<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR407556.7	28725	AAGCTTGTTTTTAATAAAATAAATATAAATATGCATAAAATAAATACTAC	28774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1	AAGCTTGTTTTTAATAAAATAAATATAAATATGCATAAAATAAATACTAC	50

CR407556.7	28775	TATTAATAACATTATACAAAATCAGATTGTCATGAATAAACTAAAAAAGG	28824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	51	TATTAATAACATTATACAAAATCAGATTGTCATGAATAAACTAAAAAAGG	100

CR407556.7	28825	CCCCTGAGATAAAGAAGACATGGAGGCGGTGGTTTTTATATTTATGTAGG	28874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	101	CCCCTGAGATAAAGAAGACATGGAGGCGGTGGTTTTTATATTTATGTAGG	150

CR407556.7	28875	CTAGAAAATAATAATCTTTGTAATATTTTAATCCTTTAATTATTTTCCAT	28924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	151	CTAGAAAATAATAATCTTTGTAATATTTTAATCCTTTAATTATTTTCCAT	200

CR407556.7	28925	TTGTAAAAATATTTGCGTATTGCTGTACATCCTGTGTGTATTAAGCGATG	28974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	201	TTGTAAAAATATTTGCGTATTGCTGTACATCCTGTGTGTATTAAGCGATG	250

CR407556.7	28975	TGTAAGCGAGGCGCACAACTGGTGCGCTCTGCGTTGGACTTTAGACCAGC	29024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	251	TGTAAGCGAGGCGCACAACTGGTGCGCTCTGCGTTGGACTTTAGACCAGC	300

CR407556.7	29025	TTAGATCTGGTCTATTGTGCAGTTTATTATAGTTCCTCAAAATAGCAACA	29074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	301	TTAGATCTGGTCTATTGTGCAGTTTATTATAGTTCCTCAAAATAGCAACA	350

CR407556.7	29075	TGCCAGCAATGTGCCTTAACACGCCTCCTTTTTTAGACCAGAACGCCTAT	29124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	351	TGCCAGCAATGTGCCTTAACACGCCTCCTTTTTTAGACCAGAACGCCTAT	400

CR407556.7	29125	GGGCACACATATGAGCGCAAATGCATTTGCTATTTAAACAGTGTGGTCAA	29174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	401	GGGCACACATATGAGCGCAAATGCATTTGCTATTTAAACAGTGTGGTCAA	450

CR407556.7	29175	AACCCTTTGTGCTGCATTGCCATGCGACACATGACATCTCGACATAACAT	29224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	451	AACCCTTTGTGCTGCATTGCCATGCGACACATGACATCTCGACATAACAT	500

CR407556.7	29225	CTCGACATGTGAAAGTGTTTCTCTATATGTTTTCATCGAAGTTGTTCACA	29274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	501	CTCGACATGTGAAAGTGTTTCTCTATATGTTTTCATCGAAGTTGTTCACA	550

CR407556.7	29275	ATGCCCTTTCATCCAAAGAGTTTGTAATGTAGTCAAATGTTTACAAATAC	29324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	551	ATGCCCTTTCATCCAAAGAGTTTGTAATGTAGTCAAATGTTTACAAATAC	600

CR407556.7	29325	AAGCGCAGCCGTTTAGAGGTCTTTTCTGGTTAATGATGTCAGAAATTACC	29374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	601	AAGCGCAGCCGTTTAGAGGTCTTTTCTGGTTAATGATGTCAGAAATTACC	650

CR407556.7	29375	CATATTTTGGAATAGAAGTGTGAATGCTCTTTTACGGAAAAATCCCTTAA	29424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	651	CATATTTTGGAATAGAAGTGTGAATGCTCTTTTACGGAAAAATCCCTTAA	700

CR407556.7	29425	TGTCTGTGTGAACAGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTGTTTT	29474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	701	TGTCTGTGTGAACAGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTGTTTT	750

CR407556.7	29475	TTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTCAGGCGTTCCTGAAATTTTTGGAATATT	29524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	751	TTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTCAGGCGTTCCTGAAATTTTTGGAATATT	800

