<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX000443.5	193168	TTCAGTAGGCTCAACAGTATAAGTAAGTCGTGTTGTAAATTTGGGCAACC	193119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198307	TTCAGTAGGCTCAACAGTATAAGTAAGTCGTGTTGTAAATTTGGGCAACC	198356

C  BX000443.5	193118	CAAAGCACATCTGCTGCTTGTCATAGCTCTGCCCAGCAGGCTTTTAGTTC	193069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198357	CAAAGCACATCTGCTGCTTGTCATAGCTCTGCCCAGCAGGCTTTTAGTTC	198406

C  BX000443.5	193068	CTCAAGAAGTTTACTTCAAGTCTCTAGTTGTACTTAATTCTACACCAGTA	193019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198407	CTCAAGAAGTTTACTTCAAGTCTCTAGTTGTACTTAATTCTACACCAGTA	198456

C  BX000443.5	193018	AGCTTTTACACACATCAACACCCTGAATTACACAACGTCTCCACTCACCA	192969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198457	AGCTTTTACACACATCAACACCCTGAATTACACAACGTCTCCACTCACCA	198506

C  BX000443.5	192968	CTGATCAAAACTTCATAAAGTTCAGAGCCAAAGCCAAACACAACAGCAAG	192919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198507	CTGATCAAAACTTCATAAAGTTCAGAGCCAAAGCCAAACACAACAGCAAG	198556

C  BX000443.5	192918	GCCGAGAGTGGGAGGAGATGATGATGAAAGACTGCAATGGAGGAGGTCAA	192869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198557	GCCGAGAGTGGGAGGAGATGATGATGAAAGACTGCAATGGAGGAGGTCAA	198606

C  BX000443.5	192868	ACGATATCAAAGAGACATGTGAAGCCTGCCGGCATACTTCACACCAAGTT	192819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198607	ACGATATCAAAGAGACATGTGAAGCCTGCCGGCATACTTCACACCAAGTT	198656

C  BX000443.5	192818	TTTATTTTTTCCCTCAAAATGTTACACTTATCAGACCTGACAGGAAAAGA	192769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198657	TTTATTTTTTCCCTCAAAATGTTACACTTATCAGACCTGACAGGAAAAGA	198706

C  BX000443.5	192768	GAAAGGTCAAAGAATCTCTCTATTGGGTTCTGGGTAGATTTGTATGACAA	192719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198707	GAAAGGTCAAAGAATCTCTCTATTGGGTTCTGGGTAGATTTGTATGACAA	198756

C  BX000443.5	192718	TTTGTGACCTACTTGTCTGAGACAGACATTTACATTTCAAATTTACTATT	192669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198757	TTTGTGACCTACTTGTCTGAGACAGACATTTACATTTCAAATTTACTATT	198806

C  BX000443.5	192668	ATGTCATGGGCAAAGGGTTTTAAACAGGCTTTCATGAAAAAATAAAGGAG	192619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198807	ATGTCATGGGCAAAGGGTTTTAAACAGGCTTTCATGAAAAAATAAAGGAG	198856

C  BX000443.5	192618	AAGAAAAAAGAAGAGACATGTGTCCTTGCAGAAGTGTGAAGTTCTGACCT	192569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198857	AAGAAAAAAGAAGAGACATGTGTCCTTGCAGAAGTGTGAAGTTCTGACCT	198906

C  BX000443.5	192568	GATTATAACTTCTTGTAAGAAATGAAAAAGTATGCTACAGAAATACCTAC	192519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198907	GATTATAACTTCTTGTAAGAAATGAAAAAGTATGCTACAGAAATACCTAC	198956

C  BX000443.5	192518	TGACGAGTCTAGGACATACAGTCACCTTGGGGATACTGGACAAAGTCACC	192469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	198957	TGACGAGTCTAGGACATACAGTCACCTTGGGGATACTGGACAAAGTCACC	199006

