<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1985 bps / non-identical: 1250 bps

Full alignment

AL592048.5	1	GATCTGAAGACCATTCCCCCTGTAATAGAGCATCTTATAAAATTATGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17266	GATCTGAAGACCATTCCCCCTGTAATAGAGCATCTTATAAAATTATGAAA	17315

AL592048.5	51	TATTACTGTGAATGTAAGACCACTTTACCAATCACACAAAGACCTTTAAA	100
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17316	TATTACTGTGAATGTGAGACCACTTTACCAATCACACAAAGACCTTTAAA	17365

AL592048.5	101	ATGATACCAA---------GAAAAAGTATAGATCCACAATATTGAGAAGT	141
			 |||||||||         |||||||||||||||||||||||| ||||||
AL713849.8	17366	-TGATACCAATTATGAATAGAAAAAGTATAGATCCACAATATTCAGAAGT	17414

AL592048.5	142	TGGCCATTCTGCGTGAAGAAGTGTCATTGAGCTGCTCTGCTAAAGAAGGT	191
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17415	TGGCCATTCTGCGTGAAGGAGTGTCATTGAGCTGCTCTGCTAAAGAAGGT	17464

AL592048.5	192	AAAGTTGAGGGCAAAC-GTGCTCAGGCTCAGGGTGGGTGACTGAGACAGT	240
			|||||||||||||||  | | |   |||| ||||||||||||||||||||
AL713849.8	17465	AAAGTTGAGGGCAAAGAGGGGT---GCTCCGGGTGGGTGACTGAGACAGT	17511

AL592048.5	241	TGAACAACTGGTTTCCTAATGTTCTTCCCAGATTAATAGCTTATTGTTTA	290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17512	TGAACAACTGGTTTCCTAATGTTCTTCCCAGATTAATAGCTTATTGTTTA	17561

AL592048.5	291	ATTGCATGACAATTCTCATGGTCTTGCCTTATGAAATTCACTGACATTTC	340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17562	ATTGCATGACAATTCTCATGGTCTTGCCTTATGAAATTCACTGACATTTC	17611

AL592048.5	341	TTGGGGTCTGATATTATGGAAAGATTTAGCCATCCTTACAATTTTTAACA	390
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17612	TTGGGGTCTGATATTATGGAAATATTTAGCCATCCTTACAATTTTTAACA	17661

AL592048.5	391	TAATTTGACAATTTGTAAAATGAAATGTGAAATGCTGACAATGAAGCACT	440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17662	TAATTTGACAATTTGTAAAATGAAATGTGAAATGCTGACAATGAAGCACT	17711

AL592048.5	441	GTTTGTATATTTGACTCAGTGATATTATATTAGACTCAGATGATCTGCAG	490
			|||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17712	GTTTGTCTATTTGACTCAGTGATTCTATATTAGACTCAGATGATCTGCAG	17761

AL592048.5	491	TGTGTAATTGTGCCAATGGTT-ACAGTGAATTTAAGAGTGTGTGATATTT	539
			|||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
AL713849.8	17762	TGTGTAATTGTGGCAATGGTTTACAGTGAATTTAGGAGTGTGTGATATTT	17811

AL592048.5	540	ATTGTCTTTGATAATCAAAAACACATTTTAAGAGTCCAAAAGATTTACAG	589
			||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17812	ATTGTCTCTGATCATCAAAAACA--TTTTAAGAGTCCAAAAGATTTACAG	17859

AL592048.5	590	CCTGATGAAGCCTATAATGCAGTTATACAGGGGAATATAATTGTTAGAAT	639
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL713849.8	17860	CCTGATGAAGCCTATAATGCAGTTATACAGGGAAATATAATTGTTAGAAT	17909

AL592048.5	640	AATAAAAGATAAAAGAGGAAATAATTAATCAAAGAGTGACAAGTATTTCT	689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17910	AATAAAAGATAAAAGAGGAAATAATTAATCAAAGAGTGACAAGTATTTCT	17959

AL592048.5	690	CTCCCTTTTTAATGTGTAAGTGCAATACACAGATTAGACAGGCTGACATG	739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17960	CTCCCTTTTTAATGTGTAAGTGCAATACACAGATTAGACAGGCTGACATG	18009

AL592048.5	740	TGTAGTTATTCACTGTGTATTTGATGACTATTTTAGTTTTGGGCTTTTCT	789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18010	TGTAGTTATTCACTGTGTATTTGATGACTATTTTAGTTTTGGGCTTTTCT	18059

