<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847960.14	1	TGCATCTTCTCCTTTAAAGTTCACACTTCGCAAGTTTGATATGGAAAGAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185366	TGCATCTTCTCCTTTAAAGTTCACACTTCGCAAGTTTGATATGGAAAGAC	185415

CR847960.14	51	ACGTCAGGTAAACCTTTAATGGGATCAGTGTACTTTATAACCTCATTCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185416	ACGTCAGGTAAACCTTTAATGGGATCAGTGTACTTTATAACCTCATTCAC	185465

CR847960.14	101	ATCACCCTGACTATGTTATTTCACTTTCTTAACAATAAAATGAAAACATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185466	ATCACCCTGACTATGTTATTTCACTTTCTTAACAATAAAATGAAAACATA	185515

CR847960.14	151	ATACAAGGAACTGCCTATTTTCATCTTGATATTAGCAACTTAACAGACGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185516	ATACAAGGAACTGCCTATTTTCATCTTGATATTAGCAACTTAACAGACGC	185565

CR847960.14	201	CAAAAATGTTGAGGCGTCGTGTAGCTATATATTTATATGATCGTCATCTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185566	CAAAAATGTTGAGGCGTCGTGTAGCTATATATTTATATGATCGTCATCTT	185615

CR847960.14	251	TACTGTATGCATATTTATAACAAAACGCACCCTATAATATAACAGCTTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185616	TACTGTATGCATATTTATAACAAAACGCACCCTATAATATAACAGCTTTC	185665

CR847960.14	301	TTTCATTCTCATTGAAAATACTAAATAATAAATACTAACACACTTGTTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185666	TTTCATTCTCATTGAAAATACTAAATAATAAATACTAACACACTTGTTCA	185715

CR847960.14	351	TGTGATGTGCATTTTCAGCGTTTTAGTGTATACGAAGAGTTGTTCAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185716	TGTGATGTGCATTTTCAGCGTTTTAGTGTATACGAAGAGTTGTTCAAAAA	185765

CR847960.14	401	CGTTAGATAAAACAGCAGTGTGGACGCAGATCTTTTCATTCTAAAACACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185766	CGTTAGATAAAACAGCAGTGTGGACGCAGATCTTTTCATTCTAAAACACC	185815

CR847960.14	451	ATTTTAAAACAAATAGGTGTAAACAGGGCCTAATACTATGACACACAGAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185816	ATTTTAAAACAAATAGGTGTAAACAGGGCCTAATACTATGACACACAGAC	185865

CR847960.14	501	GGCAGTCACACATTTGCTCTGGGCGGGGAAAATCAAATAATGCATACATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185866	GGCAGTCACACATTTGCTCTGGGCGGGGAAAATCAAATAATGCATACATA	185915

CR847960.14	551	TTTCAAATCACAGCCTTTAGCGATTAGCAAATCACAATGCTTCAAATTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185916	TTTCAAATCACAGCCTTTAGCGATTAGCAAATCACAATGCTTCAAATTGC	185965

CR847960.14	601	AATTGCGATTCGATTTCGATTAATTCCTCAGCCCTACCATGGATGTTATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	185966	AATTGCGATTCGATTTCGATTAATTCCTCAGCCCTACCATGGATGTTATC	186015

CR847960.14	651	TTCTTTCGGGTTGTACAGTAGGATTACAAAATAAGATTGCTTAGCTTGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186016	TTCTTTCGGGTTGTACAGTAGGATTACAAAATAAGATTGCTTAGCTTGAA	186065

CR847960.14	701	ACGTTCCATTCTTGTACAGTTTTTCAGGCCTTAGCTGAACTTCAGCTATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186066	ACGTTCCATTCTTGTACAGTTTTTCAGGCCTTAGCTGAACTTCAGCTATG	186115

CR847960.14	751	CAGATAAACCCACAGACTCTTTGTTATGTAAAACTCACTTAACTACATCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186116	CAGATAAACCCACAGACTCTTTGTTATGTAAAACTCACTTAACTACATCA	186165

CR847960.14	801	TGGGTTTTTTTTTTTGCTCTAGACAACACACATTACACACTCCTGGAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186166	TGGGTTTTTTTTTTTGCTCTAGACAACACACATTACACACTCCTGGAAAA	186215

CR847960.14	851	ATGACATGGGAAACAAAGCCTCATGTCCTTTACATGGCTCATTCTTCCGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186216	ATGACATGGGAAACAAAGCCTCATGTCCTTTACATGGCTCATTCTTCCGG	186265

CR847960.14	901	CTGACGCCTCCAGCTCGTTTGCTCATGTCAGGGTGTTAGATTCCATCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186266	CTGACGCCTCCAGCTCGTTTGCTCATGTCAGGGTGTTAGATTCCATCATT	186315

CR847960.14	951	TGCACTCGAGACCGACGACGATCACCTTCCTCTACACGGCAATTAACATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186316	TGCACTCGAGACCGACGACGATCACCTTCCTCTACACGGCAATTAACATA	186365

CR847960.14	1001	CATGGCTTGCTAATGTTAGTGATTAAGACAGAGGCAGACGCTGATTAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186366	CATGGCTTGCTAATGTTAGTGATTAAGACAGAGGCAGACGCTGATTAAAA	186415

CR847960.14	1051	TATTTCCCCTTGATTTGCCAACGGTAAACAACTTCCTGAAGACCAAGGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186416	TATTTCCCCTTGATTTGCCAACGGTAAACAACTTCCTGAAGACCAAGGTT	186465

