<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL773527.8	135287	GATCTGCCAAGGCTGCGCTCACAGACCGCAGAGGAAGTCTTAGCAGCTCT	135336
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1	GATCTGCCAAGGCTGCGCTCACAGACCGCAGAGGAAGTCTTAGCAGCTCT	50

AL773527.8	135337	TCCCGGGCTCGCTGTTTCCTTGGGGGCGGCTCTGTGTTTATATTTTTTTC	135386
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	51	TCCCGGGCTCGCTGTTTCCTTGGGGGCGGCTCTGTGTTTATATTTTTTTC	100

AL773527.8	135387	CTCAAGCCCCTCCTTTTCCCTCCTCAGCCAATCCCCGAGCTCGGCGGGGC	135436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	101	CTCAAGCCCCTCCTTTTCCCTCCTCAGCCAATCCCCGAGCTCGGCGGGGC	150

AL773527.8	135437	TGCCAGGTCGGGAATATTCCAGAGGTTTCGCCTCGCGTCCTGCCCCCTGG	135486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	151	TGCCAGGTCGGGAATATTCCAGAGGTTTCGCCTCGCGTCCTGCCCCCTGG	200

AL773527.8	135487	CTTTCTGGGGCCAATCAGCGCCCTGGCTGCCGCCCCTCCCAGAACTCTCC	135536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	201	CTTTCTGGGGCCAATCAGCGCCCTGGCTGCCGCCCCTCCCAGAACTCTCC	250

AL773527.8	135537	AGACTCTTCTGGGATTCGCGGGAGGAAACCGGAGTCCTCAAGGGAGGGGG	135586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	251	AGACTCTTCTGGGATTCGCGGGAGGAAACCGGAGTCCTCAAGGGAGGGGG	300

AL773527.8	135587	GAAGAGATGCTGTGGAGGTTCGCTGTTTGCACTGGCACCCTTGTTGTTTT	135636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	301	GAAGAGATGCTGTGGAGGTTCGCTGTTTGCACTGGCACCCTTGTTGTTTT	350

AL773527.8	135637	TTTTTCCTTCCTCTTCCCTGGGAGCCGGCATTGGAGTAGGTGGAAATTGA	135686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	351	TTTTTCCTTCCTCTTCCCTGGGAGCCGGCATTGGAGTAGGTGGAAATTGA	400

AL773527.8	135687	CCGGAAGGATCAGCATTACGCTTGTAATGGGGCGGTGAGAGGCATGTAGG	135736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	401	CCGGAAGGATCAGCATTACGCTTGTAATGGGGCGGTGAGAGGCATGTAGG	450

AL773527.8	135737	GCTCAAATTAGTTTGTCTGTTTAAAAGTAGGATTAAGGGCTACAGGATTT	135786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	451	GCTCAAATTAGTTTGTCTGTTTAAAAGTAGGATTAAGGGCTACAGGATTT	500

AL773527.8	135787	GGGGACAACCAAAACAAAGTTCCCAAGTTTCTGGGGGTCAAAGAGCCTAA	135836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	501	GGGGACAACCAAAACAAAGTTCCCAAGTTTCTGGGGGTCAAAGAGCCTAA	550

AL773527.8	135837	TTGGAGCCTGATGCTGATGGAAGGAGCGGAGGGGCGGGACTGCCTGTCTG	135886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	551	TTGGAGCCTGATGCTGATGGAAGGAGCGGAGGGGCGGGACTGCCTGTCTG	600

AL773527.8	135887	GGCTGCCTGAGAACTGCCTTCACCGTCCCTGGGTTTTTCCCATCTTGTTT	135936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	601	GGCTGCCTGAGAACTGCCTTCACCGTCCCTGGGTTTTTCCCATCTTGTTT	650

AL773527.8	135937	TTAAAATGAGGACAAGAACAGAGATCCTGCAGTATGGTTTTTGGTGTCAT	135986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	651	TTAAAATGAGGACAAGAACAGAGATCCTGCAGTATGGTTTTTGGTGTCAT	700

