<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR627489.6	2000	GAATTCAGTTCTACTCATCGAAAAACAATCAAACACTTTATTTCATTGTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1	GAATTCAGTTCTACTCATCGAAAAACAATCAAACACTTTATTTCATTGTT	50

C  CR627489.6	1950	ATCTTTTTTTGTACTTAATTTATCTACGCTTGTAGATCTAAAATGATCAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	51	ATCTTTTTTTGTACTTAATTTATCTACGCTTGTAGATCTAAAATGATCAA	100

C  CR627489.6	1900	TTCTTTTTTAAATAGTAATCCTACTCTTCTAGTGAAATTGTATTCATGTC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	101	TTCTTTTTTAAATAGTAATCCTACTCTTCTAGTGAAATTGTATTCATGTC	150

C  CR627489.6	1850	GCAATATATATTAAAGCAGAATAAATAAAAAAATCGCAATGTTAGATTTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	151	GCAATATATATTAAAGCAGAATAAATAAAAAAATCGCAATGTTAGATTTT	200

C  CR627489.6	1800	TCCAAAATTGTGCAGTCCTAATTCCTAGTGTATGCATATAGTATGTGTAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	201	TCCAAAATTGTGCAGTCCTAATTCCTAGTGTATGCATATAGTATGTGTAT	250

C  CR627489.6	1750	ACGCTTTTACTTTGTAGAAATATTCCCCTTTTAACATTTTCCTTCTGTTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	251	ACGCTTTTACTTTGTAGAAATATTCCCCTTTTAACATTTTCCTTCTGTTT	300

C  CR627489.6	1700	GTAGGGCACGTACATTTACTTTGACTATGAAAAGTGGGGCCAGAGAAAAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	301	GTAGGGCACGTACATTTACTTTGACTATGAAAAGTGGGGCCAGAGAAAAA	350

C  CR627489.6	1650	AGGAAGGATTTACTTTCGAGTACAGATACCTGGAGGACCGAGACCTGCAG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	351	AGGAAGGATTTACTTTCGAGTACAGATACCTGGAGGACCGAGACCTGCAG	400

C  CR627489.6	1600	TGACTGACGGAAAGAGAGAGCGAACGCTACGACACTGAAACCGCTGCTGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	401	TGACTGACGGAAAGAGAGAGCGAACGCTACGACACTGAAACCGCTGCTGT	450

C  CR627489.6	1550	TGACATTCCGAGATGAACTCCATGTCGTGGTTAAAGTTGGATGTGAAGTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	451	TGACATTCCGAGATGAACTCCATGTCGTGGTTAAAGTTGGATGTGAAGTT	500

C  CR627489.6	1500	GGCCTTTTTCTTTAAAAGAGAGAGAAAGAGTGGGGGGTCGAGTGCCTGTT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	501	GGCCTTTTTCTTTAAAAGAGAGAGAAAGAGTGGGGGGTCGAGTGCCTGTT	550

C  CR627489.6	1450	TACACGCAAACATTTGAACCTCCTTTATTGTTGAGTCTTTATCCCCTTCA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	551	TACACGCAAACATTTGAACCTCCTTTATTGTTGAGTCTTTATCCCCTTCA	600

C  CR627489.6	1400	TTTCTGTTCTAACCGAGACACCCCCGCCTAGCCGAGCAACAGAAACACAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	601	TTTCTGTTCTAACCGAGACACCCCCGCCTAGCCGAGCAACAGAAACACAA	650

C  CR627489.6	1350	AGGAAATGATTTGGTTTAGAATGCCACAGACAAAACATATTTGCTCGTAG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	651	AGGAAATGATTTGGTTTAGAATGCCACAGACAAAACATATTTGCTCGTAG	700

C  CR627489.6	1300	TTTGTGTTTGGTGGAGTGCTGCATTAGCGAGTCTTATCCTCTTAGATGAC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	701	TTTGTGTTTGGTGGAGTGCTGCATTAGCGAGTCTTATCCTCTTAGATGAC	750

C  CR627489.6	1250	ATATACTGACTATGATATGAACCGGCACTAAGCGCGATATCCTAAGCATC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	751	ATATACTGACTATGATATGAACCGGCACTAAGCGCGATATCCTAAGCATC	800

C  CR627489.6	1200	GATTTGGTTGTTCTTAGTTCATTGAGCCCCTCTGGGAGTGTTTAGGCACT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	801	GATTTGGTTGTTCTTAGTTCATTGAGCCCCTCTGGGAGTGTTTAGGCACT	850

C  CR627489.6	1150	GTGACTTTGCCTTGCGAGATAAACGTGTCGACCATTAAATTGCTATGCAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	851	GTGACTTTGCCTTGCGAGATAAACGTGTCGACCATTAAATTGCTATGCAA	900

C  CR627489.6	1100	TTGAATTCCTCTCGACCTCCCTTCCTTTATCATTACCTAAATGTGGGTTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	901	TTGAATTCCTCTCGACCTCCCTTCCTTTATCATTACCTAAATGTGGGTTT	950

C  CR627489.6	1050	GCTAAAGCGCGAAATACAGTTGGCGTTGATAGGTTAATGTTCTGTAGCAT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	951	GCTAAAGCGCGAAATACAGTTGGCGTTGATAGGTTAATGTTCTGTAGCAT	1000

C  CR627489.6	1000	CTTCTCTTACATGTGTTCCCAAGCAAGATGGGTTGAAGTGTTTAGCCTTC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1001	CTTCTCTTACATGTGTTCCCAAGCAAGATGGGTTGAAGTGTTTAGCCTTC	1050

