<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1516 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

AL928765.1	5825	GCTGCTCCACAGCCCAGGCTTCTCCCCTCCTGCCCCCATGGAACCCCCAC	5874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1	GCTGCTCCACAGCCCAGGCTTCTCCCCTCCTGCCCCCATGGAACCCCCAC	50

AL928765.1	5875	CCTGGGCTGTCTGGGCCTGCCTAGCCGGCCGTGTGGGGTCCCCCAGGCCC	5924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	51	CCTGGGCTGTCTGGGCCTGCCTAGCCGGCCGTGTGGGGTCCCCCAGGCCC	100

AL928765.1	5925	GTGGCCCAAGCACCCATCTCCGTGTCCAGCGCCCAGCGCACTCGGACGTT	5974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	101	GTGGCCCAAGCACCCATCTCCGTGTCCAGCGCCCAGCGCACTCGGACGTT	150

AL928765.1	5975	TCACACGCGGGCCTCTGGGGAGGACCCCCAGGCACCGCCAGCCCAACCCC	6024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	151	TCACACGCGGGCCTCTGGGGAGGACCCCCAGGCACCGCCAGCCCAACCCC	200

AL928765.1	6025	GGCGGCCGGAAACTGGACCCGCTGCGGCAGCCGCTGAGGCTCTGCTGCCC	6074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	201	GGCGGCCGGAAACTGGACCCGCTGCGGCAGCCGCTGAGGCTCTGCTGCCC	250

AL928765.1	6075	CCGTGTGGCCGACAGCAGCATCGAACGCCGCCGACCACGCGGCGCTTCCC	6124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	251	CCGTGTGGCCGACAGCAGCATCGAACGCCGCCGACCACGCGGCGCTTCCC	300

AL928765.1	6125	GGGCTCGGGGCAGGGGCAGGGGCAGGGGCACGGGCAGGGGCAGGGGCAGG	6174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	301	GGGCTCGGGGCAGGGGCAGGGGCAGGGGCACGGGCAGGGGCAGGGGCAGG	350

AL928765.1	6175	GGCAGGGGCAGGGGCAGGGCCAGGGCCAGGGGCAGGGCCAGGCGTGCTCT	6224
			|||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	351	GGCAGGGGCAGGG------CCAGGGCCAGGGGCAGGGCCAGGCGTGCTCT	394

AL928765.1	6225	CGGGGCCGGATCCCGGCTCTGCCTTGGGCTCAGGGCTGGGGCCCGGTCCG	6274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	395	CGGGGCCGGATCCCGGCTCTGCCTTGGGCTCAGGGCTGGGGCCCGGTCCG	444

AL928765.1	6275	TGTCCAGCACTGTGATCCCCTCCCCTCCCCAGCGCCTGCCGCGGAGGTGG	6324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	445	TGTCCAGCACTGTGATCCCCTCCCCTCCCCAGCGCCTGCCGCGGAGGTGG	494

AL928765.1	6325	CTGTGGCATCCGCGAACAGGCATCAGCTTGTGGGGCTCTGTGGTCTGGGA	6374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	495	CTGTGGCATCCGCGAACAGGCATCAGCTTGTGGGGCTCTGTGGTCTGGGA	544

AL928765.1	6375	TCCCAGCCTCTGCCAAAGTCCTGCATTCCCTGGGTGTGGGGACGCTGTGA	6424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	545	TCCCAGCCTCTGCCAAAGTCCTGCATTCCCTGGGTGTGGGGACGCTGTGA	594

AL928765.1	6425	CCTGGGGACGCTGTGGCCTGGGGGCCTTGCAAGGCTGCACCTGGGGCAGA	6474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	595	CCTGGGGACGCTGTGGCCTGGGGGCCTTGCAAGGCTGCACCTGGGGCAGA	644

AL928765.1	6475	TGGGGAAGCTGGCCTGGGCTCCTCGGTGGGGCCCCGCGCCCCCCACTTCT	6524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	645	TGGGGAAGCTGGCCTGGGCTCCTCGGTGGGGCCCCGCGCCCCCCACTTCT	694

AL928765.1	6525	GCCGGCAGCATCCGATGCTCCCTGACCCTGGTCAGGACCCTTCCTCCTGG	6574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	695	GCCGGCAGCATCCGATGCTCCCTGACCCTGGTCAGGACCCTTCCTCCTGG	744

AL928765.1	6575	CGTGGCCCAGTGTCCCCGCGGAAGCCCCAGAACGCGGCCTGCCCGGGAGC	6624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	745	CGTGGCCCAGTGTCCCCGCGGAAGCCCCAGAACGCGGCCTGCCCGGGAGC	794

AL928765.1	6625	CGGCTCGGGCCTGGGGCCTGCGGGTCTTCACTATGGTCGCGAATGGACCC	6674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	795	CGGCTCGGGCCTGGGGCCTGCGGGTCTTCACTATGGTCGCGAATGGACCC	844

AL928765.1	6675	ACGGGATGCTGCATGAGGCGCACGAGCTTGAGGCACCAGCCTCCGGCCAC	6724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	845	ACGGGATGCTGCATGAGGCGCACGAGCTTGAGGCACCAGCCTCCGGCCAC	894

