<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX914217.19	2000	GAATTCAATTGAGTATCAAAAGAAAACCACACTCCATCAACACATTTTAC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1	GAATTCAATTGAGTATCAAAAGAAAACCACACTCCATCAACACATTTTAC	50

C  BX914217.19	1950	TCTGGGAAAGCTAATAACATACAGTCATATAAATAAGGCAAACGAACAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	51	TCTGGGAAAGCTAATAACATACAGTCATATAAATAAGGCAAACGAACAAA	100

C  BX914217.19	1900	ATATATAGAAAAGTAATGGTGAGCAGCACATGAGCTCAGGAAAATGATTA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	101	ATATATAGAAAAGTAATGGTGAGCAGCACATGAGCTCAGGAAAATGATTA	150

C  BX914217.19	1850	TGTTTGTTTTGCCCTCTAGTGGTAGGTTGGTGAACTGCCTTAATGCTTGA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	151	TGTTTGTTTTGCCCTCTAGTGGTAGGTTGGTGAACTGCCTTAATGCTTGA	200

C  BX914217.19	1800	CGTCTCAGATAAATACAAACTGAAATCATTTGATCAGTTTACCTTTGGAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	201	CGTCTCAGATAAATACAAACTGAAATCATTTGATCAGTTTACCTTTGGAA	250

C  BX914217.19	1750	AACAACAATTCTTCAATAATATACTTCACCCGCATATAATAACATTACAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	251	AACAACAATTCTTCAATAATATACTTCACCCGCATATAATAACATTACAG	300

C  BX914217.19	1700	AAAACTGAAATGAGTGGAAATAAAGATTATATCTTACTGAAAGGTTGCAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	301	AAAACTGAAATGAGTGGAAATAAAGATTATATCTTACTGAAAGGTTGCAA	350

C  BX914217.19	1650	GTTTTTACATGAACGGTCCACGACAGCGCTAAAGTCCAGCATCTTCACGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	351	GTTTTTACATGAACGGTCCACGACAGCGCTAAAGTCCAGCATCTTCACGT	400

C  BX914217.19	1600	AATAACACTTGACTAGTGGTGTTGAATGACATTTGTCCTGTGAGCACTGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	401	AATAACACTTGACTAGTGGTGTTGAATGACATTTGTCCTGTGAGCACTGT	450

C  BX914217.19	1550	ACAAATGTGGCGGCGCTATAGACACATGCTCAGGGTCCCTATGCGATATC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	451	ACAAATGTGGCGGCGCTATAGACACATGCTCAGGGTCCCTATGCGATATC	500

C  BX914217.19	1500	TAGTGTATATATCTATGATACTGTAGTAGCTATCTACTGCGGCTGCCTCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	501	TAGTGTATATATCTATGATACTGTAGTAGCTATCTACTGCGGCTGCCTCA	550

C  BX914217.19	1450	ATGGCAGGCAAATATATTTTACTTCAGAGGAAAACTCGGCCCTCGTCATG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	551	ATGGCAGGCAAATATATTTTACTTCAGAGGAAAACTCGGCCCTCGTCATG	600

C  BX914217.19	1400	ATATAAGGATTATACCCATCATATGTGCGTATTTTTTATTTGTGTCTACT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	601	ATATAAGGATTATACCCATCATATGTGCGTATTTTTTATTTGTGTCTACT	650

C  BX914217.19	1350	TTGATATATGATATACATCGCATCCTCTGTGTTCCTGCCCTCCTCCATCT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	651	TTGATATATGATATACATCGCATCCTCTGTGTTCCTGCCCTCCTCCATCT	700

C  BX914217.19	1300	GAATTTCGCGCCTCATCAAAACCACGTGATTGCAAATGCGGAAGCCGGGT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	701	GAATTTCGCGCCTCATCAAAACCACGTGATTGCAAATGCGGAAGCCGGGT	750

C  BX914217.19	1250	GTAGTGACGTCGGCGTGCAGGGGCGGGGCAGGTTGTGATTTTGGTATAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	751	GTAGTGACGTCGGCGTGCAGGGGCGGGGCAGGTTGTGATTTTGGTATAAA	800

C  BX914217.19	1200	TACGCACGTCAGCTGGCTCACCTGTTTGCCAGTTCGATAGTTTGCAGTTC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	801	TACGCACGTCAGCTGGCTCACCTGTTTGCCAGTTCGATAGTTTGCAGTTC	850

C  BX914217.19	1150	TCCAATGATAACGTCAAACAAACAAACGCCCCATACACTCGATGGGATCC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	851	TCCAATGATAACGTCAAACAAACAAACGCCCCATACACTCGATGGGATCC	900

C  BX914217.19	1100	ACGCCGTTTACCGCCAAAAAGCTTTTTGGCCTGAGGTTGACACATCATCC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	901	ACGCCGTTTACCGCCAAAAAGCTTTTTGGCCTGAGGTTGACACATCATCC	950

C  BX914217.19	1050	TCAAAATCACACCAGGAGTTTGAGACCCAACTGTGAAGCAGCTTACAAAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	951	TCAAAATCACACCAGGAGTTTGAGACCCAACTGTGAAGCAGCTTACAAAA	1000

C  BX914217.19	1000	GGTATATTATGTTCATTTGTGTTGTTTGTCAAAGTAGCGGTGTTGCTAAC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1001	GGTATATTATGTTCATTTGTGTTGTTTGTCAAAGTAGCGGTGTTGCTAAC	1050

C  BX914217.19	950	CTGCAGCCCGGTTTGAACTGAGTAAAGTTTTGTTTGTGAAAATAATAGCT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1051	CTGCAGCCCGGTTTGAACTGAGTAAAGTTTTGTTTGTGAAAATAATAGCT	1100

