<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR762417.10	1	AAAATATAATATCGTAGTGGACCACCCCTTTAAAAGCAGATATTACATTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197380	AAAATATAATATCGTAGTGGACCACCCCTTTAAAAGCAGATATTACATTA	197429

CR762417.10	51	TTCACAGAGTACTGCCACTTACTGTGAATACTTAAATTAGAAGTTCTGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197430	TTCACAGAGTACTGCCACTTACTGTGAATACTTAAATTAGAAGTTCTGAT	197479

CR762417.10	101	AAAGTCAGTCAGAGTTTAAATTGTACTTCCTTCATTGTATTCAGTCATCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197480	AAAGTCAGTCAGAGTTTAAATTGTACTTCCTTCATTGTATTCAGTCATCT	197529

CR762417.10	151	CACAATATAAAGCTAAGACACACAAACCCATAGGCTACTGCTGCTCATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197530	CACAATATAAAGCTAAGACACACAAACCCATAGGCTACTGCTGCTCATAT	197579

CR762417.10	201	TGTTTGAAACTGCTCAGCTGCTATTTGAAACCTCCATCTACTGTTCCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197580	TGTTTGAAACTGCTCAGCTGCTATTTGAAACCTCCATCTACTGTTCCTCT	197629

CR762417.10	251	TTTGTCTAGACGTTTTAGCGTTTCCTAACAGAATAATAAGAGAAATGTGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197630	TTTGTCTAGACGTTTTAGCGTTTCCTAACAGAATAATAAGAGAAATGTGC	197679

CR762417.10	301	CTTCTCATGCTGCAGCGTTTGCTTTTGTGGTTTTTAGCCTTTTGTTAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197680	CTTCTCATGCTGCAGCGTTTGCTTTTGTGGTTTTTAGCCTTTTGTTAAAA	197729

CR762417.10	351	ATATTTTGACTCTAATGCATAATGCATCTTTTTAAACTTGAATACATTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197730	ATATTTTGACTCTAATGCATAATGCATCTTTTTAAACTTGAATACATTTA	197779

CR762417.10	401	CTTGAAAAGAATATGGCAAAAGGCTGTTGTTTGCAAGAAGTCTGATAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197780	CTTGAAAAGAATATGGCAAAAGGCTGTTGTTTGCAAGAAGTCTGATAATT	197829

CR762417.10	451	AAAAACCTTTTCTCCGTTTGAGGAGTCATTCATTATTTATCTGAACCGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197830	AAAAACCTTTTCTCCGTTTGAGGAGTCATTCATTATTTATCTGAACCGTC	197879

CR762417.10	501	ACAGAAGATATTCAAGCCTCTATAATTCTGTCTTTTGTAGCTGCTGCACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197880	ACAGAAGATATTCAAGCCTCTATAATTCTGTCTTTTGTAGCTGCTGCACC	197929

CR762417.10	551	GACTTCATTTGTAGGGCCTTATGGACAGATTATGTACAGAGTCCGCGCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197930	GACTTCATTTGTAGGGCCTTATGGACAGATTATGTACAGAGTCCGCGCTT	197979

CR762417.10	601	TCATCGACACACCTCGATTTGCCAAAGACTACAAGATTGAGAAGCCATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	197980	TCATCGACACACCTCGATTTGCCAAAGACTACAAGATTGAGAAGCCATTC	198029

CR762417.10	651	TCCATGACCAACACATTGAACCTGAATGAAGTACCTGGAATACGGGTATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198030	TCCATGACCAACACATTGAACCTGAATGAAGTACCTGGAATACGGGTATT	198079

CR762417.10	701	TATGCTACACATAATAAACTGGCGGAAAGAAAAAAAACACACATTCTAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198080	TATGCTACACATAATAAACTGGCGGAAAGAAAAAAAACACACATTCTAAT	198129

CR762417.10	751	ATAATGCATGACTAATGGTAACTGGCAAATGTGATTTACTGCCAGTAACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198130	ATAATGCATGACTAATGGTAACTGGCAAATGTGATTTACTGCCAGTAACT	198179

CR762417.10	801	TAAATAATTAATTTATTTGTATTATATTTTGCGCAGGAACCTAGCTCATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198180	TAAATAATTAATTTATTTGTATTATATTTTGCGCAGGAACCTAGCTCATC	198229

CR762417.10	851	CTCCGTAACCAAGAATTTCTCATACATGCTTGTGAAAAATGGGACAGTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198230	CTCCGTAACCAAGAATTTCTCATACATGCTTGTGAAAAATGGGACAGTGG	198279

CR762417.10	901	TGCTAAATGCGAAGACTGACATGCGAGGGTATATTGCAGGACAGATCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198280	TGCTAAATGCGAAGACTGACATGCGAGGGTATATTGCAGGACAGATCATT	198329

CR762417.10	951	AAAGTTTCCGCTGGGATTGAAAACAAATCTGACAAGACGACAGGTCATGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198330	AAAGTTTCCGCTGGGATTGAAAACAAATCTGACAAGACGACAGGTCATGT	198379

CR762417.10	1001	GGTTGCCAGTCTAATGCAGGTAAGATGACACTGACAGCTTGCTGAGTGTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198380	GGTTGCCAGTCTAATGCAGGTAAGATGACACTGACAGCTTGCTGAGTGTA	198429

CR762417.10	1051	TTGTGCTGTTTCTAAGACTGATATCATATTCTGAAGCACTTTAATTGCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198430	TTGTGCTGTTTCTAAGACTGATATCATATTCTGAAGCACTTTAATTGCCA	198479