C  BX000443.5	192468	TTGGGCAACCATTTACCCATTTCCCACATTCAGACCACACACTTACTTTG	192419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199007	TTGGGCAACCATTTACCCATTTCCCACATTCAGACCACACACTTACTTTG	199056

C  BX000443.5	192418	CATTAAATGAACCCTTTAATACCATTTACATCATCTGAAAATATAAATAT	192369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199057	CATTAAATGAACCCTTTAATACCATTTACATCATCTGAAAATATAAATAT	199106

C  BX000443.5	192368	ATTACAATAGATGATAAAAGTTATTTTAAATTATAACAATATTTCACAAT	192319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199107	ATTACAATAGATGATAAAAGTTATTTTAAATTATAACAATATTTCACAAT	199156

C  BX000443.5	192318	TTTTAGCAGTTGATTAAACCAAATAAATGCATTTTTTACTTGTTGACAGC	192269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199157	TTTTAGCAGTTGATTAAACCAAATAAATGCATTTTTTACTTGTTGACAGC	199206

C  BX000443.5	192268	AGCTCATTGCATCTTCAGTCAGTTCATATGAACTGTAATATAATAATCAG	192219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199207	AGCTCATTGCATCTTCAGTCAGTTCATATGAACTGTAATATAATAATCAG	199256

C  BX000443.5	192218	ACCTCTAATAAACGCTTCAGTCCCCAGCGAAGTAGAATTTCACTGGAATG	192169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199257	ACCTCTAATAAACGCTTCAGTCCCCAGCGAAGTAGAATTTCACTGGAATG	199306

C  BX000443.5	192168	TTACCCTTTAACGGAGCCTTTGCAGTACTTTGCAAACCAACTCACCTCAT	192119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199307	TTACCCTTTAACGGAGCCTTTGCAGTACTTTGCAAACCAACTCACCTCAT	199356

C  BX000443.5	192118	TAAACTGACAATGGCAGTCCTTCTGCCTTCAGGCCACAGTCGTGCCCACA	192069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199357	TAAACTGACAATGGCAGTCCTTCTGCCTTCAGGCCACAGTCGTGCCCACA	199406

C  BX000443.5	192068	ACAGCTTGCTCTTCCAAAAGAACACACTCTGCTTTAGAAGTTTAGAAAGT	192019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199407	ACAGCTTGCTCTTCCAAAAGAACACACTCTGCTTTAGAAGTTTAGAAAGT	199456

C  BX000443.5	192018	GTCTCAATGTATCAACTCGATGCTGCACTTCCTAAATCCCATCAGATCAC	191969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199457	GTCTCAATGTATCAACTCGATGCTGCACTTCCTAAATCCCATCAGATCAC	199506

C  BX000443.5	191968	ATCTTCCTCGACAGAGTATGGAAGCACAAAAAGTCCCCAAATTCAAATCT	191919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199507	ATCTTCCTCGACAGAGTATGGAAGCACAAAAAGTCCCCAAATTCAAATCT	199556

C  BX000443.5	191918	TTAAGGAAATGTACCTTCCAAATGAACATCAAAACCTGTTATCCCACAAA	191869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199557	TTAAGGAAATGTACCTTCCAAATGAACATCAAAACCTGTTATCCCACAAA	199606

C  BX000443.5	191868	TGCCCACAAAAGGTGCTTCTTAATAGAAGTGTGAAATGTGGGTGTTTACC	191819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199607	TGCCCACAAAAGGTGCTTCTTAATAGAAGTGTGAAATGTGGGTGTTTACC	199656

C  BX000443.5	191818	TGATGAATCATCCAGAGTGGTGGACGAGGCACAATGGTTTTTTTGTTAAC	191769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199657	TGATGAATCATCCAGAGTGGTGGACGAGGCACAATGGTTTTTTTGTTAAC	199706

C  BX000443.5	191768	TCTGGACCAGTGGTCCTCCTACACAACTGAGCTGCATCTAAGAAGTCTGA	191719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199707	TCTGGACCAGTGGTCCTCCTACACAACTGAGCTGCATCTAAGAAGTCTGA	199756

