<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

AL645606.22	1	GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTGATTTGATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89357	GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTGATTTGATT	89406

AL645606.22	51	TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89407	TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC	89456

AL645606.22	101	CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89457	CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT	89506

AL645606.22	151	TTTTGTCCTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89507	TTTTGTCCTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA	89556

AL645606.22	201	TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTACAGAGCAAGCCATTGCTGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89557	TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTACAGAGCAAGCCATTGCTGTT	89606

AL645606.22	251	CTGTTCAGGAATCTTTCCCCTGTACCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89607	CTGTTCAGGAATCTTTCCCCTGTACCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC	89656

AL645606.22	301	TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89657	TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGA	89706

AL645606.22	351	TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89707	TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGC	89756

AL645606.22	401	ATTCTTCTACATGATAACAACCAGTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89757	ATTCTTCTACATGATAACAACCAGTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAAT	89806

AL645606.22	451	GCTGTCTTTCTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCGAAGATCAAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89807	GCTGTCTTTCTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCGAAGATCAAGT	89856

AL645606.22	501	GACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89857	GACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGG	89906

AL645606.22	551	TCTACTTGTCTGTCTCTATACCAGTACCATGCAGTTTTTATCACAATTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89907	TCTACTTGTCTGTCTCTATACCAGTACCATGCAGTTTTTATCACAATTGC	89956

AL645606.22	601	CCTGTAGTAAAGCTTTAGGTCAGGCATGGTGATTCCACCAGAGGTTCTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	89957	CCTGTAGTAAAGCTTTAGGTCAGGCATGGTGATTCCACCAGAGGTTCTTT	90006

AL645606.22	651	TATCCTTGAGAAGAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90007	TATCCTTGAGAAGAGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATG	90056

AL645606.22	701	AATTTGCAAATTGCTCCTTCTAATTCGTTGAAGAATTGAGTTGGAATTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90057	AATTTGCAAATTGCTCCTTCTAATTCGTTGAAGAATTGAGTTGGAATTTT	90106

AL645606.22	751	GATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90107	GATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTT	90156

AL645606.22	801	TTACAATGTTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90157	TTACAATGTTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTT	90206

AL645606.22	851	CTGAGATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGATTTGAAGTTTTTATCATA	900
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL732462.20	90207	CTGAGATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTTTTATCATA	90256

AL645606.22	901	CAGATCTTTCACCTCCTTAGTTAGAGTCACGCCAAGATATTTTATATTAT	950
			||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL732462.20	90257	CAGATCTTTTACTTCCTTAGTTAGAGTCACGCCGAGATATTTTATATTAT	90306

AL645606.22	951	TTGTGACTATTGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGT	1000
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90307	TTGTGACTATTGAGAACGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGT	90356

AL645606.22	1001	TTATTCTTTGTGTAGAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90357	TTATTCTTTGTGTAGAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATA	90406

AL645606.22	1051	TCCAGCTACTTCACCAAAGCTGTTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90407	TCCAGCTACTTCACCAAAGCTGTTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTGG	90456

AL645606.22	1101	AATTTTTAGGGTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90457	AATTTTTAGGGTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGAT	90506

AL645606.22	1151	ATTTTGACTTCCTCTTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90507	ATTTTGACTTCCTCTTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTG	90556

AL645606.22	1201	TCGAATTGCTCTGGCTAATACTTCAAGTACTATGTTGAAAAGGTAGGGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90557	TCGAATTGCTCTGGCTAATACTTCAAGTACTATGTTGAAAAGGTAGGGAG	90606

AL645606.22	1251	AAAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90607	AAAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGC	90656

AL645606.22	1301	TTCTCTCCATTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90657	TTCTCTCCATTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTT	90706

AL645606.22	1351	TATTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAAACTTTTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90707	TATTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAAACTTTTA	90756

AL645606.22	1401	TCATGAATGGGTGTTGGATCTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTAACGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90757	TCATGAATGGGTGTTGGATCTTGTCAAATGCTTTTTCTGCATCTAACGAG	90806

AL645606.22	1451	ATGATCATGTGGTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATAATGGATTACATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90807	ATGATCATGTGGTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATATAATGGATTACATT	90856

AL645606.22	1501	GATGGATTTTCGTATATTAAACCATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90857	GATGGATTTTCGTATATTAAACCATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTA	90906

