<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX001022.9	158805	ATAAAATTTGATGGTTTGTAATGGAGTTAATAAAACTTCTGTTTTCATTG	158854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1	ATAAAATTTGATGGTTTGTAATGGAGTTAATAAAACTTCTGTTTTCATTG	50

BX001022.9	158855	GGGGTTTTTTCAGCAGGGTGTTTTATGTTGATTTTCTCTATAGGGACTTT	158904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	51	GGGGTTTTTTCAGCAGGGTGTTTTATGTTGATTTTCTCTATAGGGACTTT	100

BX001022.9	158905	TTGGATCACTTGTTTCAATTTTTAGATGACCAGATGGTTTTAGTTTCAGC	158954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	101	TTGGATCACTTGTTTCAATTTTTAGATGACCAGATGGTTTTAGTTTCAGC	150

BX001022.9	158955	TGTGTCAGGGATTTCATTTTGACTAATATTAGACTTTCTTTTCAGACACC	159004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	151	TGTGTCAGGGATTTCATTTTGACTAATATTAGACTTTCTTTTCAGACACC	200

BX001022.9	159005	CCTTTTCTGGTCGTGAGGTACCCATCTCGAATGGCTCTGGCTTTATAGTA	159054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	201	CCTTTTCTGGTCGTGAGGTACCCATCTCGAATGGCTCTGGCTTTATAGTA	250

BX001022.9	159055	AGTAGTGATGGCCTGATAGTGACAAATGCCCATGTGGTCGCCAACAAGCG	159104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	251	AGTAGTGATGGCCTGATAGTGACAAATGCCCATGTGGTCGCCAACAAGCG	300

BX001022.9	159105	TGGTGTTCGTGTCAAACTGACCAATGGTGAGACTTACAACGCCACAGTTC	159154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	301	TGGTGTTCGTGTCAAACTGACCAATGGTGAGACTTACAACGCCACAGTTC	350

BX001022.9	159155	AGGATGTGGACCAGGCTGCAGACATCGCCACCATCAAAATCAATGTTAAG	159204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	351	AGGATGTGGACCAGGCTGCAGACATCGCCACCATCAAAATCAATGTTAAG	400

BX001022.9	159205	GTACAGATGGAGCTTTGAGGTTGTACTGTTAACATATGTAATCTTTTGGG	159254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	401	GTACAGATGGAGCTTTGAGGTTGTACTGTTAACATATGTAATCTTTTGGG	450

BX001022.9	159255	GATATTTAATTTTTTAATTAGGGCTGCACCGATCCTGATACTTGGATTGG	159304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	451	GATATTTAATTTTTTAATTAGGGCTGCACCGATCCTGATACTTGGATTGG	500

BX001022.9	159305	ATAATGGTTCAATACTGCATATTTTTACTGCAAATCCCATCTTGCACGTG	159354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	501	ATAATGGTTCAATACTGCATATTTTTACTGCAAATCCCATCTTGCACGTG	550

BX001022.9	159355	CTCTATATTCTGTGTAATTTATAAGCAAACAAAAGCCAGAAAGGTAGCCT	159404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	551	CTCTATATTCTGTGTAATTTATAAGCAAACAAAAGCCAGAAAGGTAGCCT	600

BX001022.9	159405	TTTATAAGACAGTAGAAAGTTGTCTTGTAGGCCTACTGTATCCCAAATGT	159454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	601	TTTATAAGACAGTAGAAAGTTGTCTTGTAGGCCTACTGTATCCCAAATGT	650

BX001022.9	159455	TTTGAAGCCATTCTATAGTTTAATGTGAAGTACAGATCAATATTCACATG	159504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	651	TTTGAAGCCATTCTATAGTTTAATGTGAAGTACAGATCAATATTCACATG	700

BX001022.9	159505	CTTAAATTCATGTTCAGTTCTGCGCTCCCCTCCGCTGCGCCTGTCAATCA	159554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	701	CTTAAATTCATGTTCAGTTCTGCGCTCCCCTCCGCTGCGCCTGTCAATCA	750

