<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX511105.8	2000	AAGCTTTACTAGCTTACCCCGCAGACGCTTCTGAAGACTGCGATTTATGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1	AAGCTTTACTAGCTTACCCCGCAGACGCTTCTGAAGACTGCGATTTATGT	50

C  BX511105.8	1950	GGCCGGAGATACTTATGGCTGCATTTCCTTTTTTCAAGCGAACGCTACGG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	51	GGCCGGAGATACTTATGGCTGCATTTCCTTTTTTCAAGCGAACGCTACGG	100

C  BX511105.8	1900	GGCCGTGTGACCGGCGGTGTGACCGCACTCGCCGGCTGACGGCCAGTTTG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	101	GGCCGTGTGACCGGCGGTGTGACCGCACTCGCCGGCTGACGGCCAGTTTG	150

C  BX511105.8	1850	TCCGGTTAGCTTGTCATGTTACATCGGCTGAGCGGAGGCCCGGAGGAGAG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	151	TCCGGTTAGCTTGTCATGTTACATCGGCTGAGCGGAGGCCCGGAGGAGAG	200

C  BX511105.8	1800	CCGGCCACGGTGACGACTGGTTTCGAGTCCGGGGAAGAGCGGTTCCAGAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	201	CCGGCCACGGTGACGACTGGTTTCGAGTCCGGGGAAGAGCGGTTCCAGAA	250

C  BX511105.8	1750	ATCAGGTAAGACAAAAAAACAGAATCCAAAAAATAAAGCGAATGAGTTCA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	251	ATCAGGTAAGACAAAAAAACAGAATCCAAAAAATAAAGCGAATGAGTTCA	300

C  BX511105.8	1700	TAATGGGCCGAGAATGCGGTGAAATCTGAAAACGTGTTCAAAATCAAACG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	301	TAATGGGCCGAGAATGCGGTGAAATCTGAAAACGTGTTCAAAATCAAACG	350

C  BX511105.8	1650	AAGGGTTTTCTTTTTCTGGACAGCTTTTGTAAATTGTTGCTTGGGTTTAG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	351	AAGGGTTTTCTTTTTCTGGACAGCTTTTGTAAATTGTTGCTTGGGTTTAG	400

C  BX511105.8	1600	GGAAGGATGAGGAGGAGTGTGGGTTGGCAGTTAGGCCAGTTAATCGTTCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	401	GGAAGGATGAGGAGGAGTGTGGGTTGGCAGTTAGGCCAGTTAATCGTTCA	450

C  BX511105.8	1550	GTCATTCAGTCAGTCAGTCAATCAGTCGGACAGACAGTCGCTCGACAGAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	451	GTCATTCAGTCAGTCAGTCAATCAGTCGGACAGACAGTCGCTCGACAGAG	500

C  BX511105.8	1500	GCCTCCGGCAGCTTTTTACGCAAGAACAGCGTGGGCGCAAACGGCGCTCG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	501	GCCTCCGGCAGCTTTTTACGCAAGAACAGCGTGGGCGCAAACGGCGCTCG	550

C  BX511105.8	1450	CGAGATGCATTCGAGATGTGAAAAAGTGCGCACAGCGTCCTTTCGTGAAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	551	CGAGATGCATTCGAGATGTGAAAAAGTGCGCACAGCGTCCTTTCGTGAAT	600

C  BX511105.8	1400	TCACGAAAACAAAAACTGCACAAATACGTATCTCCCAGGATGTATTTCGC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	601	TCACGAAAACAAAAACTGCACAAATACGTATCTCCCAGGATGTATTTCGC	650

C  BX511105.8	1350	GGTTTCCAGAATGAGCCTGGGTTGTTTTAAGCTGTGAGATGACAGTGCTA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	651	GGTTTCCAGAATGAGCCTGGGTTGTTTTAAGCTGTGAGATGACAGTGCTA	700

C  BX511105.8	1300	CCACTGAGCCATTATGTCACCCCATGCCAGAAATATTATTATATTAATTA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	701	CCACTGAGCCATTATGTCACCCCATGCCAGAAATATTATTATATTAATTA	750

C  BX511105.8	1250	AAGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTAGTAGACTGTCTGCTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	751	AAGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTAGTAGACTGTCTGCTT	800

C  BX511105.8	1200	AAAATCTGTTGAGACTGCTGCAAAATGGACATTTTACTCAATGTAAGAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	801	AAAATCTGTTGAGACTGCTGCAAAATGGACATTTTACTCAATGTAAGAAA	850

C  BX511105.8	1150	CTTTGCTAAAACATGTCAATTTACACTAACCCCAACCCCAACAGTCTTAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	851	CTTTGCTAAAACATGTCAATTTACACTAACCCCAACCCCAACAGTCTTAT	900

C  BX511105.8	1100	AACTATAGTCTTATAATCTAATGATATTTAGTTGGCATGTAGATGCAATG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	901	AACTATAGTCTTATAATCTAATGATATTTAGTTGGCATGTAGATGCAATG	950

C  BX511105.8	1050	TAACTTAAATTCAACAAACGGATCATCAAAATAAAGTGTGACCTTAATAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	951	TAACTTAAATTCAACAAACGGATCATCAAAATAAAGTGTGACCTTAATAA	1000

C  BX511105.8	1000	TAATAATAATTCGAATTAAAATAAATATAATAATAATAATTATATAATTA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1001	TAATAATAATTCGAATTAAAATAAATATAATAATAATAATTATATAATTA	1050

C  BX511105.8	950	ATATTTCTTAAAAATAAAAGTTTTTTTATTCACTGCAAATTTAATTTATA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1051	ATATTTCTTAAAAATAAAAGTTTTTTTATTCACTGCAAATTTAATTTATA	1100

