<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL591843.14	1	GAATTCTTTGTTCAGATCCGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42577	GAATTCTTTGTTCAGATCCGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT	42626

AL591843.14	51	TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42627	TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC	42676

AL591843.14	101	CTATCTGATTTAGGATAAGTAATGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42677	CTATCTGATTTAGGATAAGTAATGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT	42726

AL591843.14	151	TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAACTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42727	TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAACTTTA	42776

AL591843.14	201	TGAGGTCCCATTTGTCGATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42777	TGAGGTCCCATTTGTCGATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT	42826

AL591843.14	251	CTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTATTCATATCTTCGAGGCTTTTCCCTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42827	CTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTATTCATATCTTCGAGGCTTTTCCCTAC	42876

AL591843.14	301	TTTCTCCTCGATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42877	TTTCTCCTCGATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAA	42926

AL591843.14	351	TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACACGGAGATAGGAATGGATCAATTCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42927	TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACACGGAGATAGGAATGGATCAATTCAC	42976

AL591843.14	401	ATTCTTCTACATGATAACCGCCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	42977	ATTCTTCTACATGATAACCGCCAGTTGTGCCAGCACCATTTGTTGAAAAT	43026

AL591843.14	451	GCTATCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAGATCATGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43027	GCTATCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAAAGATCATGT	43076

AL591843.14	501	GACCATAGGTGTGTGGGTTCATCTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43077	GACCATAGGTGTGTGGGTTCATCTCTGGGTCTTCAATTCTGTTCCATTGG	43126

AL591843.14	551	TCTACTTGTCTGTCACTCTACCAGTACCATGCAGTTTTTACCACAATGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43127	TCTACTTGTCTGTCACTCTACCAGTACCATGCAGTTTTTACCACAATGCA	43176

AL591843.14	601	GATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43177	GATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGG	43226

AL591843.14	651	GATTGCAAGCTTATACAACCAGTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43227	GATTGCAAGCTTATACAACCAGTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAG	43276

AL591843.14	701	AAAATTGGACATAGTACTACCGGAAGATCCCGCAATACCTCTTCTGGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43277	AAAATTGGACATAGTACTACCGGAAGATCCCGCAATACCTCTTCTGGGCA	43326

AL591843.14	751	TATATCCAGAAGATGTTCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCGCCACTATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43327	TATATCCAGAAGATGTTCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCGCCACTATG	43376

AL591843.14	801	TTCATAGAAGCCTTATTTATAATAGCCTCTAGCTTTTTCCCTCATAGGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43377	TTCATAGAAGCCTTATTTATAATAGCCTCTAGCTTTTTCCCTCATAGGCC	43426

AL591843.14	851	ACTATGAAATATTCTTCAGACCTGAATTTTGAAGCAACATCCAACTTACC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43427	ACTATGAAATATTCTTCAGACCTGAATTTTGAAGCAACATCCAACTTACC	43476

AL591843.14	901	CTGACAATTGATTATTTGAGGTCATTCCTCTCTTCAAATAAAACCTTAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43477	CTGACAATTGATTATTTGAGGTCATTCCTCTCTTCAAATAAAACCTTAGC	43526

AL591843.14	951	TTTTGCCAAATAGCATTATTGGGAAAAAAAAAAAAAAACTATTGATACTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43527	TTTTGCCAAATAGCATTATTGGGAAAAAAAAAAAAAAACTATTGATACTA	43576

AL591843.14	1001	AAAAATAAAGAAAACCCAATAAAATATTGAAGAAATTTCCCCAAAGGTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43577	AAAAATAAAGAAAACCCAATAAAATATTGAAGAAATTTCCCCAAAGGTGA	43626

AL591843.14	1051	ATAATACTAGGAAATGGATTCCCACCTTCCACCATATTAGAATAATACTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43627	ATAATACTAGGAAATGGATTCCCACCTTCCACCATATTAGAATAATACTA	43676

AL591843.14	1101	GGAAATGGATTCCCACCTTCCACCATATTAGGATACTGCATAAAATGTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43677	GGAAATGGATTCCCACCTTCCACCATATTAGGATACTGCATAAAATGTGC	43726