BX001022.9	159555	TTCTCCATTTATTTACAATTCAAACTGCGTGTCACGTTCTCCAACACTAT	159604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	751	TTCTCCATTTATTTACAATTCAAACTGCGTGTCACGTTCTCCAACACTAT	800

BX001022.9	159605	TTGTTCCTGTTAGTTTAAATAAATATTAATCAGTGGAGAAATGCATTTAG	159654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	801	TTGTTCCTGTTAGTTTAAATAAATATTAATCAGTGGAGAAATGCATTTAG	850

BX001022.9	159655	TTGTGCATTAAATTGGTTCATTTCGACCTGAAACGACGAATTTATTTCTG	159704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	851	TTGTGCATTAAATTGGTTCATTTCGACCTGAAACGACGAATTTATTTCTG	900

BX001022.9	159705	TTTCTAAATCATGTAGCTGTTAGATTAGCAGATCGCATTCGCAACTAGAA	159754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	901	TTTCTAAATCATGTAGCTGTTAGATTAGCAGATCGCATTCGCAACTAGAA	950

BX001022.9	159755	AAGGCTCAATAATACATTGGACAGATCCTTAACACACTGATTTCTTTCCT	159804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	951	AAGGCTCAATAATACATTGGACAGATCCTTAACACACTGATTTCTTTCCT	1000

BX001022.9	159805	TTTTACTGCTTTTTTGGATTGGAAGTGTCTGCAGATAGCGGAGGACTGCG	159854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1001	TTTTACTGCTTTTTTGGATTGGAAGTGTCTGCAGATAGCGGAGGACTGCG	1050

BX001022.9	159855	CGCTGTCTCAGTGATGCATCAAGCACTTCATTCACACACCGGCTGATGTG	159904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1051	CGCTGTCTCAGTGATGCATCAAGCACTTCATTCACACACCGGCTGATGTG	1100

BX001022.9	159905	ACGTGTGCCGCTCTGTAGAATTATTCTGTAACATTAAAAGTTTCTGTTCT	159954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1101	ACGTGTGCCGCTCTGTAGAATTATTCTGTAACATTAAAAGTTTCTGTTCT	1150

BX001022.9	159955	CACATCCTTCCGAATAAGTTTATTCTTTCGAGGGGAATACTTTAAGAATA	160004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1151	CACATCCTTCCGAATAAGTTTATTCTTTCGAGGGGAATACTTTAAGAATA	1200

BX001022.9	160005	GTTTGTAAGCCTGGCTCATTGTGGTCAAAGTTGTTGATTAAATTAATAAA	160054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1201	GTTTGTAAGCCTGGCTCATTGTGGTCAAAGTTGTTGATTAAATTAATAAA	1250

BX001022.9	160055	AGTGAAACTGACAATCACAATATAGATTTTAATTAACAGAAAATTATTTA	160104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1251	AGTGAAACTGACAATCACAATATAGATTTTAATTAACAGAAAATTATTTA	1300

BX001022.9	160105	GCCTAGTACCGGCTGCTCTGAAAACTGAATATTTGACTGTAATTTTATTC	160154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1301	GCCTAGTACCGGCTGCTCTGAAAACTGAATATTTGACTGTAATTTTATTC	1350

BX001022.9	160155	ATAACAATAGTTTATTTAACAGATCAGTTTGTGTTTTGATTAGGGTCAAT	160204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1351	ATAACAATAGTTTATTTAACAGATCAGTTTGTGTTTTGATTAGGGTCAAT	1400

BX001022.9	160205	AGTGGTAGCCTGTTGCAGAGTTCAAAGAAAAATCTTACTATTAAAAAAGG	160254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1401	AGTGGTAGCCTGTTGCAGAGTTCAAAGAAAAATCTTACTATTAAAAAAGG	1450