CR762417.10	1101	TGTACTGTGGGTTTATGTGTTCAAATATTTTGTCTTGGCATCTTTTGTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198480	TGTACTGTGGGTTTATGTGTTCAAATATTTTGTCTTGGCATCTTTTGTGA	198529

CR762417.10	1151	GGTAAAGCATATTTTAATAGAATGTTTATTTTTCAGTGCTTTTATAAGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198530	GGTAAAGCATATTTTAATAGAATGTTTATTTTTCAGTGCTTTTATAAGGT	198579

CR762417.10	1201	GTCTCCTGGATGAATTTTAGATTATTTATCACTGACTAAATTGAAAGACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198580	GTCTCCTGGATGAATTTTAGATTATTTATCACTGACTAAATTGAAAGACC	198629

CR762417.10	1251	TTTTGTCAGTAATGTTATTTTTGTATATATGTTTTGCATGATGCTTATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198630	TTTTGTCAGTAATGTTATTTTTGTATATATGTTTTGCATGATGCTTATTT	198679

CR762417.10	1301	ATTAAGAAAATGTTATGTATTTAATATGTATTACTATCATTTCCATGAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198680	ATTAAGAAAATGTTATGTATTTAATATGTATTACTATCATTTCCATGAAT	198729

CR762417.10	1351	ATAGTCAGTACAGCTAATAAGAAATTTCAACAAACTAATAAATAAATGCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198730	ATAGTCAGTACAGCTAATAAGAAATTTCAACAAACTAATAAATAAATGCG	198779

CR762417.10	1401	TACAATCAAAATTTGGCAAGGTATAAGTTAAAAACATGGCAAAAATAACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198780	TACAATCAAAATTTGGCAAGGTATAAGTTAAAAACATGGCAAAAATAACT	198829

CR762417.10	1451	CTATATTACATTATAGATCATGGTTCTAACATCATTTAAAATACTCTGCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198830	CTATATTACATTATAGATCATGGTTCTAACATCATTTAAAATACTCTGCC	198879

CR762417.10	1501	TAATTAATTGAAATCATGACTTGGACTTAATTTAACAACTATTTATTAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198880	TAATTAATTGAAATCATGACTTGGACTTAATTTAACAACTATTTATTAAG	198929

CR762417.10	1551	AATTGAAGATTATATAATTTCATAGTGTTTTGTAGTGCCCTTAATTGTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198930	AATTGAAGATTATATAATTTCATAGTGTTTTGTAGTGCCCTTAATTGTAA	198979

CR762417.10	1601	TTGTGTTCTTTACAAATGCTTATTTTTACTTATATTTTTAGATAATATTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	198980	TTGTGTTCTTTACAAATGCTTATTTTTACTTATATTTTTAGATAATATTA	199029

CR762417.10	1651	TATGTGCAATTGTATTTATTATCATTTCTTTTTAAAATTCTACTTTTTGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199030	TATGTGCAATTGTATTTATTATCATTTCTTTTTAAAATTCTACTTTTTGT	199079

CR762417.10	1701	ATTAATATTATATGTTAAGCATGCTAGGGTCTGAGAGTAACGCAGTTTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199080	ATTAATATTATATGTTAAGCATGCTAGGGTCTGAGAGTAACGCAGTTTCG	199129

CR762417.10	1751	ATTCACTGTCCTGTACATGTGGTTGAATTGACAATTAAGCTGACTTCGAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199130	ATTCACTGTCCTGTACATGTGGTTGAATTGACAATTAAGCTGACTTCGAC	199179

CR762417.10	1801	TAAATAATGGAATGCACCACTCGTATTAATTAAGAATGCAATTTCTATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199180	TAAATAATGGAATGCACCACTCGTATTAATTAAGAATGCAATTTCTATAA	199229

CR762417.10	1851	ATTGTTATTTAAATTGTGACATATTTTAAGAAAAAACTGTTGTGATGATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199230	ATTGTTATTTAAATTGTGACATATTTTAAGAAAAAACTGTTGTGATGATC	199279

CR762417.10	1901	AACTTCATTGTTATGCAGTTTGTAATCTTTTAGCTTATTTGTTGATTATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199280	AACTTCATTGTTATGCAGTTTGTAATCTTTTAGCTTATTTGTTGATTATT	199329

CR762417.10	1951	GATTACTGTGTTGTGACTTTTGGCTTGTTTCTGGGGTTTTATGCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844207.4	199330	GATTACTGTGTTGTGACTTTTGGCTTGTTTCTGGGGTTTTATGCAAGCTT	199379

Overview

Query
CR762417.10 - 78646 bps
Hit
AL844207.4 - 199379 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190120001200011973801993791
281.939926273419736801523054781
387.8444756285762931-133740338131
485.581743377342173757142528428531
588.431953126261062921142569428791
686.851232166270862923168514687261
785.446907340473493-172075721631
888.7346714407344143172075721451
910061817824878328177863779431
1010039396287962917-182659826971
1188.08921567341773572-182743828931
1296.2243526288262933-183040830921
1389.43781264403144156183218833401
1488.3753845000550088183220833051
1585.582195036651467016-194551950631
1697.559807824978328-11324561325351
1775.91502176261062826-11345511347701
1891.52213297626356293111380231383171
1985.391643106261362922-11453951457021
2085.3136278766307690711537721540501
2186.151823374381344149-11572181575491
Short-link