<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662873.3	1	GAATTCCAGCAGTCTCATAATATAAGTTCCAATAACCATAGAAAGTAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14280	GAATTCCAGCAGTCTCATAATATAAGTTCCAATAACCATAGAAAGTAATT	14329

AL662873.3	51	AAAAGTAATTCAAGAAAATGTTTTGAAGGCTACTGACAAAAATGTATAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14330	AAAAGTAATTCAAGAAAATGTTTTGAAGGCTACTGACAAAAATGTATAGT	14379

AL662873.3	101	GTGAATGGCTGCAACAAAGTTCTCAATACAGGAGATGGAAACAGACCCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14380	GTGAATGGCTGCAACAAAGTTCTCAATACAGGAGATGGAAACAGACCCAC	14429

AL662873.3	151	ACCAAGACTCATGACAACAAAATTTCAGAGAGTGAAAGACAGAGCAAGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14430	ACCAAGACTCATGACAACAAAATTTCAGAGAGTGAAAGACAGAGCAAGAC	14479

AL662873.3	201	CAATGGACAAAGGAATGGCAGGAGGTCTGGTCGTGTGTGTGCATTTCCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14480	CAATGGACAAAGGAATGGCAGGAGGTCTGGTCGTGTGTGTGCATTTCCTC	14529

AL662873.3	251	CTTCCCGTCTGTCATTGTCCTTCCTCACCAGGCCTGCAGATCACCTGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14530	CTTCCCGTCTGTCATTGTCCTTCCTCACCAGGCCTGCAGATCACCTGTGA	14579

AL662873.3	301	TGACTTGGCCTCTTGCCATCCCTAGCTGGGCAAACTCCATCATGGTGACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14580	TGACTTGGCCTCTTGCCATCCCTAGCTGGGCAAACTCCATCATGGTGACA	14629

AL662873.3	351	CACGGGATGGCAGAAGTGCAAGGCCTCGTTTCTGCTGGATGAGCCTTCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14630	CACGGGATGGCAGAAGTGCAAGGCCTCGTTTCTGCTGGATGAGCCTTCTG	14679

AL662873.3	401	GAGACTGTCTCAGGGTTTTCTGAGAACTTCTTTAAAACCTGGTCTACGGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14680	GAGACTGTCTCAGGGTTTTCTGAGAACTTCTTTAAAACCTGGTCTACGGG	14729

AL662873.3	451	CATGCATTACCCCAGTTATTTTTTCCCTAAGTGAAAAATCAACCAGAGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14730	CATGCATTACCCCAGTTATTTTTTCCCTAAGTGAAAAATCAACCAGAGGA	14779

AL662873.3	501	GATGATTTATTTTAATAGCCTTATTGCAGGAGAGGAAGGTGAAAAGTGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14780	GATGATTTATTTTAATAGCCTTATTGCAGGAGAGGAAGGTGAAAAGTGTT	14829

AL662873.3	551	TCTATTCATTGGCCCATTAGTTACAATGGGCAGAGGCCACTGAGCGAGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14830	TCTATTCATTGGCCCATTAGTTACAATGGGCAGAGGCCACTGAGCGAGCA	14879

AL662873.3	601	GCGGGTGGTGGCAGTGATGACCACACGTTCTCACGGCAGCGCAACACTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14880	GCGGGTGGTGGCAGTGATGACCACACGTTCTCACGGCAGCGCAACACTTT	14929

AL662873.3	651	TGAGACAAGTTCCCACCTCTCCATTAAACATGTCTTCTCCACGTGCAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14930	TGAGACAAGTTCCCACCTCTCCATTAAACATGTCTTCTCCACGTGCAGAA	14979

AL662873.3	701	AATGTGGTCTCGTAGCTTCCCTTCTCAGTGCTGGATTGCTGGCATTTCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	14980	AATGTGGTCTCGTAGCTTCCCTTCTCAGTGCTGGATTGCTGGCATTTCAT	15029

AL662873.3	751	TTTCCTTATCAGAGACATGAATATCTTTGTTCTTCTTGGATTTCTAAGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15030	TTTCCTTATCAGAGACATGAATATCTTTGTTCTTCTTGGATTTCTAAGAC	15079

AL662873.3	801	TTCAGGTTTTCTTCAGGGAGAAGCTGCTTAGGGAGGCTCCTGCGTGGACC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15080	TTCAGGTTTTCTTCAGGGAGAAGCTGCTTAGGGAGGCTCCTGCGTGGACC	15129

AL662873.3	851	GAGTCCTTCCTGAGGGTTTGCTTGGTGCCCTAACTGTGGCTGACTGCCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15130	GAGTCCTTCCTGAGGGTTTGCTTGGTGCCCTAACTGTGGCTGACTGCCTC	15179

AL662873.3	901	CCGCGGGGTCCCAACTTTATACCCAGAGGTAAGGACAGATGCTTCCAGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15180	CCGCGGGGTCCCAACTTTATACCCAGAGGTAAGGACAGATGCTTCCAGCT	15229

AL662873.3	951	CCATCTTATAACTTCCACATGAAATTTGAGGTCAGGAACTTCTCTTAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15230	CCATCTTATAACTTCCACATGAAATTTGAGGTCAGGAACTTCTCTTAACT	15279

