<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX539349.17	2000	GAATTCATCTTCGGTAAGTGTTTTAAAGTCAAATTCTGTCCGTTAAAGGA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1	GAATTCATCTTCGGTAAGTGTTTTAAAGTCAAATTCTGTCCGTTAAAGGA	50

C  BX539349.17	1950	TTGTTTTATAAGTATTTATGTGTATTGTGTGTGTAATTTAAAATAATTAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	51	TTGTTTTATAAGTATTTATGTGTATTGTGTGTGTAATTTAAAATAATTAA	100

C  BX539349.17	1900	CCAAGTGACATTAGTTGTAGGTTCTTATGTTATGTCACGCTATCCGTTAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	101	CCAAGTGACATTAGTTGTAGGTTCTTATGTTATGTCACGCTATCCGTTAA	150

C  BX539349.17	1850	CAAACGGTATTTTAAACAAGAAATAACAGACGCCAGGCGGTCATTGTAGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	151	CAAACGGTATTTTAAACAAGAAATAACAGACGCCAGGCGGTCATTGTAGT	200

C  BX539349.17	1800	GTTTGCGAGGTATTAGATACAGTGAGTTTATCTTGAGTGAGTTTTTGACC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	201	GTTTGCGAGGTATTAGATACAGTGAGTTTATCTTGAGTGAGTTTTTGACC	250

C  BX539349.17	1750	ATACGTTAAGTTACCTGAAAATAAAAACATAACTTTAACTTATTGTAACT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	251	ATACGTTAAGTTACCTGAAAATAAAAACATAACTTTAACTTATTGTAACT	300

C  BX539349.17	1700	GCATTAATGAATTCTCTATTTCAGCACAACACTGAGATGAAGGCGAAGTC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	301	GCATTAATGAATTCTCTATTTCAGCACAACACTGAGATGAAGGCGAAGTC	350

C  BX539349.17	1650	ACCATGAAAAGTTAAACGTTTACCGTTAAGGTAAGCTCTGGTCTTCACAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	351	ACCATGAAAAGTTAAACGTTTACCGTTAAGGTAAGCTCTGGTCTTCACAT	400

C  BX539349.17	1600	AGTCATTTTGACTAAGCTATCATTATGGTAAAATTTTTCAACTGTAAGTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	401	AGTCATTTTGACTAAGCTATCATTATGGTAAAATTTTTCAACTGTAAGTT	450

C  BX539349.17	1550	AGTTATTTAAACTAAACTCATAATGAAATGAGTCTTAACTGTTTTATTAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	451	AGTTATTTAAACTAAACTCATAATGAAATGAGTCTTAACTGTTTTATTAA	500

C  BX539349.17	1500	ATGGAGCTGAAAATTAAATGCAGTTGAATTATTTTAAGCTAACGTTAATA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	501	ATGGAGCTGAAAATTAAATGCAGTTGAATTATTTTAAGCTAACGTTAATA	550

C  BX539349.17	1450	TTAACAAAATACATATTAATTGTCTATTTCTCAATAATGTTAATGAGCTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	551	TTAACAAAATACATATTAATTGTCTATTTCTCAATAATGTTAATGAGCTT	600

C  BX539349.17	1400	GATGTATAGTGTGTCATTAATTGTACATTTAATTTTTGGTGTTCAGGTGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	601	GATGTATAGTGTGTCATTAATTGTACATTTAATTTTTGGTGTTCAGGTGT	650

C  BX539349.17	1350	ACCTGAGGTGAGTGTACGTTCTGAGTACACAGATATAAGCCAAAGTCATT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	651	ACCTGAGGTGAGTGTACGTTCTGAGTACACAGATATAAGCCAAAGTCATT	700

C  BX539349.17	1300	ATCAC--TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1253
			|||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	701	ATCACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	750

