<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL845439.5	1	CAACTCCTCTCATATTATTCTACCTTAACAGCTTCAGCAGAAAAACAGAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157428	CAACTCCTCTCATATTATTCTACCTTAACAGCTTCAGCAGAAAAACAGAC	157477

AL845439.5	51	ATCTTTCTCACAATGTTCATAAATAAAGAACCAGAGAAGATGACCTTTGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157478	ATCTTTCTCACAATGTTCATAAATAAAGAACCAGAGAAGATGACCTTTGG	157527

AL845439.5	101	ACCAATACCTGTTGTTATGGAGATGTGGTACAGTGTGGGAAACTCTGATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157528	ACCAATACCTGTTGTTATGGAGATGTGGTACAGTGTGGGAAACTCTGATT	157577

AL845439.5	151	GGTCAGGGCTGGGTCATGTTATTTCCTCATCCCCTGGTCCATTATATTAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157578	GGTCAGGGCTGGGTCATGTTATTTCCTCATCCCCTGGTCCATTATATTAT	157627

AL845439.5	201	TTCTTAAGTTATTTAAAGTCATGGCTACTATTTTTATTTATTTTAATTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157628	TTCTTAAGTTATTTAAAGTCATGGCTACTATTTTTATTTATTTTAATTGA	157677

AL845439.5	251	CATAATTATACATATTGATATAGTACAGTGTGATATTTTGATACATGTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157678	CATAATTATACATATTGATATAGTACAGTGTGATATTTTGATACATGTAT	157727

AL845439.5	301	ACAATGTGTAATAAGCAAATAAGGGTATTTAGCCTATGCATCACATCAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157728	ACAATGTGTAATAAGCAAATAAGGGTATTTAGCCTATGCATCACATCAAA	157777

AL845439.5	351	CGTTTACCATTTCTTTGTGATGGAAACATTCAAAATCATATCAAAAAGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157778	CGTTTACCATTTCTTTGTGATGGAAACATTCAAAATCATATCAAAAAGAT	157827

AL845439.5	401	AATCCACCACAATCAAGTGGGTTTCATACCAGGGAAGAAGGGATGGTTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157828	AATCCACCACAATCAAGTGGGTTTCATACCAGGGAAGAAGGGATGGTTGA	157877

AL845439.5	451	ACACACTCAAGTCAATAAATGTGACACACCACATAAACAGAATTAAAAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157878	ACACACTCAAGTCAATAAATGTGACACACCACATAAACAGAATTAAAAAC	157927

AL845439.5	501	AAAAATCACATGATCATCTCAATAGATGCAAAAAAAACATTCAACAAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157928	AAAAATCACATGATCATCTCAATAGATGCAAAAAAAACATTCAACAAAAT	157977

AL845439.5	551	CTGGCATCCTTTATGATTAAAGCTCTCAGCAAAATCGGCATACAAGGAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	157978	CTGGCATCCTTTATGATTAAAGCTCTCAGCAAAATCGGCATACAAGGAAC	158027

AL845439.5	601	ATACCTCAATGTAATCAAAGCCATCTATGAGAAACCCACAGCCAACATAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158028	ATACCTCAATGTAATCAAAGCCATCTATGAGAAACCCACAGCCAACATAA	158077

AL845439.5	651	TACTGAGTGGGGAAAAGCTGAAAGCATTCCCTCTGAGAACTGGAACAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158078	TACTGAGTGGGGAAAAGCTGAAAGCATTCCCTCTGAGAACTGGAACAAGA	158127

AL845439.5	701	CAATGATGCCCACTCTCACCACTTCTCTTCAACACAGTCCTGAAAGTCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158128	CAATGATGCCCACTCTCACCACTTCTCTTCAACACAGTCCTGAAAGTCCT	158177

AL845439.5	751	AGCCAGAGCAGTCAGACAAGGGAAAGAAATAAAGGTCATCCAAATCGGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158178	AGCCAGAGCAGTCAGACAAGGGAAAGAAATAAAGGTCATCCAAATCGGTA	158227

AL845439.5	801	AAGAGGAAGCCAAACTGTCACTGTTTGCTGATATGATTGTATACCTAGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158228	AAGAGGAAGCCAAACTGTCACTGTTTGCTGATATGATTGTATACCTAGGA	158277

AL845439.5	851	AACTCTAAAGACTCCTCCAAAAAGCTCCTAAAACTGATACAAAAATTCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158278	AACTCTAAAGACTCCTCCAAAAAGCTCCTAAAACTGATACAAAAATTCTG	158327

AL845439.5	901	CAATATTTCTGGATACAAAATTAATGTACACAAATCAGTAGCTCTCCTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158328	CAATATTTCTGGATACAAAATTAATGTACACAAATCAGTAGCTCTCCTAT	158377

AL845439.5	951	ACTCCAACAGTGACCAGGCTGAGAATCAAATCAAGAACTCAATCCCTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158378	ACTCCAACAGTGACCAGGCTGAGAATCAAATCAAGAACTCAATCCCTTTT	158427