BX001022.9	160255	AAACTTAAGCTGGACCACATCACCATAGAAACTGTATTATGCTAAAAAAA	160304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1451	AAACTTAAGCTGGACCACATCACCATAGAAACTGTATTATGCTAAAAAAA	1500

BX001022.9	160305	ATGGCACAGTATCAGGATCGGATCTGTATTGGTCGATACTCAGAATTTTG	160354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1501	ATGGCACAGTATCAGGATCGGATCTGTATTGGTCGATACTCAGAATTTTG	1550

BX001022.9	160355	GGATTGAAATCGAATCAGTTCCAAAAAGATGGTATCGGTGCATCATTATT	160404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1551	GGATTGAAATCGAATCAGTTCCAAAAAGATGGTATCGGTGCATCATTATT	1600

BX001022.9	160405	TTTATTGAGTCATAGTTTAATATGGTAAGAACAAGGACTCATTTTATTAA	160454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1601	TTTATTGAGTCATAGTTTAATATGGTAAGAACAAGGACTCATTTTATTAA	1650

BX001022.9	160455	TTTACATTTTTAGTAAAAGGTCTTTATCAAATGAGTAATTTTTTTTTTAA	160504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1651	TTTACATTTTTAGTAAAAGGTCTTTATCAAATGAGTAATTTTTTTTTTAA	1700

BX001022.9	160505	CTTTGTTCATTGAAAGGGCCATGAAACCCCCTCGTCTCAGCAGGGTGTTT	160554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1701	CTTTGTTCATTGAAAGGGCCATGAAACCCCCTCGTCTCAGCAGGGTGTTT	1750

BX001022.9	160555	TCACACCTCTACTTTGGAAAAAGTCAGAAAAGTGGGCGTGTCCAGCTCTG	160604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1751	TCACACCTCTACTTTGGAAAAAGTCAGAAAAGTGGGCGTGTCCAGCTCTG	1800

BX001022.9	160605	TTTAGGGGGTAGTGTCAAAGAAACTAAAGTGGGAGGGTGTGGGAGTGTCT	160654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1801	TTTAGGGGGTAGTGTCAAAGAAACTAAAGTGGGAGGGTGTGGGAGTGTCT	1850

BX001022.9	160655	ATTTGGGCACGCGCGAGTTTCAGAGTCAAAATACACACACAGGAGAAAGT	160704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1851	ATTTGGGCACGCGCGAGTTTCAGAGTCAAAATACACACACAGGAGAAAGT	1900

BX001022.9	160705	GATGGTGTTTAACCTACATGGACATCTGTAGTCGAATTATTTGCCAAATT	160754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1901	GATGGTGTTTAACCTACATGGACATCTGTAGTCGAATTATTTGCCAAATT	1950

BX001022.9	160755	ATTAAATGTTGGACTTTAACTGCAGTTTGGCTCTTTCATTCAGGGAATTC	160804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845307.30	1951	ATTAAATGTTGGACTTTAACTGCAGTTTGGCTCTTTCATTCAGGGAATTC	2000

Overview

Query
BX001022.9 - 160804 bps
Hit
AL845307.30 - 223772 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194520001588051608041120001
296.186103718627309915-17206144231
397.46133915463351880-115768173041
495.36518630158859159488117186178101
598.73537375057859534-124179279271
687.34295054463345779-127887332741
794.87506630158859159488133155337781
896.625817675431629915-140454472171
996.26227226873343020-147240499611
1092.13532735158859159593149842506031
1196.65607651434029915-158045645721
1293.47791103623723407-166137671761
1396.754791553243849915-174079795841
1489.68363530107603108132191200917321
1586.5367639121791122429191234918781
1697.014859553543819915-1980011035401
1797.814123453453829915-11233291278521
1890.9132652044985017-11278631284011
1988.6857393227393670-11358011367451
2090.65321449240672451511483231487711
Short-link