<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

AL672040.10	1	GAATGGTTTTCATGAATGGTTTCGCACCATTACCCCCTTGGTACTACAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	187827	GAATGGTTTTCATGAATGGTTTCGCACCATTACCCCCTTGGTACTACAGT	187876

AL672040.10	51	AACCGAGTTCTCATGAGATCTGGTTGTTTAAAACTGTGTAACACTTTTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	187877	AACCGAGTTCTCATGAGATCTGGTTGTTTAAAACTGTGTAACACTTTTTC	187926

AL672040.10	101	TGTCTTCTCTCTTCCTCCTGCTCTGGCTAGGTAAGACACTTGTTCTCACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	187927	TGTCTTCTCTCTTCCTCCTGCTCTGGCTAGGTAAGACACTTGTTCTCACT	187976

AL672040.10	151	TTGCCTTCTGCCATGTTTGTAAGTTTCCTGATGTCTCCTCTGAGCCTCCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	187977	TTGCCTTCTGCCATGTTTGTAAGTTTCCTGATGTCTCCTCTGAGCCTCCA	188026

AL672040.10	201	GAAGGAACCAAGCCTACTGATACCTTGATCTCAGCTGTTGGCCTCCAGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188027	GAAGGAACCAAGCCTACTGATACCTTGATCTCAGCTGTTGGCCTCCAGAA	188076

AL672040.10	251	GTTCGAGAGAACAGACGTCTGCTGTTTCAAGCCACGCAGTTGTTGGTATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188077	GTTCGAGAGAACAGACGTCTGCTGTTTCAAGCCACGCAGTTGTTGGTATT	188126

AL672040.10	301	TTTCTACAACAGCATCTGAATCCTAATGCATGCCCTCTAACTGTGGGATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188127	TTTCTACAACAGCATCTGAATCCTAATGCATGCCCTCTAACTGTGGGATC	188176

AL672040.10	351	GATTTTGGGGTGCTGAGATGTGGCCTGTTTCTCCTATGACCTTCCTTGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188177	GATTTTGGGGTGCTGAGATGTGGCCTGTTTCTCCTATGACCTTCCTTGTG	188226

AL672040.10	401	TTTTTAGTGCTCTTGGAAGAAGAGAGAATTAAGCATAGAATACCCACAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188227	TTTTTAGTGCTCTTGGAAGAAGAGAGAATTAAGCATAGAATACCCACAGA	188276

AL672040.10	451	GAGGAATCTCTCTTTCTTTTTTTTTTT-CTTTGAGACAGAGTCTTGCTCT	499
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188277	GAGGAATCTCTCTTTCTTTTTTTTTTTTCTTTGAGACAGAGTCTTGCTCT	188326

AL672040.10	500	GTCACCAGGCTGGGAGTTCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACATCC	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188327	GTCACCAGGCTGGGAGTTCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACATCC	188376

AL672040.10	550	GTCTCTCAGATTCAAGCAATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCAGGG	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188377	GTCTCTCAGATTCAAGCAATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCAGGG	188426

AL672040.10	600	ACTACAGGCGCATGCCACCACGGCCGGCTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTT	649
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
AL683807.22	188427	ACTACAGGCACATGCCACCACGGCCGGCTGATTTTATTTATTTTTTTTTT	188476

AL672040.10	650	TTTTTGTATTTTTAGTAGACATGGGGTTTCACCATCTTGTCTAGGATGGT	699
			|||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188477	TTT--GTATTTTTAGTAGACATGGGGTTTCACCATCTTGTCTAGGATGGT	188524

AL672040.10	700	CTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCCACCTCAGACTCCCAAAGTGCTG	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188525	CTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCCACCTCAGACTCCCAAAGTGCTG	188574

AL672040.10	750	GGATTGAGGAATCTTTCAACCCCTTGCTACCTTTCAAATTGCATAGGAAC	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188575	GGATTGAGGAATCTTTCAACCCCTTGCTACCTTTCAAATTGCATAGGAAC	188624