C  BX539349.17	1252	ATATATATATATATATATCCATCCTATTCTAAGTGAAATTGATGGGGTCA	1203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	751	ATATATATATATATATATCCATCCTATTCTAAGTGAAATTGATGGGGTCA	800

C  BX539349.17	1202	GGGAATGATTTGTGTACAAATGTATTTTAACCCCATACAGATTGGTATGG	1153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	801	GGGAATGATTTGTGTACAAATGTATTTTAACCCCATACAGATTGGTATGG	850

C  BX539349.17	1152	TTGTACCATAGATTTAGATTAATGTTAAGTCTTATTTTACTCTTATTATA	1103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	851	TTGTACCATAGATTTAGATTAATGTTAAGTCTTATTTTACTCTTATTATA	900

C  BX539349.17	1102	TTTATCTGTTTTTCAGCTACAGTAATTGATGTTGAAAAAACTGATGCAAC	1053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	901	TTTATCTGTTTTTCAGCTACAGTAATTGATGTTGAAAAAACTGATGCAAC	950

C  BX539349.17	1052	CAATCACTCCTCACTTGATTATTCAAGGTAATGTTGATGTCTTCCTCATT	1003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	951	CAATCACTCCTCACTTGATTATTCAAGGTAATGTTGATGTCTTCCTCATT	1000

C  BX539349.17	1002	TTGATTAGATTTTTAAATGTCAAGTTGTTCACAGATTTGTTGTGAGGAGT	953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1001	TTGATTAGATTTTTAAATGTCAAGTTGTTCACAGATTTGTTGTGAGGAGT	1050

C  BX539349.17	952	TTCATGTACAACCTCTTTTTCTTCTTCCAGCAGTTCCTAAGATAAAAAAA	903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1051	TTCATGTACAACCTCTTTTTCTTCTTCCAGCAGTTCCTAAGATAAAAAAA	1100

C  BX539349.17	902	TCTGGTGTTAAAACAGCCACAGCTATGCTATTTGCCTACACAGTGCTGAG	853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1101	TCTGGTGTTAAAACAGCCACAGCTATGCTATTTGCCTACACAGTGCTGAG	1150

C  BX539349.17	852	TAAATATTAGACAAACGTTTTTTTCTATAACTGTTGTCTTTGTGTTTATT	803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1151	TAAATATTAGACAAACGTTTTTTTCTATAACTGTTGTCTTTGTGTTTATT	1200

C  BX539349.17	802	AGCAATTTTACTGGGCGTATGTGTTTTTTTTTTTTTCAAACAGCCTGGAA	753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1201	AGCAATTTTACTGGGCGTATGTGTTTTTTTTTTTTTCAAACAGCCTGGAA	1250

C  BX539349.17	752	ACTGTAAGTTTAGTTCAATATGTTATTTTATGCTATTCATTTTTGTGTTA	703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1251	ACTGTAAGTTTAGTTCAATATGTTATTTTATGCTATTCATTTTTGTGTTA	1300

C  BX539349.17	702	ACATGGATTGCATGTTGAAGCTATCGTTTTATAGTGGGAAAATGTAAAAC	653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1301	ACATGGATTGCATGTTGAAGCTATCGTTTTATAGTGGGAAAATGTAAAAC	1350

C  BX539349.17	652	AGAATCACTGAATACAATGGCATAATGATTCTGCTTGTTCAAAGAAGGTA	603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1351	AGAATCACTGAATACAATGGCATAATGATTCTGCTTGTTCAAAGAAGGTA	1400

C  BX539349.17	602	CTTGATTTAGTTTTCCTCAAGCGACACATCAGTTTTTATGACTATTGCTT	553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1401	CTTGATTTAGTTTTCCTCAAGCGACACATCAGTTTTTATGACTATTGCTT	1450

C  BX539349.17	552	GACACTTGAATTGAAGGGACAGTTCACCCCAAAATGAAAATAATAGCATC	503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1451	GACACTTGAATTGAAGGGACAGTTCACCCCAAAATGAAAATAATAGCATC	1500