CR847960.14	1101	GATGAACGTGGCGCTGCAATCAAGCTGCGACAGGCAGAGAGTGAAAAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186466	GATGAACGTGGCGCTGCAATCAAGCTGCGACAGGCAGAGAGTGAAAAAAA	186515

CR847960.14	1151	AAATGACTCGGAGGAGCTAAAAAGAGCAAGAGAGAAATAAGGACTGAAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186516	AAATGACTCGGAGGAGCTAAAAAGAGCAAGAGAGAAATAAGGACTGAAGG	186565

CR847960.14	1201	TTGGGGGAGTCCAATTTTCTTTCTTCACCCTCCGTGCCTCTCTCTCTCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186566	TTGGGGGAGTCCAATTTTCTTTCTTCACCCTCCGTGCCTCTCTCTCTCTT	186615

CR847960.14	1251	TTTTTCCTCCCGAAAGAAAAGAACTCTGACTACTTAATTGGAGGAATCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186616	TTTTTCCTCCCGAAAGAAAAGAACTCTGACTACTTAATTGGAGGAATCAA	186665

CR847960.14	1301	ATTTAGTCAAGCACCCTGTTGGCTCAGACCTACATCATTAAAGTTGCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186666	ATTTAGTCAAGCACCCTGTTGGCTCAGACCTACATCATTAAAGTTGCCAG	186715

CR847960.14	1351	CTAACAAACATCAAAAAACCAGGCAGCATTAATGAGGCAGATGTATTAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186716	CTAACAAACATCAAAAAACCAGGCAGCATTAATGAGGCAGATGTATTAAT	186765

CR847960.14	1401	TTCCCATTTATGAGCAGCTAAGCAACTCTCCTCCACCTCTCCCTCTCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186766	TTCCCATTTATGAGCAGCTAAGCAACTCTCCTCCACCTCTCCCTCTCTCT	186815

CR847960.14	1451	CTCTTCTCTCGTTCTCCCTCTTTCATTCTGACAGAACTATTAATGATCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186816	CTCTTCTCTCGTTCTCCCTCTTTCATTCTGACAGAACTATTAATGATCTT	186865

CR847960.14	1501	TAATGCCCCACAGGCAGTAATAGGCCCCACTGGGAGAGCAGAAATACAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186866	TAATGCCCCACAGGCAGTAATAGGCCCCACTGGGAGAGCAGAAATACAGC	186915

CR847960.14	1551	GATTTGTATGGAGGATTTAGACATAACGGGGGAGAGCGATGGGGAGAGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186916	GATTTGTATGGAGGATTTAGACATAACGGGGGAGAGCGATGGGGAGAGAG	186965

CR847960.14	1601	AAACAGAGCGGCGTGCGATCGCTCCTGGGAGAGAGCGTTTGATCAGGCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	186966	AAACAGAGCGGCGTGCGATCGCTCCTGGGAGAGAGCGTTTGATCAGGCTG	187015

CR847960.14	1651	CAGTCTCTCCGAGGAGTTCGGCCCAGCGCTGGGACGGAATAATAAACGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187016	CAGTCTCTCCGAGGAGTTCGGCCCAGCGCTGGGACGGAATAATAAACGAC	187065

CR847960.14	1701	GGGATGCAGATGAAATCAAACCGGCTGTTCGGAGACAGACAGAAAGAGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187066	GGGATGCAGATGAAATCAAACCGGCTGTTCGGAGACAGACAGAAAGAGAA	187115

CR847960.14	1751	AGAGAGAGAAAGAGAAAGTCAGCCAGTCTCTGATTGTCGCTAACAACCGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187116	AGAGAGAGAAAGAGAAAGTCAGCCAGTCTCTGATTGTCGCTAACAACCGA	187165

CR847960.14	1801	CAGCTTTTAACATAAGCACCTCTAGGGGTGACGGAACCAGACAAATGTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187166	CAGCTTTTAACATAAGCACCTCTAGGGGTGACGGAACCAGACAAATGTAG	187215

CR847960.14	1851	AAGATGGGACCAGAGGGAAGAAAATACTGTCGTCAAAGACAATTAAATAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187216	AAGATGGGACCAGAGGGAAGAAAATACTGTCGTCAAAGACAATTAAATAA	187265

CR847960.14	1901	GTCTGAAACATAGGTGTTACTGGAGTTCAAGAAGTCTTAAAGGGATAGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187266	GTCTGAAACATAGGTGTTACTGGAGTTCAAGAAGTCTTAAAGGGATAGTT	187315

CR847960.14	1951	CATTCAAAACTGAAAATTCGGTCTTCATTTACTCATATTTTAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732562.8	187316	CATTCAAAACTGAAAATTCGGTCTTCATTTACTCATATTTTAAAGAATTC	187365

Overview

Query
CR847960.14 - 216655 bps
Hit
AL732562.8 - 187365 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197220001200011853661873651
288.831412276900169227-132274324971
384.781533091367513983132274325951
485.221322725147551746132274325571
581.32136336145941146276165058653891
682.77135302207398207699165115654101
784.591472982152321820165120654111
885.221502906314063429-186674869571
985.951592931367013962186674869721
1087.611312286900169228-186678868951
1183.21119266189083189348-186764870251
1285.89132249215752182311118181120651
1386.94124225690016922511118411120621
1491.122203042151221815-11225891228921
1594.491792206900169220-11225891228061
1686.11148274136861395911225931228801
1791.11125176189173189348-11226671228461
1884.331754217347776711229621233821
1995.14114144875038764611229621231051
2090.0912620112277112297111229621231631
2186.672223982439924796-11758441762481
2285.91312402363923878-11768041770441
Short-link