AL592048.5	790	TAGAAGTTTATTAAACTTTCAATTACATCCCAAATTAAGCCTTGTTTTAG	839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18060	TAGAAGTTTATTAAACTTTCAATTACATCCCAAATTAAGCCTTGTTTTAG	18109

AL592048.5	840	CCAAAATCAAGCTGTCTATTAGACTTATTTTTTAAACATAACAGAAATGC	889
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL713849.8	18110	CCAAAATCAAGCTGTCTATTAGACTTATTTT-TAAACATAACAGAAATGC	18158

AL592048.5	890	TTGCTGGGATGGTAAAGAGGCAGTGCTCACTTCTGGACAGGGAGGGTTTA	939
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18159	TTGCTGGGATGGTACAGAGGCAGTGCTCACTTCTGGACAGGGAGGGTTTA	18208

AL592048.5	940	GACTTGCAAGTGGAGATAGAATGTGCAGAACTTGTGGCTGTTCTCTATGC	989
			||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18209	GACTTGCAAATGGAGACAGAATGTGCAGAACTTGTGGCTGTTCTCTATGC	18258

AL592048.5	990	GAGCGCTGATGTTTTGAACCTTTAGCTAACAGCATGTGTTATTGATTGAT	1039
			 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18259	AAGCGCTGATGTTTTGAACCTTTAGCCAACAGCATGTGTTATTGATTGAT	18308

AL592048.5	1040	TGATGGATTGTTAAATAAATTAATAAATAAAATAATTAATTTGTGTTTTT	1089
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18309	TGATGGATTGTTAAATAAACTAATAAATAAAATAATTAATTTGTGTTTTT	18358

AL592048.5	1090	TTATATTATACATACAGTTGAAGCCCCCCTGAATTATTAGACCCCCTGTT	1139
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL713849.8	18359	TTATATTATACATACAGTTGAAGCCCCCATGAATTATTAGACCCCCTGTT	18408

AL592048.5	1140	TATTTTTTGTCCAATTTCTGTTTAAGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATT	1189
			||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18409	TATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAAGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATT	18458

AL592048.5	1190	TCCAATCATAATAGTTTTGATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTA	1239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18459	TCCAATCATAATAGTTTTGATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTA	18508

AL592048.5	1240	TCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAACAA	1289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18509	TCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAACAA	18558

AL592048.5	1290	TCTGTATCTTTAAACTGTATCACA-----------CTTAAAGTGACATTT	1328
			|| |||||||||||||||||||||           |||||||||||||||
AL713849.8	18559	TCCGTATCTTTAAACTGTATCACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTT	18608

AL592048.5	1329	CAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAT	1378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18609	CAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAT	18658

AL592048.5	1379	TATATAACGATATGTAACAGGTTTTATTTTTAGAATGTTGTAGTGACACA	1428
			| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18659	TGTATAACGATATGTAACGGGTTTTATTTTTAGAATGTTGTAGTGACACA	18708

AL592048.5	1429	CTGAGGGCAGGATACAACTGCGGCCACACTTGACTTTTCTCCCCATAGAC	1478
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18709	CTGAGGGCAGGATACAACTGCAGCCACACTTGACTTTTCTCCCCATAGAC	18758

AL592048.5	1479	TTCCATTCATACGCACGCGAATGCGTCAGACCGGAAACAAAGGGTCATGC	1528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
AL713849.8	18759	TTCCATTCATACGCACGCGAATGCGTCAGACCGGAAACGCAGGGTCATGC	18808

AL592048.5	1529	TCATGCAACAAGTTTTGCAAGTTGCTGCAGTGCAAAGTTCAAGCTTTAGA	1578
			||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18809	TCATGCATCAAGTTTCACAGGTTGCTGCAGTGCAAAGTTCAAGCTTTAGA	18858

AL592048.5	1579	TGATCTTTGTGTTTGATCTGTGTGTACAATGTCTGTGTAATCGTAGTTTA	1628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
AL713849.8	18859	TGATCTTTGTGTTTGATCTGTGTGTACAATGTCTGCGTAATCGTGGTTTA	18908

AL592048.5	1629	AAGTGAATTTAGACCGGTTTAGTAGAAGTGTGTGATATGTATTGGCTCTG	1678
			 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18909	CAGTGAATTTAGACCGGTTTAGTAGAAATGTGTGATATGTATTGGCTCTG	18958

