<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX001039.5	1	TTCCCTTAAAATCACATTCAGTCGAACAGCAGGCCCTGTTGGCTTTGCCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124405	TTCCCTTAAAATCACATTCAGTCGAACAGCAGGCCCTGTTGGCTTTGCCC	124454

BX001039.5	51	CCAAAATAAATAAAATCTGAAGACCTTCTTCCCACTTCCACTCTGATCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124455	CCAAAATAAATAAAATCTGAAGACCTTCTTCCCACTTCCACTCTGATCAC	124504

BX001039.5	101	TCTCTCCTTGCCACACTCACCTTTAGTTTCAGGCCTCTTAACTGGTCTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124505	TCTCTCCTTGCCACACTCACCTTTAGTTTCAGGCCTCTTAACTGGTCTTC	124554

BX001039.5	151	CTACTTGCCCTCTTGAGCCCTCACTCTCACCCCAGTTAATCCTCCACAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124555	CTACTTGCCCTCTTGAGCCCTCACTCTCACCCCAGTTAATCCTCCACAAT	124604

BX001039.5	201	AATAGAGTGATCTTTTAAAATTATAAAGTGGGCCCTATCATTTCCCTGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124605	AATAGAGTGATCTTTTAAAATTATAAAGTGGGCCCTATCATTTCCCTGTT	124654

BX001039.5	251	CAAGCCCTTCAGTTGCCTCTCATGACACCTAGAATGAAATCTGCAATTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124655	CAAGCCCTTCAGTTGCCTCTCATGACACCTAGAATGAAATCTGCAATTTT	124704

BX001039.5	301	TTATTAAGGACTGCAGGGCCCGACATAATCTGGCTCTTGTCGCTCTGGCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124705	TTATTAAGGACTGCAGGGCCCGACATAATCTGGCTCTTGTCGCTCTGGCC	124754

BX001039.5	351	CTACCTCCTGCTCTGCCTCCTTCTTTCTAGCCTGGCTGGCTGTTTTGCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124755	CTACCTCCTGCTCTGCCTCCTTCTTTCTAGCCTGGCTGGCTGTTTTGCAC	124804

BX001039.5	401	CTCCATAGCAGGCCTGTGCATGTTGTACTTGTTCCTTTTGCCTGAAGCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124805	CTCCATAGCAGGCCTGTGCATGTTGTACTTGTTCCTTTTGCCTGAAGCAC	124854

BX001039.5	451	ACTCCCCCTTCTATACCATCTTTCTTTAGTCTGTTACTCTTCTTATTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124855	ACTCCCCCTTCTATACCATCTTTCTTTAGTCTGTTACTCTTCTTATTTTT	124904

BX001039.5	501	CTACATGAATTTATCTGCCTGACATTTAGTATATGTTTACTTGGCATTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124905	CTACATGAATTTATCTGCCTGACATTTAGTATATGTTTACTTGGCATTAT	124954

BX001039.5	551	TTGCCTGTTTTATCTCAACATATAAACTCCTTAAGTGCAAGGACTTTGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	124955	TTGCCTGTTTTATCTCAACATATAAACTCCTTAAGTGCAAGGACTTTGTC	125004

BX001039.5	601	TTGCTCATGGCTATATTTCCAGTGCTTAGGATAATGCCTGGCCTACAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125005	TTGCTCATGGCTATATTTCCAGTGCTTAGGATAATGCCTGGCCTACAATA	125054

BX001039.5	651	GGCCAATATATATTTGTTGAATACATATATTTTTAAAATGCATTAATATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125055	GGCCAATATATATTTGTTGAATACATATATTTTTAAAATGCATTAATATC	125104

BX001039.5	701	TTTGAAGACTTTTTCTTTTTTTTCCTTTAGTGTTTGACTTGTTCAGTGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125105	TTTGAAGACTTTTTCTTTTTTTTCCTTTAGTGTTTGACTTGTTCAGTGCT	125154

BX001039.5	751	GTTAGGTTCCTTATTTTAGTCTTCTTCAGATTGCTCTAGTTATATTTCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125155	GTTAGGTTCCTTATTTTAGTCTTCTTCAGATTGCTCTAGTTATATTTCTC	125204

BX001039.5	801	TGGGTTGGAATTCTCCAATTTGTTGGGGCTTGTGAGGTATCACTCACCAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125205	TGGGTTGGAATTCTCCAATTTGTTGGGGCTTGTGAGGTATCACTCACCAC	125254

BX001039.5	851	TCACATGGTGCTGGATTTTCTCATAGATTTCAGAACTTTTAGTAGTTTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125255	TCACATGGTGCTGGATTTTCTCATAGATTTCAGAACTTTTAGTAGTTTCT	125304

BX001039.5	901	TATTCCTTGGGGGCTATCTTTCATGGATATTCTATGATATAAATACCCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125305	TATTCCTTGGGGGCTATCTTTCATGGATATTCTATGATATAAATACCCTG	125354

BX001039.5	951	GGTTGTGGCTCTCTTCTTGGTGGCTATTGTCCTAACTTCCTGGGTACACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125355	GGTTGTGGCTCTCTTCTTGGTGGCTATTGTCCTAACTTCCTGGGTACACT	125404

