<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL844606.4	1	TGTATATTACTTTTATCATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	106931	TGTATATTACTTTTATCATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTT	106980

AL844606.4	51	TCCAAGTCTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	106981	TCCAAGTCTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTC	107030

AL844606.4	101	CGCATCTAATGAGATAATCATGTGTTTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107031	CGCATCTAATGAGATAATCATGTGTTTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATA	107080

AL844606.4	151	TAATGGATTACATTGATGGATTTCCGTATATTAAACCATCCCTGCATCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107081	TAATGGATTACATTGATGGATTTCCGTATATTAAACCATCCCTGCATCCC	107130

AL844606.4	201	TGGAATGAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTGTTTTGATGTTTTTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107131	TGGAATGAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGATTGTTTTGATGTTTTTTT	107180

AL844606.4	251	GGATTCGGTTAGGGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCATCAATATTCATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107181	GGATTCGGTTAGGGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCATCAATATTCATA	107230

AL844606.4	301	AGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTATCTTTGTTGGGTCTTTCTGGGGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107231	AGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTATCTTTGTTGGGTCTTTCTGGGGTTT	107280

AL844606.4	351	AGGTGTCAGAGTAATTGTGGCTTCAAAGAATGAATTGGGTAGGGTATCTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107281	AGGTGTCAGAGTAATTGTGGCTTCAAAGAATGAATTGGGTAGGGTATCTT	107330

AL844606.4	401	CTGCTTCTATTTTGTGGAATAGTTTGTGAAGAACTAGAATTATATTTTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107331	CTGCTTCTATTTTGTGGAATAGTTTGTGAAGAACTAGAATTATATTTTCT	107380

AL844606.4	451	TTGATGGTCTGAAAGAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107381	TTGATGGTCTGAAAGAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTT	107430

AL844606.4	501	TTTGGTTGGGAGATATTAATATCTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107431	TTTGGTTGGGAGATATTAATATCTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATAGA	107480

AL844606.4	551	AATGTTTAGATCATTAACTTGATCCTGATTTAACTTTGGTATCTGTCTAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107481	AATGTTTAGATCATTAACTTGATCCTGATTTAACTTTGGTATCTGTCTAG	107530

AL844606.4	601	AAATTTGTCCATTTCATCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107531	AAATTTGTCCATTTCATCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTT	107580

AL844606.4	651	TTTAGAAGGATCTGATGGTGTTTTGGATTTCTTCAGTATCTGTTGTTATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107581	TTTAGAAGGATCTGATGGTGTTTTGGATTTCTTCAGTATCTGTTGTTATG	107630

AL844606.4	701	TCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTCCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107631	TCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTCCTC	107680

AL844606.4	751	TCTAGTGAGTCTGATGTATGCAGTCTTAACCAACAAGGCATCCCTTCAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107681	TCTAGTGAGTCTGATGTATGCAGTCTTAACCAACAAGGCATCCCTTCAGC	107730

AL844606.4	801	TCCTTTGCTTGTTTATCATGGGAGCTTCCTGTCATTAGTCTTACAACAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107731	TCCTTTGCTTGTTTATCATGGGAGCTTCCTGTCATTAGTCTTACAACAGT	107780

AL844606.4	851	GTCACCTGTCCTCATCATGTGCCTGACACAAACATACATCTGAAAATCCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107781	GTCACCTGTCCTCATCATGTGCCTGACACAAACATACATCTGAAAATCCT	107830

AL844606.4	901	ATATTAAAGGCAGAATCGTGGAATAAACTGAATTTTGCAAAATCTTTAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107831	ATATTAAAGGCAGAATCGTGGAATAAACTGAATTTTGCAAAATCTTTAAC	107880

AL844606.4	951	CCATTTCTGGAATAGCCTGCATCTTTCTCTTCTTTCCCCGTGCCAAAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107881	CCATTTCTGGAATAGCCTGCATCTTTCTCTTCTTTCCCCGTGCCAAAACT	107930

AL844606.4	1001	TATGAAAATTTACCCCTTATATTAAAATATCTTCATAAACAAATCCAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107931	TATGAAAATTTACCCCTTATATTAAAATATCTTCATAAACAAATCCAAAG	107980

AL844606.4	1051	TTTTAGTGATATGATTTTCGTGATCCCTTAGAAAATCTTTACCTGATCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	107981	TTTTAGTGATATGATTTTCGTGATCCCTTAGAAAATCTTTACCTGATCTT	108030

