<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL611944.10	1	GAATTCCAGGTACTTGTGTCTCAGAATAAAGCACTGAGCAAGATGCACAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40075	GAATTCCAGGTACTTGTGTCTCAGAATAAAGCACTGAGCAAGATGCACAG	40124

AL611944.10	51	TTGCAACAGAAGTAGACTATTAGGAAAAGGTACTGCAAAGGGAGGAAGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40125	TTGCAACAGAAGTAGACTATTAGGAAAAGGTACTGCAAAGGGAGGAAGTG	40174

AL611944.10	101	GTCCAAGTACGGAGAGGAACTTAGTAACTCAAACAGCCCCATCATATATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40175	GTCCAAGTACGGAGAGGAACTTAGTAACTCAAACAGCCCCATCATATATA	40224

AL611944.10	151	GAGTTGGGGTGGGGTGTGTCTCATGTTGCTTAGCTCAGAGTTTGGGCTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40225	GAGTTGGGGTGGGGTGTGTCTCATGTTGCTTAGCTCAGAGTTTGGGCTCA	40274

AL611944.10	201	TTTGCACAGAATGGGCTTTTCCAGCATGCTTTGTTACATGTAGTTCTACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40275	TTTGCACAGAATGGGCTTTTCCAGCATGCTTTGTTACATGTAGTTCTACA	40324

AL611944.10	251	TATAAACTCATGTGTCTCATAAACATCTTAAATTTGCACTCAGCCACAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40325	TATAAACTCATGTGTCTCATAAACATCTTAAATTTGCACTCAGCCACAAG	40374

AL611944.10	301	CACTTTAGTATTATAATAAGTCATAAGTCACCTTGGGACATTCTGTAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40375	CACTTTAGTATTATAATAAGTCATAAGTCACCTTGGGACATTCTGTAGGG	40424

AL611944.10	351	TTTCTGTGCCTGTTCCAATGGCTGCTTTTAGTGTAGTGTTGTAATAAATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40425	TTTCTGTGCCTGTTCCAATGGCTGCTTTTAGTGTAGTGTTGTAATAAATC	40474

AL611944.10	401	TCAAACCCCAATAAGCTCGTGCAAATAACACACAACTCAATTATAATATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40475	TCAAACCCCAATAAGCTCGTGCAAATAACACACAACTCAATTATAATATC	40524

AL611944.10	451	TATGAGCTGCACGCCTAGATTGGGCAGATATACCACTACACTACTCTATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40525	TATGAGCTGCACGCCTAGATTGGGCAGATATACCACTACACTACTCTATT	40574

AL611944.10	501	CCCCAGCTATGAGATCTACCTGTGGCTTCTCCATGTCACATGGTTCTGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40575	CCCCAGCTATGAGATCTACCTGTGGCTTCTCCATGTCACATGGTTCTGCT	40624

AL611944.10	551	ACAGCCTCCTTCCACTTCTTCTTCCTTTGTCTTCCTCTGCCTCCTCCATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40625	ACAGCCTCCTTCCACTTCTTCTTCCTTTGTCTTCCTCTGCCTCCTCCATC	40674

AL611944.10	601	TCCTTGTCTTGCCCTCCTCCTTCTTCTCTTGCCCTCTCTAAAACCTCCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40675	TCCTTGTCTTGCCCTCCTCCTTCTTCTCTTGCCCTCTCTAAAACCTCCAA	40724

AL611944.10	651	TCCCTACCCTTCCACTGCCCAATCAAAGGCTCTAGCCTTTATTTAACCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40725	TCCCTACCCTTCCACTGCCCAATCAAAGGCTCTAGCCTTTATTTAACCAG	40774

AL611944.10	701	TCAAAATGGAGAAAATGTTCACATGAAATCACGGGAGTATGTGATCCATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40775	TCAAAATGGAGAAAATGTTCACATGAAATCACGGGAGTATGTGATCCATT	40824

AL611944.10	751	CCTCCACTCTTCCTTGGGGCAGACCCTCTTGAGGAAGCAGAATTAGCATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40825	CCTCCACTCTTCCTTGGGGCAGACCCTCTTGAGGAAGCAGAATTAGCATC	40874

AL611944.10	801	AAAATACAAACAGTACCAAGTCAATCCACAACAGCTAGTTGAGAATCCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40875	AAAATACAAACAGTACCAAGTCAATCCACAACAGCTAGTTGAGAATCCTC	40924

AL611944.10	851	CATCCTTCCTTGCATTTGGCTGTCTTCCTATGCTAATGTAAATCTTTGGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40925	CATCCTTCCTTGCATTTGGCTGTCTTCCTATGCTAATGTAAATCTTTGGT	40974

AL611944.10	901	CAAGGTCTTTTGTAGCTTACTCTCAGCTTGGTCCCAAGTGCTCCACACTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	40975	CAAGGTCTTTTGTAGCTTACTCTCAGCTTGGTCCCAAGTGCTCCACACTA	41024

AL611944.10	951	AAATTGGCTCCGTCTTGAATAAAACAGACCAGGAATCCACAGGACAAAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41025	AAATTGGCTCCGTCTTGAATAAAACAGACCAGGAATCCACAGGACAAAGT	41074