C  BX914217.19	900	TTACATTTTAATAGGGTATATGCCGAACTAGTGTTTTTCCCATACTGATA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1101	TTACATTTTAATAGGGTATATGCCGAACTAGTGTTTTTCCCATACTGATA	1150

C  BX914217.19	850	AACTTCTGGTGACCTGTTATTGTGAACTTTTTTTCGTTTTATACAGTTCC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1151	AACTTCTGGTGACCTGTTATTGTGAACTTTTTTTCGTTTTATACAGTTCC	1200

C  BX914217.19	800	TTTACCAGTATCGATTATGTAATGTCATTAAATACATTCTGTTAAATAAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1201	TTTACCAGTATCGATTATGTAATGTCATTAAATACATTCTGTTAAATAAA	1250

C  BX914217.19	750	CTTTGGCATTTATTTAGTTGCTCAAGCGTAAAACGAAACAAAAAGCCGTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1251	CTTTGGCATTTATTTAGTTGCTCAAGCGTAAAACGAAACAAAAAGCCGTT	1300

C  BX914217.19	700	TGTTCGCACGCGCCCGTCAGAATCAGCAGGATAGCGCAGAAGCTCCATTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1301	TGTTCGCACGCGCCCGTCAGAATCAGCAGGATAGCGCAGAAGCTCCATTG	1350

C  BX914217.19	650	AATATACTGGGGTAAAATAAATGCTCATATTATAAAGATATGGCGGGGTA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1351	AATATACTGGGGTAAAATAAATGCTCATATTATAAAGATATGGCGGGGTA	1400

C  BX914217.19	600	ACGTAATTTAATGCAGTGCTTCTTGTACAATCTGAGACCCACTTTAAATC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1401	ACGTAATTTAATGCAGTGCTTCTTGTACAATCTGAGACCCACTTTAAATC	1450

C  BX914217.19	550	GGATATCACTCTGCTAGTGGAGATCTCTGATTTTTAAAGAAAACAGACCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1451	GGATATCACTCTGCTAGTGGAGATCTCTGATTTTTAAAGAAAACAGACCT	1500

C  BX914217.19	500	TAAATACACCAATTTTGCATTGGCATTCAATGCGCCGGAAGTGTTAACCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1501	TAAATACACCAATTTTGCATTGGCATTCAATGCGCCGGAAGTGTTAACCC	1550

C  BX914217.19	450	AGGTTACTGGCAAATTAAAAGTCCTATTAGCATTATTAAATAATCTTTAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1551	AGGTTACTGGCAAATTAAAAGTCCTATTAGCATTATTAAATAATCTTTAT	1600

C  BX914217.19	400	AATATGAGCATTGATTTTACCCCAGTATATTCAATGAAGCTTCTGCGCTA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1601	AATATGAGCATTGATTTTACCCCAGTATATTCAATGAAGCTTCTGCGCTA	1650

C  BX914217.19	350	TCCTGCCGATTCTGACAGGTGTGTGCGAGCAAATGGCTTTTTGTCTCTTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1651	TCCTGCCGATTCTGACAGGTGTGTGCGAGCAAATGGCTTTTTGTCTCTTT	1700

C  BX914217.19	300	TTACGCTTAAGCAACTTAATAAATGGCAAAGTTTATTTAACTCAATGTAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1701	TTACGCTTAAGCAACTTAATAAATGGCAAAGTTTATTTAACTCAATGTAT	1750

C  BX914217.19	250	TTTAATGACATTACAACATCGATACTGTAAAATGAACCATATAAAACGGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1751	TTTAATGACATTACAACATCGATACTGTAAAATGAACCATATAAAACGGA	1800

C  BX914217.19	200	AAAAGTTCCCAATAACAGGTCACCGGAAGTTTATCAGTATGGGAAAAACA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1801	AAAAGTTCCCAATAACAGGTCACCGGAAGTTTATCAGTATGGGAAAAACA	1850

C  BX914217.19	150	CTAGCTCTGCATATACCCTATTGAATTCTGCTTAATGTTTAGCCTAAACG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1851	CTAGCTCTGCATATACCCTATTGAATTCTGCTTAATGTTTAGCCTAAACG	1900

C  BX914217.19	100	AGAAACTGTTATACTACAGTTTGCTTCGTTTTAAAGAGTTTTTGTGATGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1901	AGAAACTGTTATACTACAGTTTGCTTCGTTTTAAAGAGTTTTTGTGATGC	1950

C  BX914217.19	50	ACTCAGTCTATTTATCGTCATCCAGACAGTGATTGTCGAGTGAATGTTGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772141.7	1951	ACTCAGTCTATTTATCGTCATCCAGACAGTGATTGTCGAGTGAATGTTGA	2000

Overview

Query
BX914217.19 - 133981 bps
Hit
AL772141.7 - 150428 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001960200012000-1120001
286.242475151062011134172366728741
383.431975219037590895172366728781
480.38155544105438105981172366728951
580.621113916137261762-172369727551
687.711803471795818304-172546728951
797.411781932691427106-175014752061
886.862164439847598917-180586810341
994.87132156127128127283191670918251
1085.3110214108780108993196829970321
1181.64123304101211101514197815981191
1286.85448823317993262111323821332251
1395.3117149105681105829-11380331381811
1491.981291881081711004-11380341382201
1590.961091668373853811380551382201
1687.661242399040590643-11405401407741
1785.5333962910097910160711415191421541
1884.991232818215849511426321429041
1986.05128263105685105947-11426471429041
2084.57315621100984101604-11455031461311
2188.89198306413214162611500781503831
Short-link