AL844606.4	1101	GAGTATGGACTTTTACATTTATAAGTGTTCTCTCTATTCCATACTTTATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108031	GAGTATGGACTTTTACATTTATAAGTGTTCTCTCTATTCCATACTTTATC	108080

AL844606.4	1151	TCATTTTGAATGCTTCTTTGATGGTGTCAAGGACCTAGAAAACATTGGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108081	TCATTTTGAATGCTTCTTTGATGGTGTCAAGGACCTAGAAAACATTGGCC	108130

AL844606.4	1201	AATGGTCTCCACATACTCTGTCTCTGAAACCTTCCCATCCTTCAGATGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108131	AATGGTCTCCACATACTCTGTCTCTGAAACCTTCCCATCCTTCAGATGAT	108180

AL844606.4	1251	ATTCAGAGCTATAATCCCAAATGTAGCATGCATGGCACATGTCCTATCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108181	ATTCAGAGCTATAATCCCAAATGTAGCATGCATGGCACATGTCCTATCAG	108230

AL844606.4	1301	ATACATAATAAGCTGTGTAGAACTAAAGCATTCTCAACTAAAAGTCCTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108231	ATACATAATAAGCTGTGTAGAACTAAAGCATTCTCAACTAAAAGTCCTCA	108280

AL844606.4	1351	TAAAACATAACTGAATAAATAAATAGAAAAAATCTGAAACTATATGTATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108281	TAAAACATAACTGAATAAATAAATAGAAAAAATCTGAAACTATATGTATT	108330

AL844606.4	1401	TTATAGAATCTTAAAAAATATATGATCAATAAGAGAACTCTAGGGTTTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108331	TTATAGAATCTTAAAAAATATATGATCAATAAGAGAACTCTAGGGTTTTC	108380

AL844606.4	1451	CCAAGATAGAGAGCAGCCAATCATCTACAAATCACTATTTTAAGAACTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108381	CCAAGATAGAGAGCAGCCAATCATCTACAAATCACTATTTTAAGAACTGC	108430

AL844606.4	1501	TCAAGAAATAATGTAAAACTTATATATGCCAAATGCTCAAAGCTATAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108431	TCAAGAAATAATGTAAAACTTATATATGCCAAATGCTCAAAGCTATAAAA	108480

AL844606.4	1551	AATTTAAATTCAGAATCATAAAAACATGTGAAATATAATTTCAGCAATAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108481	AATTTAAATTCAGAATCATAAAAACATGTGAAATATAATTTCAGCAATAG	108530

AL844606.4	1601	AATTAAACAAAAATACCAGGGCTCAGAGAGAGTATCATAGTTCTGAAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108531	AATTAAACAAAAATACCAGGGCTCAGAGAGAGTATCATAGTTCTGAAAAC	108580

AL844606.4	1651	TGTAATGTAATACATATTTTTATGTATTTTATACATAATATATATCATAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108581	TGTAATGTAATACATATTTTTATGTATTTTATACATAATATATATCATAT	108630

AL844606.4	1701	GCCTCAAATATATTATTTATATTAAATGTATATTTAAATACATTATTTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108631	GCCTCAAATATATTATTTATATTAAATGTATATTTAAATACATTATTTAT	108680

AL844606.4	1751	TCATATGTATTTTATTATTTACATTTATATTATATTAAAATATATACTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108681	TCATATGTATTTTATTATTTACATTTATATTATATTAAAATATATACTAT	108730

AL844606.4	1801	ACTATATGTATATACACATACATGTGTATTCAGATGCAAATTAGGGAACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108731	ACTATATGTATATACACATACATGTGTATTCAGATGCAAATTAGGGAACA	108780

AL844606.4	1851	GTAAGATGGCTTCATGCTCAAAATGTTTGCCTCAATATCCTGGGGACCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108781	GTAAGATGGCTTCATGCTCAAAATGTTTGCCTCAATATCCTGGGGACCTC	108830

AL844606.4	1901	ACCTGGATTGCTAAAACCCATGTCAAGGTGGAAGGAGAGAACAAATACTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108831	ACCTGGATTGCTAAAACCCATGTCAAGGTGGAAGGAGAGAACAAATACTA	108880

AL844606.4	1951	TCAAATTAATCTCTGAACTCCCCAAGTATACCCTTCACAATCAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731657.18	108881	TCAAATTAATCTCTGAACTCCCCAAGTATACCCTTCACAATCAAGAATTC	108930

Overview

Query
AL844606.4 - 44576 bps
Hit
AL731657.18 - 108930 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link