AL592048.5	1679	ATAATCAAAAACACATTTTGAGTCCAAAAGATTCTCTGCCTGATGAAGCC	1728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18959	ATAATCAAAAACACATTTTGAGTCCAAAAGATTCTCTGCCTGATGAAGCC	19008

AL592048.5	1729	CAATAACAGAGTTATAATGACGTTATAATTGTAGAATTGTACATGAATAA	1778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19009	CAATAACAGAGTTATAATGACGTTATAATTGTAGAATTGTACATGAATAA	19058

AL592048.5	1779	TAAAATTTTTATTAAGATAAAATAAGATTTTTATGTTTTGCCAGGTTCTG	1828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19059	TAAAATTTTTATTAAGATAAAATAAGATTTTTATGTTTTGCCAGGTTCTG	19108

AL592048.5	1829	CGAGTAGATGAGCATGTCATTGGAGTAGACTATGACCAGCTTGTGAAGTT	1878
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19109	CAAGTAGATGAGCATGTCATTGGAGTAGACTATGACCAGCTTGTGAAGTT	19158

AL592048.5	1879	ACTTATAAGATCTCAGCTCATGGGGTATTACCATTAAAATGAAACTTTTC	1928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19159	ACTTATAAGATCTCAGCTCATGGGGTATTACCATTAAAATGAAACTTTTC	19208

AL592048.5	1929	CAGCAGAATATGACGCTTAAAAAAATTCCATCAGCACTGATAATTATGAA	1978
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19209	CAGCAGAATATGACGCTTTAAAAAATTCCATCAGCACTGATAATTATGAA	19258

AL592048.5	1979	ACGCATG	1985
			|||||||
AL713849.8	19259	ACGCATG	19265

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592048.5	51	TATTACTGTGAATGTAAGACCACTTTACCAATCACACAAAGACCTTTAAA	100
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17316	TATTACTGTGAATGTGAGACCACTTTACCAATCACACAAAGACCTTTAAA	17365

AL592048.5	101	ATGATACCAA---------GAAAAAGTATAGATCCACAATATTGAGAAGT	141
			 |||||||||         |||||||||||||||||||||||| ||||||
AL713849.8	17366	-TGATACCAATTATGAATAGAAAAAGTATAGATCCACAATATTCAGAAGT	17414

AL592048.5	142	TGGCCATTCTGCGTGAAGAAGTGTCATTGAGCTGCTCTGCTAAAGAAGGT	191
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17415	TGGCCATTCTGCGTGAAGGAGTGTCATTGAGCTGCTCTGCTAAAGAAGGT	17464

AL592048.5	192	AAAGTTGAGGGCAAAC-GTGCTCAGGCTCAGGGTGGGTGACTGAGACAGT	240
			|||||||||||||||  | | |   |||| ||||||||||||||||||||
AL713849.8	17465	AAAGTTGAGGGCAAAGAGGGGT---GCTCCGGGTGGGTGACTGAGACAGT	17511

skip 100 bps 100% identity alignment

AL592048.5	341	TTGGGGTCTGATATTATGGAAAGATTTAGCCATCCTTACAATTTTTAACA	390
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17612	TTGGGGTCTGATATTATGGAAATATTTAGCCATCCTTACAATTTTTAACA	17661

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592048.5	441	GTTTGTATATTTGACTCAGTGATATTATATTAGACTCAGATGATCTGCAG	490
			|||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17712	GTTTGTCTATTTGACTCAGTGATTCTATATTAGACTCAGATGATCTGCAG	17761

AL592048.5	491	TGTGTAATTGTGCCAATGGTT-ACAGTGAATTTAAGAGTGTGTGATATTT	539
			|||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
AL713849.8	17762	TGTGTAATTGTGGCAATGGTTTACAGTGAATTTAGGAGTGTGTGATATTT	17811

AL592048.5	540	ATTGTCTTTGATAATCAAAAACACATTTTAAGAGTCCAAAAGATTTACAG	589
			||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	17812	ATTGTCTCTGATCATCAAAAACA--TTTTAAGAGTCCAAAAGATTTACAG	17859

AL592048.5	590	CCTGATGAAGCCTATAATGCAGTTATACAGGGGAATATAATTGTTAGAAT	639
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL713849.8	17860	CCTGATGAAGCCTATAATGCAGTTATACAGGGAAATATAATTGTTAGAAT	17909

skip 200 bps 100% identity alignment

AL592048.5	840	CCAAAATCAAGCTGTCTATTAGACTTATTTTTTAAACATAACAGAAATGC	889
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL713849.8	18110	CCAAAATCAAGCTGTCTATTAGACTTATTTT-TAAACATAACAGAAATGC	18158