CR407556.7	29525	TACCAGTACCACTGTGTGAAAGGGGCTTTTGTCTGCCACTTGTATGTGTT	29574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	801	TACCAGTACCACTGTGTGAAAGGGGCTTTTGTCTGCCACTTGTATGTGTT	850

CR407556.7	29575	TTCCTATTTGTTTGTTTTATATTGTGGGCATTTCACATAATTTGGTTGCG	29624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	851	TTCCTATTTGTTTGTTTTATATTGTGGGCATTTCACATAATTTGGTTGCG	900

CR407556.7	29625	CAATTCTGTTTAGGCAGAACGAAATTGGTTAGAAAGACTGTCACACACAG	29674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	901	CAATTCTGTTTAGGCAGAACGAAATTGGTTAGAAAGACTGTCACACACAG	950

CR407556.7	29675	ATGGCAGTCACGCATTTCCTCTGGGTGAAGGAAATTTTATAATACATACA	29724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	951	ATGGCAGTCACGCATTTCCTCTGGGTGAAGGAAATTTTATAATACATACA	1000

CR407556.7	29725	TATTTCATATCAGAGCCTCCTATGATTGGCACATTGCAATGTTTCAAATT	29774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1001	TATTTCATATCAGAGCCTCCTATGATTGGCACATTGCAATGTTTCAAATT	1050

CR407556.7	29775	GCAATGCGATTCAATTTCGATTAATTGCAAAGCCCTACCTCTGATTATGT	29824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1051	GCAATGCGATTCAATTTCGATTAATTGCAAAGCCCTACCTCTGATTATGT	1100

CR407556.7	29825	CACTTTGATGGCTTCAGACACGATATTCTTAACCACATCCCTCTTATGAA	29874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1101	CACTTTGATGGCTTCAGACACGATATTCTTAACCACATCCCTCTTATGAA	1150

CR407556.7	29875	TTAATGATGTACAAAAAGGAAGCCCCACCCCCTACTCAATATTGCGTTTC	29924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1151	TTAATGATGTACAAAAAGGAAGCCCCACCCCCTACTCAATATTGCGTTTC	1200

CR407556.7	29925	AGATAGAAGTGTCAGCATACTGAAATGGAAGTCTTAGCAACTTTCAGTTC	29974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1201	AGATAGAAGTGTCAGCATACTGAAATGGAAGTCTTAGCAACTTTCAGTTC	1250

CR407556.7	29975	AGACTTAAAGGAACGTTCACACTTTGTCTGATTGCTCTGTTAATATGGTT	30024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1251	AGACTTAAAGGAACGTTCACACTTTGTCTGATTGCTCTGTTAATATGGTT	1300

CR407556.7	30025	CATTTGAGTAATTCTAAACAGTCATCTGAACCAGACAACCAAACAAACTA	30074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1301	CATTTGAGTAATTCTAAACAGTCATCTGAACCAGACAACCAAACAAACTA	1350

CR407556.7	30075	CCAAATGAGTGAACTTATGCCTCGTTTCCATGTTGTGGTACTGATTTTGT	30124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1351	CCAAATGAGTGAACTTATGCCTCGTTTCCATGTTGTGGTACTGATTTTGT	1400

CR407556.7	30125	GTGAGTGAGTACTGAGAGATGAGTTCTAGAAAACCTGTAGTGTTCAGCAG	30174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1401	GTGAGTGAGTACTGAGAGATGAGTTCTAGAAAACCTGTAGTGTTCAGCAG	1450

CR407556.7	30175	TGAGTCTTGTTTTACCATTTTGGTTCCATACTGCTGTGCTGTGTACCTTT	30224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1451	TGAGTCTTGTTTTACCATTTTGGTTCCATACTGCTGTGCTGTGTACCTTT	1500

CR407556.7	30225	AGGAAAGCATGCCAAACAAGTGGTACATCATGGTTTGCCATTTTGACTTT	30274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1501	AGGAAAGCATGCCAAACAAGTGGTACATCATGGTTTGCCATTTTGACTTT	1550

