<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL844213.2	1	GGCCATGTGAGGAGCATCCAGCACTTGCTACAGTTAGTGGGAGCAAAACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	47926	GGCCATGTGAGGAGCATCCAGCACTTGCTACAGTTAGTGGGAGCAAAACA	47975

AL844213.2	51	GTACAGAGATAGGTAAATCATGCTGTGGACTGTGAGTATATTCTTGATCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	47976	GTACAGAGATAGGTAAATCATGCTGTGGACTGTGAGTATATTCTTGATCA	48025

AL844213.2	101	GCCAGTGATTATTCCACTCTCTACTGCCTTTAATTGGAGATCTACATTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48026	GCCAGTGATTATTCCACTCTCTACTGCCTTTAATTGGAGATCTACATTAA	48075

AL844213.2	151	GCTACACACACAAACACACACACAGCTTATCTGGGTAGGGATGAATAAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48076	GCTACACACACAAACACACACACAGCTTATCTGGGTAGGGATGAATAAGA	48125

AL844213.2	201	AAACCGGTCCTTTTCACAAAGATCTGCAGCTGAAATTCACATCATCTGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48126	AAACCGGTCCTTTTCACAAAGATCTGCAGCTGAAATTCACATCATCTGCA	48175

AL844213.2	251	TGGTCCAAAATGGGAATCCACTGATGCTGTAAGTCCATCCAGCCTAGTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48176	TGGTCCAAAATGGGAATCCACTGATGCTGTAAGTCCATCCAGCCTAGTGG	48225

AL844213.2	301	AGCATAGTGTGGGCTAGATAAGGATGATATGAAATAATGAATGCAAAACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48226	AGCATAGTGTGGGCTAGATAAGGATGATATGAAATAATGAATGCAAAACA	48275

AL844213.2	351	CCAGCACAGGAAGCGGAATATGGCACATGTGCAAAACACTGCCCATTCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48276	CCAGCACAGGAAGCGGAATATGGCACATGTGCAAAACACTGCCCATTCCT	48325

AL844213.2	401	TGTAAAGCCAAAATAGTATGTATTTATTTAAAGGACCTGGGTCTTCGAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48326	TGTAAAGCCAAAATAGTATGTATTTATTTAAAGGACCTGGGTCTTCGAGT	48375

AL844213.2	451	CAGACAGACCTGGATATCCTGGGACTGCTCTGATCAGCATGACATACAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48376	CAGACAGACCTGGATATCCTGGGACTGCTCTGATCAGCATGACATACAGA	48425

AL844213.2	501	AAGCTATTTGAGGCTTCATAGAGCTCAGTTCTTTGTCTGTAAATACTTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48426	AAGCTATTTGAGGCTTCATAGAGCTCAGTTCTTTGTCTGTAAATACTTTC	48475

AL844213.2	551	TTTTGTGTGAAAATTAAATTAAATAGCAATAGGGCTTGTAACACATTTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48476	TTTTGTGTGAAAATTAAATTAAATAGCAATAGGGCTTGTAACACATTTGA	48525

AL844213.2	601	CACAATTGCTGGTACTGCAATTTGTGGTGCTAATGACAACGTTAGTGATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48526	CACAATTGCTGGTACTGCAATTTGTGGTGCTAATGACAACGTTAGTGATG	48575

AL844213.2	651	ATGATTTTCTTCTGTAGGGCACCATGTTCTCTAGGGAATGGTGAATTCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48576	ATGATTTTCTTCTGTAGGGCACCATGTTCTCTAGGGAATGGTGAATTCTA	48625

AL844213.2	701	GAGGCCAAGTCTTACCCTAAAGTTCCATGTCACCCTATGAAAAAGCATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48626	GAGGCCAAGTCTTACCCTAAAGTTCCATGTCACCCTATGAAAAAGCATTT	48675

AL844213.2	751	GGGATAAAACAGGCTTTTGAGTCCCTCTAAAAACAGAGCATGTGAGTAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48676	GGGATAAAACAGGCTTTTGAGTCCCTCTAAAAACAGAGCATGTGAGTAGT	48725

AL844213.2	801	TGGTATGGGGATCCGAGTTGGGTTGGGGAAAGAGGCAATTATTTTTATTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48726	TGGTATGGGGATCCGAGTTGGGTTGGGGAAAGAGGCAATTATTTTTATTC	48775

AL844213.2	851	CCTTCAGTATGTTCTATCCTCTCTGATATTTCTAAATTATCTACACTTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48776	CCTTCAGTATGTTCTATCCTCTCTGATATTTCTAAATTATCTACACTTTC	48825

AL844213.2	901	TCCATCAACATTCCCTTTTTAATTTGTAAATATAACTTTTTCTCATTATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48826	TCCATCAACATTCCCTTTTTAATTTGTAAATATAACTTTTTCTCATTATA	48875

