<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 500 bps

Full alignment

AL929461.3	1	TTTGAAATGCAGAGTGTATGGGCAGGACAGTAAATTGAACATTGTTTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL845545.5	92103	TTTGAAATGCAGAGTGTATGGGCAGGACAGTAATTTGAACATTGTTTTCT	92152

AL929461.3	51	CTTCTGGCTGCCATTATCAGTCTCACACTATTTTTTCCTTAATCTGAAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92153	CTTCTGGCTGCCATTATCAGTCTCACACTATTTTTTCCTTAATCTGAAAG	92202

AL929461.3	101	TCTTGATAACACCATCATTTTTAATTTTATTATTTAAGCAAATAGTATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92203	TCTTGATAACACCATCATTTTTAATTTTATTATTTAAGCAAATAGTATTG	92252

AL929461.3	151	TTAAAAAAAATATATTTGTTGTACTCTCCCATTTCCTGAGCCCTGAACTA	200
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92253	TTAAAAAATATATATTTGTTGTACTCTCCCATTTCCTGAGCCCTGAACTA	92302

AL929461.3	201	TGATGACTTCTGCTACTGAGAAACCCGTAAATGTGAAAAGGGTCCATTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92303	TGATGACTTCTGCTACTGAGAAACCCGTAAATGTGAAAAGGGTCCATTTC	92352

AL929461.3	251	TGAGTGAAAACTGTTGACACCTTTTTGGGTTTTTTATCTATGGTAAAAAA	300
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL845545.5	92353	TGAGTGAAAACTGTTGACACCTTTTTGGGTTTTTTATCTATGGTGAAAAA	92402

AL929461.3	301	AAGGAAGTCTATCATTTACACAGATTATTTACAAAACTTCAATGCACATC	350
			|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92403	AATGAAGTCTACCATTTACACAGATTATTTACAAAACTTCAATGCACATC	92452

AL929461.3	351	CCTAATACCAATATTGTAACTTAAAATCTGAACCTGTAATTAAAAAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92453	CCTAATACCAATATTGTAACTTAAAATCTGAACCTGTAATTAAAAAAAAA	92502

AL929461.3	401	CTATAAATATACTGTCTGTATATGAAAACATTGATGTGTCCATATTTACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92503	CTATAAATATACTGTCTGTATATGAAAACATTGATGTGTCCATATTTACC	92552

AL929461.3	451	CATGACCGCCTCTTTCCTGAGGACTCCCCCCAGACCATCAGATGTTTGCG	500
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
AL845545.5	92553	CATGACCGCCTCTTTCCTGAGGACTCCCCCAAGACCTTCAGATGTTTGCG	92602

AL929461.3	501	TCTGACACCTCTGCCATCTCTGCACCAGCTCATCCACAAACTCTTGCTTG	550
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92603	TCTGACACTTCTGCCATCTCTGCACCAGCTCATCCACAAACTCTTGCTTG	92652

AL929461.3	551	TTTCCCTCAGTTCCTTGCAAGAGATCTCCAACATACTCCACTATTTCATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92653	TTTCCCTCAGTTCCTTGCAAGAGATCTCCAACATACTCCACTATTTCATC	92702

AL929461.3	601	GGCATTGTCAATGGATAGGATGTACCTTAAAATAAAAACATATCTTAGAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92703	GGCATTGTCAATGGATAGGATGTACCTTAAAATAAAAACATATCTTAGAC	92752

AL929461.3	651	TGAACTAAATCTACAATTACATAAGATTAAAAAAGATAATTGGATGGGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92753	TGAACTAAATCTACAATTACATAAGATTAAAAAAGATAATTGGATGGGTG	92802

AL929461.3	701	TGATAAAACAAAGTAATGTAGTGATTATATGTATGATACTGCAGGACAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92803	TGATAAAACAAAGTAATGTAGTGATTATATGTATGATACTGCAGGACAAA	92852

AL929461.3	751	ATGTCAAAATCATGTAGCAGTTATTGAGCTAAAGTCAGTTTTATGTTCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92853	ATGTCAAAATCATGTAGCAGTTATTGAGCTAAAGTCAGTTTTATGTTCAC	92902

AL929461.3	801	ACAGTCAGACTTTTAACTTAATACATTTCAGAAAAGTATTATTTGCAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92903	ACAGTCAGACTTTTAACTTAATACATTTCAGAAAAGTATTATTTGCAAAT	92952