C  CR627489.6	950	AAAAGTGGCGTGTGATTATTTGTCTGTTAAACATGGCATGAGTGATCTCA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1051	AAAAGTGGCGTGTGATTATTTGTCTGTTAAACATGGCATGAGTGATCTCA	1100

C  CR627489.6	900	CTTCAAAAAAAATATCTAATAATAAAAAGACAAAGATTAAAATATGTACA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1101	CTTCAAAAAAAATATCTAATAATAAAAAGACAAAGATTAAAATATGTACA	1150

C  CR627489.6	850	AGTTTTAAAAAAAAGACGAAGAAATACCTTATTTTTCTTTTTTTCAGTGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1151	AGTTTTAAAAAAAAGACGAAGAAATACCTTATTTTTCTTTTTTTCAGTGT	1200

C  CR627489.6	800	CCTCTAGGTTGTCCATGGCTCAATATTTTTTGTGTGTGCATGTAAAGTAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1201	CCTCTAGGTTGTCCATGGCTCAATATTTTTTGTGTGTGCATGTAAAGTAA	1250

C  CR627489.6	750	ACAGAAAAACAACGAAAACCTTCTCCAAAGTTTCCTCAGTTAGTCACATC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1251	ACAGAAAAACAACGAAAACCTTCTCCAAAGTTTCCTCAGTTAGTCACATC	1300

C  CR627489.6	700	TTGAAATTATTCTCACATTACTCTGCTGGACAGTTTCCCTCAATAATACC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1301	TTGAAATTATTCTCACATTACTCTGCTGGACAGTTTCCCTCAATAATACC	1350

C  CR627489.6	650	CACAGCAAAATATATAAATATATAGATATATATAGATATATATCATTGTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1351	CACAGCAAAATATATAAATATATAGATATATATAGATATATATCATTGTT	1400

C  CR627489.6	600	CTGTTACTCCAGCTTTTTCGAAACACCCCACCTACATTGTGACACGATCC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1401	CTGTTACTCCAGCTTTTTCGAAACACCCCACCTACATTGTGACACGATCC	1450

C  CR627489.6	550	CAAGCGAGTTTCCATTCATTTCAGTTTCCTCTATTGTTTGGGGAGAACGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1451	CAAGCGAGTTTCCATTCATTTCAGTTTCCTCTATTGTTTGGGGAGAACGA	1500

C  CR627489.6	500	CGGGCTCGACCAACACATGAATATATTGATGTGATGAGATGGGAAAGTAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1501	CGGGCTCGACCAACACATGAATATATTGATGTGATGAGATGGGAAAGTAT	1550

C  CR627489.6	450	TTTTGATGCACAGGGCAGCTGATCGCATTTGTTTCTTTTCTCTCTGATAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1551	TTTTGATGCACAGGGCAGCTGATCGCATTTGTTTCTTTTCTCTCTGATAA	1600

C  CR627489.6	400	TTGAACGCCGTCATCCTTGCCTTTTTGACGTGGACAGGACAGCATGCGAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1601	TTGAACGCCGTCATCCTTGCCTTTTTGACGTGGACAGGACAGCATGCGAT	1650

C  CR627489.6	350	TGTGACGTCGCTTCGTAGGTTGAGAGGAAACAAATAACAGAGTTGTACAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1651	TGTGACGTCGCTTCGTAGGTTGAGAGGAAACAAATAACAGAGTTGTACAA	1700

C  CR627489.6	300	TTTCAATAAAATACTTTTGTGATGCAGTGTCTGTTCTTGTTTTCTCCCTC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1701	TTTCAATAAAATACTTTTGTGATGCAGTGTCTGTTCTTGTTTTCTCCCTC	1750

C  CR627489.6	250	AACTGTAAACCAACATGCAGTGCCTGGAGTTTCTGTATGTAATGTAACTG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1751	AACTGTAAACCAACATGCAGTGCCTGGAGTTTCTGTATGTAATGTAACTG	1800

C  CR627489.6	200	TGTAATATAACAGATGAACTATTTGTTATAATGCTATCATTTCAACTTTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1801	TGTAATATAACAGATGAACTATTTGTTATAATGCTATCATTTCAACTTTA	1850

C  CR627489.6	150	TCTCGTGAGGGGTGAACAATCGATTCAGTATATTGAACTGTGCTTTATAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1851	TCTCGTGAGGGGTGAACAATCGATTCAGTATATTGAACTGTGCTTTATAT	1900

C  CR627489.6	100	ACTAAGACCAGGGCTTAGCATGCCAAATGAGGGTGGACAGACACCACCAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1901	ACTAAGACCAGGGCTTAGCATGCCAAATGAGGGTGGACAGACACCACCAC	1950

C  CR627489.6	50	TAGCCACTTTGGCAGGTTGAAAATAATTTTTAAATTGTGGTAAAAGCACG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL928660.4	1951	TAGCCACTTTGGCAGGTTGAAAATAATTTTTAAATTGTGGTAAAAGCACG	2000

Overview

Query
CR627489.6 - 49539 bps
Hit
AL928660.4 - 165487 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001955200012000-1120001
279.3832963845738552136290363861
379.87541503859538744136426365741
482.14932511924719497181844820951
589.911302161924719462-188609888261
698.8543872889028976188867889531
7100326585068570188868889321
898.8543872889028976-188872889581
9100326585068570-188893889571
1010033608512857111076481077071
1110033602889528954-11076481077071
1284.47141285384533873711079551082311
Short-link