<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL670296.7	1	GAATTCTGGATAATGGAAAAACAAAAGGCTGAGAAAATAGAACTTCAAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47279	GAATTCTGGATAATGGAAAAACAAAAGGCTGAGAAAATAGAACTTCAAGT	47328

AL670296.7	51	TCCATGTTGCAACTCAAGTTCCAATAGACATCAGTGGACTTTGATAAGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47329	TCCATGTTGCAACTCAAGTTCCAATAGACATCAGTGGACTTTGATAAGTG	47378

AL670296.7	101	CACCACAGAGAAACAAATAAATAACTGACTAATTGCCTGTATAGATGACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47379	CACCACAGAGAAACAAATAAATAACTGACTAATTGCCTGTATAGATGACT	47428

AL670296.7	151	TATCTAGAAAGCAGAAATGGATCTATATCATTTTTCTGTCATTTTTTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47429	TATCTAGAAAGCAGAAATGGATCTATATCATTTTTCTGTCATTTTTTTTC	47478

AL670296.7	201	CTTCTGCATGGAAAGTTCCTAACATTCTTTAGAGTCATGTAAAAACTTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47479	CTTCTGCATGGAAAGTTCCTAACATTCTTTAGAGTCATGTAAAAACTTTT	47528

AL670296.7	251	TTCTCAGGTCTTTATTTTTTATGCGAGTCAGTGAATGTTCTAGAAACTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47529	TTCTCAGGTCTTTATTTTTTATGCGAGTCAGTGAATGTTCTAGAAACTTA	47578

AL670296.7	301	TTAATAATTTATTTATGCCTTTCTGCCCATGGATGCCACGGAAGAAGCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47579	TTAATAATTTATTTATGCCTTTCTGCCCATGGATGCCACGGAAGAAGCAT	47628

AL670296.7	351	CATTAAAGTCTCTCTTCTCCTGGCCGTCTTATCTAAGTCAGAGTCTCCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47629	CATTAAAGTCTCTCTTCTCCTGGCCGTCTTATCTAAGTCAGAGTCTCCTA	47678

AL670296.7	401	AAGAGCCAGAACAACTGAGGAAGCTCTTCATTGGAGGGTTGAGCTTTGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47679	AAGAGCCAGAACAACTGAGGAAGCTCTTCATTGGAGGGTTGAGCTTTGAA	47728

AL670296.7	451	ACAACTGATGAGAGCCTGAGGAGCCATTTTGAGCAGTGAGGGACACTCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47729	ACAACTGATGAGAGCCTGAGGAGCCATTTTGAGCAGTGAGGGACACTCCC	47778

AL670296.7	501	GGACAGTGTGGTCATGAGAGATCCAAACCCAAGCACTCCAGGGGCTTTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47779	GGACAGTGTGGTCATGAGAGATCCAAACCCAAGCACTCCAGGGGCTTTGG	47828

AL670296.7	551	ATTTTTCACATATGCCACTGTGGAGGAGGTGGATGCAGCCGTGAATGCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47829	ATTTTTCACATATGCCACTGTGGAGGAGGTGGATGCAGCCGTGAATGCAA	47878

AL670296.7	601	GGCCACACAAGGTGGATGGAAGAGCTGTGGAACCAAACAGAGCTGTCTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47879	GGCCACACAAGGTGGATGGAAGAGCTGTGGAACCAAACAGAGCTGTCTCA	47928

AL670296.7	651	AGAGAAGATTCTCAAATACCAGGTGCCCACTTAACTGTGAAAAAGATATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47929	AGAGAAGATTCTCAAATACCAGGTGCCCACTTAACTGTGAAAAAGATATA	47978

AL670296.7	701	TGCTGGTGGCATTAAAGAAGACACTGAAGAAATCACCTAAGAAATTATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	47979	TGCTGGTGGCATTAAAGAAGACACTGAAGAAATCACCTAAGAAATTATTT	48028

AL670296.7	751	TGAGTAGTATGGAAAAATTGAAGTGATTGAAAACATGACTGACCGAGGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48029	TGAGTAGTATGGAAAAATTGAAGTGATTGAAAACATGACTGACCGAGGCA	48078

AL670296.7	801	GTTGCAAGAAAAGGGGATTTGCCTTTGTAACCTTTGATGACCATGACTCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48079	GTTGCAAGAAAAGGGGATTTGCCTTTGTAACCTTTGATGACCATGACTCC	48128

AL670296.7	851	GTGGATAAGACTGTCATTCAGAAATACCACAGTGTGAATGGCCACAACTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48129	GTGGATAAGACTGTCATTCAGAAATACCACAGTGTGAATGGCCACAACTG	48178

AL670296.7	901	TGAAGTTAGGAAAGCCTGTCAAAGCAAGAGATGGCTAGTGCTCCATCCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48179	TGAAGTTAGGAAAGCCTGTCAAAGCAAGAGATGGCTAGTGCTCCATCCAG	48228

AL670296.7	951	CCGAAGAGGTCGAAGTGGTTCTGGAAACTTAGGTGGTGGTCATGGAGGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48229	CCGAAGAGGTCGAAGTGGTTCTGGAAACTTAGGTGGTGGTCATGGAGGTG	48278