CR407556.7	30275	TTAGCACATTTTATAAGCTTTTTTTTTTATACCAAAATCACTTCAGTTTA	30324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1551	TTAGCACATTTTATAAGCTTTTTTTTTTATACCAAAATCACTTCAGTTTA	1600

CR407556.7	30325	ACTCAGAAAAGTAGTTTCTTTAATTATATGGATTGGAATTCTCTTACATC	30374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1601	ACTCAGAAAAGTAGTTTCTTTAATTATATGGATTGGAATTCTCTTACATC	1650

CR407556.7	30375	TCATCTTCATATTGATAACGATGAATTAAAGTGATAATGTACACCAGTCC	30424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1651	TCATCTTCATATTGATAACGATGAATTAAAGTGATAATGTACACCAGTCC	1700

CR407556.7	30425	ATAGCTGTTCAAATAATAAAATCAATACAACTCTCAAAATAGCTCTTGCT	30474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1701	ATAGCTGTTCAAATAATAAAATCAATACAACTCTCAAAATAGCTCTTGCT	1750

CR407556.7	30475	GGGAAGGAAGCCCAGTGGTTCTTTGAGGTAGGGTTCTGTGCGAATTTGTT	30524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1751	GGGAAGGAAGCCCAGTGGTTCTTTGAGGTAGGGTTCTGTGCGAATTTGTT	1800

CR407556.7	30525	TGTCTATTACGGGAATCCCTTGGTTTGGTCACTACTGAATGCACTGTCAA	30574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1801	TGTCTATTACGGGAATCCCTTGGTTTGGTCACTACTGAATGCACTGTCAA	1850

CR407556.7	30575	CATATTGTGTCCCTCTAGTGACATTCTCTGTTTTTTGCACCAGTTTTTGT	30624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1851	CATATTGTGTCCCTCTAGTGACATTCTCTGTTTTTTGCACCAGTTTTTGT	1900

CR407556.7	30625	CTATTAATTTCCTGTGTTTTTAGCCCCCTCTTTTGGTTGCATAAACAAGT	30674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1901	CTATTAATTTCCTGTGTTTTTAGCCCCCTCTTTTGGTTGCATAAACAAGT	1950

CR407556.7	30675	TTGGTGTCATTAAATTAAAAAAAAAATGCCAATGCCAGTCTTTGTGTAGT	30724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL928622.9	1951	TTGGTGTCATTAAATTAAAAAAAAAATGCCAATGCCAGTCTTTGTGTAGT	2000

Overview

Query
CR407556.7 - 30724 bps
Hit
AL928622.9 - 230557 bps
Total alignments
41
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001933200028725307241120001
296.15465264369418755787608-1
383.6816634964799512844828804-1
480.49882927049951215320215588-1
591.53425984890618733487392-1
680.155113685999411502931504261
796.464911314361548110157102691
886.57159320155818771168323168637-1
988.521432441601184411783731786181
1089.5121200160218011183047183250-1
1191.451812691602187011511611514291
1287.55137249160618541152307152555-1
13100407519352009150488505621
1496.47428545254609110182102661
1581.3858145459547391176600176743-1
1686.58921644646480912154982156651
1797.6559856536662011677271678111
1810042606544660311833111833701
1998.84483126101269218289982981-1
2098.854387126121269814450244588-1
2198.854387126121269815047550561-1
2297.7408712612126981178972179058-1
2398.8442861261212697177446775311
2498.7740811261212692182898829781
2598.8543871261212698187663877491
269544100126131271212299523094-1
2798.864388126131270018766287749-1
2898.84428612613126981153049153134-1
2998.84428612613126981178884178969-1
3098.86438812613127001214369214456-1
3198.8543871261312699123011230971
3298.8543871261312699144502445881
3398.8543871261312699150475505611
3498.844286126131269811530491531341
351004586126131269811789201790051
3693.3442105126131271711789721790751
3798.864388126131270012143832144701
3898.864688126141270117744477531-1
3998.841831261412696121420215021
4098.84183126151269712142021502-1
4198.8141841261512698116033161161
Short-link