AL591843.14	1151	TGGTTACCTGAGACTTCTAAAACAGACACAGAAGAGTAATTACTCATTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43727	TGGTTACCTGAGACTTCTAAAACAGACACAGAAGAGTAATTACTCATTTA	43776

AL591843.14	1201	TAAGTATGCCTGAACTATCTTTTAGGTACAACCCATTGTGGAAATAAATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43777	TAAGTATGCCTGAACTATCTTTTAGGTACAACCCATTGTGGAAATAAATT	43826

AL591843.14	1251	TTGAAATGAAAACTGAAAAAAAAATAGATTTTACTGCTTAGGTTATTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43827	TTGAAATGAAAACTGAAAAAAAAATAGATTTTACTGCTTAGGTTATTTTA	43876

AL591843.14	1301	CTCAACACTATATGTTTGAATGGGAAAGTAGAGATTACAAATATGTCAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43877	CTCAACACTATATGTTTGAATGGGAAAGTAGAGATTACAAATATGTCAAA	43926

AL591843.14	1351	AGATTAAATGAATAAATCTGTAGTCAATGGCTCTCTTTCACAACATGGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43927	AGATTAAATGAATAAATCTGTAGTCAATGGCTCTCTTTCACAACATGGTA	43976

AL591843.14	1401	GGTTTATTGTAAATTTGACTCATTTTCAGTTTGGTCAAGAATACTTTGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	43977	GGTTTATTGTAAATTTGACTCATTTTCAGTTTGGTCAAGAATACTTTGAG	44026

AL591843.14	1451	AAAGAAATCAAATCTCTGAAACAAGTACTGCAGTGGTGAGAAAATGGCGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44027	AAAGAAATCAAATCTCTGAAACAAGTACTGCAGTGGTGAGAAAATGGCGG	44076

AL591843.14	1501	GGTGGGGAGGTCTTGGCATGTGGTTATCTTTAAGTTCTACTGTAATTTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44077	GGTGGGGAGGTCTTGGCATGTGGTTATCTTTAAGTTCTACTGTAATTTGT	44126

AL591843.14	1551	AGCCAGCCTTTCTTCCTTTCTGCCTTCCTTGCTTATTTATTCCCCACCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44127	AGCCAGCCTTTCTTCCTTTCTGCCTTCCTTGCTTATTTATTCCCCACCCT	44176

AL591843.14	1601	TCCCATACCTGCCCTATCTTCCTCTCCTCTATGCTCTCCTCTTTCCCTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44177	TCCCATACCTGCCCTATCTTCCTCTCCTCTATGCTCTCCTCTTTCCCTCT	44226

AL591843.14	1651	CTTCCCCTTTCTCCCTTTCTCTCTTCCTCCCTCCCTTCCTCTGTCTCTGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44227	CTTCCCCTTTCTCCCTTTCTCTCTTCCTCCCTCCCTTCCTCTGTCTCTGT	44276

AL591843.14	1701	CTCTCTGTCTCTGTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44277	CTCTCTGTCTCTGTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGT	44326

AL591843.14	1751	CTCTCTTTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44327	CTCTCTTTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTGT	44376

AL591843.14	1801	CTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCACTATCTTCTCCACAGTCCAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44377	CTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCACTATCTTCTCCACAGTCCAGT	44426

AL591843.14	1851	CAGCCTTAAACTCATTACATGTGCAGGCTGACCTAGAACTCACAGCAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44427	CAGCCTTAAACTCATTACATGTGCAGGCTGACCTAGAACTCACAGCAGTA	44476

AL591843.14	1901	CTCCTGCTTCTTGTGCTGATAGTGAAGATTCGAGGCTGTCCACTTATTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44477	CTCCTGCTTCTTGTGCTGATAGTGAAGATTCGAGGCTGTCCACTTATTTT	44526

AL591843.14	1951	ATTCTATTTACTACATTTACTTATTTGTACATGTGTTTGTGTTTAGAGGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844606.4	44527	ATTCTATTTACTACATTTACTTATTTGTACATGTGTTTGTGTTTAGAGGG	44576

Overview

Query
AL591843.14 - 94890 bps
Hit
AL844606.4 - 44576 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link