<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 808 bps / non-identical: 200 bps
Full alignment
AL928762.2 2372 TCCCTGCACCCTCACCGGGGCACCTGTGAGCCCTGAGGGCCAGTGGGGGT 2421 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 1 TCCCTGCACCCTCACCGGGGCACTTGTGAGCCCTGAGGGCCAGTGGGGGT 50 AL928762.2 2422 CTCACTGCTGCTCCCTCCCACAGCCTAGCCTCGGGCCTCAGGGCTCTGCA 2471 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 51 CTCACTGCTGCTCCCTCCCACAGCCTAGCCTCGGGCCTCAGGGCTCTGCA 100 AL928762.2 2472 TCCAAGCGGCCCAGGGCTCCCTGCGGTCTCAGCCCGAGTGGGCCTTTGAG 2521 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 101 TCCAAGCGGCCCAGGGCTCCCTGCGGTCTCAGCCCGAGTGGGCCTTTGAG 150 AL928762.2 2522 CCTTCGCGTTCTCTGCAGGGTGGGACCTGCCCAAGGGCTGCTGAGGGCTT 2571 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 151 CCTTCGCGTTCTCTGCAGGGTGGGACCTGCCCAAGGGCTGCTGAGGGCTT 200 AL928762.2 2572 CCCAGGGGTCCTGTGGGTCCCACCTAGGGGCAAGCTGGTGAGGAAAGTGG 2621 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 201 CCCAGGGGTCCTGTGGGTCCCACCTAGGGGCAAGCTGGTGAGGAAAGTGG 250 AL928762.2 2622 GTCCTGCCATGGCGGCCGGGTGGGCTGAGTTTTCGGCATCTCTGGGCCCA 2671 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 251 GTCCTGCCATGGCGGCCGGGTGGGCTGAGTTTTCGGCATCTCTGGGCCCA 300 AL928762.2 2672 ACAGCAGGTCCCTGGAGCGGCGCCCACCCCTCCCCCAGGCAGGTGTGAGG 2721 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 301 ACAGCAGGTCCCTGGAGCGGCGCCCACCCCTCCCCCAGGCAGGTGTGAGG 350 AL928762.2 2722 GCTCTGATCTGTTTCTCCTTGAGTGACTCATTCTGGGCAGACTTGGCCCT 2771 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 351 GCTCTGATCTGTTTCTCCTTGAGTGACTCATTCTGGGCAGACTTGGCCCT 400 AL928762.2 2772 CAGGGCACATGCAAATGGTTGTTTGTTCCACACCGAAAACATGTTTCTTG 2821 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 401 CAGGGCACATGCAAATGGTTGTTTGTTCCACACCGAAAACATGTTTCTTG 450 AL928762.2 2822 CCCTCTGAGGCTGTTTCCAGAAATAGCTTGCACGATTCTC---------- 2861 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 451 CCCTCTGAGGCTGTTTCCAGAAATAGCTTGCACGATTCTCCACCTGCAGC 500 AL928762.2 2862 -------------------------------------------------- 2861 AL928767.1 501 TGCAGCCGCCACCCACCCAGTGTGGCCAGGCTGGCCCAGGCCTCCAGATT 550 AL928762.2 2862 ------------CCGCCCCCTCCCCCAGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCC 2899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 551 CGGGGACACCCCCCGCCCCCTCCCCCAGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCC 600 AL928762.2 2900 TCCAGATTCGGGGACACCCGCCCCCTCCCCCAGGACAGGCCCACTTGGGT 2949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 601 TCCAGATTCGGGGACACCCGCCCCCTCCCCCAGGACAGGCCCACTTGGGT 650 AL928762.2 2950 TACTGACACTGGGACCACCCTGCAAACGTCAACTTTATTGAATTCAGTGG 2999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 651 TACTGACACTGGGACCACCCTGCAAACGTCAACTTTATTGAATTCAGTGG 700 AL928762.2 3000 TTCTGAACTTGTTGCCATCTTTGGGACCAGGACCCAGGGGCAGCCCCCAG 3049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 701 TTCTGAACTTGTTGCCATCTTTGGGACCAGGACCCAGGGGCAGCCCCCAG 750 AL928762.2 3050 GTTGGCAGGAAGGGCAGGGGAGCCAACGCTGGCAGGGCCCCCAGCCAACC 3099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 751 GTTGGCAGGAAGGGCAGGGGAGCCAACGCTGGCAGGGCCCCCAGCCAACC 800 AL928762.2 3100 CCCACCCCAGAAGCCCCAAGGAGGCTGAGCGGAGGTGGCCCTGGTGGCCT 3149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 801 CCCACCCCAGAAGCCCCAAGGAGGCTGAGCGGAGGTGGCCCTGGTGGCCT 850 AL928762.2 3150 GGGCACAGGCAGCCCGATTGGTACAGGGCC 3179 |||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 851 GGGCACAGGCAGCCCGATTGGTACAGGGCC 880
Compact alignment
AL928762.2 2372 TCCCTGCACCCTCACCGGGGCACCTGTGAGCCCTGAGGGCCAGTGGGGGT 2421 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 1 TCCCTGCACCCTCACCGGGGCACTTGTGAGCCCTGAGGGCCAGTGGGGGT 50 skip 400 bps 100% identity alignment AL928762.2 2822 CCCTCTGAGGCTGTTTCCAGAAATAGCTTGCACGATTCTC---------- 2861 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 451 CCCTCTGAGGCTGTTTCCAGAAATAGCTTGCACGATTCTCCACCTGCAGC 500 AL928762.2 2862 -------------------------------------------------- 2861 AL928767.1 501 TGCAGCCGCCACCCACCCAGTGTGGCCAGGCTGGCCCAGGCCTCCAGATT 550 AL928762.2 2862 ------------CCGCCCCCTCCCCCAGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCC 2899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL928767.1 551 CGGGGACACCCCCCGCCCCCTCCCCCAGCGTGGCCAGGCTGGCTCAGGCC 600 skip 280 bps 100% identity alignment
