<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606722.18	1	GATCAAATTGCAAGCTCGTGAGAACGAGGGCGAGATCCCAAGAGGGCGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2292	GATCAAATTGCAAGCTCGTGAGAACGAGGGCGAGATCCCAAGAGGGCGTG	2341

AL606722.18	51	AGAGGGGGGCGAGTTGGATTAATTTGCCTAGCGCCTCTGAGGAACCGGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2342	AGAGGGGGGCGAGTTGGATTAATTTGCCTAGCGCCTCTGAGGAACCGGAT	2391

AL606722.18	101	GATGAGGTTATGCTTTCCCACGGTACCGCCAGCCACCGCGTCATGGTGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2392	GATGAGGTTATGCTTTCCCACGGTACCGCCAGCCACCGCGTCATGGTGAG	2441

AL606722.18	151	CGGAGATGGCAGCAACGTAAACCTTGAGAGTGGAGGGCGACAGCCTGCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2442	CGGAGATGGCAGCAACGTAAACCTTGAGAGTGGAGGGCGACAGCCTGCTG	2491

AL606722.18	201	TCCAGCTTCTCTTGAAGGAAAGAGAGCACAACACTGATCTGGCAAGATCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2492	TCCAGCTTCTCTTGAAGGAAAGAGAGCACAACACTGATCTGGCAAGATCG	2541

AL606722.18	251	GGGGTCTTCTCTGCGAGAGACACACCACTCAGTGAATAGACTCCACTTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2542	GGGGTCTTCTCTGCGAGAGACACACCACTCAGTGAATAGACTCCACTTCA	2591

AL606722.18	301	GGGCGTAGGCACGCCTCGTGGAGGGGGCTCTAGCCGGAGTGATGGTATCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2592	GGGCGTAGGCACGCCTCGTGGAGGGGGCTCTAGCCGGAGTGATGGTATCA	2641

AL606722.18	351	ACCACCGCGGGCGGCAGGTTACCTAAGTCTTCCTCGCGTCTATGGACCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2642	ACCACCGCGGGCGGCAGGTTACCTAAGTCTTCCTCGCGTCTATGGACCAC	2691

AL606722.18	401	ACGTGGAGGTTTCAGAGATCGGGATTAGGGTGCCAGACGGTGCCTTGTCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2692	ACGTGGAGGTTTCAGAGATCGGGATTAGGGTGCCAGACGGTGCCTTGTCC	2741

AL606722.18	451	CTGAGAAAGTAGGTCCTCTCTCAAAGGGATCTGTCAAGGGAGGGCCGTCG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2742	CTGAGAAAGTAGGTCCTCTCTCAAAGGGATCTGTCAAGGGAGGGCCGTCG	2791

AL606722.18	501	CGAGGAGGGAGAGCTCTGATATCCAGGTTCGGTTGGGCCAGAGGGGCGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2792	CGAGGAGGGAGAGCTCTGATATCCAGGTTCGGTTGGGCCAGAGGGGCGCA	2841

AL606722.18	551	ACTAACAAAACCTGCTCCTCGTCCTCCCTGACCTTGCACATTAACTGCGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2842	ACTAACAAAACCTGCTCCTCGTCCTCCCTGACCTTGCACATTAACTGCGT	2891

AL606722.18	601	GCCCATGCGGTTGATATATGCCGCCGCCGCCCTACTGTCCGTCCTGACCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2892	GCCCATGCGGTTGATATATGCCGCCGCCGCCCTACTGTCCGTCCTGACCA	2941

AL606722.18	651	GCACGTGTTGCTGCCCCAGCGCCGGAGAAAAACGGCGGAGAGCAAGGAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2942	GCACGTGTTGCTGCCCCAGCGCCGGAGAAAAACGGCGGAGAGCAAGGAAC	2991

AL606722.18	701	ACTGCCAACAGCTCTAGGCGATTGATGTGCCAATGCAGCTGGGCACCTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	2992	ACTGCCAACAGCTCTAGGCGATTGATGTGCCAATGCAGCTGGGCACCTAC	3041

AL606722.18	751	CCACAGGCCCGCAGCTGCATGCCCGCGACACACGGCTCCCCAGCCTGTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3042	CCACAGGCCCGCAGCTGCATGCCCGCGACACACGGCTCCCCAGCCTGTGC	3091

AL606722.18	801	TGGAAGCATCTGTCGAAACAACAACATGACTGGACGCCCGTCCCAGAGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3092	TGGAAGCATCTGTCGAAACAACAACATGACTGGACGCCCGTCCCAGAGGC	3141

AL606722.18	851	ACACCGGCCTGCAGGAATGAGGGGTCGTTCCAGGGGCTGAGGGTGCGGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3142	ACACCGGCCTGCAGGAATGAGGGGTCGTTCCAGGGGCTGAGGGTGCGGCG	3191

AL606722.18	901	ACACAGCGCAGTAACAGAGACTCGGTGTGTGCCCGCAAGCCATGCGGGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3192	ACACAGCGCAGTAACAGAGACTCGGTGTGTGCCCGCAAGCCATGCGGGCA	3241

AL606722.18	951	CACACCCGCGTTCCCAAGACCCAAGATCGAGTTCCAACGTACTTGGAACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3242	CACACCCGCGTTCCCAAGACCCAAGATCGAGTTCCAACGTACTTGGAACT	3291

AL606722.18	1001	CGATCTTGAAGCCAGTGCTGAAGTGGTCTCATATGGAGCAATCCGAGCGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3292	CGATCTTGAAGCCAGTGCTGAAGTGGTCTCATATGGAGCAATCCGAGCGG	3341

