<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  AL645826.9	88949	AAGCTTTCTTCTTTTTTTTTACATATGACAAAATAAAGGGGGAAAATAAT	88900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24206	AAGCTTTCTTCTTTTTTTTTACATATGACAAAATAAAGGGGGAAAATAAT	24255

C  AL645826.9	88899	GATAATGGCTTAATAAAAAAAAATGTTGTTGTGCTGCTATCTAAATGTCT	88850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24256	GATAATGGCTTAATAAAAAAAAATGTTGTTGTGCTGCTATCTAAATGTCT	24305

C  AL645826.9	88849	CCTATTGGAAATGAACAACTGCCACAATACATACATCCTGAGAAGACCAG	88800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24306	CCTATTGGAAATGAACAACTGCCACAATACATACATCCTGAGAAGACCAG	24355

C  AL645826.9	88799	TGTTTAATGTGAACTCCCATGATTCCACACTCAGTCATTAATCTGTGCCT	88750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24356	TGTTTAATGTGAACTCCCATGATTCCACACTCAGTCATTAATCTGTGCCT	24405

C  AL645826.9	88749	TTGTTTGTTTTGAACACATGACCTCTATTAGTGTTTTAACATCTCATCGT	88700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24406	TTGTTTGTTTTGAACACATGACCTCTATTAGTGTTTTAACATCTCATCGT	24455

C  AL645826.9	88699	CTTGCAGTTTTTTATCTCTTCCTTTGGACAATTATATTTTGGAACAGTTT	88650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24456	CTTGCAGTTTTTTATCTCTTCCTTTGGACAATTATATTTTGGAACAGTTT	24505

C  AL645826.9	88649	CATCACAAAAAGAGTGTTGAAATGCACATGTAAAAGTAAAATATGACTGT	88600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24506	CATCACAAAAAGAGTGTTGAAATGCACATGTAAAAGTAAAATATGACTGT	24555

C  AL645826.9	88599	AATTTTTATTAGGAAGTTTGGCCAGAGGAGAAATGGTCATGCCCAACAGA	88550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24556	AATTTTTATTAGGAAGTTTGGCCAGAGGAGAAATGGTCATGCCCAACAGA	24605

C  AL645826.9	88549	GCCTTGAGAGTTTTTTTCCTTCACTTTCGTCAATTGGTGAAGTTTGTTTC	88500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24606	GCCTTGAGAGTTTTTTTCCTTCACTTTCGTCAATTGGTGAAGTTTGTTTC	24655

C  AL645826.9	88499	TCGCTTTCTCGTTTGTTGAAGTTTGTCTGTCACCACTGGCTTGCTTGGTT	88450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24656	TCGCTTTCTCGTTTGTTGAAGTTTGTCTGTCACCACTGGCTTGCTTGGTT	24705

C  AL645826.9	88449	CAGGACTTGTGCAGCTGCATCGATGGATTTGCTCTTCAGTGTTTAGACTT	88400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24706	CAGGACTTGTGCAGCTGCATCGATGGATTTGCTCTTCAGTGTTTAGACTT	24755

C  AL645826.9	88399	TCAGCAGTGAAATTTAAATTACACTGAACTGAACTGAACTTGAACTTTAA	88350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24756	TCAGCAGTGAAATTTAAATTACACTGAACTGAACTGAACTTGAACTTTAA	24805

C  AL645826.9	88349	AACCTGACTGACTAAGTTTCAATTTACTATAATCTTCTATGTAAAGCTGC	88300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24806	AACCTGACTGACTAAGTTTCAATTTACTATAATCTTCTATGTAAAGCTGC	24855

C  AL645826.9	88299	TTTGACACAGTCTACATTGCAAAAGCGCTACAGAAATAAACATGAATTGA	88250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24856	TTTGACACAGTCTACATTGCAAAAGCGCTACAGAAATAAACATGAATTGA	24905

