<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR936338.6	2000	GAATTCGTTTGGTGAAGAGACGAGGCAGGCGTTGTCTGTGGTTATGGCGC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	1	GAATTCGTTTGGTGAAGAGACGAGGCAGGCGTTGTCTGTGGTTATGGCGC	50

C  CR936338.6	1950	TTGTTTGCGGTCGAGTCGAGTCAGTTCTGTTAAATGAATCGGCTCCTTTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	51	TTGTTTGCGGTCGAGTCGAGTCAGTTCTGTTAAATGAATCGGCTCCTTTA	100

C  CR936338.6	1900	AGTGAACAGTAAAGAGTCGAATTCGGCTCCTTTAAGTGAACAGTAAAGAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	101	AGTGAACAGTAAAGAGTCGAATTCGGCTCCTTTAAGTGAACAGTAAAGAG	150

C  CR936338.6	1850	TCGAATTCGCCTGAAAACGATTCCATTTTGTATAATATTGTAAGACGCAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	151	TCGAATTCGCCTGAAAACGATTCCATTTTGTATAATATTGTAAGACGCAA	200

C  CR936338.6	1800	ACATATAATTCATTTATATTTCATCATATTGCTTGGTTCGTGTACTGCTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	201	ACATATAATTCATTTATATTTCATCATATTGCTTGGTTCGTGTACTGCTT	250

C  CR936338.6	1750	GTACACGAATTGCTTGTTGATGACTATGAGCTCATGAACACGTCTGATAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	251	GTACACGAATTGCTTGTTGATGACTATGAGCTCATGAACACGTCTGATAA	300

C  CR936338.6	1700	AATATCTGAATCTGATTCAATGTCACACGAGTCCTGAACCGAAGCAGTGC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	301	AATATCTGAATCTGATTCAATGTCACACGAGTCCTGAACCGAAGCAGTGC	350

C  CR936338.6	1650	AAAAGTAATATATTGATTGAAATATAAAGTTAATTATTTTCTTCGCAATT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	351	AAAAGTAATATATTGATTGAAATATAAAGTTAATTATTTTCTTCGCAATT	400

C  CR936338.6	1600	CAAAATATTATATATCTCTGACTTTAACAATAAGAATAAAGTTCGTTTGG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	401	CAAAATATTATATATCTCTGACTTTAACAATAAGAATAAAGTTCGTTTGG	450

C  CR936338.6	1550	AGTGTACTGAGAATTATTATTTTTTCCTCCCAGGATTCAATTCGCACCAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	451	AGTGTACTGAGAATTATTATTTTTTCCTCCCAGGATTCAATTCGCACCAA	500

C  CR936338.6	1500	GCTCCATCAAGCTGTAATGGTGGATGAGAGGCACATAATATTATAAATAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	501	GCTCCATCAAGCTGTAATGGTGGATGAGAGGCACATAATATTATAAATAT	550

C  CR936338.6	1450	TGCTTGTAATATGTAATGAAATAAAGTTTTAATACTTTTTCATGCGAGAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	551	TGCTTGTAATATGTAATGAAATAAAGTTTTAATACTTTTTCATGCGAGAA	600

C  CR936338.6	1400	TGTAGTTCTTCAAAACTCAAATCTGTGGATTGTTAGTAAAGATTGTGTGT	1351
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  AL773601.11	601	TGTAGTTCTTCAAAACTCAAATCTGTGGATTGTTAGTAAAGATTGTGTGT	650

C  CR936338.6	1350	AATTTTAAGTGTGTTTTGCCGGTAGCGGAGATCTATGACCTCCAGGCGGT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	651	AATTTTAAGTGTGTTTTGCCGGTAGCGGAGATCTATGACCTCCAGGCGGT	700

C  CR936338.6	1300	AACGGCGCTCATTACTCATGTATCCGCCGAGAGGCGCCTGTCTTCAGGCT	1251
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  AL773601.11	701	AACGGCGCTCATTACTCATGTATCCGCCGAGAGGCGCCTGTCTTCAGGCT	750

C  CR936338.6	1250	AGACATTGGGACAATTGCCCCGTCTTCGATGGCTCTATATGCGTCCGAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	751	AGACATTGGGACAATTGCCCCGTCTTCGATGGCTCTATATGCGTCCGAAA	800

C  CR936338.6	1200	ATTAAGTTTTAACTGTTTTTCATGCTAGAATGTAGTTGTTTAAAACTCTA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	801	ATTAAGTTTTAACTGTTTTTCATGCTAGAATGTAGTTGTTTAAAACTCTA	850

C  CR936338.6	1150	ATCTGTGGTTTATTTATATAGATAAAAAAAAAAAGAAATATATATATATA	1101
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  AL773601.11	851	ATCTGTGGTTTATTTATATAGATAAAAAAAAAAAGAAATATATATATATA	900

C  CR936338.6	1100	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	901	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	950

C  CR936338.6	1050	TATAATTCTGAGATTAGTGACCTCCAGGCGATGAAAGGTGCCCAATACTC	1001
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  AL773601.11	951	TATAATTCTGAGATTAGTGACCTCCAGGCGATGAAAGGTGCCCAATACTC	1000

C  CR936338.6	1000	ATGAAACCGTCTAAAGCAGACATTTACCCTGACATTGAAATAATTGTTGG	951
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  AL773601.11	1001	ATGAAACCGTCTAAAGCAGACATTTACCCTGACATTGAAATAATTGTTGG	1050

