<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX511251.16	169250	AGGTTTAATATAAATTGTTCTAGTTGTTTTAGTTCTGCAAGTTAACAGAA	169201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147190	AGGTTTAATATAAATTGTTCTAGTTGTTTTAGTTCTGCAAGTTAACAGAA	147239

C  BX511251.16	169200	ATTGTAGCAAATATTTAATATTTCATTTTATTCCAGTTTTGGCTTTTGTT	169151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147240	ATTGTAGCAAATATTTAATATTTCATTTTATTCCAGTTTTGGCTTTTGTT	147289

C  BX511251.16	169150	TCAACTACCAATATTTAATTTGATCATTTTCTAATTAAATTATTTGATTT	169101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147290	TCAACTACCAATATTTAATTTGATCATTTTCTAATTAAATTATTTGATTT	147339

C  BX511251.16	169100	TTTTATTTAACAATAATAACTCTAAACGGTAAAAAGGTCTCAAACAATTA	169051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147340	TTTTATTTAACAATAATAACTCTAAACGGTAAAAAGGTCTCAAACAATTA	147389

C  BX511251.16	169050	TCAACAAATCAATGTAATATTTAATTATCAGAGTTCCATCAGATTTGTGT	169001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147390	TCAACAAATCAATGTAATATTTAATTATCAGAGTTCCATCAGATTTGTGT	147439

C  BX511251.16	169000	AAACAATTTTCAAAGGATTATAGATTATTTTATCAAAATGAAACAATTGC	168951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147440	AAACAATTTTCAAAGGATTATAGATTATTTTATCAAAATGAAACAATTGC	147489

C  BX511251.16	168950	GACGTGGTGGCTCAATGGTTTGCACTGTGGCCCCACAGCAAGAAGATCGC	168901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147490	GACGTGGTGGCTCAATGGTTTGCACTGTGGCCCCACAGCAAGAAGATCGC	147539

C  BX511251.16	168900	TGGTATAAGGCTTGGCTGGACCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCAT	168851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147540	TGGTATAAGGCTTGGCTGGACCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCAT	147589

C  BX511251.16	168850	GTTGGTGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCAGTTTCCCTTCCAGTCCAAAGA	168801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147590	GTTGGTGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCAGTTTCCCTTCCAGTCCAAAGA	147639

C  BX511251.16	168800	CATGCGCTATAGGTGAATCGAATAAGCCAAATTAGCTGTAGTGAATGTGT	168751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147640	CATGCGCTATAGGTGAATCGAATAAGCCAAATTAGCTGTAGTGAATGTGT	147689

C  BX511251.16	168750	GTGAATGAAAGAGTATGGATGATTATCAATACTGTGTAGCAGCTGGAAGG	168701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147690	GTGAATGAAAGAGTATGGATGATTATCAATACTGTGTAGCAGCTGGAAGG	147739

C  BX511251.16	168700	GCATTCGCTGTGTAAAACTTAAGCTGGATAAGTTGTCGGTTCATTCTGCT	168651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147740	GCATTCGCTGTGTAAAACTTAAGCTGGATAAGTTGTCGGTTCATTCTGCT	147789

C  BX511251.16	168650	GTGGCAACCACTGATGAATAAAGGGACTAAGCTGAAGGAAAATGAATGAA	168601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147790	GTGGCAACCACTGATGAATAAAGGGACTAAGCTGAAGGAAAATGAATGAA	147839

C  BX511251.16	168600	TGAAACAAGAGAGTTTTATGGTTATCCTGTGGGTGCTGGATTCGTATTCC	168551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147840	TGAAACAAGAGAGTTTTATGGTTATCCTGTGGGTGCTGGATTCGTATTCC	147889

C  BX511251.16	168550	AGGCGAACACTAATTGAATATTTGACTTTAACCCTGAAGGATCATGTAAT	168501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147890	AGGCGAACACTAATTGAATATTTGACTTTAACCCTGAAGGATCATGTAAT	147939