AL929461.3	851	TCTAAATATTGAAATCATATTATTAGCAGTAAATGACTATCAAAGTATAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92953	TCTAAATATTGAAATCATATTATTAGCAGTAAATGACTATCAAAGTATAA	93002

AL929461.3	901	CATAGTTCACATTCAATTAAATAGTGTTACTGTTGCTTTGAAGTCATACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93003	CATAGTTCACATTCAATTAAATAGTGTTACTGTTGCTTTGAAGTCATACT	93052

AL929461.3	951	TGCATGTGATTTCAGACCCAATATTCAATGAAGGTAAAGTTGGTTTTGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93053	TGCATGTGATTTCAGACCCAATATTCAATGAAGGTAAAGTTGGTTTTGTA	93102

AL929461.3	1001	TTCACACATTCAGACTTTCTCATTAATAATATAATTTTAGAAAAGTATTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93103	TTCACACATTCAGACTTTCTCATTAATAATATAATTTTAGAAAAGTATTC	93152

AL929461.3	1051	TTCAAATTTTAAGTAGTAAAATCATATTATTAGCAGCTAATGACTACCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93153	TTCAAATTTTAAGTAGTAAAATCATATTATTAGCAGCTAATGACTACCAA	93202

AL929461.3	1101	AGTAAGTCCACAGTCAAATAAAAGTGCTAATGTTGTTCAGAAGGTATACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93203	AGTAAGTCCACAGTCAAATAAAAGTGCTAATGTTGTTCAGAAGGTATACT	93252

AL929461.3	1151	TGCATGTGATTTCATATCATATTTTTAAAGTACCATGGTAAACAATACAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93253	TGCATGTGATTTCATATCATATTTTTAAAGTACCATGGTAAACAATACAG	93302

AL929461.3	1201	GGAGCATGTCACAGGTTGTCACTGAGCGTATATAAAACCAACTTTACAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93303	GGAGCATGTCACAGGTTGTCACTGAGCGTATATAAAACCAACTTTACAAT	93352

AL929461.3	1251	CAATATTTAAAGTAGCGTAATTAACTACACAGGGGTTATAACAAAGTTGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93353	CAATATTTAAAGTAGCGTAATTAACTACACAGGGGTTATAACAAAGTTGC	93402

AL929461.3	1301	AACTTTATTGAAAAT-AAAAAAAAGAATGATTGTGTGAATATTAAACCAA	1349
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93403	AACTTTATTGAAAATAAAAAAAAAGAATGATTGTGTGAATATTAAACCAA	93452

AL929461.3	1350	CTTTACCTCAATCAGAGTGTTTAGGGGTTCCTTTCCATAATACAATTGTA	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93453	CTTTACCTCAATCAGAGTGTTTAGGGGTTCCTTTCCATAATACAATTGTA	93502

AL929461.3	1400	TAAAAGTAACATTAGTACATTTAGTACAGTAAAATTGTATTACATAAGAA	1449
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
AL845545.5	93503	TAAAAGTAACATTAGTAAATTTAGTACAGTAAAATTGCATTACATAAGAA	93552

AL929461.3	1450	TTTGAATGTATTTTATAAATGTATATTAACCCAAACCGACATAACAACAT	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93553	TTTGAATGTATTTTATAAATGTATATTAACCCAAACCGACATAACAACAT	93602

AL929461.3	1500	AGAATAAAGATATAAAAATATAGAAATATCGATATATAAGAACGACATTA	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93603	AGAATAAAGATATAAAAATATAGAAATATCGATATATAAGAACGACATTA	93652

AL929461.3	1550	AATTATATCATATAACATTTCTAAATCCTATGACAGGGTCTTTGCAGCGC	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93653	AATTATATCATATAACATTTCTAAATCCTATGACAGGGTCTTTGCAGCGC	93702

AL929461.3	1600	ATCACAACAGCGCATTAAAAGAGAATTTGCTTTATTAATGAAGGACTTTT	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93703	ATCACAACAGCGCATTAAAAGAGAATTTGCTTTATTAATGAAGGACTTTT	93752

AL929461.3	1650	GTTTTAGATTAATGCCTTTAAAGAATTTATCAATTTTAATCTTAGTTTTC	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93753	GTTTTAGATTAATGCCTTTAAAGAATTTATCAATTTTAATCTTAGTTTTC	93802

AL929461.3	1700	AGGTAAAGTTAATGTATATTTTACAGCATTTCTATATGACAGCAGTGACA	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93803	AGGTAAAGTTAATGTATATTTTACAGCATTTCTATATGACAGCAGTGACA	93852