BX001039.5	1001	GCCACTTAACCAGATCTCAGCTGTTTTGACTTGGAATATTATGCACATTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125405	GCCACTTAACCAGATCTCAGCTGTTTTGACTTGGAATATTATGCACATTG	125454

BX001039.5	1051	CATGGGTAGCACACCTCCAGCAGGGCTCTGCACCCTGGACAGATCTAACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125455	CATGGGTAGCACACCTCCAGCAGGGCTCTGCACCCTGGACAGATCTAACT	125504

BX001039.5	1101	CTGGACCTGTGTGGGTGGCTCTGTTTTCATGCCTGGGGCAGATGGGTGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125505	CTGGACCTGTGTGGGTGGCTCTGTTTTCATGCCTGGGGCAGATGGGTGAA	125554

BX001039.5	1151	GATATTTTGGCTTCTGTGCATGGGGAGGCAGTATATTTTCTGCTACTGGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125555	GATATTTTGGCTTCTGTGCATGGGGAGGCAGTATATTTTCTGCTACTGGC	125604

BX001039.5	1201	TTTACTCAGAGGGGCCTAATTTCAGTTTTCCGCATGTTGTATCTTGAGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125605	TTTACTCAGAGGGGCCTAATTTCAGTTTTCCGCATGTTGTATCTTGAGGC	125654

BX001039.5	1251	TTTTGCTGTCATTTGGGAGCAGATGTTGAAACCCTACCTTTGTTCCTGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125655	TTTTGCTGTCATTTGGGAGCAGATGTTGAAACCCTACCTTTGTTCCTGAG	125704

BX001039.5	1301	GCAAAGCTGTCATCTCTATTTTTTCATCCCCTCACTGTTCCCACCAAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125705	GCAAAGCTGTCATCTCTATTTTTTCATCCCCTCACTGTTCCCACCAAGAG	125754

BX001039.5	1351	CTTAACTTTAGCTTCTTCTTGCAATGTGTTCCTATATTCAATTTCTGCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125755	CTTAACTTTAGCTTCTTCTTGCAATGTGTTCCTATATTCAATTTCTGCTC	125804

BX001039.5	1401	CTTGGAAATCTTACCCACCTTTTTTATGCTTAAGCTTGGCTGTATATTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125805	CTTGGAAATCTTACCCACCTTTTTTATGCTTAAGCTTGGCTGTATATTTT	125854

BX001039.5	1451	TCATTTATAGATATTGCCAGGTAACACTTTTTAAACTTTTATTTTAAATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125855	TCATTTATAGATATTGCCAGGTAACACTTTTTAAACTTTTATTTTAAATT	125904

BX001039.5	1501	CAGGGACACATGTGCAAGGTTGTTATATAGGTAAACTTGTGTCATGGGGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125905	CAGGGACACATGTGCAAGGTTGTTATATAGGTAAACTTGTGTCATGGGGG	125954

BX001039.5	1551	TTTGTTGTACAGATTATTTTTCTACCCAGATATTAAATCTAGTTATTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	125955	TTTGTTGTACAGATTATTTTTCTACCCAGATATTAAATCTAGTTATTTTT	126004

BX001039.5	1601	CCTGATCCTCTCCCGCTCCCACCCTCCACCCTCTGACAGGCCCCAGTGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126005	CCTGATCCTCTCCCGCTCCCACCCTCCACCCTCTGACAGGCCCCAGTGTC	126054

BX001039.5	1651	TATTTTTCCCCTCTGTGTGTCCATGTGTTCTCATCATTTAGCTCCCGTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126055	TATTTTTCCCCTCTGTGTGTCCATGTGTTCTCATCATTTAGCTCCCGTTT	126104

BX001039.5	1701	ATAAATAAGAACATGTGGTATCTGGTTTTCTGTTCCTGCATTAGTTTGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126105	ATAAATAAGAACATGTGGTATCTGGTTTTCTGTTCCTGCATTAGTTTGCT	126154

BX001039.5	1751	AGGGGTAATGGCCTCTAGATCCATCCGTGTTCCAGCAAAGGACATGATCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126155	AGGGGTAATGGCCTCTAGATCCATCCGTGTTCCAGCAAAGGACATGATCT	126204

BX001039.5	1801	CATTCTTTTTTTGGCTGCGTAGTATTCCATGGTGTATATGTATCACATTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126205	CATTCTTTTTTTGGCTGCGTAGTATTCCATGGTGTATATGTATCACATTT	126254

BX001039.5	1851	TCTTTATTCAGTCTACCATTGATGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTATTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126255	TCTTTATTCAGTCTACCATTGATGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTATTT	126304

BX001039.5	1901	GCTATTGTGAATAGTTCTGTGTTTAACATAACTGTGCATGTGTCTTTATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126305	GCTATTGTGAATAGTTCTGTGTTTAACATAACTGTGCATGTGTCTTTATG	126354

BX001039.5	1951	ATAGAATGGTTTATATTCCTTTGAGTCTATACCCAGTAATGGGATTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845509.6	126355	ATAGAATGGTTTATATTCCTTTGAGTCTATACCCAGTAATGGGATTGGCC	126404

Overview

Query
BX001039.5 - 58428 bps
Hit
AL845509.6 - 126404 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link