<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2149 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

AL928761.2	11468	GAATTCACTCATCACCAAGGGGAAGATGCTCAATCATTCATGAGGGATCT	11517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1	GAATTCACTCATCACCAAGGGGAAGATGCTCAATCATTCATGAGGGATCT	50

AL928761.2	11518	GCCCCCTTGATCTAATCACCTCCTAGTGGCCCCACTTCCAACACTGGGAA	11567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	51	GCCCCCTTGATCTAATCACCTCCTAGTGGCCCCACTTCCAACACTGGGAA	100

AL928761.2	11568	TCATATTACAACATGAGATTTGGAGGGGACAAATATATAAACCATATCCT	11617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	101	TCATATTACAACATGAGATTTGGAGGGGACAAATATATAAACCATATCCT	150

AL928761.2	11618	TCCACCCCTGGTCCCCCAAATCTCATGTCCTTCTCATGTTGCAAAATACA	11667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	151	TCCACCCCTGGTCCCCCAAATCTCATGTCCTTCTCATGTTGCAAAATACA	200

AL928761.2	11668	ATCATGCCTTCTCAACAGTCCCCCAAAGTCTTACCTCATTCCAGAATCAA	11717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	201	ATCATGCCTTCTCAACAGTCCCCCAAAGTCTTACCTCATTCCAGAATCAA	250

AL928761.2	11718	CAAAAAATTCCCAAGTCCCAAGTCTCATCTGAAGATGAGTCCCTTCCACC	11767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	251	CAAAAAATTCCCAAGTCCCAAGTCTCATCTGAAGATGAGTCCCTTCCACC	300

AL928761.2	11768	TATCAGCCTAGGAAATCAAAGACAAATTGACTCCCAAAATACAATGAGAG	11817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	301	TATCAGCCTAGGAAATCAAAGACAAATTGACTCCCAAAATACAATGAGAG	350

AL928761.2	11818	TGCAGACATTGGGTAAACATTCCCATTCCACAAGGGAGAAGTTGGCAAAA	11867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	351	TGCAGACATTGGGTAAACATTCCCATTCCACAAGGGAGAAGTTGGCAAAA	400

AL928761.2	11868	AGAAAGGATCTACATGCCCCATACACGTCAGAAATCCAGCAGGGCAGTTA	11917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	401	AGAAAGGATCTACATGCCCCATACACGTCAGAAATCCAGCAGGGCAGTTA	450

AL928761.2	11918	TTAAATCTTAAAGCTCCAAGGTAATCTCCTTTGACTTCATGTCCCATATC	11967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	451	TTAAATCTTAAAGCTCCAAGGTAATCTCCTTTGACTTCATGTCCCATATC	500

AL928761.2	11968	CAGGGCACACTGGTGCAGGGGGTGGGCTCCCAAAGCCTTGGACAACTCTA	12017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	501	CAGGGCACACTGGTGCAGGGGGTGGGCTCCCAAAGCCTTGGACAACTCTA	550

AL928761.2	12018	CCCCTGTGGCTTTGGAGGATGTAGCCCCTGTGGCTTCTCTCACACGATAG	12067
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	551	CCCCTGTGGCTTTGGAGGATGTCGCCCCTGTGGCTTCTCTCACACGATAG	600

AL928761.2	12068	AGTTGAGTGCCTGTGGCTTTTCCAGATTCAGGGTGCAAACTGCCAGTGGA	12117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	601	AGTTGAGTGCCTGTGGCTTTTCCAGATTCAGGGTGCAAACTGCCAGTGGA	650

AL928761.2	12118	TCTACCATTCTGGGGTCTGGAGGACAGTGGCCCCCTTCCCACAGCTCCAC	12167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	651	TCTACCATTCTGGGGTCTGGAGGACAGTGGCCCCCTTCCCACAGCTCCAC	700

AL928761.2	12168	TAGGCAGTGCCCTGGTGGGGACATTATATGGGGGTTCAACCCCACATTCT	12217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	701	TAGGCAGTGCCCTGGTGGGGACATTATATGGGGGTTCAACCCCACATTCT	750

AL928761.2	12218	CTTTGGCACTGCTCTAGTAGAGGTTCTCTGTGAGGGCTCCATGCTGGCAG	12267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	751	CTTTGGCACTGCTCTAGTAGAGGTTCTCTGTGAGGGCTCCATGCTGGCAG	800

AL928761.2	12268	GAGGCTTCTCTCTGGGCACCTAGGGTTTCTCATACATTTCTGAAATCTAG	12317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	801	GAGGCTTCTCTCTGGGCACCTAGGGTTTCTCATACATTTCTGAAATCTAG	850

