<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 500 bps

Full alignment

AL691415.17	1	CTGTAATCCCAGCTATTTGGGAGACTGAGTCAGGAGGATCGCTTGAACCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160394	CTGTAATCCCAGCTATTTGGGAGACTGAGTCAGGAGGATCGCTTGAACCC	160443

AL691415.17	51	GGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCGCTGCACCCCAGCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160444	GGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCGCTGCACCCCAGCCT	160493

AL691415.17	101	GGGCAACAAGAGCGAAACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAACAAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160494	GGGCAACAAGAGCGAAACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAACAAATA	160543

AL691415.17	151	AAAATAAAAAATAATAAAATGGGGTACATAGACACCATGGAATAGTACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160544	AAAATAAAAAATAATAAAATGGGGTACATAGACACCATGGAATAGTACAA	160593

AL691415.17	201	AGCTGTGAAAAAGAATGAAATCATGTCCTTTGCAGCAACTTGGATCCAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160594	AGCTGTGAAAAAGAATGAAATCATGTCCTTTGCAGCAACTTGGATCCAGC	160643

AL691415.17	251	CGGAGGCCATTCTCCAAAGTAAATTAATACAGAGACAGAAAGCCAAATAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160644	CGGAGGCCATTCTCCAAAGTAAATTAATACAGAGACAGAAAGCCAAATAC	160693

AL691415.17	301	CGCATGTTCTCACTTATAAGCAGGAGGTAAACACAGGGTACTCATGGACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160694	CGCATGTTCTCACTTATAAGCAGGAGGTAAACACAGGGTACTCATGGACA	160743

AL691415.17	351	TAAAGATGGGAACAACAGGCCAGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160744	TAAAGATGGGAACAACAGGCCAGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCA	160793

AL691415.17	401	GCACTGTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTGAGGAGTTTGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160794	GCACTGTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTGAGGAGTTTGAG	160843

AL691415.17	451	ACCAGCCTGACCAACATGATGAAACCCTGTCTGTACTAAAAACACAAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160844	ACCAGCCTGACCAACATGATGAAACCCTGTCTGTACTAAAAACACAAAAA	160893

AL691415.17	501	TTAGCTGGGCATGGTCACAGACACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCT	550
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160894	TTAGCTGGGCGTGGTCACAGACACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCT	160943

AL691415.17	551	GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGAGGAGGTTGCAGTCGCTACT	600
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL683870.15	160944	GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGAGGAGGTTGCAGTCTCTACT	160993

AL691415.17	601	AAAAGTACAAAAATTACTCGAGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160994	AAAAGTACAAAAATTACTCGAGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGC	161043

AL691415.17	651	TACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCTGGAGGTGGAGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161044	TACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCTGGAGGTGGAGGT	161093

AL691415.17	701	TGCAGTGAGCCAAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGGAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161094	TGCAGTGAGCCAAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGGAGT	161143

AL691415.17	751	GAAAATTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGATGGGAAGAAGAGGCGTTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161144	GAAAATTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGATGGGAAGAAGAGGCGTTAC	161193

AL691415.17	801	AGACTCCTAGAGTGGGGAGGGAGGGAGATGAAGGGCTGAAAAACTACCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161194	AGACTCCTAGAGTGGGGAGGGAGGGAGATGAAGGGCTGAAAAACTACCTA	161243

AL691415.17	851	CTGGGTGCTAAACTCAGTAGCTAGGTCATGAGATCATTCATACCCAAAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161244	CTGGGTGCTAAACTCAGTAGCTAGGTCATGAGATCATTCATACCCAAAAT	161293

AL691415.17	901	CTCAGCATCACACAAGATACCCTTGTAACAAACCTGCACATGTACCCCCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161294	CTCAGCATCACACAAGATACCCTTGTAACAAACCTGCACATGTACCCCCG	161343

AL691415.17	951	GAATCTAAAATAAAGTAAAGGCTGGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161344	GAATCTAAAATAAAGTAAAGGCTGGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCC	161393

AL691415.17	1001	CAGGACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161394	CAGGACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCA	161443

AL691415.17	1051	AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATACTGTCTGTACTAAAAATACAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161444	AGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATACTGTCTGTACTAAAAATACAAA	161493

AL691415.17	1101	AATTAGCCGGGTATGGTCACAGACACCTGTAATCTCAGCTACTAGAGAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161494	AATTAGCCGGGTATGGTCACAGACACCTGTAATCTCAGCTACTAGAGAGG	161543

AL691415.17	1151	CTAAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGTGGAGGTTGCAGTCTCTA	1200
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161544	CTAAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCGGGAAGTGGAGGTTGCAGTCTCTA	161593

AL691415.17	1201	CCAAAAATACAAAAATTAACCAGGCGTGGTGGCATATGCCTGTAGTCTCA	1250
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161594	CTAAAAATACAAAAATTAACCAGGCGTGGTGGCATATGCCTGTAGTCTCA	161643

AL691415.17	1251	GCAACTCGGAACGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAG	1300
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161644	GCAACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAG	161693

AL691415.17	1301	ATTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGTCAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
AL683870.15	161694	ATTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCATCAGAG	161743

AL691415.17	1351	TGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAG	1400
			|||||||||||||||||||||||||                |||||||||
AL683870.15	161744	TGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAA----------------AAAGGAAAG	161777

AL691415.17	1401	AAAATCAAAGGCAGAGTCTATTCATCAGTTTGTGAAGTGTTTGTCTTCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161778	AAAATCAAAGGCAGAGTCTATTCATCAGTTTGTGAAGTGTTTGTCTTCAG	161827

