATAATTTGAAA	300

AL845303.11	52317	ACCGAATAAATATTAATTTACACACATTTACACAAGTAAATAAACAGAAT	52366
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	301	ACCGAATAAATATTAATTTACACACATTTACACAAGTAAATAAACAGAAT	350

AL845303.11	52367	CAATGATGGACTAAAATCTGCGAAATTCTGTGCGGGCAGATTCCGTGTGG	52416
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	351	CAATGATGGACTAAAATCTGCGAAATTCTGTGCGGGCAGATTCCGTGTGG	400

AL845303.11	52417	GTCTACTTATTAGTTAAATCCACCACTGCTTATTTTGAAAATGGTAATCA	52466
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	401	GTCTACTTATTAGTTAAATCCACCACTGCTTATTTTGAAAATGGTAATCA	450

AL845303.11	52467	ACATTTTAGCTAAATGCAGATCATTTCATGCCATTGGTTAATAAAAATGC	52516
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	451	ACATTTTAGCTAAATGCAGATCATTTCATGCCATTGGTTAATAAAAATGC	500

AL845303.11	52517	TGTAAAATCATTACCAATACCGGGCCTTTGTTCTCAATAGTAGACTATAT	52566
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	501	TGTAAAATCATTACCAATACCGGGCCTTTGTTCTCAATAGTAGACTATAT	550

AL845303.11	52567	TCTAGCACCTCTCTTGCTAGTGTGATCTCTTGTAGAAACTGGGAGGAATG	52616
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	551	TCTAGCACCTCTCTTGCTAGTGTGATCTCTTGTAGAAACTGGGAGGAATG	600

AL845303.11	52617	TTCTCTTGATCTGTGTTATCTATCCTGCTGTCTCAACGCATTCCACACTC	52666
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	601	TTCTCTTGATCTGTGTTATCTATCCTGCTGTCTCAACGCATTCCACACTC	650

AL845303.11	52667	CCCCCTCAGATATAAAACACTCCGTGGCATCCAAAGAAAATGCACAAAGT	52716
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	651	CCCCCTCAGATATAAAACACTCCGTGGCATCCAAAGAAAATGCACAAAGT	700

AL845303.11	52717	TATGTTGCAAGTCTCTTCAGATTTCACATGCTGCTTGTTAAAATAGGAGC	52766
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	701	TATGTTGCAAGTCTCTTCAGATTTCACATGCTGCTTGTTAAAATAGGAGC	750

AL845303.11	52767	CTCATCAGGTAATATTAATATATAAAACAAATGATCAAGTTAAGAAAAAC	52816
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	751	CTCATCAGGTAATATTAATATATAAAACAAATGATCAAGTTAAGAAAAAC	800

AL845303.11	52817	AAAAGACAGAAAAGACAAAGTGCAAATCTGCTTCTTAGCATAGTTATTAA	52866
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	801	AAAAGACAGAAAAGACAAAGTGCAAATCTGCTTCTTAGCATAGTTATTAA	850

AL845303.11	52867	GTTCCCCCTGTCCACTAAAATACACAGGGAGTTTTGTTCTTCAGTGAGAA	52916
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	851	GTTCCCCCTGTCCACTAAAATACACAGGGAGTTTTGTTCTTCAGTGAGAA	900

AL845303.11	52917	CCTGATACTTCACTCCCACAATCTCAGATACTTCACTGCTTCCTGGCTTC	52966
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	901	CCTGATACTTCACTCCCACAATCTCAGATACTTCACTGCTTCCTGGCTTC	950

AL845303.11	52967	TTATCAGCTTCTCACTGAGTTTCCTTTATTTCCTGATCCTCGTGGGTCAT	53016
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	951	TTATCAGCTTCTCACTGAGTTTCCTTTATTTCCTGATCCTCGTGGGTCAT	1000

AL845303.11	53017	TATTTTATTCACATATTCTTAGGAATTAATCAGAACTTGTTGAATAATTA	53066
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1001	TATTTTATTCACATATTCTTAGGAATTAATCAGAACTTGTTGAATAATTA	1050

AL845303.11	53067	ATTGATTTTTTTTATTTATGCTTTATTATGAGTTTATTATTAGATTGTTT	53116
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1051	ATTGATTTTTTTTATTTATGCTTTATTATGAGTTTATTATTAGATTGTTT	1100

AL845303.11	53117	GTAAATTATGCAGACGGTAAATCAATTAACACTGAAGCTGTTATCGGGCC	53166
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1101	GTAAATTATGCAGACGGTAAATCAATTAACACTGAAGCTGTTATCGGGCC	1150