AL592048.5	890	TTGCTGGGATGGTAAAGAGGCAGTGCTCACTTCTGGACAGGGAGGGTTTA	939
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18159	TTGCTGGGATGGTACAGAGGCAGTGCTCACTTCTGGACAGGGAGGGTTTA	18208

AL592048.5	940	GACTTGCAAGTGGAGATAGAATGTGCAGAACTTGTGGCTGTTCTCTATGC	989
			||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18209	GACTTGCAAATGGAGACAGAATGTGCAGAACTTGTGGCTGTTCTCTATGC	18258

AL592048.5	990	GAGCGCTGATGTTTTGAACCTTTAGCTAACAGCATGTGTTATTGATTGAT	1039
			 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18259	AAGCGCTGATGTTTTGAACCTTTAGCCAACAGCATGTGTTATTGATTGAT	18308

AL592048.5	1040	TGATGGATTGTTAAATAAATTAATAAATAAAATAATTAATTTGTGTTTTT	1089
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18309	TGATGGATTGTTAAATAAACTAATAAATAAAATAATTAATTTGTGTTTTT	18358

AL592048.5	1090	TTATATTATACATACAGTTGAAGCCCCCCTGAATTATTAGACCCCCTGTT	1139
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL713849.8	18359	TTATATTATACATACAGTTGAAGCCCCCATGAATTATTAGACCCCCTGTT	18408

AL592048.5	1140	TATTTTTTGTCCAATTTCTGTTTAAGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATT	1189
			||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18409	TATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAAGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATT	18458

skip 100 bps 100% identity alignment

AL592048.5	1290	TCTGTATCTTTAAACTGTATCACA-----------CTTAAAGTGACATTT	1328
			|| |||||||||||||||||||||           |||||||||||||||
AL713849.8	18559	TCCGTATCTTTAAACTGTATCACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTT	18608

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592048.5	1379	TATATAACGATATGTAACAGGTTTTATTTTTAGAATGTTGTAGTGACACA	1428
			| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18659	TGTATAACGATATGTAACGGGTTTTATTTTTAGAATGTTGTAGTGACACA	18708

AL592048.5	1429	CTGAGGGCAGGATACAACTGCGGCCACACTTGACTTTTCTCCCCATAGAC	1478
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18709	CTGAGGGCAGGATACAACTGCAGCCACACTTGACTTTTCTCCCCATAGAC	18758

AL592048.5	1479	TTCCATTCATACGCACGCGAATGCGTCAGACCGGAAACAAAGGGTCATGC	1528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
AL713849.8	18759	TTCCATTCATACGCACGCGAATGCGTCAGACCGGAAACGCAGGGTCATGC	18808

AL592048.5	1529	TCATGCAACAAGTTTTGCAAGTTGCTGCAGTGCAAAGTTCAAGCTTTAGA	1578
			||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18809	TCATGCATCAAGTTTCACAGGTTGCTGCAGTGCAAAGTTCAAGCTTTAGA	18858

AL592048.5	1579	TGATCTTTGTGTTTGATCTGTGTGTACAATGTCTGTGTAATCGTAGTTTA	1628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
AL713849.8	18859	TGATCTTTGTGTTTGATCTGTGTGTACAATGTCTGCGTAATCGTGGTTTA	18908

AL592048.5	1629	AAGTGAATTTAGACCGGTTTAGTAGAAGTGTGTGATATGTATTGGCTCTG	1678
			 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL713849.8	18909	CAGTGAATTTAGACCGGTTTAGTAGAAATGTGTGATATGTATTGGCTCTG	18958

skip 150 bps 100% identity alignment

AL592048.5	1829	CGAGTAGATGAGCATGTCATTGGAGTAGACTATGACCAGCTTGTGAAGTT	1878
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19109	CAAGTAGATGAGCATGTCATTGGAGTAGACTATGACCAGCTTGTGAAGTT	19158

skip 50 bps 100% identity alignment

AL592048.5	1929	CAGCAGAATATGACGCTTAAAAAAATTCCATCAGCACTGATAATTATGAA	1978
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL713849.8	19209	CAGCAGAATATGACGCTTTAAAAAATTCCATCAGCACTGATAATTATGAA	19258

skip 7 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL592048.5 - 103102 bps
Hit
AL713849.8 - 19265 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1985 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link