AL606722.18	1051	CGTGACAGCCGCAGCGGAAGCCATTTGCCCCAGGAGCCTCTGAAAATATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3342	CGTGACAGCCGCAGCGGAAGCCATTTGCCCCAGGAGCCTCTGAAAATATT	3391

AL606722.18	1101	TCAGTGGGACCGCTAACTTGCTGTCGAGCTCCCTCAGACAGTTCAGCAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3392	TCAGTGGGACCGCTAACTTGCTGTCGAGCTCCCTCAGACAGTTCAGCAGC	3441

AL606722.18	1151	AGGCAAGCGCGCTCTCCGGAGAGGCGCGCTACCATGGTGACCGAGTCCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3442	AGGCAAGCGCGCTCTCCGGAGAGGCGCGCTACCATGGTGACCGAGTCCAG	3491

AL606722.18	1201	CTCCATCCCGAGAAAAGAGATCCTTTGCACCGGGGCGAGTTTGCTCTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3492	CTCCATCCCGAGAAAAGAGATCCTTTGCACCGGGGCGAGTTTGCTCTTTT	3541

AL606722.18	1251	CCCAGTTGACCTGCAACCCCAATAGGCGGAGATGCCTGAGCACCTCGTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3542	CCCAGTTGACCTGCAACCCCAATAGGCGGAGATGCCTGAGCACCTCGTCT	3591

AL606722.18	1301	CTGTGCGCAGTCAATTGCTCCCGAGAGTGAGCTAAAATAATAGAGATAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3592	CTGTGCGCAGTCAATTGCTCCCGAGAGTGAGCTAAAATAATAGAGATAAT	3641

AL606722.18	1351	TGAGTACACGGATACCCGCAAGCCGCAGAGGCGCTAGGGCAGCCTCCGCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3642	TGAGTACACGGATACCCGCAAGCCGCAGAGGCGCTAGGGCAGCCTCCGCG	3691

AL606722.18	1401	AGTTTGGTGAAGACCCGCGGAGACAGAGAGAGCCCGAAGGGGAGGACCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3692	AGTTTGGTGAAGACCCGCGGAGACAGAGAGAGCCCGAAGGGGAGGACCTT	3741

AL606722.18	1451	GTACTGCCATGCTCGACCTTCGAACGCAAACCGCAGAAACTGACGGAGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3742	GTACTGCCATGCTCGACCTTCGAACGCAAACCGCAGAAACTGACGGAGGC	3791

AL606722.18	1501	GTGGAAGAATGGTGACATGAAAATACGAGTCCTTCAGGTCTATGGCTGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3792	GTGGAAGAATGGTGACATGAAAATACGAGTCCTTCAGGTCTATGGCTGCA	3841

AL606722.18	1551	AACCAATCCTGAGGACGAACGCATCGGAGGATGCGCCTCTGCGTAAGCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3842	AACCAATCCTGAGGACGAACGCATCGGAGGATGCGCCTCTGCGTAAGCAT	3891

AL606722.18	1601	TCTGAACGACAGCTTGTGAAGGCAGCGATTCAAAACGCGCAGATCTAGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3892	TCTGAACGACAGCTTGTGAAGGCAGCGATTCAAAACGCGCAGATCTAGGA	3941

AL606722.18	1651	TTGGCCGTGACCCACCGCTCTTTTTGGGTACGATGAAGTACGGGCTGTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3942	TTGGCCGTGACCCACCGCTCTTTTTGGGTACGATGAAGTACGGGCTGTAA	3991

AL606722.18	1701	AACCCGCTCTCCATCTCGGCTAAAGGTACCGGCTCGATTGCACCCTTCGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	3992	AACCCGCTCTCCATCTCGGCTAAAGGTACCGGCTCGATTGCACCCTTCGC	4041

AL606722.18	1751	CAGGAGGGCAGCAATCTCCTCTTGCAAGACAGGGGCGGACAGGGGATTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	4042	CAGGAGGGCAGCAATCTCCTCTTGCAAGACAGGGGCGGACAGGGGATTGA	4091

AL606722.18	1801	CCCTGGTGAAATACACGCCCGTAAACCTGGGAGGCCGTTTGGAGAACTGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	4092	CCCTGGTGAAATACACGCCCGTAAACCTGGGAGGCCGTTTGGAGAACTGT	4141

AL606722.18	1851	AGTTCGTAGCCGAGTCTGATCGTGCGTATGAGCCACCGCAAGGGGCTGGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	4142	AGTTCGTAGCCGAGTCTGATCGTGCGTATGAGCCACCGCAAGGGGCTGGC	4191

AL606722.18	1901	CCGCGCTAACCAGGCAGGCAGAGCCCTCGCTAATGACGTCATCGCAGCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	4192	CCGCGCTAACCAGGCAGGCAGAGCCCTCGCTAATGACGTCATCGCAGCAA	4241

AL606722.18	1951	TCGTTGACGTACCCACGGAGGGGCAGCGAGGAGCGAGTGTGCTGATCCGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713856.7	4242	TCGTTGACGTACCCACGGAGGGGCAGCGAGGAGCGAGTGTGCTGATCCGG	4291

Overview

Query
AL606722.18 - 74910 bps
Hit
AL713856.7 - 4291 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019732000120001229242911
296.6754606153361592-16346931
384.63107922426124463485163428901
496.9818019938024000-16758731
594.911752136700767219-16758901
690.393351616026165216757261
798.39596239494010-197310341
885.5517533563836641701289932371
988.5420632564570648941371140331
Short-link