C  BX511105.8	900	AGAAATCAATCTAAAACTCTTATATGGTCTTATCATATTATCATATTTTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1101	AGAAATCAATCTAAAACTCTTATATGGTCTTATCATATTATCATATTTTA	1150

C  BX511105.8	850	TTGGTGCCCGTTTATTAATAATGCTTTTTTTATTATTAGCCTTGTTTGAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1151	TTGGTGCCCGTTTATTAATAATGCTTTTTTTATTATTAGCCTTGTTTGAA	1200

C  BX511105.8	800	TTTGAAAATCATTTTTGGTAACACTTTAGTTTAAGTATCCATTCCCATTG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1201	TTTGAAAATCATTTTTGGTAACACTTTAGTTTAAGTATCCATTCCCATTG	1250

C  BX511105.8	750	TTACCTATTGGCTTTTTACCTTATTGTTCAGGGCTATATAATGTATAATT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1251	TTACCTATTGGCTTTTTACCTTATTGTTCAGGGCTATATAATGTATAATT	1300

C  BX511105.8	700	AGAAAGTATGATCTTACTCTACATCACTAATTCTATACACTGTAAAAAAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1301	AGAAAGTATGATCTTACTCTACATCACTAATTCTATACACTGTAAAAAAT	1350

C  BX511105.8	650	ACAGTATTATTTTACAGTACGTATTTTTTTACAGAATTTTTCATTTTTTG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1351	ACAGTATTATTTTACAGTACGTATTTTTTTACAGAATTTTTCATTTTTTG	1400

C  BX511105.8	600	CATTATACACATGTTCTGTAATAAAAAAAAATTCTAACATTAAATTTACA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1401	CATTATACACATGTTCTGTAATAAAAAAAAATTCTAACATTAAATTTACA	1450

C  BX511105.8	550	GTTATTGCTTGTAATTTGGTATTACATTATTTTTCTGCTTTTTAAAGATA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1451	GTTATTGCTTGTAATTTGGTATTACATTATTTTTCTGCTTTTTAAAGATA	1500

C  BX511105.8	500	ATTTCATGTATTTTTAGATAGTAACACATAATTTTATGTTAATATTTACA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1501	ATTTCATGTATTTTTAGATAGTAACACATAATTTTATGTTAATATTTACA	1550

C  BX511105.8	450	GATTATTCCTGTAAAAATAGGGAAAAATTTTTTTTGTCAAATTGCTTTTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1551	GATTATTCCTGTAAAAATAGGGAAAAATTTTTTTTGTCAAATTGCTTTTA	1600

C  BX511105.8	400	GTGAAAATTATAAAGCTTAACATGAGGTTAATAAAGTGAAATAAAAGCCT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1601	GTGAAAATTATAAAGCTTAACATGAGGTTAATAAAGTGAAATAAAAGCCT	1650

C  BX511105.8	350	ATTGTTTGTAGGTGTAACGAATATGGCCGACCAGACATATAAATATTTAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1651	ATTGTTTGTAGGTGTAACGAATATGGCCGACCAGACATATAAATATTTAC	1700

C  BX511105.8	300	ATTTTATTCCACAACCGAGCCAACTTTGCCCAGAGAAGACTCGAAACCTG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1701	ATTTTATTCCACAACCGAGCCAACTTTGCCCAGAGAAGACTCGAAACCTG	1750

C  BX511105.8	250	ATTCCAAGGTATTTACGACCCAAAAGAATGTGCCATGCGGCATCATATGT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1751	ATTCCAAGGTATTTACGACCCAAAAGAATGTGCCATGCGGCATCATATGT	1800

C  BX511105.8	200	TTTGCAAAGTTTCCCTTTCTCTTGTATTAATATTTTCGGTTTTAATACCC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1801	TTTGCAAAGTTTCCCTTTCTCTTGTATTAATATTTTCGGTTTTAATACCC	1850

C  BX511105.8	150	CTGCATATAATGTTTAACTGTACCTAAGCTAAACAACCTCTTATACTGTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1851	CTGCATATAATGTTTAACTGTACCTAAGCTAAACAACCTCTTATACTGTT	1900

C  BX511105.8	100	CAAGTTTGGACTTTTTGAAAAGCTTACTCGCTGTACAAATTGATCGTTGA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1901	CAAGTTTGGACTTTTTGAAAAGCTTACTCGCTGTACAAATTGATCGTTGA	1950

C  BX511105.8	50	CATTTTATGTTAATATGAGTGCAACATATTAACGTTTTAAGAGACTTTAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL844514.12	1951	CATTTTATGTTAATATGAGTGCAACATATTAACGTTTTAAGAGACTTTAA	2000

Overview

Query
BX511105.8 - 154448 bps
Hit
AL844514.12 - 228327 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001933200012000-1120001
292.34407549744079881331638631
391.64781108713396144821408951751
488.255529176137062286-1409149831
583.993687661162312388-1418949501
686.68657120714667158731517763541
785.053787391043011168-1519159121
882.8749211585973460891-1528663941
989.551523236716021183871639087621
1083.783868261756218387-127585284101
1184.444008181756218379-169409702241
1287.7477612665923860503171528727991
1393.6423002917950112417171618745561
1485.685189801489615875-172066730631
1586.3677613906089762286173238746301
1683.5765614681316414631-173366748561
1791.12306332713164164901986941020521
1888.86189430495923862286-1989281019541
1983.064389971142112417-199003999761
2084.528001668950111168-11002131018661
2190.6612961899164811837911020711039861
Short-link