AL691415.17	1451	GATTACAGTGGTCCCTCCTTCTTCATGGTAGACGTGGTCCATAAAGTCGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161828	GATTACAGTGGTCCCTCCTTCTTCATGGTAGACGTGGTCCATAAAGTCGG	161877

AL691415.17	1501	AGCAAACGCTGAGTTAACAAATACAAACCGTCCTGCAAAAAGTCCACACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161878	AGCAAACGCTGAGTTAACAAATACAAACCGTCCTGCAAAAAGTCCACACT	161927

AL691415.17	1551	TAGACGCCTGTAGCTTTTGTACCTCTGGTCCCCAAATTTTTCACAGCTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161928	TAGACGCCTGTAGCTTTTGTACCTCTGGTCCCCAAATTTTTCACAGCTGA	161977

AL691415.17	1601	TCCATACATAACCTTATTTTACGTGTGTTTCTGTTTAAAAAGCCGTATGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161978	TCCATACATAACCTTATTTTACGTGTGTTTCTGTTTAAAAAGCCGTATGG	162027

AL691415.17	1651	AGTCGATATTGTGGACGCAGTCACATTGAACTCACAGCCAACGGCATTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	162028	AGTCGATATTGTGGACGCAGTCACATTGAACTCACAGCCAACGGCATTAT	162077

AL691415.17	1701	AATTCATGCCTGGGCAAAGCGTCTCTAACACACCTATTTTCTCCAGAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
AL683870.15	162078	AATTCATGCCTGGGCAAAGCGTCTCTAACACACCTATTTTCTCCATAAGA	162127

AL691415.17	1751	CGCGCTGCAGTCTTCATGGGCTTACGGATGCTAGGCAGCTTTGCAGCTTC	1800
			||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	162128	CGCGCTGCAGTCTTCATGGCCTTAGGGATGCTAGGCAGCTTTGCAGCTTC	162177

AL691415.17	1801	TGGGGCTTTTGAAACAGAAATCGCCAACAAAATGCACAAAAATGTAAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	162178	TGGGGCTTTTGAAACAGAAATCGCCAACAAAATGCACAAAAATGTAAAAA	162227

AL691415.17	1851	TACCTGGCACTCAGTATACCCCCAAAAGGATGAGCTGATCCCGGAAGGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	162228	TACCTGGCACTCAGTATACCCCCAAAAGGATGAGCTGATCCCGGAAGGCC	162277

AL691415.17	1901	CCCATTTTTCACCACTGTGTATCTGTTTTTGAACGTTTGCAAAATCGTCA	1950
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
AL683870.15	162278	CCCATTTTTCACCACTGTGTATCTGTTTTTGAACGTTTGCAAAATCATCA	162327

AL691415.17	1951	TGAGTCTTGGTTTTGGGGTTCCAAATAAATGTTAGTGTGTGGAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	162328	TGAGTCTTGGTTTTGGGGTTCCAAATAAATGTTAGTGTGTGGAGGAATTC	162377

Compact alignment

skip 500 bps 100% identity alignment

AL691415.17	501	TTAGCTGGGCATGGTCACAGACACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCT	550
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	160894	TTAGCTGGGCGTGGTCACAGACACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCT	160943

AL691415.17	551	GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGAGGAGGTTGCAGTCGCTACT	600
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL683870.15	160944	GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGAGGAGGTTGCAGTCTCTACT	160993

skip 550 bps 100% identity alignment

AL691415.17	1151	CTAAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGTGGAGGTTGCAGTCTCTA	1200
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161544	CTAAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCGGGAAGTGGAGGTTGCAGTCTCTA	161593

AL691415.17	1201	CCAAAAATACAAAAATTAACCAGGCGTGGTGGCATATGCCTGTAGTCTCA	1250
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161594	CTAAAAATACAAAAATTAACCAGGCGTGGTGGCATATGCCTGTAGTCTCA	161643

AL691415.17	1251	GCAACTCGGAACGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAG	1300
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	161644	GCAACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAG	161693

AL691415.17	1301	ATTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGTCAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
AL683870.15	161694	ATTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCATCAGAG	161743

AL691415.17	1351	TGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAG	1400
			|||||||||||||||||||||||||                |||||||||
AL683870.15	161744	TGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAA----------------AAAGGAAAG	161777

skip 300 bps 100% identity alignment

AL691415.17	1701	AATTCATGCCTGGGCAAAGCGTCTCTAACACACCTATTTTCTCCAGAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
AL683870.15	162078	AATTCATGCCTGGGCAAAGCGTCTCTAACACACCTATTTTCTCCATAAGA	162127

AL691415.17	1751	CGCGCTGCAGTCTTCATGGGCTTACGGATGCTAGGCAGCTTTGCAGCTTC	1800
			||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
AL683870.15	162128	CGCGCTGCAGTCTTCATGGCCTTAGGGATGCTAGGCAGCTTTGCAGCTTC	162177

skip 100 bps 100% identity alignment

AL691415.17	1901	CCCATTTTTCACCACTGTGTATCTGTTTTTGAACGTTTGCAAAATCGTCA	1950
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
AL683870.15	162278	CCCATTTTTCACCACTGTGTATCTGTTTTTGAACGTTTGCAAAATCATCA	162327

skip 50 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL691415.17 - 45085 bps
Hit
AL683870.15 - 162377 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.496020001200011603941623771
Short-link