AL773527.8	135987	CGTAAGCCTTACACTGATGGAATATCTGGGGATGGGGAAATTTCAGTTTT	136036
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	701	CGTAAGCCTTACACTGATGGAATATCTGGGGATGGGGAAATTTCAGTTTT	750

AL773527.8	136037	CAAAAGGAAAGCAATCAGGCCAATAGAAGGTTCTTAAATGGGAGAAGGTT	136086
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	751	CAAAAGGAAAGCAATCAGGCCAATAGAAGGTTCTTAAATGGGAGAAGGTT	800

AL773527.8	136087	CCCAGCGCCTTAGAAGGGACGTGCTCGGTCAAGGGCGTGGGGAGGGAAAG	136136
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	801	CCCAGCGCCTTAGAAGGGACGTGCTCGGTCAAGGGCGTGGGGAGGGAAAG	850

AL773527.8	136137	GCGGGGCTGGACCCACCGCGCCCCTATCCCCGCCCAGAGCCGCTCCCTTT	136186
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	851	GCGGGGCTGGACCCACCGCGCCCCTATCCCCGCCCAGAGCCGCTCCCTTT	900

AL773527.8	136187	CGCCTGGGGCTGGACTGGGGCTCGAAGAAGAGGAAAAAATTCCGTAGAAA	136236
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	901	CGCCTGGGGCTGGACTGGGGCTCGAAGAAGAGGAAAAAATTCCGTAGAAA	950

AL773527.8	136237	ATCTGCTGTCTTTAAGCCTTTTGGGCTTCTCCCAGTTCCTCATTTTTCCC	136286
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	951	ATCTGCTGTCTTTAAGCCTTTTGGGCTTCTCCCAGTTCCTCATTTTTCCC	1000

AL773527.8	136287	AGCCTGTGGTCCGGGGACCCCCACCCCCCTCACCTTCTTGATGTCTTCTT	136336
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1001	AGCCTGTGGTCCGGGGACCCCCACCCCCCTCACCTTCTTGATGTCTTCTT	1050

AL773527.8	136337	TAATTAGTAGTTCAGCCACAGATGATAGGTAGTTCGTACTTCTACTGTGT	136386
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1051	TAATTAGTAGTTCAGCCACAGATGATAGGTAGTTCGTACTTCTACTGTGT	1100

AL773527.8	136387	CGCTTGCGAACGGGGTAAACTGTCCACTGCTTTTGAATAAATGGATGTGG	136436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1101	CGCTTGCGAACGGGGTAAACTGTCCACTGCTTTTGAATAAATGGATGTGG	1150

AL773527.8	136437	TGAGCCTGTGGGGGAGGGGGGGCAATGGTCCTTTCTCTTTAACAGCTTCA	136486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1151	TGAGCCTGTGGGGGAGGGGGGGCAATGGTCCTTTCTCTTTAACAGCTTCA	1200

AL773527.8	136487	AACGTTTTATCTGGTTGGCACGTGGCCCATTTTAAGCTAACTGTTGGGCC	136536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1201	AACGTTTTATCTGGTTGGCACGTGGCCCATTTTAAGCTAACTGTTGGGCC	1250

AL773527.8	136537	TGATGCTCTAAAGCAGGAGGAATTCTCTGGACCCAGGTTCTAGCTCCTCT	136586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1251	TGATGCTCTAAAGCAGGAGGAATTCTCTGGACCCAGGTTCTAGCTCCTCT	1300

AL773527.8	136587	AAAACTTTAGGTTATTTACCCTGCACTCAATTTAGCCACACTGTTTTTTA	136636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1301	AAAACTTTAGGTTATTTACCCTGCACTCAATTTAGCCACACTGTTTTTTA	1350

AL773527.8	136637	CTCCTAGATTTCAACTGTCTGCGTGTTACTTTCCCTCCTGTTTTAAATGC	136686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1351	CTCCTAGATTTCAACTGTCTGCGTGTTACTTTCCCTCCTGTTTTAAATGC	1400

AL773527.8	136687	AGGCACTTTTGGTAATTTATTTTGGCCTTTGTATTTTCATCCTTTGTGGA	136736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1401	AGGCACTTTTGGTAATTTATTTTGGCCTTTGTATTTTCATCCTTTGTGGA	1450