AL662873.3	1001	CGTCTTAAAGGGCCTCATACTTACATTCTTGACTCGGAAAATAATTAAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15280	CGTCTTAAAGGGCCTCATACTTACATTCTTGACTCGGAAAATAATTAAGT	15329

AL662873.3	1051	GTGCGTTTGAACATGTTTCCTCCGCAATTTACTCTCTGGAGGGGAATACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15330	GTGCGTTTGAACATGTTTCCTCCGCAATTTACTCTCTGGAGGGGAATACA	15379

AL662873.3	1101	TTGAAAACCCAGTTTATTTTCAGATACTGAGTGGGATTGAAAAGCTGAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15380	TTGAAAACCCAGTTTATTTTCAGATACTGAGTGGGATTGAAAAGCTGAAT	15429

AL662873.3	1151	TGTCTGTTTTCCTGCAGGGCACACAGAGGAACTGGCTGTCCCACACCACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15430	TGTCTGTTTTCCTGCAGGGCACACAGAGGAACTGGCTGTCCCACACCACT	15479

AL662873.3	1201	CTGACATTTCCAGAGAAGCACCGTCCTCTTCCAGTAGGACATGAGTAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15480	CTGACATTTCCAGAGAAGCACCGTCCTCTTCCAGTAGGACATGAGTAAGA	15529

AL662873.3	1251	CCAGTGAGGAGCCAACATGCAGCCCCTGGGCATCTCTGGGGTTGAAGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15530	CCAGTGAGGAGCCAACATGCAGCCCCTGGGCATCTCTGGGGTTGAAGGAA	15579

AL662873.3	1301	AGATATATATGTCCTTCTGATGTGTGGAGCCCTGAGGGCAGTGTTCAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15580	AGATATATATGTCCTTCTGATGTGTGGAGCCCTGAGGGCAGTGTTCAAGA	15629

AL662873.3	1351	CCCTGCATTTTCCGAAGTACTTGTTTACTGAGCAAGTGTTTCTGCTTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15630	CCCTGCATTTTCCGAAGTACTTGTTTACTGAGCAAGTGTTTCTGCTTGTT	15679

AL662873.3	1401	GCATTATGTCAGGGGATATGGAAGCCACTTTTCATCCAGCCAAACACAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15680	GCATTATGTCAGGGGATATGGAAGCCACTTTTCATCCAGCCAAACACAGA	15729

AL662873.3	1451	TGCAAATGAGATGTTCTGGGAGAAAGCAGAAAAAGCCCTTTTCACAGAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15730	TGCAAATGAGATGTTCTGGGAGAAAGCAGAAAAAGCCCTTTTCACAGAGT	15779

AL662873.3	1501	TCCTTATTTTACTATTCTATTACACTTGTCTGAGGTTACAATCACATCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15780	TCCTTATTTTACTATTCTATTACACTTGTCTGAGGTTACAATCACATCCT	15829

AL662873.3	1551	TTTTTAACAATCTCTAAATGAGAAAATCATCAAAAGGGTATGTAGTGAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15830	TTTTTAACAATCTCTAAATGAGAAAATCATCAAAAGGGTATGTAGTGAGT	15879

AL662873.3	1601	GACAGACACAGGATAAATGCTGTAAGTCAGTGTTTGATGAAAGATACTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15880	GACAGACACAGGATAAATGCTGTAAGTCAGTGTTTGATGAAAGATACTGG	15929

AL662873.3	1651	TGTTCCAGGATGTCAGAGTCTCCTGGGTGCCAGTAGGGAGGTGGTCAGGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15930	TGTTCCAGGATGTCAGAGTCTCCTGGGTGCCAGTAGGGAGGTGGTCAGGG	15979

AL662873.3	1701	ACTTTATCCAAGAAGCAGAAAGAAGAGCTTCAGGGACATGAGGATGTCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	15980	ACTTTATCCAAGAAGCAGAAAGAAGAGCTTCAGGGACATGAGGATGTCTC	16029

AL662873.3	1751	ATAGCCAAGGACAGGACAGTAAAGGGCCCCGTGTGAGTGCATCACAGAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	16030	ATAGCCAAGGACAGGACAGTAAAGGGCCCCGTGTGAGTGCATCACAGAGG	16079

AL662873.3	1801	TCTGTTACTGTTCAGACCCCAAAGCTCAGCACCCAGTGTGGCATGTGGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	16080	TCTGTTACTGTTCAGACCCCAAAGCTCAGCACCCAGTGTGGCATGTGGCA	16129

AL662873.3	1851	AGACCTCAGCAAACACATCAGTTGGCTGGATGAAGGAGGGCAGGTGTGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	16130	AGACCTCAGCAAACACATCAGTTGGCTGGATGAAGGAGGGCAGGTGTGAG	16179

AL662873.3	1901	CCGACAAGGAAAATCTTGTGATTTTTGTTGGGAAATGAATGTAAAAGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	16180	CCGACAAGGAAAATCTTGTGATTTTTGTTGGGAAATGAATGTAAAAGTGT	16229

AL662873.3	1951	TGATGTACCTCCCTTGTAAGGAGATAGAAAGGTAGAGAGCAGACAGATGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845555.1	16230	TGATGTACCTCCCTTGTAAGGAGATAGAAAGGTAGAGAGCAGACAGATGC	16279

Overview

Query
AL662873.3 - 107795 bps
Hit
AL845555.1 - 16279 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link