<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662823.12	1	GAATTCTTTGAACAAACCCAAATTTCTTTCTTTGTATTGATTGAAAAGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40680	GAATTCTTTGAACAAACCCAAATTTCTTTCTTTGTATTGATTGAAAAGAT	40729

AL662823.12	51	TCTGTTTTGAGGATAATGCAGGACTCTTGATTAGGAATTTTGATATGTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40730	TCTGTTTTGAGGATAATGCAGGACTCTTGATTAGGAATTTTGATATGTTT	40779

AL662823.12	101	ACAAAGAAAGACTGGAAGCAGTTATGCAAATAGGGTCTACCTAGATTGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40780	ACAAAGAAAGACTGGAAGCAGTTATGCAAATAGGGTCTACCTAGATTGAA	40829

AL662823.12	151	CACAAATAAGACCTGCCTAAATTGAACACAAATAGGGCCTAGCTAAATGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40830	CACAAATAAGACCTGCCTAAATTGAACACAAATAGGGCCTAGCTAAATGG	40879

AL662823.12	201	AAATTGTGATGACATAAACAGATTTAACATTAGATTTTGCTTATTTGAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40880	AAATTGTGATGACATAAACAGATTTAACATTAGATTTTGCTTATTTGAGG	40929

AL662823.12	251	GGTGTGGGTATGTGTCATGTGTATGCTCTAGTGTAAATGCATGTGTGTGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40930	GGTGTGGGTATGTGTCATGTGTATGCTCTAGTGTAAATGCATGTGTGTGC	40979

AL662823.12	301	TTTTGTGTATGGAGATCAGAATCAACCTGGGTTATTGACTCTCAGATGAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	40980	TTTTGTGTATGGAGATCAGAATCAACCTGGGTTATTGACTCTCAGATGAT	41029

AL662823.12	351	GTCCACTGTGTTTTCTGCATCTTAGAGCTCACCTCCTAGGCAAGGTGGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41030	GTCCACTGTGTTTTCTGCATCTTAGAGCTCACCTCCTAGGCAAGGTGGCT	41079

AL662823.12	401	GACCAGAGAGCATGAAGTGTCTTCCTATTTAGACCCACCCAGTACTAGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41080	GACCAGAGAGCATGAAGTGTCTTCCTATTTAGACCCACCCAGTACTAGGA	41129

AL662823.12	451	TTACGAGTGTGTGTCACCATGATTTATTTTCCAAGGCTGTGTATCTCAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41130	TTACGAGTGTGTGTCACCATGATTTATTTTCCAAGGCTGTGTATCTCAAA	41179

AL662823.12	501	CTCAGGTTCTCATGGTTGCTATTGGAAATGCAGTCCTGCCTGAGCCATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41180	CTCAGGTTCTCATGGTTGCTATTGGAAATGCAGTCCTGCCTGAGCCATTT	41229

AL662823.12	551	CCTCAGCTCTTTCTTTGAATATTTCTTCTCCTTTTTTCCTTCTTTTCTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41230	CCTCAGCTCTTTCTTTGAATATTTCTTCTCCTTTTTTCCTTCTTTTCTGG	41279

AL662823.12	601	TCAAAAAAATTGCTTATGAAAGTAAATGACAGTTCCTAGTGAGTGAAAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41280	TCAAAAAAATTGCTTATGAAAGTAAATGACAGTTCCTAGTGAGTGAAAGG	41329

AL662823.12	651	ATAGAAATGTAGATAAGAATAGCAGAATGTAACAACTGTTGAAACAGATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41330	ATAGAAATGTAGATAAGAATAGCAGAATGTAACAACTGTTGAAACAGATA	41379

AL662823.12	701	TTGAAGATTTCCTATCTCATTCCCTTTATTTTTATATGTCTAAAATGAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41380	TTGAAGATTTCCTATCTCATTCCCTTTATTTTTATATGTCTAAAATGAAG	41429

AL662823.12	751	TATTTTAATGATCAGTAAATGAAATTTTTATAAAATGAGAGAATAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41430	TATTTTAATGATCAGTAAATGAAATTTTTATAAAATGAGAGAATAAAAAA	41479

AL662823.12	801	TACTTTAGACAAGTATAGTATCTTATAAGAGTAATAATGGTGCCTAAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41480	TACTTTAGACAAGTATAGTATCTTATAAGAGTAATAATGGTGCCTAAAGA	41529

AL662823.12	851	ATGGCTGGTAGACTGTTTTAATTGAATGATAACAGACTGCTATGTTTGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41530	ATGGCTGGTAGACTGTTTTAATTGAATGATAACAGACTGCTATGTTTGCC	41579

AL662823.12	901	TGTACTTGGTTCATCCTATTATGTTTAAGTGATGCAGGTATGAACTTAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41580	TGTACTTGGTTCATCCTATTATGTTTAAGTGATGCAGGTATGAACTTAGG	41629

AL662823.12	951	AAGGAGTAAAGCAACTGTGCATGGCACACTTGTACTTCCAGCATTCAGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41630	AAGGAGTAAAGCAACTGTGCATGGCACACTTGTACTTCCAGCATTCAGAA	41679