AL611944.10	1001	CTGTAAGTCAAATGGTTCCAGTCACGAACACAGTCCAGAGCTCCCAAACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41075	CTGTAAGTCAAATGGTTCCAGTCACGAACACAGTCCAGAGCTCCCAAACA	41124

AL611944.10	1051	CGTGCCCCAGACTATACCACTCACAATATCCCATCCTGTTGAGACAGAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41125	CGTGCCCCAGACTATACCACTCACAATATCCCATCCTGTTGAGACAGAAT	41174

AL611944.10	1101	GGTTGAAAGATAGAGAGGTCTGTGCTCCAAGTTAGTCTACAGAGCCTCAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41175	GGTTGAAAGATAGAGAGGTCTGTGCTCCAAGTTAGTCTACAGAGCCTCAA	41224

AL611944.10	1151	TCTAAAGGCTTTGTTTATAGTTCAGGGAAAGGGGATGTCAATGCAAAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41225	TCTAAAGGCTTTGTTTATAGTTCAGGGAAAGGGGATGTCAATGCAAAAAA	41274

AL611944.10	1201	GACAGGTCTCACCTCAAAGGGAATAAGTTTATTCTACAGCCAAACTTGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41275	GACAGGTCTCACCTCAAAGGGAATAAGTTTATTCTACAGCCAAACTTGAG	41324

AL611944.10	1251	TGCTCAAGGCCTGGGAAACACGGAGCTCAGTTATCACAGGTTCCATGTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41325	TGCTCAAGGCCTGGGAAACACGGAGCTCAGTTATCACAGGTTCCATGTTC	41374

AL611944.10	1301	CCACCTGGAAAAAGTTTCAGGAAAGTTTTATAGTTGCAAAGAAACATAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41375	CCACCTGGAAAAAGTTTCAGGAAAGTTTTATAGTTGCAAAGAAACATAAA	41424

AL611944.10	1351	AATGAAGCTAACTTTAAAATACACTGATGGGTACATCAGAGAGGTGGTTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41425	AATGAAGCTAACTTTAAAATACACTGATGGGTACATCAGAGAGGTGGTTA	41474

AL611944.10	1401	AAATGCAGGGGGGGGGAGGGTGGACATCTTTCCTATAGATGCTATCTGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41475	AAATGCAGGGGGGGGGAGGGTGGACATCTTTCCTATAGATGCTATCTGAG	41524

AL611944.10	1451	GACACTCTAGCTTTTGCATTGGTGGAAGCCAGTCACCTGTTACATTAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41525	GACACTCTAGCTTTTGCATTGGTGGAAGCCAGTCACCTGTTACATTAATA	41574

AL611944.10	1501	GAATCCAATTTTTTTTTCTTTAGCCTCAGGATGTTAGCTTTGATTTGTAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41575	GAATCCAATTTTTTTTTCTTTAGCCTCAGGATGTTAGCTTTGATTTGTAG	41624

AL611944.10	1551	ATGGGCAGAGAATGCCTACGGAGGGGGCAAACGCTGGTCCAAGATGAGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41625	ATGGGCAGAGAATGCCTACGGAGGGGGCAAACGCTGGTCCAAGATGAGGT	41674

AL611944.10	1601	GAATTAGCCTCAGGAGCTGTAGCATCCAAAGCTCTCCACAGCACTGCAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41675	GAATTAGCCTCAGGAGCTGTAGCATCCAAAGCTCTCCACAGCACTGCAGT	41724

AL611944.10	1651	TGTGATCAGTCAGTCCCTGCAGGCACAGCTTCTTTCCAGGAATTCTCAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41725	TGTGATCAGTCAGTCCCTGCAGGCACAGCTTCTTTCCAGGAATTCTCAAA	41774

AL611944.10	1701	AATAAGTTATCTTTAGAGATGAATAATTAATCTTTCAGTCCGCAAAACTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41775	AATAAGTTATCTTTAGAGATGAATAATTAATCTTTCAGTCCGCAAAACTG	41824

AL611944.10	1751	AATGGTATGGCTATCGTGTTATCACAGGGAGGGGTCACCAAAAAAGAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41825	AATGGTATGGCTATCGTGTTATCACAGGGAGGGGTCACCAAAAAAGAGAA	41874

AL611944.10	1801	GCACTGGCTTAACAAATATTGCTAAATTAGCCTAGGAAGCCAGAACCACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41875	GCACTGGCTTAACAAATATTGCTAAATTAGCCTAGGAAGCCAGAACCACT	41924

AL611944.10	1851	GCTAAACTTTCCAGCTACACGAAAGTCGACTTCTCTCAGCTAGCTTTTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41925	GCTAAACTTTCCAGCTACACGAAAGTCGACTTCTCTCAGCTAGCTTTTAA	41974

AL611944.10	1901	ATGCAACCAAGAGAGGATTGAGGGAAGGGAAGGAAAATCCCAAATCAGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	41975	ATGCAACCAAGAGAGGATTGAGGGAAGGGAAGGAAAATCCCAAATCAGCT	42024

AL611944.10	1951	CAGATAGATCGCAAGGGGTGAGGCTCAGAGACTTTACAAAGGGCTAAATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL731649.8	42025	CAGATAGATCGCAAGGGGTGAGGCTCAGAGACTTTACAAAGGGCTAAATC	42074

Overview

Query
AL611944.10 - 194065 bps
Hit
AL731649.8 - 42074 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link