C  BX000443.5	191718	AAAAAAAAATTGATAGTATTTGCATGCGTGTCGCATTTGGTCCAGCGAAA	191669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199757	AAAAAAAAATTGATAGTATTTGCATGCGTGTCGCATTTGGTCCAGCGAAA	199806

C  BX000443.5	191668	TATGTCCCTTATAAATGCTGAGAGATTTCAAGACCTCTAAACTGCACACT	191619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199807	TATGTCCCTTATAAATGCTGAGAGATTTCAAGACCTCTAAACTGCACACT	199856

C  BX000443.5	191618	CATAAAAGCTGATATTGAGGTCATGGATATTTTTATAGCATTCAAAAAGG	191569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199857	CATAAAAGCTGATATTGAGGTCATGGATATTTTTATAGCATTCAAAAAGG	199906

C  BX000443.5	191568	AGTCACATCTTTTATGAAGGATTTAATAATGGTCGTTGATAAACATAAAC	191519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199907	AGTCACATCTTTTATGAAGGATTTAATAATGGTCGTTGATAAACATAAAC	199956

C  BX000443.5	191518	GTAGCTATGAGGCTTTAACTTAATAATGAATTATTTGTGATATATTGCAC	191469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	199957	GTAGCTATGAGGCTTTAACTTAATAATGAATTATTTGTGATATATTGCAC	200006

C  BX000443.5	191468	AATCAGTAGCCACTTTATTAGGATTCTAAAGCAAATTGAAACAGCTCATA	191419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	200007	AATCAGTAGCCACTTTATTAGGATTCTAAAGCAAATTGAAACAGCTCATA	200056

C  BX000443.5	191418	TACATTATAACTGTAATGAAGGTAAGGTCAAAGCCAAGACTGAATCTATT	191369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	200057	TACATTATAACTGTAATGAAGGTAAGGTCAAAGCCAAGACTGAATCTATT	200106

C  BX000443.5	191368	TGCAGTTGTTTATTGAACAAGTCAGCAGTGCCAAAAGAAAATCCACAATT	191319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	200107	TGCAGTTGTTTATTGAACAAGTCAGCAGTGCCAAAAGAAAATCCACAATT	200156

C  BX000443.5	191318	ACACTCATTTAAACACTGTAAAAAGCAATTAGTTGACTTTATTTGAAAAG	191269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	200157	ACACTCATTTAAACACTGTAAAAAGCAATTAGTTGACTTTATTTGAAAAG	200206

C  BX000443.5	191268	GTGAGTAAACCTATTGCTGATGAAGCATTTAATCGACTTTAAAACAGTTA	191219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	200207	GTGAGTAAACCTATTGCTGATGAAGCATTTAATCGACTTTAAAACAGTTA	200256

C  BX000443.5	191218	ATACTCAGGTGATGGCTGAACTCGAAAGAGCTTTGGCAACAGATAAGCTT	191169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845444.9	200257	ATACTCAGGTGATGGCTGAACTCGAAAGAGCTTTGGCAACAGATAAGCTT	200306

Overview

Query
BX000443.5 - 193168 bps
Hit
AL845444.9 - 200306 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019472000191169193168-11983072003061
288.151923449893099273116028163561
387.892123639238892750135741360951
484.25138285148880149164135741360321
581.66138340172763173102-135742360791
690.6823934794289774-135752361051
786.941452559240792661-149877501211
890.691482149253792750158445586591
986.2411822494249647-158456586731
1082.513934694309775178244785971
1184.881793639238792749-178253786091
1287.7720734894279774188377887361
1389.142273629238792748-188390887481
1482.571473431939519737-188400887491
1590.8823833994239761191530918691
1685.541703399241292750-191545918691
1782.12125274143901144174-11370511373241
1882.3815433817276517310211744831748171
1989.431452269423964811885671887931
2083.851583431940719749-11885821889341
2188.732243649238792750-11885821889451
2281.0212133117276317309311885981889341
Short-link