AL645606.22	1551	CTTGGTCAGGATGGATGATTTCTTTAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90907	CTTGGTCAGGATGGATGATTTCTTTAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCG	90956

AL645606.22	1601	AGAATTTTATTAAGGATTTTTGCATCGATATTCATAAGAGAAATTGGTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90957	AGAATTTTATTAAGGATTTTTGCATCGATATTCATAAGAGAAATTGGTCT	91006

AL645606.22	1651	GAAGTTCTCTATCTTTGTTGGATCTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91007	GAAGTTCTCTATCTTTGTTGGATCTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAA	91056

AL645606.22	1701	TAGTGGCTTCATAAAATGAGTTGGGTAGAGTACCTTCTACTTCTATCTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91057	TAGTGGCTTCATAAAATGAGTTGGGTAGAGTACCTTCTACTTCTATCTTG	91106

AL645606.22	1751	TGAAATAGTTTGTGCAGAACTGGAATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91107	TGAAATAGTTTGTGCAGAACTGGAATTAGATCTTCTTTGAAGGTCTGATA	91156

AL645606.22	1801	GAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGGTTGGGAGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91157	GAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGGTTGGGAGAC	91206

AL645606.22	1851	TATTAATAACTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATGGGACTGTTTAGAAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91207	TATTAATAACTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATGGGACTGTTTAGAAGG	91256

AL645606.22	1901	TCAACTTGATCCTGATTCAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCCAGAAATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91257	TCAACTTGATCCTGATTCAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCCAGAAATTT	91306

AL645606.22	1951	GTCCATTTCATCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAAGCTTTTGTAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	91307	GTCCATTTCATCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAAGCTTTTGTAGA	91356

Compact alignment

skip 850 bps 100% identity alignment

AL645606.22	851	CTGAGATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGATTTGAAGTTTTTATCATA	900
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL732462.20	90207	CTGAGATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTTTTATCATA	90256

AL645606.22	901	CAGATCTTTCACCTCCTTAGTTAGAGTCACGCCAAGATATTTTATATTAT	950
			||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL732462.20	90257	CAGATCTTTTACTTCCTTAGTTAGAGTCACGCCGAGATATTTTATATTAT	90306

AL645606.22	951	TTGTGACTATTGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGT	1000
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL732462.20	90307	TTGTGACTATTGAGAACGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGT	90356

skip 1000 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645606.22 - 193458 bps
Hit
AL732462.20 - 91356 bps
Total alignments
50
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.751902200012000189357913561
282.286116653613537781819683531
382.88521225712757248-1820483141
487.151041795533855516133008331861
590.182763966601366408147146475421
688.672583969378394178147146475421
790.68282396160749161144147146475421
889.422673963111231507-147146475421
990.282733903932439713-147152475421
1089.81021653967939843147777479331
1185.35811674311043276-147777479331
1291.141101606589466053-147777479341
1392.76111153160632160784-147782479331
1493.28921216632166441147933480511
1592.44891219409194211147933480511
1694.12951213107931199-147933480511
1791.2548803919839277-148049481281
1810033502973829787157137571861
1988.325028069350794312-162817636201
2089.73533798160473161270-162822636201
2189.645237843100031783162839636201
2291.555687883921540002162839636201
2390.285387846573766520-162839636201
2493.896548364212142956163618644521
2594.376668366490765742163618644521
2693.536458369267793512163618644521
2792.142603701370-163618639861
2894.256638363177832613-163618644521
2994.325476863999740682-163766644521
3094.46339416160063160478164038644521
3185.3992175159218159392-164503646731
3283.33881963099631191165390655871
3381.82791966632966524-165390655871
3481.31751969409994294-165390655871
3588.511041765360553780-166097662701
3692.94136517944195043743171945737281
3796.33156218036473666538171945737461
3899.06171418109250694315171945737531
3999.455125411541-171945724851
4095.84153618043098132784-171945737471
4191.92107014763921040685-172261737331
4291.378651215160063161277172537737521
4310043578622086276178297783531
441003952152645152696178297783481
4599.7315632899104794335-188068913561
4696.68285132793096534243188078913561
4791.288641215160063161277-188090893051
4896.91286632666327766542-188091913561
4991.78106814883919840685188097895811
5093.44235630604068443743-188113911621
Short-link