AL845303.11	53167	AACACTGATTTACACCATTAACTGTCATTCCTCATTTCCAGCGTATGATA	53216
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1151	AACACTGATTTACACCATTAACTGTCATTCCTCATTTCCAGCGTATGATA	1200

AL845303.11	53217	AATGCCTGTAATTCATGAATGGTTTGGAATACAAGGTTGGTCTTTTTTAT	53266
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1201	AATGCCTGTAATTCATGAATGGTTTGGAATACAAGGTTGGTCTTTTTTAT	1250

AL845303.11	53267	ATATATGAACAGGACGCTGAGCAGAGCATTGATATAGCATTTGTGTTTTA	53316
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1251	ATATATGAACAGGACGCTGAGCAGAGCATTGATATAGCATTTGTGTTTTA	1300

AL845303.11	53317	AAAAAATGGACAAGTTAAAGAAAGTTTATATTTTTCATTAATTCATTTTC	53366
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1301	AAAAAATGGACAAGTTAAAGAAAGTTTATATTTTTCATTAATTCATTTTC	1350

AL845303.11	53367	TTGTTGGCTTAGTCCCTTAATAAATCCGGGTCGCTACAGCGGAATAAACC	53416
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1351	TTGTTGGCTTAGTCCCTTAATAAATCCGGGTCGCTACAGCGGAATAAACC	1400

AL845303.11	53417	AACTTGTCCAGCACGTTTTAGCGCAGCGAATGCCCTTTCAGCCACAACCC	53466
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1401	AACTTGTCCAGCACGTTTTAGCGCAGCGAATGCCCTTTCAGCCACAACCC	1450

AL845303.11	53467	ATCTCTGGGAAACATCACCATCCAGACACTCACACTTCACACACACACAC	53516
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1451	ATCTCTGGGAAACATCACCATCCAGACACTCACACTTCACACACACACAC	1500

AL845303.11	53517	TCATACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTC	53566
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1501	TCATACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTC	1550

AL845303.11	53567	TTTGGTCTGTGGGGGAAACCAGAGCACCTGGAGGAAACCCACGAGAACGC	53616
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1551	TTTGGTCTGTGGGGGAAACCAGAGCACCTGGAGGAAACCCACGAGAACGC	1600

AL845303.11	53617	AGGGATAACATGCAAACTCCACACAGAAACACCAACTGAGCCAAGTTTCG	53666
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1601	AGGGATAACATGCAAACTCCACACAGAAACACCAACTGAGCCAAGTTTCG	1650

AL845303.11	53667	AACCAGTGACATTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACTTACAGCGCCACT	53716
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1651	AACCAGTGACATTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACTTACAGCGCCACT	1700

AL845303.11	53717	GCATCGCCATGTATATTATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTT	53766
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1701	GCATCGCCATGTATATTATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTT	1750

AL845303.11	53767	ATTAATCCGGGGTCACCACATTGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACAT	53816
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1751	ATTAATCCGGGGTCACCACATTGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACAT	1800

AL845303.11	53817	TTTTATGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTACAACCCATCCCTGGGAAACATC	53866
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1801	TTTTATGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTACAACCCATCCCTGGGAAACATC	1850

AL845303.11	53867	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	53916
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1851	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	1900

AL845303.11	53917	CACACACACACACACAAACAAACACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAA	53966
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1901	CACACACACACACACAAACAAACACACTATGGACAATTTAGCCTACCCAA	1950

AL845303.11	53967	TTCACCTGTTGACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGTATCCAGA	54016
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928800.5	1951	TTCACCTGTTGACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGTATCCAGA	2000

Overview

Query
AL845303.11 - 54016 bps
Hit
AL928800.5 - 153880 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001944200052017540161120001
283.861242792265222930-1133416181
383.871703771069911075-1171821201
490.9527339630208306031852989481
581.941583841069511078122023223821
687.551672802265222931122111223831
792.842913731341213784124402247781
888.111312195350653724-146829470551
986.811282271069510921146831470651
1083.151262812265222932-160229605011
1191.551552121070010911-160373605851
1292.771271654626646430182078822431
1391.021772532267922931-185889861441
1484.731252655335053614185890861511
1587.872393993234032738190846912571
1684.7177378107011107811190731194641
1792.821401945373453927-11192671194611
1886.51572832265222934-11277851280581
1982.81130296391673946211479101482001
2087.351442542265222905-11479351481791
2191.621431911154011730-11493401495301
Short-link