<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL845422.6	221136	AAGCTTATGTAGATTTTGTTGTTTTACGAATGGGTTATATGCACAGAAGT	221087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102647	AAGCTTATGTAGATTTTGTTGTTTTACGAATGGGTTATATGCACAGAAGT	102696

C  AL845422.6	221086	GTTGTTCAGCCACTGAAATCTTCATGCGAAAGATGCATGTGACTATTTTT	221037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102697	GTTGTTCAGCCACTGAAATCTTCATGCGAAAGATGCATGTGACTATTTTT	102746

C  AL845422.6	221036	AATTTCATAAGGGACCTTTTACAGCATTGATAATGTCGATTTTTATTTAG	220987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102747	AATTTCATAAGGGACCTTTTACAGCATTGATAATGTCGATTTTTATTTAG	102796

C  AL845422.6	220986	TTTAACAACAAATCATAAGTAAAAAGCACTATAGCGAGGTGAAGCTGGTT	220937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102797	TTTAACAACAAATCATAAGTAAAAAGCACTATAGCGAGGTGAAGCTGGTT	102846

C  AL845422.6	220936	TTATATTGAAATTGGTTCATTTTTGAACAATGACAACCTGTCATGCAGTC	220887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102847	TTATATTGAAATTGGTTCATTTTTGAACAATGACAACCTGTCATGCAGTC	102896

C  AL845422.6	220886	CCAGTATTGTTTACTATGCTACTTTGAATATTCAGTCTGAAATTGCATGC	220837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102897	CCAGTATTGTTTACTATGCTACTTTGAATATTCAGTCTGAAATTGCATGC	102946

C  AL845422.6	220836	AAGTATGGCTTAGTAATGATAATATAGTAAAAGTGTAATTCCTGCACTCC	220787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102947	AAGTATGGCTTAGTAATGATAATATAGTAAAAGTGTAATTCCTGCACTCC	102996

C  AL845422.6	220786	ACCGGCCAACCACTAAGCAGAGTAAGAGAGTGAGAGAGAGAGCAGCAATC	220737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	102997	ACCGGCCAACCACTAAGCAGAGTAAGAGAGTGAGAGAGAGAGCAGCAATC	103046

C  AL845422.6	220736	CTTGCTTGCATAAAATATTGCACATTATGACAAGTTTTGCTTGCTACACA	220687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103047	CTTGCTTGCATAAAATATTGCACATTATGACAAGTTTTGCTTGCTACACA	103096

C  AL845422.6	220686	ACTGAAACGTGCTAGATATAATACAGTTTTCCGCTGGGAATTGTAGTATT	220637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103097	ACTGAAACGTGCTAGATATAATACAGTTTTCCGCTGGGAATTGTAGTATT	103146

C  AL845422.6	220636	ATAAAGTACTGTAAAGTTTTCTAACTGGCGAATGACATGATCAAGTGTCA	220587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103147	ATAAAGTACTGTAAAGTTTTCTAACTGGCGAATGACATGATCAAGTGTCA	103196

C  AL845422.6	220586	TCCAAGTGTCATCTTTACTGTGCGCATTTGTGATTTAAGGAGGTGGGGCT	220537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103197	TCCAAGTGTCATCTTTACTGTGCGCATTTGTGATTTAAGGAGGTGGGGCT	103246

C  AL845422.6	220536	TTGTACAGCAGGGGAGGGACTGTGTTTTCAAAGATATCAGATCACCTACT	220487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103247	TTGTACAGCAGGGGAGGGACTGTGTTTTCAAAGATATCAGATCACCTACT	103296

C  AL845422.6	220486	GCACCTATAAATATAATAAGTGTATAATATAATAAGTAAAATCAGAATAA	220437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103297	GCACCTATAAATATAATAAGTGTATAATATAATAAGTAAAATCAGAATAA	103346