C  BX511251.16	168500	GGACAATGCTCTGGTCTTCTGCTTCTCTCCTAAGGTCATTGTTGGGGTTT	168451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147940	GGACAATGCTCTGGTCTTCTGCTTCTCTCCTAAGGTCATTGTTGGGGTTT	147989

C  BX511251.16	168450	CCTGCTTCTCGGTGATGTGTTGACTGCTGTGTTTGGGTCAGAAGATCAGC	168401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	147990	CCTGCTTCTCGGTGATGTGTTGACTGCTGTGTTTGGGTCAGAAGATCAGC	148039

C  BX511251.16	168400	CAATTTACCCGTCCTCATGGCAGCGCAGAGATTTCAGTGACAGCGCTGGT	168351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148040	CAATTTACCCGTCCTCATGGCAGCGCAGAGATTTCAGTGACAGCGCTGGT	148089

C  BX511251.16	168350	GAGAGGCGGACACTTCGCTTCACTGCAGGAAGGTCAGAGGTCATTCATAT	168301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148090	GAGAGGCGGACACTTCGCTTCACTGCAGGAAGGTCAGAGGTCATTCATAT	148139

C  BX511251.16	168300	AGTTGAAATCAGAATTATTAGCCCTCCTGTATATTTATTTCCTCTATTTC	168251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148140	AGTTGAAATCAGAATTATTAGCCCTCCTGTATATTTATTTCCTCTATTTC	148189

C  BX511251.16	168250	TGCTTAACAGAAAAAAAATATATTTTTAAACATATTAATTTTAATAGCTA	168201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148190	TGCTTAACAGAAAAAAAATATATTTTTAAACATATTAATTTTAATAGCTA	148239

C  BX511251.16	168200	ATTCCTAATAACTGATTGATGTTATCTTTGTCATGATGACAGTCCTTAAT	168151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148240	ATTCCTAATAACTGATTGATGTTATCTTTGTCATGATGACAGTCCTTAAT	148289

C  BX511251.16	168150	ATTTTACTAGAAAATTTTCAAGATATTAGTATTCAACTTAAAGTGACATT	168101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148290	ATTTTACTAGAAAATTTTCAAGATATTAGTATTCAACTTAAAGTGACATT	148339

C  BX511251.16	168100	TATAGGCGGAACTAGGATAATTAGGCAAGTTAGGGTATTTAGGCAAGTTA	168051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148340	TATAGGCGGAACTAGGATAATTAGGCAAGTTAGGGTATTTAGGCAAGTTA	148389

C  BX511251.16	168050	TTGTATAAAGATAGACGTTTAACGCCTTTTGATTAAATAAAGGGCAGCAA	168001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148390	TTGTATAAAGATAGACGTTTAACGCCTTTTGATTAAATAAAGGGCAGCAA	148439

C  BX511251.16	168000	TGTGATCGTGCAGACCAATGCGCAAAACGACAACTTTAAAAGTGTCATTT	167951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148440	TGTGATCGTGCAGACCAATGCGCAAAACGACAACTTTAAAAGTGTCATTT	148489

C  BX511251.16	167950	TTAAAAAATCACCATATGCTTGGTTTTTTGTTATGACGCGCCCTGTCAAA	167901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148490	TTAAAAAATCACCATATGCTTGGTTTTTTGTTATGACGCGCCCTGTCAAA	148539

C  BX511251.16	167900	ACCTCCTCCACCAATCAGACTGGCACTTTTGTTCATGTGCACGGAGCTGC	167851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148540	ACCTCCTCCACCAATCAGACTGGCACTTTTGTTCATGTGCACGGAGCTGC	148589

C  BX511251.16	167850	TGAAGTTACAGTAAACGGCACTTGGAAGTGCTCAAGCGCAAAACTGTCAA	167801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148590	TGAAGTTACAGTAAACGGCACTTGGAAGTGCTCAAGCGCAAAACTGTCAA	148639