AL845439.5	1001	ACGACAGCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAACTTAGAAATATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158428	ACGACAGCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAACTTAGAAATATA	158477

AL845439.5	1051	CCTAGCCTAAGGAGGTGAAAGACCTCTACAAGGAAAACTACAAAACACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158478	CCTAGCCTAAGGAGGTGAAAGACCTCTACAAGGAAAACTACAAAACACTG	158527

AL845439.5	1101	CTGAAAGAAATCACAGATGACACAAGCAAATGGAAACACATCCCATGCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158528	CTGAAAGAAATCACAGATGACACAAGCAAATGGAAACACATCCCATGCTC	158577

AL845439.5	1151	ACGGATGGGTAGAATCAATATTGTGAAAATTACCATACTACCAAAAGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158578	ACGGATGGGTAGAATCAATATTGTGAAAATTACCATACTACCAAAAGAAA	158627

AL845439.5	1201	TCTATAAATTCAATGCAATTCTCATCAAAATACCATGAACATTCTTCACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158628	TCTATAAATTCAATGCAATTCTCATCAAAATACCATGAACATTCTTCACA	158677

AL845439.5	1251	GAACTAGAAAAAAAAATCTTAAAATTCATATAAAACCCAAAAAAAGCCTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158678	GAACTAGAAAAAAAAATCTTAAAATTCATATAAAACCCAAAAAAAGCCTG	158727

AL845439.5	1301	CATAGCAAAAGCGAGACTAAGCAAAAAGAACAAATCTTGAGGCATCACAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158728	CATAGCAAAAGCGAGACTAAGCAAAAAGAACAAATCTTGAGGCATCACAT	158777

AL845439.5	1351	TACCTGATTTCAAACTATACTATAAGGCCAAAGTCACCAAAACAGCATGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158778	TACCTGATTTCAAACTATACTATAAGGCCAAAGTCACCAAAACAGCATGG	158827

AL845439.5	1401	TACTGGTATGAAAATGGGCCCATAGACCAATGGAACAAAATAGAGAACCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158828	TACTGGTATGAAAATGGGCCCATAGACCAATGGAACAAAATAGAGAACCC	158877

AL845439.5	1451	AGAAATGAACCCAAATACTTACAGCCAATTGTTCTTCGACAAAGCAAACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158878	AGAAATGAACCCAAATACTTACAGCCAATTGTTCTTCGACAAAGCAAACA	158927

AL845439.5	1501	AAAACATAAAGTGGGGAAAGGACACCTTATTGAACAAATGGTGCTGGGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158928	AAAACATAAAGTGGGGAAAGGACACCTTATTGAACAAATGGTGCTGGGAT	158977

AL845439.5	1551	AATTGGCTAGCCACATGTAGGAGAATGAAACTGGATCCTCAACTCTCACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	158978	AATTGGCTAGCCACATGTAGGAGAATGAAACTGGATCCTCAACTCTCACC	159027

AL845439.5	1601	TTATACAAAAATCAACCAAGATGGATCAAGCACTTAAAACTAAGACCTGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159028	TTATACAAAAATCAACCAAGATGGATCAAGCACTTAAAACTAAGACCTGA	159077

AL845439.5	1651	AACTATACAAATTCTAGAAGATAATATTGAAAAAAACCTCCTAGACATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159078	AACTATACAAATTCTAGAAGATAATATTGAAAAAAACCTCCTAGACATTG	159127

AL845439.5	1701	GCTTAGGCAAGGATTTCATGACCAAGAACCCAAAAGCAAAATGCAACAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159128	GCTTAGGCAAGGATTTCATGACCAAGAACCCAAAAGCAAAATGCAACAAA	159177

AL845439.5	1751	AACAAAGATAAATAGCTGGGACCCAATGAAACTAAAGAGTGTTTGCACGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159178	AACAAAGATAAATAGCTGGGACCCAATGAAACTAAAGAGTGTTTGCACGG	159227

AL845439.5	1801	CAAAAGAACAGTCAGCAGAGTAAACAGACAACCCACAGAGTGGGAGAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159228	CAAAAGAACAGTCAGCAGAGTAAACAGACAACCCACAGAGTGGGAGAAAA	159277

AL845439.5	1851	TCTTCACAATCTATGCATCTGACAAAGGACTAATATCCAGAATCTACAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159278	TCTTCACAATCTATGCATCTGACAAAGGACTAATATCCAGAATCTACAAC	159327

AL845439.5	1901	AAACTCATACAAATTAGCAAGAAAAAGAACAAACAATCTCATCAAAAAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159328	AAACTCATACAAATTAGCAAGAAAAAGAACAAACAATCTCATCAAAAAGT	159377

AL845439.5	1951	GGGCTAAGGACATGAGTAGACAATTCTCAAAAGAAGATATACAGCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845454.6	159378	GGGCTAAGGACATGAGTAGACAATTCTCAAAAGAAGATATACAGCTGGCC	159427

Overview

Query
AL845439.5 - 74764 bps
Hit
AL845454.6 - 159427 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link