AL928761.2	12318	AGTGAAGATGCCAAGCCTCCTTCACTCTTGCATTCTGGGGGCCTACAGGC	12367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	851	AGTGAAGATGCCAAGCCTCCTTCACTCTTGCATTCTGGGGGCCTACAGGC	900

AL928761.2	12368	TTAACACCAGATGGAAGTTCCCAAGGCTTATAGTGGCTTGCACTCTCCAA	12417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	901	TTAACACCAGATGGAAGTTCCCAAGGCTTATAGTGGCTTGCACTCTCCAA	950

AL928761.2	12418	AGAAGCAGCCTAAGCTGTACTTGGGGCCCTTTGAGCCAAGGCTGGAGCCA	12467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	951	AGAAGCAGCCTAAGCTGTACTTGGGGCCCTTTGAGCCAAGGCTGGAGCCA	1000

AL928761.2	12468	GAGGAACCAGGATGTGGAGAGCAGTGTCCCAAGGCTGCACAGGCAGCAGT	12517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1001	GAGGAACCAGGATGTGGAGAGCAGTGTCCCAAGGCTGCACAGGCAGCAGT	1050

AL928761.2	12518	GGCCATGGGCATGGCCCACAAAACCATCCTTTCCCTCTTGGCCTCTGGGC	12567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1051	GGCCATGGGCATGGCCCACAAAACCATCCTTTCCCTCTTGGCCTCTGGGC	1100

AL928761.2	12568	CTGTTATGGGAAAGACCACCTCAGAGATTTCCGAAAGGCCTTCAAGGCCT	12617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1101	CTGTTATGGGAAAGACCACCTCAGAGATTTCCGAAAGGCCTTCAAGGCCT	1150

AL928761.2	12618	TTTTCCCTTTGTTCTGGACATGAGCACTTAGCTCCCTTTTAGTTATGCTA	12667
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1151	TTTTCCCTTTGTTCTGGATATGAGCACTTAGCTCCCTTTTAGTTATGCTA	1200

AL928761.2	12668	ATCTCTCTAGCAACTGGCTGCTCCATAGCCTACTTATATTTGTCTCCTGA	12717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1201	ATCTCTCTAGCAACTGGCTGCTCCATAGCCTACTTATATTTGTCTCCTGA	1250

AL928761.2	12718	AAATACCTTTTCTTTTCTACCACATGGCCAGGCTGTGAATTTTCCACATT	12767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1251	AAATACCTTTTCTTTTCTACCACATGGCCAGGCTGTGAATTTTCCACATT	1300

AL928761.2	12768	TTTTATGCTCTGCTTCCCTTTGTTGATGAAAAAAGCCAAACTCCATAAAA	12817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1301	TTTTATGCTCTGCTTCCCTTTGTTGATGAAAAAAGCCAAACTCCATAAAA	1350

AL928761.2	12818	CACTTGACGAGATTGATTCTGAGCCACATGTGAGAGCCATGAACTGTGGC	12867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1351	CACTTGACGAGATTGATTCTGAGCCACATGTGAGAGCCATGAACTGTGGC	1400

AL928761.2	12868	ACAGCCTCAAAAGGTCCTGAGAACACCTGTGCAAGGTGGTTGGGTTGCGG	12917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1401	ACAGCCTCAAAAGGTCCTGAGAACACCTGTGCAAGGTGGTTGGGTTGCGG	1450

AL928761.2	12918	CCTGCTTTTATGTTTTAGGGAGACATATCAATCAATACATGTAAAGTATA	12967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1451	CCTGCTTTTATGTTTTAGGGAGACATATCAATCAATACATGTAAAGTATA	1500

AL928761.2	12968	CATTGGTTTGGTTTGGTTTGGAAAAGCAGGACAATTCAAAGTGGGGAATT	13017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1501	CATTGGTTTGGTTTGGTTTGGAAAAGCAGGACAATTCAAAGTGGGGAATT	1550

AL928761.2	13018	CCAAATCATAGGTGGATTTGAAGATTTTCTGATTGGCAATTGGCTGAAAA	13067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1551	CCAAATCATAGGTGGATTTGAAGATTTTCTGATTGGCAATTGGCTGAAAA	1600

AL928761.2	13068	AGTTAAATTATCTAAAAAGTTGAAGTCAGCAAAAAGCAATGCTTAAGATA	13117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1601	AGTTAAATTATCTAAAAAGTTGAAGTCAGCAAAAAGCAATGCTTAAGATA	1650