AL672040.10	800	ATTGAAAAGATGATAAAATGTGGAGGCTCAAAGAAAACAAGCAGTGTTCA	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188625	ATTGAAAAGATGATAAAATGTGGAGGCTCAAAGAAAACAAGCAGTGTTCA	188674

AL672040.10	850	GCATTCCGAAAGTGGCCTGGTTTGAGGAAATTAATTATTTGGCATCTCTG	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188675	GCATTCCGAAAGTGGCCTGGTTTGAGGAAATTAATTATTTGGCATCTCTG	188724

AL672040.10	900	AACAAGTGGTGTTTTGGACTCCTAAACTTAAAGATAAATACATATTGTTT	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188725	AACAAGTGGTGTTTTGGACTCCTAAACTTAAAGATAAATACATATTGTTT	188774

AL672040.10	950	CCTACCCTTCATTCGTCTTCCTTCTCCTCGCCCGACCCAGAACTCCAAGA	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188775	CCTACCCTTCATTCGTCTTCCTTCTCCTCGCCCGACCCAGAACTCCAAGA	188824

AL672040.10	1000	AGGCTAATCTCTTCTGCAATATCGTAATGGCCTTGAAGCAATCTAACATC	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188825	AGGCTAATCTCTTCTGCAATATCGTAATGGCCTTGAAGCAATCTAACATC	188874

AL672040.10	1050	TGTGTTCTTCCTTTCCTCATCTATGAAATTACTTTCAAATAACCAAATTA	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188875	TGTGTTCTTCCTTTCCTCATCTATGAAATTACTTTCAAATAACCAAATTA	188924

AL672040.10	1100	AACAGGATCTTCCATTTGGGCTGGAATGGTAAGAGCGGCAGAGGACAGCA	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188925	AACAGGATCTTCCATTTGGGCTGGAATGGTAAGAGCGGCAGAGGACAGCA	188974

AL672040.10	1150	TGTTCCCATTTATAATAGCAGGCACGGAAATTCAACCAGACTTTGCTGAT	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188975	TGTTCCCATTTATAATAGCAGGCACGGAAATTCAACCAGACTTTGCTGAT	189024

AL672040.10	1200	CTAAGAGATGCTCTTGGAAGACCCCATTACTTAAATGATCTAGAAAATGT	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189025	CTAAGAGATGCTCTTGGAAGACCCCATTACTTAAATGATCTAGAAAATGT	189074

AL672040.10	1250	CCTCCCGAGTCAAGGTATGTCTTAAGGAAGAAAAACGTACAAACAAAACC	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189075	CCTCCCGAGTCAAGGTATGTCTTAAGGAAGAAAAACGTACAAACAAAACC	189124

AL672040.10	1300	CAGAAAACTGTTTTAAGAGTCTTATTCTGATGAGACTCTATTTGTATTTG	1349
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL683807.22	189125	CAGAAAACTGTTTTAAGAGTCTTATTCTGATGAGACTCTATTTGCATTTG	189174

AL672040.10	1350	CCAAATAGCTGTGATTTTCTGGAATGCAGGACAAGCTGATAAATTAGGCA	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189175	CCAAATAGCTGTGATTTTCTGGAATGCAGGACAAGCTGATAAATTAGGCA	189224

AL672040.10	1400	GGATGAAGACACTTTTTTTCTCAAGGGCAGGAACACAGATAAGAGCACCT	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189225	GGATGAAGACACTTTTTTTCTCAAGGGCAGGAACACAGATAAGAGCACCT	189274

AL672040.10	1450	AAGTGTAACACTTTGTTCTGGGACACAGCCCAACTCCAGTCCTTCTGTAG	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189275	AAGTGTAACACTTTGTTCTGGGACACAGCCCAACTCCAGTCCTTCTGTAG	189324

AL672040.10	1500	AATATCTGTATTCAGTCAGAGGATATCAAAGATGGATAGAGCCTTGGGAA	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189325	AATATCTGTATTCAGTCAGAGGATATCAAAGATGGATAGAGCCTTGGGAA	189374

AL672040.10	1550	TTATCTAGCACAACCTTATCCATTTTACAGCTGGGGAAACCAGAGCTGGG	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189375	TTATCTAGCACAACCTTATCCATTTTACAGCTGGGGAAACCAGAGCTGGG	189424