C  AL845422.6	220436	CTGCATGTTTTAAAATATTTCAAACTTCTTACAGCATAACGAACAAATCC	220387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103347	CTGCATGTTTTAAAATATTTCAAACTTCTTACAGCATAACGAACAAATCC	103396

C  AL845422.6	220386	TAGGATAGTGGCAAATTATACAATTATATTAAAATTACAATTAGTAGTTT	220337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103397	TAGGATAGTGGCAAATTATACAATTATATTAAAATTACAATTAGTAGTTT	103446

C  AL845422.6	220336	GGAAATGCACTATTACTCTTCTTTCAATGTCATCAAATGATTTTTGTCCT	220287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103447	GGAAATGCACTATTACTCTTCTTTCAATGTCATCAAATGATTTTTGTCCT	103496

C  AL845422.6	220286	AACAAGCCTGACAGGATTTTTTTGGTACATAATCTTAACAGCATTTTATA	220237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103497	AACAAGCCTGACAGGATTTTTTTGGTACATAATCTTAACAGCATTTTATA	103546

C  AL845422.6	220236	GTGGGCGTCTACTGTAAACCATGGTTATAATTCATGATAATTATTTTTGC	220187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103547	GTGGGCGTCTACTGTAAACCATGGTTATAATTCATGATAATTATTTTTGC	103596

C  AL845422.6	220186	TTAGAAAACATAATTTAACTGGACACTAGTGCCATAATACAAAATGTAAA	220137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103597	TTAGAAAACATAATTTAACTGGACACTAGTGCCATAATACAAAATGTAAA	103646

C  AL845422.6	220136	GTTGTGTCAATGAATATAAATCATAGAATAAATATTACAAAAAGGCAGAA	220087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103647	GTTGTGTCAATGAATATAAATCATAGAATAAATATTACAAAAAGGCAGAA	103696

C  AL845422.6	220086	ATCCACAGACACATACTTGACAGAGCCCTTGATCTTGGTCTGATCATCAT	220037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103697	ATCCACAGACACATACTTGACAGAGCCCTTGATCTTGGTCTGATCATCAT	103746

C  AL845422.6	220036	CCTGGAATTTGTACTGGTAGCTCATCATGATAAATGTATGTGGAATTCCC	219987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103747	CCTGGAATTTGTACTGGTAGCTCATCATGATAAATGTATGTGGAATTCCC	103796

C  AL845422.6	219986	AACTAGAATGATACAAAAGGTGGTACGTCAAAAAAAGTGATTGGCAAAAA	219937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103797	AACTAGAATGATACAAAAGGTGGTACGTCAAAAAAAGTGATTGGCAAAAA	103846

C  AL845422.6	219936	AATCAAAATGGTCACATCAAAACAGCAACTTACCTGCACAGCAAATGTGA	219887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103847	AATCAAAATGGTCACATCAAAACAGCAACTTACCTGCACAGCAAATGTGA	103896

C  AL845422.6	219886	AATGGCTGCTTTTGGTGTCCCTCACGATGCTGGTGTTCATGGAAGACTGA	219837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103897	AATGGCTGCTTTTGGTGTCCCTCACGATGCTGGTGTTCATGGAAGACTGA	103946

C  AL845422.6	219836	GTTCCCCAGCGCCACTGTAAATAACCCATAGTGTTTTTGTCTAGGTGACG	219787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103947	GTTCCCCAGCGCCACTGTAAATAACCCATAGTGTTTTTGTCTAGGTGACG	103996

C  AL845422.6	219786	TGCAAGCATAGTAGTGAGACCCGGCCGTATGCCACGCGATGAAAACTGCA	219737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	103997	TGCAAGCATAGTAGTGAGACCCGGCCGTATGCCACGCGATGAAAACTGCA	104046

C  AL845422.6	219736	AGCCACAATGAGCCGTTGTGAAGCTGAAAAACACACATACATCTCAGAGG	219687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104047	AGCCACAATGAGCCGTTGTGAAGCTGAAAAACACACATACATCTCAGAGG	104096