C  BX539349.17	502	TTTGGCATCCTCCACTTGTTTCAAAATAGTTATACATTTAATTTGTTCCG	453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1501	TTTGGCATCCTCCACTTGTTTCAAAATAGTTATACATTTAATTTGTTCCG	1550

C  BX539349.17	452	TTGAACACAAACTCGTATTTTTTAAAGAAATTTGGTTCAAATATGGATGT	403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1551	TTGAACACAAACTCGTATTTTTTAAAGAAATTTGGTTCAAATATGGATGT	1600

C  BX539349.17	402	CAATAGTTACTGGTTACTAACATTCTTCAAAATATCTGCTTTAGTGTTCA	353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1601	CAATAGTTACTGGTTACTAACATTCTTCAAAATATCTGCTTTAGTGTTCA	1650

C  BX539349.17	352	ACAGAAATTTAAATGATTTAAAACACGTGGAGTAATGGTGGCAAAAAAGT	303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1651	ACAGAAATTTAAATGATTTAAAACACGTGGAGTAATGGTGGCAAAAAAGT	1700

C  BX539349.17	302	AAACTATCCTTTTAAATATTTTATTCTGAGACTTATTCATATATGTCTTG	253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1701	AAACTATCCTTTTAAATATTTTATTCTGAGACTTATTCATATATGTCTTG	1750

C  BX539349.17	252	TCTTTTGCCATATTGTCTTTCTAGCTCAGATTGTGATGAACCTGGAATGT	203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1751	TCTTTTGCCATATTGTCTTTCTAGCTCAGATTGTGATGAACCTGGAATGT	1800

C  BX539349.17	202	GACACCAGTTAGTCTTAAGACAAGAACCGAATAAAGCACAGATGTGGAGG	153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1801	GACACCAGTTAGTCTTAAGACAAGAACCGAATAAAGCACAGATGTGGAGG	1850

C  BX539349.17	152	GATTTGCAGCCAAACTTACTGGAGGGAAGGAACCTTTAGGTAAAAGCACC	103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1851	GATTTGCAGCCAAACTTACTGGAGGGAAGGAACCTTTAGGTAAAAGCACC	1900

C  BX539349.17	102	TGCTTTATTTAGATCTGAAGTATTTTATTTGACTTAGAGATTTATTGTTT	53
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1901	TGCTTTATTTAGATCTGAAGTATTTTATTTGACTTAGAGATTTATTGTTT	1950

C  BX539349.17	52	TAATTCTAATTTAAAGCAAACAAGGTTGAGCACCCCTGGTCTAAAAGCTC	3
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	1951	TAATTCTAATTTAAAGCAAACAAGGTTGAGCACCCCTGGTCTAAAAGCTC	2000

C  BX539349.17	2	AA	1
			||
  AL772132.6	2001	AA	2002

Compact alignment

skip 700 bps 100% identity alignment

C  BX539349.17	1300	ATCAC--TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1253
			|||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772132.6	701	ATCACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	750

skip 1252 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX539349.17 - 140881 bps
Hit
AL772132.6 - 205802 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.91876200012000-1120021
294.844505413111631656137956384971
381.991373351524715581140773411051
41007499102152102250144062441601
580972811022810508-151094513831
678.281073553168032034-199165995141
786.451602731354813820-199170994421
878.32103351123960124310-199170995151
994.3355271112132412203411014021021241
1099.049810412209412219711021261022291
1185.07861962661226807-11050091052091
1282.87157353105157105509-11143051146661
1383.331242881529415581-11143311146181
1494.7169287212132612219711245551254421
1579.561293736431764689-11596471600131
161007710410215210225511633611634641
1784.13113244102841052711689091691601
1890.0872121266872680711826761827961
1984.11167342540915443211863411866861
2083.3411023710789210812812035902038231
Short-link