AL672040.10	1600	AGGGCAACTTCCAAATTGGTAGTGATCCATCGTACACAATTGAAGTCATC	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189425	AGGGCAACTTCCAAATTGGTAGTGATCCATCGTACACAATTGAAGTCATC	189474

AL672040.10	1650	ATTGGTAGACACAACTGAGGTCCTAGTAGAAAGAACAGCCTCACAAGACA	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189475	ATTGGTAGACACAACTGAGGTCCTAGTAGAAAGAACAGCCTCACAAGACA	189524

AL672040.10	1700	GTGATTTGAACTGGGGTCTTGTGCCTTCTTTGGCCATGACTGGAGGTGGG	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189525	GTGATTTGAACTGGGGTCTTGTGCCTTCTTTGGCCATGACTGGAGGTGGG	189574

AL672040.10	1750	ATTGGTGGAAGTGGGTGATGGGTGAGGCTTTACTGACCAATTTGAAATTT	1799
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL683807.22	189575	ATTGGTGGAAGTGGGTGATGGGTGAGGCTTTACTGACCGATTTGAAATTT	189624

AL672040.10	1800	TGCATGTGTGTACGGAAAGGAGTTGACTCAACAGGCCTGGCGATATGGTT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189625	TGCATGTGTGTACGGAAAGGAGTTGACTCAACAGGCCTGGCGATATGGTT	189674

AL672040.10	1850	TGCATCTGTGTTCCCACCCAAATCTCATGTCAAATTGTAATCTCTAGTGT	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189675	TGCATCTGTGTTCCCACCCAAATCTCATGTCAAATTGTAATCTCTAGTGT	189724

AL672040.10	1900	TGGAGGTAGAGGAGCTGGTGGGAGGTGATGGGATAAAGGGGGCAGAGTTC	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189725	TGGAGGTAGAGGAGCTGGTGGGAGGTGATGGGATAAAGGGGGCAGAGTTC	189774

AL672040.10	1950	TCATGAATGGTGTAACGCCATCCCCCTTGCTACTGTATAGTGAGTGAATT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	189775	TCATGAATGGTGTAACGCCATCCCCCTTGCTACTGTATAGTGAGTGAATT	189824

AL672040.10	2000	C	2000
			|
AL683807.22	189825	C	189825

Compact alignment

skip 450 bps 100% identity alignment

AL672040.10	451	GAGGAATCTCTCTTTCTTTTTTTTTTT-CTTTGAGACAGAGTCTTGCTCT	499
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188277	GAGGAATCTCTCTTTCTTTTTTTTTTTTCTTTGAGACAGAGTCTTGCTCT	188326

skip 100 bps 100% identity alignment

AL672040.10	600	ACTACAGGCGCATGCCACCACGGCCGGCTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTT	649
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
AL683807.22	188427	ACTACAGGCACATGCCACCACGGCCGGCTGATTTTATTTATTTTTTTTTT	188476

AL672040.10	650	TTTTTGTATTTTTAGTAGACATGGGGTTTCACCATCTTGTCTAGGATGGT	699
			|||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683807.22	188477	TTT--GTATTTTTAGTAGACATGGGGTTTCACCATCTTGTCTAGGATGGT	188524

skip 600 bps 100% identity alignment

AL672040.10	1300	CAGAAAACTGTTTTAAGAGTCTTATTCTGATGAGACTCTATTTGTATTTG	1349
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL683807.22	189125	CAGAAAACTGTTTTAAGAGTCTTATTCTGATGAGACTCTATTTGCATTTG	189174

skip 400 bps 100% identity alignment

AL672040.10	1750	ATTGGTGGAAGTGGGTGATGGGTGAGGCTTTACTGACCAATTTGAAATTT	1799
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL683807.22	189575	ATTGGTGGAAGTGGGTGATGGGTGAGGCTTTACTGACCGATTTGAAATTT	189624

skip 201 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL672040.10 - 117297 bps
Hit
AL683807.22 - 189825 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7497020001200011878271898251
Short-link