AL844213.2	951	ATGTAATATATATTCACTGCAGAAAAATTACCAAATATTTCAAATGATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48876	ATGTAATATATATTCACTGCAGAAAAATTACCAAATATTTCAAATGATCA	48925

AL844213.2	1001	ATTACAAATTTAAACTATCCCATGATCCTTACAGCAGAGATATGTGGTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48926	ATTACAAATTTAAACTATCCCATGATCCTTACAGCAGAGATATGTGGTTT	48975

AL844213.2	1051	CATTTCCTTCTAGTCAGTTATATATTTTCCTGCTGCTGCCCCATTACTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	48976	CATTTCCTTCTAGTCAGTTATATATTTTCCTGCTGCTGCCCCATTACTGG	49025

AL844213.2	1101	ATGTGTGCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49026	ATGTGTGCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT	49075

AL844213.2	1151	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACCCCCAAAGTTATGACCACAGACCTCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49076	CTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACCCCCAAAGTTATGACCACAGACCTCAG	49125

AL844213.2	1201	TGGCCCACAGCCCTGCACTCTCCAAATGCCATCTCCCAGGTCAGTTCACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49126	TGGCCCACAGCCCTGCACTCTCCAAATGCCATCTCCCAGGTCAGTTCACT	49175

AL844213.2	1251	CTTACAATTCCTCAGGGGGCTGTTTCTCACTTTGTTCTCTGCCCTCACAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49176	CTTACAATTCCTCAGGGGGCTGTTTCTCACTTTGTTCTCTGCCCTCACAT	49225

AL844213.2	1301	CCCTCCACTCCTTCCACACTCCCTATTTTTAGGTTATACATTTATTTCTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49226	CCCTCCACTCCTTCCACACTCCCTATTTTTAGGTTATACATTTATTTCTC	49275

AL844213.2	1351	TTTCACGCAGGAAAAAAAGGAGGACCCAGGTGAGAAATGCATCACCATCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49276	TTTCACGCAGGAAAAAAAGGAGGACCCAGGTGAGAAATGCATCACCATCC	49325

AL844213.2	1401	CATTACTATCCCCAAATCTGCACTTGTATCCTCAGCCTTCCCACCAGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49326	CATTACTATCCCCAAATCTGCACTTGTATCCTCAGCCTTCCCACCAGTGA	49375

AL844213.2	1451	TGATGGATGATCCCCGCTCCTAAGACCACCCCTGCACTCAAGCATAAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49376	TGATGGATGATCCCCGCTCCTAAGACCACCCCTGCACTCAAGCATAAGAT	49425

AL844213.2	1501	CAATCCTTCCTTCCCCTATATCATCAATTTCCACTCTCTACTGGCCCATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49426	CAATCCTTCCTTCCCCTATATCATCAATTTCCACTCTCTACTGGCCCATC	49475

AL844213.2	1551	ATTTCTACAGGCAGACGTGCTGTAATATCTCCCCCCAAAAAAACAAACAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49476	ATTTCTACAGGCAGACGTGCTGTAATATCTCCCCCCAAAAAAACAAACAA	49525

AL844213.2	1601	AACTGGACTAAACAAATCAAAACAAAATCTTCCCATCGAAATTTATCCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49526	AACTGGACTAAACAAATCAAAACAAAATCTTCCCATCGAAATTTATCCCT	49575

AL844213.2	1651	TGATCTCTGATCCCATGTCTCCCTGCAACTACTGCCCTATACTATGGCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49576	TGATCTCTGATCCCATGTCTCCCTGCAACTACTGCCCTATACTATGGCAG	49625

AL844213.2	1701	TCTTCATAGGACAATCTCTGAGTCTATTCTTCATGTAGTCTTTTGAAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49626	TCTTCATAGGACAATCTCTGAGTCTATTCTTCATGTAGTCTTTTGAAACA	49675

AL844213.2	1751	TTGCATTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTGATACGGGGTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49676	TTGCATTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTGATACGGGGTCT	49725

AL844213.2	1801	CCTTGTGTTGCCCTGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATTCTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49726	CCTTGTGTTGCCCTGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATTCTCT	49775

AL844213.2	1851	TTCCTTAGCCTCCAAAGCACTAGGATTATAGGCTTGAGCCACCACACTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49776	TTCCTTAGCCTCCAAAGCACTAGGATTATAGGCTTGAGCCACCACACTTG	49825

AL844213.2	1901	GCCTGATAGTATAATGTTCTTACACTTTTTCTTTCTTTTTTGCAAACATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49826	GCCTGATAGTATAATGTTCTTACACTTTTTCTTTCTTTTTTGCAAACATT	49875

AL844213.2	1951	TTTCCATTTTATTATGACTTTTGTCTTCCAAATTATCTAATGAATTGTTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL844203.3	49876	TTTCCATTTTATTATGACTTTTGTCTTCCAAATTATCTAATGAATTGTTC	49925

Overview

Query
AL844213.2 - 97630 bps
Hit
AL844203.3 - 49925 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link