AL929461.3	1750	GTGTGTAGACTCTGGGGTATTTAGCATCTCTTAATGTACTTACTGTACAA	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93853	GTGTGTAGACTCTGGGGTATTTAGCATCTCTTAATGTACTTACTGTACAA	93902

AL929461.3	1800	TGTCATCGCTTGCATCCAATCCAAACCCATGCTTTAACTTATCAACAGTC	1849
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93903	TGTCATCACTTGCATCCAATCCAAACCCATGCTTTAACTTATCAACAGTC	93952

AL929461.3	1850	CAGCGAAGCAAAGAATCGCTCATGTTGAAGTCAATACAACTGTGATAAAC	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93953	CAGCGAAGCAAAGAATCGCTCATGTTGAAGTCAATACAACTGTGATAAAC	94002

AL929461.3	1900	TGCTGATTCCCTATTTCAACACAAGACTGTCTGCATCTGGCTTCCCCGGT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
AL845545.5	94003	TGCTGATTCCCTATTTCAACACAAGACTGTCTGCATCTGGCTTACCCGGT	94052

AL929461.3	1950	TGAAATTGCTTCCGGGAGACGAATTTTAAAATAAAAGCCCCATTTGAGAT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	94053	TGAAATTGCTTCCGGGAGACGAATTTTAAAATAAAAGCCCCATTTGAGAT	94102

AL929461.3	2000	C	2000
			|
AL845545.5	94103	C	94103

Compact alignment

AL929461.3	1	TTTGAAATGCAGAGTGTATGGGCAGGACAGTAAATTGAACATTGTTTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL845545.5	92103	TTTGAAATGCAGAGTGTATGGGCAGGACAGTAATTTGAACATTGTTTTCT	92152

skip 100 bps 100% identity alignment

AL929461.3	151	TTAAAAAAAATATATTTGTTGTACTCTCCCATTTCCTGAGCCCTGAACTA	200
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92253	TTAAAAAATATATATTTGTTGTACTCTCCCATTTCCTGAGCCCTGAACTA	92302

skip 50 bps 100% identity alignment

AL929461.3	251	TGAGTGAAAACTGTTGACACCTTTTTGGGTTTTTTATCTATGGTAAAAAA	300
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL845545.5	92353	TGAGTGAAAACTGTTGACACCTTTTTGGGTTTTTTATCTATGGTGAAAAA	92402

AL929461.3	301	AAGGAAGTCTATCATTTACACAGATTATTTACAAAACTTCAATGCACATC	350
			|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92403	AATGAAGTCTACCATTTACACAGATTATTTACAAAACTTCAATGCACATC	92452

skip 100 bps 100% identity alignment

AL929461.3	451	CATGACCGCCTCTTTCCTGAGGACTCCCCCCAGACCATCAGATGTTTGCG	500
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
AL845545.5	92553	CATGACCGCCTCTTTCCTGAGGACTCCCCCAAGACCTTCAGATGTTTGCG	92602

AL929461.3	501	TCTGACACCTCTGCCATCTCTGCACCAGCTCATCCACAAACTCTTGCTTG	550
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	92603	TCTGACACTTCTGCCATCTCTGCACCAGCTCATCCACAAACTCTTGCTTG	92652

skip 750 bps 100% identity alignment

AL929461.3	1301	AACTTTATTGAAAAT-AAAAAAAAGAATGATTGTGTGAATATTAAACCAA	1349
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93403	AACTTTATTGAAAATAAAAAAAAAGAATGATTGTGTGAATATTAAACCAA	93452

skip 50 bps 100% identity alignment

AL929461.3	1400	TAAAAGTAACATTAGTACATTTAGTACAGTAAAATTGTATTACATAAGAA	1449
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
AL845545.5	93503	TAAAAGTAACATTAGTAAATTTAGTACAGTAAAATTGCATTACATAAGAA	93552

skip 350 bps 100% identity alignment

AL929461.3	1800	TGTCATCGCTTGCATCCAATCCAAACCCATGCTTTAACTTATCAACAGTC	1849
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845545.5	93903	TGTCATCACTTGCATCCAATCCAAACCCATGCTTTAACTTATCAACAGTC	93952

skip 50 bps 100% identity alignment

AL929461.3	1900	TGCTGATTCCCTATTTCAACACAAGACTGTCTGCATCTGGCTTCCCCGGT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
AL845545.5	94003	TGCTGATTCCCTATTTCAACACAAGACTGTCTGCATCTGGCTTACCCGGT	94052

skip 51 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL929461.3 - 58622 bps
Hit
AL845545.5 - 94103 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link