C  AL645826.9	88249	ATTGAATTAGTAAGGCTTTACACTAATGAATTACAGCAAAAAAGTAGTAA	88200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24906	ATTGAATTAGTAAGGCTTTACACTAATGAATTACAGCAAAAAAGTAGTAA	24955

C  AL645826.9	88199	GTTACTGTAATGCATTACTATACTCCAACACTAATAAACTGCTTACGAAC	88150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	24956	GTTACTGTAATGCATTACTATACTCCAACACTAATAAACTGCTTACGAAC	25005

C  AL645826.9	88149	TGGAATAATTGGCTTTAAAACTATGATCATTATAGTAATATTAATAAGAA	88100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25006	TGGAATAATTGGCTTTAAAACTATGATCATTATAGTAATATTAATAAGAA	25055

C  AL645826.9	88099	AATAAGAAATAATTATAAAAAAACAGCAAATAAATTAAATGTGAAATTTT	88050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25056	AATAAGAAATAATTATAAAAAAACAGCAAATAAATTAAATGTGAAATTTT	25105

C  AL645826.9	88049	GAGATAGACAAATGTAAAATAGATCTAACAATATTTTACATTGTATTAAA	88000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25106	GAGATAGACAAATGTAAAATAGATCTAACAATATTTTACATTGTATTAAA	25155

C  AL645826.9	87999	TTAGCCTTTATTTCTGTGTTTGAACCATATTTCTTTTGTTAACAGACCAT	87950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25156	TTAGCCTTTATTTCTGTGTTTGAACCATATTTCTTTTGTTAACAGACCAT	25205

C  AL645826.9	87949	CTAAATTCCATTTTAAAACTGTAAGGCTCGAAAAGACAACTTATAAATAA	87900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25206	CTAAATTCCATTTTAAAACTGTAAGGCTCGAAAAGACAACTTATAAATAA	25255

C  AL645826.9	87899	ATTATTATTCACAGAAAAACATAAACTGCAGTTTTGTTTCTTCCTTTTAA	87850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25256	ATTATTATTCACAGAAAAACATAAACTGCAGTTTTGTTTCTTCCTTTTAA	25305

C  AL645826.9	87849	AAGCAGTATGGATTTTGATTGGCTGTTTTTATCACTTATTAGATGGGGGA	87800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25306	AAGCAGTATGGATTTTGATTGGCTGTTTTTATCACTTATTAGATGGGGGA	25355

C  AL645826.9	87799	AATAATTTGAAAGTGATTTCAATGATATTGTTTGTTTGTGTCATTATTGT	87750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25356	AATAATTTGAAAGTGATTTCAATGATATTGTTTGTTTGTGTCATTATTGT	25405

C  AL645826.9	87749	TGTGATGTGCTAAAAAAAAGATTTTTAAAACTACATCATTATAATCAAGC	87700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25406	TGTGATGTGCTAAAAAAAAGATTTTTAAAACTACATCATTATAATCAAGC	25455

C  AL645826.9	87699	ATTATTTGTGTAAAAGACTTTCATGCAAAATATACGTTTATGTATTAAAT	87650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25456	ATTATTTGTGTAAAAGACTTTCATGCAAAATATACGTTTATGTATTAAAT	25505

C  AL645826.9	87649	TATATGGAACTTTTATAAAATCCATAATTCATGAAAATAAATATAAATAT	87600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25506	TATATGGAACTTTTATAAAATCCATAATTCATGAAAATAAATATAAATAT	25555

C  AL645826.9	87599	TACTTCCTAATCAAAGCTGGAAGAGACAAAACTGAGATACTTTATATAAA	87550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25556	TACTTCCTAATCAAAGCTGGAAGAGACAAAACTGAGATACTTTATATAAA	25605