C  CR936338.6	950	CTGTTTAACAGTCTTTGGTTTCATTAATTAATTACTTTTTATTCAAGTTT	901
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  AL773601.11	1051	CTGTTTAACAGTCTTTGGTTTCATTAATTAATTACTTTTTATTCAAGTTT	1100

C  CR936338.6	900	ATTATGTTTTGGCTAAGCACAGAGTTGTTCATTAAATATTATTTCATATT	851
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  AL773601.11	1101	ATTATGTTTTGGCTAAGCACAGAGTTGTTCATTAAATATTATTTCATATT	1150

C  CR936338.6	850	CTATGTTAACTGTATAAAATTAAATAAAGGTGCAGTACAACCAAAAAGAT	801
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  AL773601.11	1151	CTATGTTAACTGTATAAAATTAAATAAAGGTGCAGTACAACCAAAAAGAT	1200

C  CR936338.6	800	GTTGGTAACCAAATCGTTTTGGGGGCTATAACATTCTGTTATTATCTGTT	751
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  AL773601.11	1201	GTTGGTAACCAAATCGTTTTGGGGGCTATAACATTCTGTTATTATCTGTT	1250

C  CR936338.6	750	AAAAGTTCATTTGTATTAATTTCTACGTTGAGTTAAAAAAAGGTTTGAAT	701
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  AL773601.11	1251	AAAAGTTCATTTGTATTAATTTCTACGTTGAGTTAAAAAAAGGTTTGAAT	1300

C  CR936338.6	700	TTCTATAACTAACGTGCAAAAGATATAGCCCTTTTCACAGTAATTTGCTG	651
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  AL773601.11	1301	TTCTATAACTAACGTGCAAAAGATATAGCCCTTTTCACAGTAATTTGCTG	1350

C  CR936338.6	650	TAATCATGCTACCTGCAGTAATTTCACAATAAAATTATGAATACAACATA	601
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  AL773601.11	1351	TAATCATGCTACCTGCAGTAATTTCACAATAAAATTATGAATACAACATA	1400

C  CR936338.6	600	TTACTGTGAATTTTTCAGTTAAATACTGTGAAGAGATACTAATGTAATTT	551
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  AL773601.11	1401	TTACTGTGAATTTTTCAGTTAAATACTGTGAAGAGATACTAATGTAATTT	1450

C  CR936338.6	550	ACTGTGAAAAATTACAGTAACTTGTTGTGAAAACCTGGAAATTTTTTACA	501
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  AL773601.11	1451	ACTGTGAAAAATTACAGTAACTTGTTGTGAAAACCTGGAAATTTTTTACA	1500

C  CR936338.6	500	GTGTACATGATATTGAGATTCCACAGAATTAAAAAAAAGTCCTTTAATCC	451
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  AL773601.11	1501	GTGTACATGATATTGAGATTCCACAGAATTAAAAAAAAGTCCTTTAATCC	1550

C  CR936338.6	450	AGTCCCTTCACAAAAAATGCAATCCCTTTATGGCTCTAAAACCTTTTATT	401
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  AL773601.11	1551	AGTCCCTTCACAAAAAATGCAATCCCTTTATGGCTCTAAAACCTTTTATT	1600

C  CR936338.6	400	TGCTTATATCTCACTTTTAACATTTACATTTTAACATTTACATTTAACAT	351
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  AL773601.11	1601	TGCTTATATCTCACTTTTAACATTTACATTTTAACATTTACATTTAACAT	1650

C  CR936338.6	350	TTATGTTACATTTGTACGCTTATCACTATTTGTTAATCTGGCTGTCAACC	301
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  AL773601.11	1651	TTATGTTACATTTGTACGCTTATCACTATTTGTTAATCTGGCTGTCAACC	1700

C  CR936338.6	300	TCTATAATACCAATAATTTATTTAGCTTTGGTTCCTTGTACGTAGTATTT	251
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  AL773601.11	1701	TCTATAATACCAATAATTTATTTAGCTTTGGTTCCTTGTACGTAGTATTT	1750

C  CR936338.6	250	GCATTTTTTTGTTAATTGCATTAAGGAAAATAAAAATGAAATTAACATTT	201
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  AL773601.11	1751	GCATTTTTTTGTTAATTGCATTAAGGAAAATAAAAATGAAATTAACATTT	1800

C  CR936338.6	200	TAAAAAGCTAAATAATAATCTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTT	151
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  AL773601.11	1801	TAAAAAGCTAAATAATAATCTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTT	1850

C  CR936338.6	150	AGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTGTTTAATATTTTTAGACTGTTAA	101
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  AL773601.11	1851	AGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTGTTTAATATTTTTAGACTGTTAA	1900

C  CR936338.6	100	GAAAGTCTAGGTCTAAAAAAAATCTAGTACAAAAGTTAGTTACATATATT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	1901	GAAAGTCTAGGTCTAAAAAAAATCTAGTACAAAAGTTAGTTACATATATT	1950

C  CR936338.6	50	AATTTGTCTTTTATGCAAAGTAAACTCGCATAATAGTTAATGATACAAAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL773601.11	1951	AATTTGTCTTTTATGCAAAGTAAACTCGCATAATAGTTAATGATACAAAT	2000

Overview

Query
CR936338.6 - 3994 bps
Hit
AL773601.11 - 201299 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
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