AL928761.2	13118	AGGGGGTTGTGGAAGCCAAGGTTCTTGTTATGTAGATGAAGCCTCCACGT	13167
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1651	AGGGGGTTGTGGAAGCCAAGTTTCTTGTTATGTAGATGAAGCCTCCACGT	1700

AL928761.2	13168	TCCAGAGAGAAGAGATGGTCAATGTCTCTTATCAGAACCTAAAAGGTGCC	13217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1701	TCCAGAGAGAAGAGATGGTCAATGTCTCTTATCAGAACCTAAAAGGTGCC	1750

AL928761.2	13218	AGACTCTTGGATAAATCTCTCCTGAATCAGGAAGAGACCTGGAAAGGGAA	13267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1751	AGACTCTTGGATAAATCTCTCCTGAATCAGGAAGAGACCTGGAAAGGGAA	1800

AL928761.2	13268	AAAGATTCTCAACAGAATATACATTTCCTCCACAAGAGACGGCTTTGCAG	13317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1801	AAAGATTCTCAACAGAATATACATTTCCTCCACAAGAGACGGCTTTGCAG	1850

AL928761.2	13318	GGCCCTTCCAAAATGTGTCAGAGAAATATATTCTGGCATAAAATACTTTA	13367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1851	GGCCCTTCCAAAATGTGTCAGAGAAATATATTCTGGCATAAAATACTTTA	1900

AL928761.2	13368	ATTTCCTTCCATGCCTGCCACCTGTCATGTGATGCTATACCAGAATCAGG	13417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1901	ATTTCCTTCCATGCCTGCCACCTGTCATGTGATGCTATACCAGAATCAGG	1950

AL928761.2	13418	TTGGGATTTGATATCTTATTGCTACAAAGAGTCTGCTTTGTCAGTCTTAA	13467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1951	TTGGGATTTGATATCTTATTGCTACAAAGAGTCTGCTTTGTCAGTCTTAA	2000

AL928761.2	13468	GCTCCCCGTTTTAATGTTAACACTGGTCAGCTGAGCCTAAGCTCCAACAG	13517
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	2001	GCTCCCTGTTTTAATGTTAACACTGGTCAGCTGAGCCTAAGCTCCAACAG	2050

AL928761.2	13518	GGAGAGGGTATAGTGAGGGAGTGCAAACCACCCTCCCCTTCCTGTCATGG	13567
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	2051	GGAGAGGGTATAGTGAGGGAGTCCAAACCACCCTCCCCTTCCTGTCATGG	2100

AL928761.2	13568	CCTGAACTGGTTTTCCAGGTTTCTTTGGAATCCCCTTGGATTAGCATTT	13616
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	2101	CCTGAACTGGTTTTCCAGGTTTCTTTGGAATCCCCTTGGATTAGCATTT	2149

Compact alignment

skip 550 bps 100% identity alignment

AL928761.2	12018	CCCCTGTGGCTTTGGAGGATGTAGCCCCTGTGGCTTCTCTCACACGATAG	12067
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	551	CCCCTGTGGCTTTGGAGGATGTCGCCCCTGTGGCTTCTCTCACACGATAG	600

skip 550 bps 100% identity alignment

AL928761.2	12618	TTTTCCCTTTGTTCTGGACATGAGCACTTAGCTCCCTTTTAGTTATGCTA	12667
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1151	TTTTCCCTTTGTTCTGGATATGAGCACTTAGCTCCCTTTTAGTTATGCTA	1200

skip 450 bps 100% identity alignment

AL928761.2	13118	AGGGGGTTGTGGAAGCCAAGGTTCTTGTTATGTAGATGAAGCCTCCACGT	13167
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	1651	AGGGGGTTGTGGAAGCCAAGTTTCTTGTTATGTAGATGAAGCCTCCACGT	1700

skip 300 bps 100% identity alignment

AL928761.2	13468	GCTCCCCGTTTTAATGTTAACACTGGTCAGCTGAGCCTAAGCTCCAACAG	13517
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	2001	GCTCCCTGTTTTAATGTTAACACTGGTCAGCTGAGCCTAAGCTCCAACAG	2050

AL928761.2	13518	GGAGAGGGTATAGTGAGGGAGTGCAAACCACCCTCCCCTTCCTGTCATGG	13567
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
AL928742.3	2051	GGAGAGGGTATAGTGAGGGAGTCCAAACCACCCTCCCCTTCCTGTCATGG	2100

skip 49 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL928761.2 - 13616 bps
Hit
AL928742.3 - 176237 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2149 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.76730214911468136161121491
Short-link