AL928765.1	6725	TGTCCCTGGAGGACAAGGGACGCGGCTCCGGAGCAGAGGGTCCTCCCCTG	6774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	895	TGTCCCTGGAGGACAAGGGACGCGGCTCCGGAGCAGAGGGTCCTCCCCTG	944

AL928765.1	6775	GGGATGCCCTCCCGGCGGCTGGGTGTGGGGCTGGGGGCTGTGCCCGGAAG	6824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	945	GGGATGCCCTCCCGGCGGCTGGGTGTGGGGCTGGGGGCTGTGCCCGGAAG	994

AL928765.1	6825	TGGGTGGGTGGGAGAAGCCCTCCTGAGCACAGAGGACAGCAGCCAGGCCC	6874
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	995	TGGGTGGGTGGGAGAAG-CCTCCTGAGCACAGAGGACAGCAGCCAGGCCC	1043

AL928765.1	6875	AGGCCCAGGCCCTGCAGGCCCCCAGGGGCTCCAGAGCCCCAGAGAGGAGG	6924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1044	AGGCCCAGGCCCTGCAGGCCCCCAGGGGCTCCAGAGCCCCAGAGAGGAGG	1093

AL928765.1	6925	AAGGCCTCCGTGTGCTCAGAATCAGCTCACACCCCGGGGACGAACCTCAG	6974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1094	AAGGCCTCCGTGTGCTCAGAATCAGCTCACACCCCGGGGACGAACCTCAG	1143

AL928765.1	6975	AGGGCCGGGACAAGGAAAGGAAGGCCCCGGCCCAACATCGGGGTCTGGGC	7024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1144	AGGGCCGGGACAAGGAAAGGAAGGCCCCGGCCCAACATCGGGGTCTGGGC	1193

AL928765.1	7025	GCTGGTGGGACAGGGCAGGCTCAGCCTTGGGGCCGGTCAGGGCCCTGTTG	7074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1194	GCTGGTGGGACAGGGCAGGCTCAGCCTTGGGGCCGGTCAGGGCCCTGTTG	1243

AL928765.1	7075	GGGTTCGGGTCCCCCTGCCAGGTCCGCGTCTGCAGCCACAGCCCCTCAAC	7124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1244	GGGTTCGGGTCCCCCTGCCAGGTCCGCGTCTGCAGCCACAGCCCCTCAAC	1293

AL928765.1	7125	CCCAGCAGGGACCCCAGAGACCGGCTCGGGACCCCCTGGTGGCCGTCTTG	7174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1294	CCCAGCAGGGACCCCAGAGACCGGCTCGGGACCCCCTGGTGGCCGTCTTG	1343

AL928765.1	7175	TGCCACTGCAGTTCTGCTGCTGAGAGGTTCCCGGGGTTCCCGGGGTTCCC	7224
			|||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||
AL928769.1	1344	TGCCACTGCAGTTCTGCTGCTGAGA---------GGTTCCCGGGGTTCCC	1384

AL928765.1	7225	GGGGTCCCTGGCCCGGCAGCCTCCTGGGCTCCCAGGCAGGCGCGCTCTGC	7274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	1385	GGGGTCCCTGGCCCGGCAGCCTCCTGGGCTCCCAGGCAGGCGCGCTCTGC	1434

AL928765.1	7275	CGTCCGCTCATGCGGGGACAGCGGACCTCAGAGGCAAGCCTAAAAGACGC	7324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AL928769.1	1435	CGTCCGCTCATGCGGGGACAGCGGACCTCAGAGGCAAGCCTCAAAGACGC	1484

AL928765.1	7325	GCCCAGATCAGGATCC	7340
			||||||||||||||||
AL928769.1	1485	GCCCAGATCAGGATCC	1500

Compact alignment

skip 350 bps 100% identity alignment

AL928765.1	6175	GGCAGGGGCAGGGGCAGGGCCAGGGCCAGGGGCAGGGCCAGGCGTGCTCT	6224
			|||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	351	GGCAGGGGCAGGG------CCAGGGCCAGGGGCAGGGCCAGGCGTGCTCT	394

skip 600 bps 100% identity alignment

AL928765.1	6825	TGGGTGGGTGGGAGAAGCCCTCCTGAGCACAGAGGACAGCAGCCAGGCCC	6874
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928769.1	995	TGGGTGGGTGGGAGAAG-CCTCCTGAGCACAGAGGACAGCAGCCAGGCCC	1043

skip 300 bps 100% identity alignment

AL928765.1	7175	TGCCACTGCAGTTCTGCTGCTGAGAGGTTCCCGGGGTTCCCGGGGTTCCC	7224
			|||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||
AL928769.1	1344	TGCCACTGCAGTTCTGCTGCTGAGA---------GGTTCCCGGGGTTCCC	1384

skip 50 bps 100% identity alignment

AL928765.1	7275	CGTCCGCTCATGCGGGGACAGCGGACCTCAGAGGCAAGCCTAAAAGACGC	7324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AL928769.1	1435	CGTCCGCTCATGCGGGGACAGCGGACCTCAGAGGCAAGCCTCAAAGACGC	1484

skip 16 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL928765.1 - 7341 bps
Hit
AL928769.1 - 12039 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1516 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link