AL773527.8	136737	CAATGCAAGGCGCTTAAAACGAAAATATGAGAGACATTAAAGCAATAGTA	136786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1451	CAATGCAAGGCGCTTAAAACGAAAATATGAGAGACATTAAAGCAATAGTA	1500

AL773527.8	136787	TAGGGTTCACAGCCCCCCCCCCCCAAGAGACTCATTGCTGTTCCCAAATG	136836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1501	TAGGGTTCACAGCCCCCCCCCCCCAAGAGACTCATTGCTGTTCCCAAATG	1550

AL773527.8	136837	TCTTTAGTACAAGAAATCCAAGATCACATGTAGGAAGAGGCAATTTTTGA	136886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1551	TCTTTAGTACAAGAAATCCAAGATCACATGTAGGAAGAGGCAATTTTTGA	1600

AL773527.8	136887	TGAAAAATTCTTGCTTTTGAACACTTTTGCTCAATTGGCATCACACACAC	136936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1601	TGAAAAATTCTTGCTTTTGAACACTTTTGCTCAATTGGCATCACACACAC	1650

AL773527.8	136937	ACACACACACACACACACACACACGTCCACCAAAACACATCTTCCTGGGA	136986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1651	ACACACACACACACACACACACACGTCCACCAAAACACATCTTCCTGGGA	1700

AL773527.8	136987	TTCAAGGGTATTCAGTTGTTCATTCTACAATTCTACAATTTGCTCAGGCT	137036
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1701	TTCAAGGGTATTCAGTTGTTCATTCTACAATTCTACAATTTGCTCAGGCT	1750

AL773527.8	137037	AATCTAAACTGGCGTTGCAAAAAGATTGCTTTAACAAACCTTTGTGCGTG	137086
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1751	AATCTAAACTGGCGTTGCAAAAAGATTGCTTTAACAAACCTTTGTGCGTG	1800

AL773527.8	137087	CAGGTAAGTGATAACTTTTTTTACATTCAGATATGTCTCCCTGATGAATC	137136
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1801	CAGGTAAGTGATAACTTTTTTTACATTCAGATATGTCTCCCTGATGAATC	1850

AL773527.8	137137	ACTTAATCTAGTCAAACTGGTCAGACTTCAGGAATTTTCCATTTCTTCAT	137186
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1851	ACTTAATCTAGTCAAACTGGTCAGACTTCAGGAATTTTCCATTTCTTCAT	1900

AL773527.8	137187	GCACTCCCTGGCTGGGGATTCCCCAGACTTCCACCTTAGCTGTCCAATAT	137236
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1901	GCACTCCCTGGCTGGGGATTCCCCAGACTTCCACCTTAGCTGTCCAATAT	1950

AL773527.8	137237	ATGAAATGCTTTCAGAGACCCTTAACTTTGCCCCCTCCTTCTGGAAGCTT	137286
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773559.16	1951	ATGAAATGCTTTCAGAGACCCTTAACTTTGCCCCCTCCTTCTGGAAGCTT	2000

Overview

Query
AL773527.8 - 137286 bps
Hit
AL773559.16 - 32570 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001352871372861120001
299.912202230913324113554918825111331
383.99221807133345135151-113527153331
488.851782755609456368-118763190401
588.56177271104714104984-118763190331
688.521732716225762527-118764190331
789.26179270115660115929-118764190331
892.57205269107553107821118764190321
992.21182243117244117486118764190071
1088.581822865345753742-123851241391
1194.752372881400314290-123853241381
1294.042282864346843753123853241371
1395.41240282115648115929123855241371
1495.342312742980130074-123859241371
1593.55215275107553107827-123859241371
1694.26228281117244117524-123859241371
1789.06178274104711104984123865241381
1890.48186272111172111443123865241371
1990.811942726225662527123866241371
2089.561792673448134747123870241371
2191.821982685610156368123870241381
2292.311822467191272157123895241411
2388.151722705346153730-128039283081
2489.06181275107551107825-128039283121
2588.151722703447834747128041283101
2688.521752705609856367128041283101
2788.851772693033330601-128042283101
2889.561792684745147718-128043283101
Short-link