C  BX511251.16	167800	TGCGAGCGCACATTGAAGAAGATGCCCAGAGACGATATGAATATGGAGCT	167751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148640	TGCGAGCGCACATTGAAGAAGATGCCCAGAGACGATATGAATATGGAGCT	148689

C  BX511251.16	167750	GCTTATTGCACTGGTGAACAATAATCATTCCTTCATCGCTAGAGCTGGAG	167701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148690	GCTTATTGCACTGGTGAACAATAATCATTCCTTCATCGCTAGAGCTGGAG	148739

C  BX511251.16	167700	CTGCTACTTGAACCATCCATAACAACAAGCGTGTTAACTTTCTGTCTTCT	167651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148740	CTGCTACTTGAACCATCCATAACAACAAGCGTGTTAACTTTCTGTCTTCT	148789

C  BX511251.16	167650	TCTTCTTGTTTAAAGCGGGTGTCAGAAGCTTAAAGTTGTGTAGCGCCATC	167601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148790	TCTTCTTGTTTAAAGCGGGTGTCAGAAGCTTAAAGTTGTGTAGCGCCATC	148839

C  BX511251.16	167600	TAACGCCAAGGATAATTGGATGATTTTGCATACTCTTCTGCTTGACGTCA	167551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148840	TAACGCCAAGGATAATTGGATGATTTTGCATACTCTTCTGCTTGACGTCA	148889

C  BX511251.16	167550	GTGAAAATCGATTGGGTTTGATTGCGGAATAACGTCTCAAAAACCGCTGA	167501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148890	GTGAAAATCGATTGGGTTTGATTGCGGAATAACGTCTCAAAAACCGCTGA	148939

C  BX511251.16	167500	CGATAAACGCAACGAAAAGCGTCCCAGTGTGTACAAGCTTTACGTCTTGA	167451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148940	CGATAAACGCAACGAAAAGCGTCCCAGTGTGTACAAGCTTTACGTCTTGA	148989

C  BX511251.16	167450	AAAGGAGCTGTACATATACTGTGGTTCATTTACTTGACAAAACAACTGTT	167401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	148990	AAAGGAGCTGTACATATACTGTGGTTCATTTACTTGACAAAACAACTGTT	149039

C  BX511251.16	167400	TTGAGGTCCTGAAATTTAAAAGTCTCATATTAATTAAAAATGTTTGTAAT	167351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	149040	TTGAGGTCCTGAAATTTAAAAGTCTCATATTAATTAAAAATGTTTGTAAT	149089

C  BX511251.16	167350	GGAAAAACTTGATTTTTTTTAATAAAAAGTCACAATGCAGGATCAAAAAA	167301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	149090	GGAAAAACTTGATTTTTTTTAATAAAAAGTCACAATGCAGGATCAAAAAA	149139

C  BX511251.16	167300	ATATTTGGAACAAGTTAAATTATTTTTATATATATATATATATTGAATTC	167251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL845366.6	149140	ATATTTGGAACAAGTTAAATTATTTTTATATATATATATATATTGAATTC	149189

Overview

Query
BX511251.16 - 169250 bps
Hit
AL845366.6 - 149189 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019442000167251169250-11471901491891
292.952202879015590441-1431045931
388.692494138956189973-1484852801
486.122594953037130865-112161126431
582.112175433576036302112521130511
686.73188348158168158515119632199851
786.872103607470975068128238285951
888.412294001634716746-128939293521
987.442203832999330375141541419221
1086.411953423576036101-141755421001
1186.912053615790158261149679500601
1285.671993702722527594-182099824611
1387.252083625790058261-182103824631
1489.91203301155219155519-182108824141
1590.742361634694084187501881131
1692.81391520105908106427187601881141
1787.972193665789458259-196724970891
1890.572243328958089911-11087481090861
1987.943316302114421773-11220571226861
2083.811945074336484211221921227101
2190.411882913520235492-11223381226291
2286.952013575790358259-11465271468861
Short-link