C  AL845422.6	219686	CATGTGAAGGTATTATATTTTCATGGCACAACAATTATAGATTTTCTGTT	219637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104097	CATGTGAAGGTATTATATTTTCATGGCACAACAATTATAGATTTTCTGTT	104146

C  AL845422.6	219636	GTTCATGGTATGTAAATAAATTGCAAAAAGACAAGTCAGTGTTGTCCTCT	219587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104147	GTTCATGGTATGTAAATAAATTGCAAAAAGACAAGTCAGTGTTGTCCTCT	104196

C  AL845422.6	219586	CAAGTTGAATAATTTTCAAATACACACTTGTCATTTAAAATGATAAATAT	219537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104197	CAAGTTGAATAATTTTCAAATACACACTTGTCATTTAAAATGATAAATAT	104246

C  AL845422.6	219536	GTATTCACAAATTGACAATACTTACAAGGACTAGTATTACGTTGAAATAT	219487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104247	GTATTCACAAATTGACAATACTTACAAGGACTAGTATTACGTTGAAATAT	104296

C  AL845422.6	219486	ATTCTTCTCTTATAGCATTTCCGCACATTATACCATATTATGAATTACAG	219437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104297	ATTCTTCTCTTATAGCATTTCCGCACATTATACCATATTATGAATTACAG	104346

C  AL845422.6	219436	ACACGTCTAATGTCTCAGTATACAATACAATCAACTTGCAACAAAATTTT	219387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104347	ACACGTCTAATGTCTCAGTATACAATACAATCAACTTGCAACAAAATTTT	104396

C  AL845422.6	219386	CCCCAAAACAGTGTATACTTAAAGGATTAATAATTAAACAACTAAAAGAC	219337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104397	CCCCAAAACAGTGTATACTTAAAGGATTAATAATTAAACAACTAAAAGAC	104446

C  AL845422.6	219336	CACTGAGATGTGCTGAACTCACCAGCGTGAAGTCAGGTTACGGAAAATCT	219287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104447	CACTGAGATGTGCTGAACTCACCAGCGTGAAGTCAGGTTACGGAAAATCT	104496

C  AL845422.6	219286	TTAGGCCGAAGAGAGGGCCATGTGTGTCTCCTGCCCCAAACTCAACCTGT	219237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104497	TTAGGCCGAAGAGAGGGCCATGTGTGTCTCCTGCCCCAAACTCAACCTGT	104546

C  AL845422.6	219236	ATTAAACATGTATGAACATGTCTGGTTACATGCTCAGCAAACATAATCAG	219187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104547	ATTAAACATGTATGAACATGTCTGGTTACATGCTCAGCAAACATAATCAG	104596

C  AL845422.6	219186	TACATTAGTATGTCAAGCATTAACCGAAAAGCCCTCCCACCTCTCCCCAG	219137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845367.6	104597	TACATTAGTATGTCAAGCATTAACCGAAAAGCCCTCCCACCTCTCCCCAG	104646

Overview

Query
AL845422.6 - 221136 bps
Hit
AL845367.6 - 104646 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019362000219137221136-11026471046461
290.84901301715651716941131214421
385.7177175169405169579115578157521
493.83598020892168115608156881
583.06571231745117573-119702198251
690.245882191613191694123077231581
785.5751974569745793-123284233801
896.8354632604826110145836458981
996.9256652604826112146439465031
1090.76127183138624138806146568467511
1184.91178364181812182175146571469281
1282.71135305188886189190-146642469361
1380.8663163188884189046154664548251
1483.6673154177256177409-154673548251
158656100198874198973-155106552051
1690.83621077080870914155643557511
1781.87145343188893189235157101574311
1881.5390224138621138844-157239574601
1983.9793187199959200145157245574311
2096.944898103984104081163674637711
2187.71104180211190211369165277654551
2281.38101252214824215075-166607668531
Short-link