AL662823.12	1001	GGCAGAGGCAGGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41680	GGCAGAGGCAGGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGG	41729

AL662823.12	1051	AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41730	AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAATT	41779

AL662823.12	1101	CACACCAATAAATAGAGATAGCTAGTTTTAAGGCATATAACATTATTATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41780	CACACCAATAAATAGAGATAGCTAGTTTTAAGGCATATAACATTATTATC	41829

AL662823.12	1151	ATTCCTTTCAGACATTAACCAGTCTAACTAGAAGTTCTGTCCTTTTCTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41830	ATTCCTTTCAGACATTAACCAGTCTAACTAGAAGTTCTGTCCTTTTCTTA	41879

AL662823.12	1201	AATGATTTCTTTTTAAAATATTTTGAATTTGATTTTTAAATTCACCCCCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41880	AATGATTTCTTTTTAAAATATTTTGAATTTGATTTTTAAATTCACCCCCC	41929

AL662823.12	1251	CCTTTTTTTTCCTATAGGAGTTATGATAGAAGTTCTAGGAGTTTAGATCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41930	CCTTTTTTTTCCTATAGGAGTTATGATAGAAGTTCTAGGAGTTTAGATCA	41979

AL662823.12	1301	AGATTCTCCTTCAAAAAAGAAAAAATTTCAAACGAATTATGCTTCAACTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	41980	AGATTCTCCTTCAAAAAAGAAAAAATTTCAAACGAATTATGCTTCAACTA	42029

AL662823.12	1351	CCCATTTAATGACTGGCAAGAAAGTGCCATCCTCTCTACAGACAAAGCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42030	CCCATTTAATGACTGGCAAGAAAGTGCCATCCTCTCTACAGACAAAGCCC	42079

AL662823.12	1401	AGTGACTTAGAAACAACAGTATTTTACATTCCAGGAGTTGATGTCAAGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42080	AGTGACTTAGAAACAACAGTATTTTACATTCCAGGAGTTGATGTCAAGGT	42129

AL662823.12	1451	AAAAACTGAATTGTATAGAATAAGAGACTAAAATATTAACAGTTTATTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42130	AAAAACTGAATTGTATAGAATAAGAGACTAAAATATTAACAGTTTATTTT	42179

AL662823.12	1501	CTACTAGATAATTTTCTTTTGCTTACTTTGTAAAAGATAAAATTTTCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42180	CTACTAGATAATTTTCTTTTGCTTACTTTGTAAAAGATAAAATTTTCTGA	42229

AL662823.12	1551	CTTAATCTAATATAGTCATAGTCTGAATATAAGAATATCTAAATTGTGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42230	CTTAATCTAATATAGTCATAGTCTGAATATAAGAATATCTAAATTGTGCC	42279

AL662823.12	1601	TCACCGTTTATTCACAGTAGGCTTGCTAAACCTTTCCATCTATAATTTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42280	TCACCGTTTATTCACAGTAGGCTTGCTAAACCTTTCCATCTATAATTTCA	42329

AL662823.12	1651	ATAAGCAATAATGTATTTTTTAATTTCTAAAATTATTGAATTTTAGACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42330	ATAAGCAATAATGTATTTTTTAATTTCTAAAATTATTGAATTTTAGACCA	42379

AL662823.12	1701	TTACGCTTAAAATACTTTAAAGACAATTTGGATTAAGCTCTTTAATTTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42380	TTACGCTTAAAATACTTTAAAGACAATTTGGATTAAGCTCTTTAATTTTA	42429

AL662823.12	1751	AGAATGAAGAAGTTAAGTACTTCTCAGCCCCTCACAGCTGACTTACAAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42430	AGAATGAAGAAGTTAAGTACTTCTCAGCCCCTCACAGCTGACTTACAAGC	42479

AL662823.12	1801	AGAAGCTGAGTCTTCCTTCAGGCTTCCAAGCCAGTAGTCCTCCCAGCCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42480	AGAAGCTGAGTCTTCCTTCAGGCTTCCAAGCCAGTAGTCCTCCCAGCCAC	42529

AL662823.12	1851	ATCTTCTGTTTCATGGTATTTCCTCATCTGCAAAATTTTTATTTTGATTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42530	ATCTTCTGTTTCATGGTATTTCCTCATCTGCAAAATTTTTATTTTGATTT	42579

AL662823.12	1901	TTCTTTAATACAGCTGCATTACAATTCTAAGACACTAAAGACTGAATCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42580	TTCTTTAATACAGCTGCATTACAATTCTAAGACACTAAAGACTGAATCAC	42629

AL662823.12	1951	CTAACGCCTCCAGAGGATCGTCCTTGCCTAGAACCCTCTCCAAAGAGTCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL691425.6	42630	CTAACGCCTCCAGAGGATCGTCCTTGCCTAGAACCCTCTCCAAAGAGTCC	42679

Overview

Query
AL662823.12 - 215241 bps
Hit
AL691425.6 - 42679 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link