AL670296.7	1001	GTTTCGGTGGGAATGACAACTTTGATCATGGAGGAAACTTCAGTGGTTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48279	GTTTCGGTGGGAATGACAACTTTGATCATGGAGGAAACTTCAGTGGTTGT	48328

AL670296.7	1051	GGTGGCTTTGGTGGCAGCTGTGGTGGTGGTGGATATGGTGGCAGTGAGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48329	GGTGGCTTTGGTGGCAGCTGTGGTGGTGGTGGATATGGTGGCAGTGAGGA	48378

AL670296.7	1101	TGGCTATAATGGATTTGGTAATGATGGGAGCAATTTTGGAGGTGGTGGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48379	TGGCTATAATGGATTTGGTAATGATGGGAGCAATTTTGGAGGTGGTGGAA	48428

AL670296.7	1151	GCTACAATGATTTTGGCAATTACAACAATCAGTCTTCAAATTTTGGACCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48429	GCTACAATGATTTTGGCAATTACAACAATCAGTCTTCAAATTTTGGACCC	48478

AL670296.7	1201	ATGAAGGGAGGAAACTTTGGAGGCAGAAGCTGTGGCCTCTATGGTGGTGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48479	ATGAAGGGAGGAAACTTTGGAGGCAGAAGCTGTGGCCTCTATGGTGGTGG	48528

AL670296.7	1251	AGGCCAATACTTTGCCAAACCATGAAACCAAAGTGGCTATTGTGGTTCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48529	AGGCCAATACTTTGCCAAACCATGAAACCAAAGTGGCTATTGTGGTTCCA	48578

AL670296.7	1301	GTAGCAGCAGTAGCTATGGCAGTCGCAGAAGATTTTAATTAGGAAACAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48579	GTAGCAGCAGTAGCTATGGCAGTCGCAGAAGATTTTAATTAGGAAACAAA	48628

AL670296.7	1351	GCTTAGCAGGAGAGGAGAGCCAGAGAAGTGACAGGGAAGCTACAGGTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48629	GCTTAGCAGGAGAGGAGAGCCAGAGAAGTGACAGGGAAGCTACAGGTTAT	48678

AL670296.7	1401	AACAGATTTGTGAACTCAGCCAAGCACAGTGGTGGCAGGGCCTAGCTGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48679	AACAGATTTGTGAACTCAGCCAAGCACAGTGGTGGCAGGGCCTAGCTGGT	48728

AL670296.7	1451	ACAAAGAAGACATGTTTTAGACAAATACTCATGTGTATGGGCAAAAAACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48729	ACAAAGAAGACATGTTTTAGACAAATACTCATGTGTATGGGCAAAAAACT	48778

AL670296.7	1501	CGAGGACTGTATTTGTGACTAATTGTATAACAGGTTATTTTAGTTTCTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48779	CGAGGACTGTATTTGTGACTAATTGTATAACAGGTTATTTTAGTTTCTGT	48828

AL670296.7	1551	TCTGTGGAAAGTGTAAAGCATTCCGACAAAGGGTTTTAATGTAGATTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48829	TCTGTGGAAAGTGTAAAGCATTCCGACAAAGGGTTTTAATGTAGATTTTT	48878

AL670296.7	1601	TTTTGCACCCATGCTGTTTATTGCTAAATGTAATAGTCTGATCGTGACAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48879	TTTTGCACCCATGCTGTTTATTGCTAAATGTAATAGTCTGATCGTGACAC	48928

AL670296.7	1651	TGAAAAAAATATATATTTGTGTTCTGAGTAATGGAAAAATAAGGGACCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48929	TGAAAAAAATATATATTTGTGTTCTGAGTAATGGAAAAATAAGGGACCAA	48978

AL670296.7	1701	GGAAATTGGAACATTATCATATCACAATGTGGATGCATACATTTTGGCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	48979	GGAAATTGGAACATTATCATATCACAATGTGGATGCATACATTTTGGCTT	49028

AL670296.7	1751	AAGATATGTTAGACACTGCTGGAGATAATTGAGTTTCACTCATGAAGGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	49029	AAGATATGTTAGACACTGCTGGAGATAATTGAGTTTCACTCATGAAGGGA	49078

AL670296.7	1801	AATGGTCAAACTTACAAGAGGATCCTGTAGCTGAAAAACAAAGATAAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	49079	AATGGTCAAACTTACAAGAGGATCCTGTAGCTGAAAAACAAAGATAAATC	49128

AL670296.7	1851	AACGTGTACAGCCTGCTGAAAGAGGAGCTAGTTTTCGTACTACTTTCCTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	49129	AACGTGTACAGCCTGCTGAAAGAGGAGCTAGTTTTCGTACTACTTTCCTG	49178

AL670296.7	1901	AAAGGAAATATCAGAAATGGCAATGGAAGAATCATCCTTCTTAGGGCAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	49179	AAAGGAAATATCAGAAATGGCAATGGAAGAATCATCCTTCTTAGGGCAGG	49228

AL670296.7	1951	GGCATAGAGCGCTGTGCTGGGGAATATACCTGCCATCATGCCTTGTGGGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845557.1	49229	GGCATAGAGCGCTGTGCTGGGGAATATACCTGCCATCATGCCTTGTGGGG	49278

Overview

Query
AL670296.7 - 160623 bps
Hit
AL845557.1 - 49278 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link