C  AL645826.9	87549	TGTAATTGCTGTGTTTATTATATGTCACTTATCACTGGTACCTTGGTCCA	87500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25606	TGTAATTGCTGTGTTTATTATATGTCACTTATCACTGGTACCTTGGTCCA	25655

C  AL645826.9	87499	GTTTGTAGCATAAGGAGCGTTTGGCTAACTCCACCTCAGGTTTGGGGTTG	87450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25656	GTTTGTAGCATAAGGAGCGTTTGGCTAACTCCACCTCAGGTTTGGGGTTG	25705

C  AL645826.9	87449	TCCAGCACATGCCTGCACCACTGAAGAGGACTGAGGAGTGCATGAGAAAA	87400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25706	TCCAGCACATGCCTGCACCACTGAAGAGGACTGAGGAGTGCATGAGAAAA	25755

C  AL645826.9	87399	CAGCTTTGCTTTGGGAGACACGTACAACCTGGTGAAATAAAAACTTGGTC	87350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25756	CAGCTTTGCTTTGGGAGACACGTACAACCTGGTGAAATAAAAACTTGGTC	25805

C  AL645826.9	87349	AAGACATTTCAATCTGTGCTGTTGCAAACATCAATATTGCACTGTTTTCT	87300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25806	AAGACATTTCAATCTGTGCTGTTGCAAACATCAATATTGCACTGTTTTCT	25855

C  AL645826.9	87299	GTATGGTTGATCAGGGTTCAATACTAAGGATTCTTACTTGTCCTAACAAA	87250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25856	GTATGGTTGATCAGGGTTCAATACTAAGGATTCTTACTTGTCCTAACAAA	25905

C  AL645826.9	87249	ATTTTCCATGGCCCCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTAATAGGTGTTT	87200
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25906	ATTTTCCATGGCCCCACC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGTTAATAGGTGTTT	25954

C  AL645826.9	87199	CTTATGGCCAAATATTTAAATAATGTGTCAAAAATAACATCTGTTAATCT	87150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25955	CTTATGGCCAAATATTTAAATAATGTGTCAAAAATAACATCTGTTAATCT	26004

C  AL645826.9	87149	CGAATTTAAGTATAAAAAAGTATAATAAGCAAAATTGTTATGCAACCAAA	87100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	26005	CGAATTTAAGTATAAAAAAGTATAATAAGCAAAATTGTTATGCAACCAAA	26054

C  AL645826.9	87099	AAGAGCAGTATTTTATTTATTTTATTGCAGTTTTAAATTATTTTACAAAA	87050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	26055	AAGAGCAGTATTTTATTTATTTTATTGCAGTTTTAAATTATTTTACAAAA	26104

C  AL645826.9	87049	GGTGGCTGACCTGCCAAACTGACAGCAAACTGTGAAAAACATCACTTTAT	87000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	26105	GGTGGCTGACCTGCCAAACTGACAGCAAACTGTGAAAAACATCACTTTAT	26154

C  AL645826.9	86999	TTTTTCGTCATGCTGTACCTATGGAAATGTAGACGTTTTCTTTTAGTCTC	86950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	26155	TTTTTCGTCATGCTGTACCTATGGAAATGTAGACGTTTTCTTTTAGTCTC	26204

C  AL645826.9	86949	C	86949
			|
  AL713959.16	26205	C	26205

Compact alignment

skip 1700 bps 100% identity alignment

C  AL645826.9	87249	ATTTTCCATGGCCCCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTAATAGGTGTTT	87200
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  AL713959.16	25906	ATTTTCCATGGCCCCACC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGTTAATAGGTGTTT	25954

skip 251 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645826.9 - 88949 bps
Hit
AL713959.16 - 26205 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95189020018694988949-124206262051
288.51558735121352071125313391
387.97712435270353931141515381
492.688911983958840761141615381
577.637529735121354171827185651
683.881022448380084043-120495207361
781.921002648414284405-120542208011
893.165873512135207-120682207681
910030303751337542120744207731
Short-link